BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163M15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 146,942,887 - 147,115,199
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEdg7, Ssx2ip, Ctbs, Spata1, Gng5, Bxdc5, LOC100040473, Dnase2b, Uox, 4930503B20Rik, Gm1652, LOC670100, Prkacb, LOC100040540, Ttll7, Ppia-ps3_1528.1
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163M15.bB6Ng01-163M15.g
ACCDH956286DH956287
length1,1561,038
definitionDH956286|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163M15, 5' end.DH956287|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163M15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(146,942,887 - 146,944,054)(147,114,162 - 147,115,199)
sequence
gaattccttcctattagtaagttacttgactcactgtactaggtcaaaag
ttccataacacgtttatcactcattgctaatcgttctgcacatccagact
accacatagtacatagctcttcacccggctgcttacagctctcaattatc
tattctcaccataacattttttattcctatgacttgtaaactattatgtt
tcgccatccctttatcataatccaggctgtctaagagcttaagttgaatc
cctgtaggttctccctgctgctgccctagttgtcttttctcaacattttt
atgtatatttcttccctcatttcctccctctgtttgttttgttttaagat
tcacttcctatttgtgtgcatgtttacacatgtgtgtctatgtgtgtctc
tgtgtgggttcacacatgtatctctgtattcgcacatatgtgtgggttcc
catgggcaccagaagaggggggtcataaactctgaagacagaagtactaa
gagttgtgagcaacccagcctggctcctgggaactaaactcctggactct
gcaagaatgacccacagtcttaactgctgagctgcctctagccccatccc
atagtcctctatattcttgctttactttgactagttttttcttggtagcc
actttcaagttttattcacatgaatcttgttatgtgttgaccgaccatta
atactctatatgctattattatatatttgacaatgtatttattctgtgag
tattattacacagttaatccattaaactgttcaatccttatttcttaaag
cctttagtaagttttatgcctggaaaaaactggattagacacgggaaaca
catctgggtacgtgaagcaatctatgctccccaagttttcagtgtggccc
atgcacctacttattctcctgcttggcctttaaagtcataaagaactgac
atgaatgctgttttataaaatacttccaaatattacttgctgtgcatttt
ggttcctttgcacaaaatggactgtgctttattaaaagtccaatggctcc
taatgcaggtaggtaaagagagacaagtccgacatacctgctcctaactg
ttttaactcaaacctcctttaccttaagagttcccagcttctttttagct
ttcaaa
gaattctgtaaaacatgcaaaatgttcctcaggatggctttggattctcc
tgagggcagcttacgacactccttttttctacacccccttaaataagaac
attatcaaccatatttttaagtggatttttgagacagaaacaaaagcatt
tgctttccgactcatatttgtgcaccttttcacatcgctctagtgtgatc
agaactgaagtcagcatcatgttgacgatctccagttcttgtttatctat
taatttacatcacaaactctgtttccccttccagtccccactcacagatt
ccttccctcctccccctccccttctcttctgagagagtgccccccacata
tcctcccaccctggtgcatcacatctctgcaggattaggtgcatcatctc
acagtgaggccaggcaatgcagtcctgtgaatggataccacagccaggct
atagctttaggggagagtctctgcatcagtttttctggaactcacatgga
gactgaactgcacagcacagggaagcaccaatccttgacactattattga
ttctctgttgcgctttcaggcaggagcctcacataactgtcttccaagag
cctctactcagcagctgactgaaatagatgcagatagccacagccaaaca
ttggatggaggttgggacccttatggaagtgctagggagagatggaaggc
ttgaaggagataggaacccaacaagaagaccagaagagtcaacttacaga
ctctctgggagctctcagagaataagccaccaaccaaagagtatacatgg
gcatatatatcagactccaatttgtagctaagcctcttcttttcccccaa
atatcatgtgctttattattataaatccttctctaacctaaggctgtacc
taaaaatggaggggaagtttaaattgttgatgactctgagtctgaagaga
tgactgtctgtcttggactggtggccaatggtaaagggaacacaactcat
cattctctctcttgccctccctctcggtggttgaatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_146942887_146944054
seq2: B6Ng01-163M15.b_42_1197

seq1  GAATTCCTTCCTATTAGTAAGTTACTTGACTCACTGTACTAGGTCAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCCTATTAGTAAGTTACTTGACTCACTGTACTAGGTCAAAAG  50

seq1  TTCCATAACACGTTTATCACTCATTGCTAATCGTTCTGCACATCCAGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATAACACGTTTATCACTCATTGCTAATCGTTCTGCACATCCAGACT  100

seq1  ACCACATAGTACATAGCTCTTCACCCGGCTGCTTACAGCTCTCAATTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATAGTACATAGCTCTTCACCCGGCTGCTTACAGCTCTCAATTATC  150

seq1  TATTCTCACCATAACATTTTTTATTCCTATGACTTGTAAACTATTATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCACCATAACATTTTTTATTCCTATGACTTGTAAACTATTATGTT  200

seq1  TCGCCATCCCTTTATCATAATCCAGGCTGTCTAAGAGCTTAAGTTGAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCATCCCTTTATCATAATCCAGGCTGTCTAAGAGCTTAAGTTGAATC  250

seq1  CCTGTAGGTTCTCCCTGCTGCTGCCCTAGTTGTCTTTTCTCAACATTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGGTTCTCCCTGCTGCTGCCCTAGTTGTCTTTTCTCAACATTTTT  300

seq1  ATGTATATTTCTTCCCTCATTTCCTCCCTCTGTTTGTTTTGTTTTAAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATTTCTTCCCTCATTTCCTCCCTCTGTTTGTTTTGTTTTAAGAT  350

seq1  TCACTTCCTATTTGTGTGCATGTTTACACATGTGTGTCTATGTGTGTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCCTATTTGTGTGCATGTTTACACATGTGTGTCTATGTGTGTCTC  400

seq1  TGTGTGGGTTCACACATGTATCTCTGTATTCGCACATATGTGTGGGTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGGTTCACACATGTATCTCTGTATTCGCACATATGTGTGGGTTCC  450

seq1  CATGGGCACCAGAAGAGGGGGGTCATAAACTCTGAAGACAGAAGTACTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCACCAGAAGAGGGGGGTCATAAACTCTGAAGACAGAAGTACTAA  500

seq1  GAGTTGTGAGCAACCCAGCCTGGCTCCTGGGAACTAAACTCCTGGACTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTGAGCAACCCAGCCTGGCTCCTGGGAACTAAACTCCTGGACTCT  550

seq1  GCAAGAATGACCCACAGTCTTAACTGCTGAGCTGCCTCTAGCCCCATCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAATGACCCACAGTCTTAACTGCTGAGCTGCCTCTAGCCCCATCCC  600

seq1  ATAGTCCTCTATATTCTTGCTTTACTTTGACTAGTTTTTTCTTGGTAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCCTCTATATTCTTGCTTTACTTTGACTAGTTTTTTCTTGGTAGCC  650

seq1  ACTTTCAAGTTTTATTCACATGAATCTTGTTATGTGTTGACCGACCATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAAGTTTTATTCACATGAATCTTGTTATGTGTTGACCGACCATTA  700

seq1  ATACTCTATATGCTATTATTATATATTTGACAATGTATTTATTCTGTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTATATGCTATTATTATATATTTGACAATGTATTTATTCTGTGAG  750

seq1  TATTATTACACAGTTAATCCATTAAACTGTTCAATCCTTATTTCTTAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTACACAGTTAATCCATTAAACTGTTCAATCCTTATTTCTTAAAG  800

seq1  CCTTTAGTAAGTTTTATGCCTGGAAAAAAACTGGATTAGACACGGGAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGTAAGTTTTATGCCTGG-AAAAAACTGGATTAGACACGGGAAAC  849

seq1  ACATCTGGGTACGTGAAGCAATCTATGCTCCCCAAGTTTACAGTGTGGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACATCTGGGTACGTGAAGCAATCTATGCTCCCCAAGTTTTCAGTGTGGCC  899

seq1  CATGCACCTACTTATTCTCCTGCTTGGCCTTTAAAGTCATTAAGAACTGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CATGCACCTACTTATTCTCCTGCTTGGCCTTTAAAGTCATAAAGAACTGA  949

seq1  CATGAATGCTTGTTTTATAACATACTTCCAAATATTACTTGCTGTGCATT  1000
      ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATGC-TGTTTTATAAAATACTTCCAAATATTACTTGCTGTGCATT  998

seq1  TTGG-TCCTTTGCACAAAATTGGACTGTGCTTTATTTAAAAGTCCAATGG  1049
      |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGGTTCCTTTGCACAAAA-TGGACTGTGCTTTA-TTAAAAGTCCAATGG  1046

seq1  CTCCTAAATGCA-GTAAGTAAAGAG-GAC-AGCCCGACAGCCCGGCTCCC  1096
      ||||| |||||| ||| |||||||| ||| || ||||||  || ||||| 
seq2  CTCCT-AATGCAGGTAGGTAAAGAGAGACAAGTCCGACATACCTGCTCCT  1095

seq1  AGACCCTGTTTTAACTCAGATCCCTCTCTTACTTTAAGAGTTTCCCCCAG  1146
      |    ||||||||||||| |  ||||  |||| |||||||||   |||||
seq2  A---ACTGTTTTAACTCAAA--CCTCCTTTACCTTAAGAGTT---CCCAG  1137

seq1  CTTCTTTTTATAGCTTTTCAAA  1168
      ||||||||  |||| |||||||
seq2  CTTCTTTT--TAGC-TTTCAAA  1156

seq1: chr3_147114162_147115199
seq2: B6Ng01-163M15.g_68_1105 (reverse)

seq1  GGATTCAACCAACGAG-GGGAGGGCATGAGAGAAGAATGATGGAGTGTGT  49
      ||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||   |||||
seq2  GGATTCAACCACCGAGAGGGAGGGCAAGAGAG-AGAATGATGAGTTGTGT  49

seq1  TCCCTTTACCATTGGCCACAGGTCC-AGACAGACAGTCATCTCTTCAGAC  98
      |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTACCATTGGCCACCAGTCCAAGACAGACAGTCATCTCTTCAGAC  99

seq1  TCAGAGTTCATCAACAATTTAAACTTCCCCTCCATTTTTAGGTACAGCCT  148
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAG-TCATCAACAATTTAAACTTCCCCTCCATTTTTAGGTACAGCCT  148

seq1  TAGGTTAGAGAAGGATTTATAATAATAAAGCACATGATATTTGGGGGAAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTAGAGAAGGATTTATAATAATAAAGCACATGATATTTGGGGGAAA  198

seq1  AGAAGAGGCTTAGCTACAAATTGGAGTCTGATATATATGCCCATGTATAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGGCTTAGCTACAAATTGGAGTCTGATATATATGCCCATGTATAC  248

seq1  TCTTTGGTTGGTGGCTTATTCTCTGAGAGCTCCCAGAGAGTCTGTAAGTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGTTGGTGGCTTATTCTCTGAGAGCTCCCAGAGAGTCTGTAAGTT  298

seq1  GACTCTTCTGGTCTTCTTGTTGGGTTCCTATCTCCTTCAAGCCTTCCATC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTCTGGTCTTCTTGTTGGGTTCCTATCTCCTTCAAGCCTTCCATC  348

seq1  TCTCCCTAGCACTTCCATAAGGGTCCCAACCTCCATCCAATGTTTGGCTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTAGCACTTCCATAAGGGTCCCAACCTCCATCCAATGTTTGGCTG  398

seq1  TGGCTATCTGCATCTATTTCAGTCAGCTGCTGAGTAGAGGCTCTTGGAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATCTGCATCTATTTCAGTCAGCTGCTGAGTAGAGGCTCTTGGAAG  448

seq1  ACAGTTATGTGAGGCTCCTGCCTGAAAGCGCAACAGAGAATCAATAATAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTATGTGAGGCTCCTGCCTGAAAGCGCAACAGAGAATCAATAATAG  498

seq1  TGTCAAGGATTGGTGCTTCCCTGTGCTGTGCAGTTCAGTCTCCATGTGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGGATTGGTGCTTCCCTGTGCTGTGCAGTTCAGTCTCCATGTGAG  548

seq1  TTCCAGAAAAACTGATGCAGAGACTCTCCCCTAAAGCTATAGCCTGGCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAAAAACTGATGCAGAGACTCTCCCCTAAAGCTATAGCCTGGCTG  598

seq1  TGGTATCCATTCACAGGACTGCATTGCCTGGCCTCACTGTGAGATGATGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCCATTCACAGGACTGCATTGCCTGGCCTCACTGTGAGATGATGC  648

seq1  ACCTAATCCTGCAGAGATGTGATGCACCAGGGTGGGAGGATATGTGGGGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAATCCTGCAGAGATGTGATGCACCAGGGTGGGAGGATATGTGGGGG  698

seq1  GCACTCTCTCAGAAGAGAAGGGGAGGGGGAGGAGGGAAGGAATCTGTGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCTCAGAAGAGAAGGGGAGGGGGAGGAGGGAAGGAATCTGTGAG  748

seq1  TGGGGACTGGAAGGGGAAACAGAGTTTGTGATGTAAATTAATAGATAAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACTGGAAGGGGAAACAGAGTTTGTGATGTAAATTAATAGATAAAC  798

seq1  AAGAACTGGAGATCGTCAACATGATGCTGACTTCAGTTCTGATCACACTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTGGAGATCGTCAACATGATGCTGACTTCAGTTCTGATCACACTA  848

seq1  GAGCGATGTGAAAAGGTGCACAAATATGAGTCGGAAAGCAAATGCTTTTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGATGTGAAAAGGTGCACAAATATGAGTCGGAAAGCAAATGCTTTTG  898

seq1  TTTCTGTCTCAAAAATCCACTTAAAAATATGGTTGATAATGTTCTTATTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTCTCAAAAATCCACTTAAAAATATGGTTGATAATGTTCTTATTT  948

seq1  AAGGGGGTGTAGAAAAAAGGAGTGTCGTAAGCTGCCCTCAGGAGAATCCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGTGTAGAAAAAAGGAGTGTCGTAAGCTGCCCTCAGGAGAATCCA  998

seq1  AAGCCATCCTGAGGAACATTTTGCATGTTTTACAGAATTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATCCTGAGGAACATTTTGCATGTTTTACAGAATTC  1038