BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163O03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 78,927,328 - 79,095,356
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRapgef2, LOC100041741
Upstream geneLOC626479, LOC100041691, LOC383883, LOC100041748, LOC100041716, LOC100041725, LOC100041766
Downstream geneLOC100041793, LOC667613, Ppid, Etfdh, 4930579G24Rik, Rxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163O03.bB6Ng01-163O03.g
ACCDH956356DH956357
length1,1971,068
definitionDH956356|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163O03, 5' end.DH956357|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163O03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,927,328 - 78,928,527)(79,094,295 - 79,095,356)
sequence
gaattctgcagttttggctgtctgaagcgcactgagaactgactgaatat
ttatgtgtattactcagtgaccaaagccagtaggaatgtatgcttgaaaa
ctgcaagaaaaagaatacatgtttctttttcttctcctttcctttctcta
gacacaagtgaaatgcagtcaagcacacgctacatcatattcccttaaca
ctatttcttctgccagtgccccaccgtatctcatgaccttctgtaatcat
ttgcaaagatttacttacataataaattgagcaattatcttaggtacatt
ccttgtaaagtaataccccctttaatgttttattacactgcttagctggg
tctgctttcttcagcttctgcttctctctgaacttttctggttcctgtat
atatgtgtattaatttattatcctagatgtacatcagagaacagaatagc
attcatccaggtacacgcttaacaatggactaaatgtaatctgtgatgtg
tgcacagacacatagacacatactgacacagacacacacacacaaaacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacgagcaaaagcac
taaaaaccatgaaacatctttaagtataaaccactgacttctataaaatg
ggactcactctgctggggtggtagaaggcactccagtcccttgaggccac
tgcccagcttctgcccttgtttgcctctctcaatgatttaatatcccttc
ctatcttttctgcatgctgtagtcagaacaaaccttgaagacatgataga
aaacctatacagtcgtggtattcccctatcttctactggcttcctctact
cttagaatacttaatacttagcacactcctgacagtctcatctcactgct
ttctctgatcatttcctcatcttttcctatcagtctcagcagtgggtgca
tagagagttagcttagataatttcaaccactttactcaaggcccctcctt
gtgtccacattccctgctcctggatgagtaagctcaatcttccgtgccca
ttctcccaccacctcaagtcacaagttcctggggggtggcctcctgtgac
tttctagactaatggccatcacagacgtccatccttatattagacactgc
tatgtaccggcaatctcttgctggatgtgtttcagtgaccatctgcc
gaattcagcgtcagctgctggagcatgctacgctctgaattagctctcct
gagagtcttcctcacttggctttgagggtaaaagaagctggaaaagtgca
tgcttttgaggaatgagagtcagaggaatttcacagtcttggggagaagg
aaacctggccctgagagggttacccaggcagctctgtctcagtggaacag
ggcatcttcctggagcttcccacctccctcaccctcctccacgaaagcac
attatttaagatagtgcctggcatgtggcacaggcacctactcatctggc
tgcctgtttgaagtagtgagatggcccccagcctggagtaaataggcaat
aaatatttatctttgacccgaatgctaggtgctcagtaggttttctcata
aaatgactatctttcctaaatcttctcctatagccagactcataggagtt
gttggttgtttttgttttcctttttaaatgaaaatgactcagaatgcctt
atctatacattatgtttagggtatattagaaaaggggttttaaagctatg
agtagaaattgccttaaggccagatcttgcactgtatctttggaccaatt
tttttagatgcatgaaggaacaaagggcagaaagccccctcatctttaca
cttgcatttctgaggcagcgtaagagatgacttgctttgattaagggctg
ttgtcagtttgaggttggagtcctagctggcacgttgtcagacctgtgct
tgattctgtctttcaagtcacacccagtacagtattgatgctcaaatgtt
aaaaacagcaaagcacggcaagtattaggtgtcctggattctgagtggtg
atagctttgttgacatatgtagataagtggattataaatagtgaggatat
tagcttttaattgatgtcaaatgatagcttcgaagttgaacctgagttag
tcatttggttggtgcagacgtattactattaggcttaccttaggtcattg
gtattagttcagtatcacagttggaaccctccagaggggagggaaagaaa
gagagggttggtgggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_78927328_78928527
seq2: B6Ng01-163O03.b_45_1241

seq1  GAATTCTGCAGTTTTGGCTGTCTGAAGCGCACTGAGAACTGACTGAATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCAGTTTTGGCTGTCTGAAGCGCACTGAGAACTGACTGAATAT  50

seq1  TTATGTGTATTACTCAGTGACCAAAGCCAGTAGGAATGTATGCTTGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTATTACTCAGTGACCAAAGCCAGTAGGAATGTATGCTTGAAAA  100

seq1  CTGCAAGAAAAAGAATACATGTTTCTTTTTCTTCTCCTTTCCTTTCTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGAAAAAGAATACATGTTTCTTTTTCTTCTCCTTTCCTTTCTCTA  150

seq1  GACACAAGTGAAATGCAGTCAAGCACACGCTACATCATATTCCCTTAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAAGTGAAATGCAGTCAAGCACACGCTACATCATATTCCCTTAACA  200

seq1  CTATTTCTTCTGCCAGTGCCCCACCGTATCTCATGACCTTCTGTAATCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTTCTGCCAGTGCCCCACCGTATCTCATGACCTTCTGTAATCAT  250

seq1  TTGCAAAGATTTACTTACATAATAAATTGAGCAATTATCTTAGGTACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAAGATTTACTTACATAATAAATTGAGCAATTATCTTAGGTACATT  300

seq1  CCTTGTAAAGTAATACCCCCTTTAATGTTTTATTACACTGCTTAGCTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTAAAGTAATACCCCCTTTAATGTTTTATTACACTGCTTAGCTGGG  350

seq1  TCTGCTTTCTTCAGCTTCTGCTTCTCTCTGAACTTTTCTGGTTCCTGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTCTTCAGCTTCTGCTTCTCTCTGAACTTTTCTGGTTCCTGTAT  400

seq1  ATATGTGTATTAATTTATTATCCTAGATGTACATCAGAGAACAGAATAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTATTAATTTATTATCCTAGATGTACATCAGAGAACAGAATAGC  450

seq1  ATTCATCCAGGTACACGCTTAACAATGGACTAAATGTAATCTGTGATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCCAGGTACACGCTTAACAATGGACTAAATGTAATCTGTGATGTG  500

seq1  TGCACAGACACATAGACACATACTGACACAGACACACACACACAAAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGACACATAGACACATACTGACACAGACACACACACACAAAACAC  550

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGAGCAAAAGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGAGCAAAAGCAC  600

seq1  TAAAAACCATGAAACATCTTTAAGTATAAACCACTGACTTCTATAAAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACCATGAAACATCTTTAAGTATAAACCACTGACTTCTATAAAATG  650

seq1  GGACTCACTCTGCTGGGGTGGTAGAAGGCACTCCAGTCCCTTGAGGCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCACTCTGCTGGGGTGGTAGAAGGCACTCCAGTCCCTTGAGGCCAC  700

seq1  TGCCCAGCTTCTGCCCTTGTTTGCCTCTCTCAATGATTTAATATCCCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGCTTCTGCCCTTGTTTGCCTCTCTCAATGATTTAATATCCCTTC  750

seq1  CTATCTTTTCTGCATGCTGTAGTCAGAACAAACCTTGAAGACATGATAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTTTCTGCATGCTGTAGTCAGAACAAACCTTGAAGACATGATAGA  800

seq1  AAACCTATACAGTCGTGGTATTCCCCTATCTTCTACTGGCTTCCTCTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTATACAGTCGTGGTATTCCCCTATCTTCTACTGGCTTCCTCTACT  850

seq1  CTTAGAATACTTAATACTTAGCACACTCCTGACAGTCTCATCTCACTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAATACTTAATACTTAGCACACTCCTGACAGTCTCATCTCACTGCT  900

seq1  TTCTCTGATCATTTCCTCATCTTTTCCTATCAGTCTCAGCAGTGGGTGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGATCATTTCCTCATCTTTTCCTATCAGTCTCAGCAGTGGGTGCA  950

seq1  TAGAGAGTTAGCTTAGATAATTTCAACCACTTTACTCAGGGCCTCTCCCT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||
seq2  TAGAGAGTTAGCTTAGATAATTTCAACCACTTTACTCAAGGCCCCT-CCT  999

seq1  GGTGTCCACATTCCCTGCTCCTGGATGAGTAAGCTCAATC-TCCGTGCTC  1049
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  TGTGTCCACATTCCCTGCTCCTGGATGAGTAAGCTCAATCTTCCGTGCCC  1049

seq1  ATTCTCCCACCACCTCAAGTCACAAGTTCCTGGGGGGTG--CTCCTGTGA  1097
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  ATTCTCCCACCACCTCAAGTCACAAGTTCCTGGGGGGTGGCCTCCTGTGA  1099

seq1  C-TTCTAGACTATTGCCCATCACAGAACGTCCATCCCTATA-TAGCAGCT  1145
      | |||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||| |||   ||
seq2  CTTTCTAGACTAATGGCCATCACAG-ACGTCCATCCTTATATTAGACACT  1148

seq1  GCTAATGTAACGGGCAATTCTCTTGCTGGATGTGTCTCCAGTGAACACAT  1195
      ||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| | ||||||   |||
seq2  GCT-ATGT-ACCGGCAA-TCTCTTGCTGGATGTGT-TTCAGTGA--CCAT  1192

seq1  CTGCC  1200
      |||||
seq2  CTGCC  1197

seq1: chr3_79094295_79095356
seq2: B6Ng01-163O03.g_70_1137 (reverse)

seq1  TCTC---CCCACCCTCTCTTTCTTCCCCTCCCCTCT-GAGTGTTCC-ACT  45
      ||||   || |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||
seq2  TCTCCCACCAACCCTCTCTTTCTTTCCCTCCCCTCTGGAGGGTTCCAACT  50

seq1  GTGATACTGAACT-ATACCAATGACCTTAGGTAAGGCCTAATAGTATACC  94
      ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||   |
seq2  GTGATACTGAACTAATACCAATGACCTAAGGTAA-GCCTAATAGTAATAC  99

seq1  TTCTGCACCAACCAAATGACTAACTCAGGTTCAACTTCGAAGCTATCATT  144
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCACCAACCAAATGACTAACTCAGGTTCAACTTCGAAGCTATCATT  149

seq1  TGACATCAATT-AAAGCTAATATCCTCACTATTTATAATCCACTTATCTA  193
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCAATTAAAAGCTAATATCCTCACTATTTATAATCCACTTATCTA  199

seq1  CATATGTCAACAAAGCTATCACCACTCAGAATCCAGGACACCTAATACTT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTCAACAAAGCTATCACCACTCAGAATCCAGGACACCTAATACTT  249

seq1  GCCGTGCTTTGCTGTTTTTAACATTTGAGCATCAATACTGTACTGGGTGT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGCTTTGCTGTTTTTAACATTTGAGCATCAATACTGTACTGGGTGT  299

seq1  GACTTGAAAGACAGAATCAAGCACAGGTCTGACAACGTGCCAGCTAGGAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAAAGACAGAATCAAGCACAGGTCTGACAACGTGCCAGCTAGGAC  349

seq1  TCCAACCTCAAACTGACAACAGCCCTTAATCAAAGCAAGTCATCTCTTAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACCTCAAACTGACAACAGCCCTTAATCAAAGCAAGTCATCTCTTAC  399

seq1  GCTGCCTCAGAAATGCAAGTGTAAAGATGAGGGGGCTTTCTGCCCTTTGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTCAGAAATGCAAGTGTAAAGATGAGGGGGCTTTCTGCCCTTTGT  449

seq1  TCCTTCATGCATCTAAAAAAATTGGTCCAAAGATACAGTGCAAGATCTGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCATGCATCTAAAAAAATTGGTCCAAAGATACAGTGCAAGATCTGG  499

seq1  CCTTAAGGCAATTTCTACTCATAGCTTTAAAACCCCTTTTCTAATATACC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAGGCAATTTCTACTCATAGCTTTAAAACCCCTTTTCTAATATACC  549

seq1  CTAAACATAATGTATAGATAAGGCATTCTGAGTCATTTTCATTTAAAAAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACATAATGTATAGATAAGGCATTCTGAGTCATTTTCATTTAAAAAG  599

seq1  GAAAACAAAAACAACCAACAACTCCTATGAGTCTGGCTATAGGAGAAGAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAAAAACAACCAACAACTCCTATGAGTCTGGCTATAGGAGAAGAT  649

seq1  TTAGGAAAGATAGTCATTTTATGAGAAAACCTACTGAGCACCTAGCATTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAAGATAGTCATTTTATGAGAAAACCTACTGAGCACCTAGCATTC  699

seq1  GGGTCAAAGATAAATATTTATTGCCTATTTACTCCAGGCTGGGGGCCATC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAAAGATAAATATTTATTGCCTATTTACTCCAGGCTGGGGGCCATC  749

seq1  TCACTACTTCAAACAGGCAGCCAGATGAGTAGGTGCCTGTGCCACATGCC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTACTTCAAACAGGCAGCCAGATGAGTAGGTGCCTGTGCCACATGCC  799

seq1  AGGCACTATCTTAAATAATGTGCTTTCGTGGAGGAGGGTGAGGGAGGTGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTATCTTAAATAATGTGCTTTCGTGGAGGAGGGTGAGGGAGGTGG  849

seq1  GAAGCTCCAGGAAGATGCCCTGTTCCACTGAGACAGAGCTGCCTGGGTAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCCAGGAAGATGCCCTGTTCCACTGAGACAGAGCTGCCTGGGTAA  899

seq1  CCCTCTCAGGGCCAGGTTTCCTTCTCCCCAAGACTGTGAAATTCCTCTGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCAGGGCCAGGTTTCCTTCTCCCCAAGACTGTGAAATTCCTCTGA  949

seq1  CTCTCATTCCTCAAAAGCATGCACTTTTCCAGCTTCTTTTACCCTCAAAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATTCCTCAAAAGCATGCACTTTTCCAGCTTCTTTTACCCTCAAAG  999

seq1  CCAAGTGAGGAAGACTCTCAGGAGAGCTAATTCAGAGCGTAGCATGCTCC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGAGGAAGACTCTCAGGAGAGCTAATTCAGAGCGTAGCATGCTCC  1049

seq1  AGCAGCTGACGCTGAATTC  1062
      |||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTGACGCTGAATTC  1068