BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163P16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 47,056,425 - 47,155,132
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG241989, LOC545517, LOC383849, LOC383850
Downstream geneLOC100039426, LOC666202, LOC666208
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163P16.bB6Ng01-163P16.g
ACCDH956427DH956428
length1,1721,110
definitionDH956427|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163P16, 5' end.DH956428|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163P16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,056,425 - 47,057,608)(47,154,014 - 47,155,132)
sequence
gaattccaaaactgagtaattttcctaacttaaactttatcatgctgttt
cttatttagaaaatggagttggcacttatcactctaagcataaaatacta
gcttttatctggacctactagagtatgcttggtttgtcctcttctaccct
tcgagcccaaataatatcatgaggtccattacacctgcttcctctgtatg
tcacatcaattaatggaatgatggctgctaatttttctttgctcttttcc
tattttagtttaatattacttagtcttaactcttttaaaatttaacttca
ttttgttctagcttcctaatgatgtatttcttcctcaaattggagtgatt
tcacgtatcatgcatataaatgactatataataacttcaaatgttaaatt
taagctatttctgaacagaaacctatgtactaccatattcttaattctta
caaaacattggctgcatacacacacacatttaatttatatgcatacgtca
tgtctaaaaacaccatagtatcagtgaaagaatacattcttggatgcaaa
gtcaaattaacctggccttaaatcatcatagattctccatctttaacaat
cttaaaatatcttattagaaaacagatctttctttcaagagatttgaaga
ctgataatattttgagaaaatggaaaatcacataaataaataattgatat
ttatttagtgttatggtatatgtgtatacttttataggatctatgtgtgt
ttactggtcattttatacatcatttagtggtttttcctttactgcagtta
tattatccttctcttttaatacttttaaactgtttgtggtttcttcatag
ggtaaaatatggtgactagtttgaactgtgatgacatggtcaaaagactg
tttatttctcagtttactagtgcttctcacaattttagaataaactaaac
tatacataaaatctcagaaatgtattaaatcttgattcctcttacattat
tctttattaatcatctccaattttcaagaaaaaaattccagttgaaactt
tattcaatatattcatcataatcattgctttcttattattttatgtacat
tgttgtttgccaaatacaatgtgtataccggattttatattagatccact
ggaattacaggtaattgtgtca
gaattccctgaactcatgtatattcttaaaccagttcatcatcactcttt
ccatttgaagaagacgtactgacaggaagttaatttactgtactgagtat
gatttgatagggcctgaaccttttgctcttgggttagttaataatatact
tttattcatatatctttcaactacatgttcatgttctattgcattaaaat
gaataattaattaagtaaactacttgactgcataaattacattgaaaaaa
atctataatacctgtttatattcataatcatcctgggattcatttatggt
ataggaggaaagttcttgaataaatagtgcatgaattaatgattgcattt
cagtctgcataaggcaaacagaaaatatgcttttgattttaagatactaa
taaataatgattaagaaacataataaacatttatattttttagtaataaa
gtttatttgtttctttatatttagcatcatttgtaaatctgctaacaatt
ggcaaatcttgcacacaactgacctaattttaataaaaatctaaattaaa
tcacttaattcatcacagcatctaaagatcaagtgataaaatgatgtatt
atctagctgaatactgctgcttctctgtgcaatgaccagacccacttcct
atgtgccctgaggtagtaaagatctagtgtattcaagaagatgctgggca
acctatagggattacagttaaaggggtctatgttcttaggctacaacaat
agaaactatgcaaagctatcagcagagggaaactattatctctacgagtt
tatgaaccacatcaatggcagagacattgtaatgtaattccacagcaatg
gaagatgtcttttgctggtcatgcacacaactgggccagtccacagttgc
cagtgaattaaaggatgggttcatgaagccctaactcttcctgatgaact
tttggcaactaatggattctggagtcagagacagacatggcacagactcc
aatggatagttactaattcatagcaataaagtctgtaacctcatttaggt
cagcaacaatatgaaaacacaggatgtgaaagggacttgaggctgacgat
gttccatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_47056425_47057608
seq2: B6Ng01-163P16.b_48_1219

seq1  GAATTCCAAAACTGAGTAATTTTCCTAACTCAAACTTTATCATGCTGTTT  50
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAACTGAGTAATTTTCCTAACTTAAACTTTATCATGCTGTTT  50

seq1  CTTATTTAGAAAATGGAGTTGGCACTTATCACTCTAAGCATAAAATACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTAGAAAATGGAGTTGGCACTTATCACTCTAAGCATAAAATACTA  100

seq1  GCTTTTATCTGGACCTACTAGAGTATGCTTGGTTTGTCCTCTTCTACCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTATCTGGACCTACTAGAGTATGCTTGGTTTGTCCTCTTCTACCCT  150

seq1  TCGAGCCCAAATAATATCATGAGGTCCATTACACCTGCTTCCTCTGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGCCCAAATAATATCATGAGGTCCATTACACCTGCTTCCTCTGTATG  200

seq1  TCACATCAATTAATGGAATGATGGCTGCTAATTTTTCTTTGCTCTTTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCAATTAATGGAATGATGGCTGCTAATTTTTCTTTGCTCTTTTCC  250

seq1  TATTTTAGTTTAATATTACTTAGTCTTAACTCTTTTAAAATTTAACTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAGTTTAATATTACTTAGTCTTAACTCTTTTAAAATTTAACTTCA  300

seq1  TTTTGTTCTAGCTTCCTAATGATGTATTTCTTCCTCAAATTGGAGTGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTCTAGCTTCCTAATGATGTATTTCTTCCTCAAATTGGAGTGATT  350

seq1  TCACGTATCATGCATATAAATGACTATATAATAACTTCAAATGTTAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTATCATGCATATAAATGACTATATAATAACTTCAAATGTTAAATT  400

seq1  TAAGCTATTTCTGAACAGAAACCTATGTACTACCATATTCTTAATTCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTATTTCTGAACAGAAACCTATGTACTACCATATTCTTAATTCTTA  450

seq1  CAAAACATTGGCTGCATACACACACACATTTAATTTATATGCATACGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACATTGGCTGCATACACACACACATTTAATTTATATGCATACGTCA  500

seq1  TGTCTAAAAACACCATAGTATCAGTGAAAGAATACATTCTTGGATGCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAAAAACACCATAGTATCAGTGAAAGAATACATTCTTGGATGCAAA  550

seq1  GTCAAATTAACCTGGCCTTAAATCATCATAGATTCTCCATCTTTAACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAATTAACCTGGCCTTAAATCATCATAGATTCTCCATCTTTAACAAT  600

seq1  CTTAAAATATCTTATTAGAAAACAGATCTTTCTTTCAAGAGATTTGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAATATCTTATTAGAAAACAGATCTTTCTTTCAAGAGATTTGAAGA  650

seq1  CTGATAATATTTTGAGAAAATGGAAAATCACATAAATAAATAATTGATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAATATTTTGAGAAAATGGAAAATCACATAAATAAATAATTGATAT  700

seq1  TTATTTAGTGTTATGGTATATGTGTATACTTTTATAGGATCTATGTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAGTGTTATGGTATATGTGTATACTTTTATAGGATCTATGTGTGT  750

seq1  TTACTGGTCATTTTATACATCATTTAGTGGTTTTTCCTTTACTGCAGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGTCATTTTATACATCATTTAGTGGTTTTTCCTTTACTGCAGTTA  800

seq1  TATTATCCTTCTCTTTTAATACTTTTAAACTGTTTGTGGTTTCTTCATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCCTTCTCTTTTAATACTTTTAAACTGTTTGTGGTTTCTTCATAG  850

seq1  GGTAAAATATGGTGACTAGTTTGAACTGTGATGACATGGTCAAAAGACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAATATGGTGACTAGTTTGAACTGTGATGACATGGTCAAAAGACTG  900

seq1  TTTATTTCTCAGTTTACTAGTGCTTCTCACAATTTTAGAATAAACTAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCTCAGTTTACTAGTGCTTCTCACAATTTTAGAATAAACTAAAC  950

seq1  TATACATAAAATCTCAGAAATGTATTAAATCTTGATTCCTCTTAACATTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TATACATAAAATCTCAGAAATGTATTAAATCTTGATTCCTCTT-ACATTA  999

seq1  TTCTTTAATTAATCATCTCCAATTTTCAAGAAAAAAATTCCCAGTTTGAA  1050
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |
seq2  TTCTTT-ATTAATCATCTCCAATTTTCAAGAAAAAAATT-CCAGTT--GA  1045

seq1  AACTTTATTCAATAATTATCATCATAATCATTGCCTTTCTTATTAATTTT  1100
      ||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  AACTTTATTCAAT-ATATTCATCATAATCATTG-CTTTCTTATT-ATTTT  1092

seq1  ATGTACATTGTTGTTTGCACAAATAC-ATGTGATTACCAGATGTTTATAT  1149
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||| ||| |||||||
seq2  ATGTACATTGTTGTTTGC-CAAATACAATGTGTATACCGGAT-TTTATAT  1140

seq1  TAGATCCACTGG-ATTACAGGTGTAATTGGTTGTCA  1184
      |||||||||||| |||||||  |||||||  |||||
seq2  TAGATCCACTGGAATTACAG--GTAATTG--TGTCA  1172

seq1: chr3_47154014_47155132
seq2: B6Ng01-163P16.g_68_1177 (reverse)

seq1  CCCAT-GAACATCTGTCAGCCCTCCAAGGTCCCTTTTCCACATCCCTGTG  49
      ||||| ||||||| ||||| ||||  | ||||||||  ||||| ||||||
seq2  CCCATGGAACATC-GTCAG-CCTC--AAGTCCCTTT--CACAT-CCTGTG  43

seq1  TTTTCATATTGTTTGCTGACCT-AATGAGTTTACCAGGACCTTTTATGTG  98
      ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||   |||  ||||| ||
seq2  TTTTCATATTG-TTGCTGACCTAAATGAGGTTAC--AGAC--TTTAT-TG  87

seq1  CTATGAATTAGTAACTATCCATTGGAGTCTGTGCCATGTCTGTCTCTGAC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAATTAGTAACTATCCATTGGAGTCTGTGCCATGTCTGTCTCTGAC  137

seq1  TCCAGAATCCATTAGTTGCCAAAAGTTCATCAGGAAGAGTTAGGGCTTCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAATCCATTAGTTGCCAAAAGTTCATCAGGAAGAGTTAGGGCTTCA  187

seq1  TGAACCCATCC-TTAATTCACTGGCAACTGTGGACTGGCCCAGTTGTGTG  247
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCATCCTTTAATTCACTGGCAACTGTGGACTGGCCCAGTTGTGTG  237

seq1  CATGACCAGCAAAAGACATCTTCCATTGCTGTGGAATTACATTACAATGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACCAGCAAAAGACATCTTCCATTGCTGTGGAATTACATTACAATGT  287

seq1  CTCTGCCATTGATGTGGTTCAT-AACTCGTAGAGATAATAGTTTCCCTCT  346
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCATTGATGTGGTTCATAAACTCGTAGAGATAATAGTTTCCCTCT  337

seq1  GCTGATAGCTTTGCATAGTTTCTATTGTTGTAGCCTAAGAACATAGACCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATAGCTTTGCATAGTTTCTATTGTTGTAGCCTAAGAACATAGACCC  387

seq1  CTTTAACTGTAATCCCTATAGGTTGCCCAGCATCTTCTTGAATACACTAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACTGTAATCCCTATAGGTTGCCCAGCATCTTCTTGAATACACTAG  437

seq1  ATCTTTACTACCTCAGGGCACATAGGAAGTGGGTCTGGTCATTGCACAGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTACTACCTCAGGGCACATAGGAAGTGGGTCTGGTCATTGCACAGA  487

seq1  GAAGCAGCAGTATTCAGCTAGATAATACATCATTTTATCACTTGATCTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGCAGTATTCAGCTAGATAATACATCATTTTATCACTTGATCTTT  537

seq1  AGATGCTGTGATGAATTAAGTGATTTAATTTAGATTTTTATTAAAATTAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGTGATGAATTAAGTGATTTAATTTAGATTTTTATTAAAATTAG  587

seq1  GTCAGTTGTGTGCAAGATTTGCCAATTGTTAGCAGATTTACAAATGATGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTGTGTGCAAGATTTGCCAATTGTTAGCAGATTTACAAATGATGC  637

seq1  TAAATATAAAGAAACAAATAAACTTTATTACTAAAAAATATAAATGTTTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATAAAGAAACAAATAAACTTTATTACTAAAAAATATAAATGTTTA  687

seq1  TTATGTTTCTTAATCATTATTTATTAGTATCTTAAAATCAAAAGCATATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTCTTAATCATTATTTATTAGTATCTTAAAATCAAAAGCATATT  737

seq1  TTCTGTTTGCCTTATGCAGACTGAAATGCAATCATTAATTCATGCACTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTGCCTTATGCAGACTGAAATGCAATCATTAATTCATGCACTAT  787

seq1  TTATTCAAGAACTTTCCTCCTATACCATAAATGAATCCCAGGATGATTAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAAGAACTTTCCTCCTATACCATAAATGAATCCCAGGATGATTAT  837

seq1  GAATATAAACAGGTATTATAGATTTTTTTCAATGTAATTTATGCAGTCAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAAACAGGTATTATAGATTTTTTTCAATGTAATTTATGCAGTCAA  887

seq1  GTAGTTTACTTAATTAATTATTCATTTTAATGCAATAGAACATGAACATG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTACTTAATTAATTATTCATTTTAATGCAATAGAACATGAACATG  937

seq1  TAGTTGAAAGATATATGAATAAAAGTATATTATTAACTAACCCAAGAGCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGAAAGATATATGAATAAAAGTATATTATTAACTAACCCAAGAGCA  987

seq1  AAAGGTTCAGGCCCTATCAAATCATACTCAGTACAGTAAATTAACTTCCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTCAGGCCCTATCAAATCATACTCAGTACAGTAAATTAACTTCCT  1037

seq1  GTCAGTACGTCTTCTTCAAATGGAAAGAGTGATGATGAACTGGTTTAAGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTACGTCTTCTTCAAATGGAAAGAGTGATGATGAACTGGTTTAAGA  1087

seq1  ATATACATGAGTTCAGGGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACATGAGTTCAGGGAATTC  1110