BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168C15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 86,154,102 - 86,294,646
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrba
Upstream geneLOC100042237, LOC100042125, Pet112l, 9930021J17Rik, Glt28d2, LOC100042265, Gm1019, Sh3d19, Rps3a, LOC634201
Downstream geneMab21l2, EG667024, LOC100042319, Dclk2, EG625055, Cd1d2, Cd1d1, LOC667897, Kirrel1, LOC100042355, Msr2, Cd5l, Fcrl1, Fcrl5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168C15.bB6Ng01-168C15.g
ACCDH959475DH959476
length1,1841,253
definitionDH959475|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168C15, 5' end.DH959476|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168C15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,154,102 - 86,155,293)(86,293,390 - 86,294,646)
sequence
gaattctgtgctgatgccttcttttgaagttcaacttactttattagttc
ttaaccttttctcttagatatcaaggcaacaggagcagacagcacaagga
acagcaccagatgcagtagaccaacaaaggagggactccagatccaccat
gtttcgcattcctgagttcaagtggtctcagatgcatcaacgtctgctca
ctgatctcttattttccatagaaacagatatacagatgtggagaaggttt
gttcatatattcactatagaatacatgtatgaagcttagtctttgttttc
aaagaaatttgtgtaaacattttatattaccccaaacatttgattgaaaa
aaaagactataaattactctatgttagtattctatcacattaccatttat
cctccattctatgtgtggaatttctggactacaaacccaggaaaatccaa
gatttcctgtactaaaaattgctcgaggtttgttatagtatttatagaat
tagctagaaggtaggtattccaatggcgcttattattgtaaatgccaaaa
tgtagttgatatttatgtatagcattgttcatatatttaaaacaaataat
ctatatatgttctatcattttatattgtgtgatttataattttaaaagaa
tccaatttgttgatttttgtttgtaagttactcttaccacatttaagagt
ggtactatgcaagaaagtattagtaaaaatttattttaaatagcccatgt
agtgctgtttgccttctaatttttgctgtgatttcttaataagcataatt
tcactcaactctttaatccaagtgtataatgagtagagttggctttagcg
gaggctctatgcttgtgcatagacagtgacttctgacagagtggtttgct
tgttctgagaaagtgtgcacctcagtatctgctgcatttcctgcctctcc
ttaagcaggtatatggtatactgtgatttcctttcctcagcttcatcagt
aaacatatttatctttggacagccattcaacaaagaaagttatggacttc
gtgaatagcatgaaatgtcatttttgtgcaaaccattcatctcattttct
taagtgattgacaatttgtcatgcttggtggggaatactggcataccctc
agctgctaccccggccacagtaggacttcactct
gaattcctatttcaaaagctgttatcaagactgtagatatgatcagtgct
aaaggggtgcaactatttttgagtctccatgaactaaactacagaataaa
tgagcatatttatatacaaagttttatatttatatttatctacagtcatc
tatttatttaatatcagtataattccagtttcctgtcttgttatttataa
cccccataattaaagaataatttagttctcattcataacctatatactga
tttgacctatctttgtaaacatgaccaaagtcccaccatacacagatgac
ctatccaaccagtatctcctgctgagacttctccgtgaatattttctaaa
cactactcaggctctggcaatccaggccaggcctccatcctccccagcaa
agcctgcaacagtacacataaataggtcttgccattgtgtagacacccac
ctcagtccatttttccttcagcatcaaccatctgataaaaatgtcctcac
tctgctcaagctgatatgctgtttcctgtatctgttaaacttctgtgctt
ttggttaaccaccttgggctccaataccacaggctgagccatatcactgc
atagtctccttattatttaggtgatgacttcctgattatatcttttgctg
tgaatacctatatttctcagcccatataatgcatgttggactaaatataa
aggaatagtgaagcaggaaaaaagaaagaaagtggaaaccataatgtttg
tagaatgattaacttataatttggtgatttggtataaatttatgtattta
tgcgatctgcatcataagtttgagagtccttccataactcaaaaagtact
cttacatttgataataatttctactcttaacgcaaatctcacatgcacac
tcctgtagggatctgtctgtctgtctgctgattcctcgtacatgagacta
aataaaaaactgtctggattgttttactcaacatgactttgtggtttatc
caagtgctactgattggacagttctttctcatattgctcagtagtttctc
attttgttgggaaacttacattgggtatcactacctaactggataaaaca
tttggtatttgctaccacctgggacatttccagtatacctatgtaccaat
actcacaaaaagaagggtgtgtgtggccttccaatttggaatttggatta
ggactacactggacaatgcgagtaggcgacagggtggtgtttctctctct
ctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_86154102_86155293
seq2: B6Ng01-168C15.b_44_1227

seq1  GAATTCTGTGCTGATGCCTTCTTTTGAAGTTCAACTTACTTTATTAGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCTGATGCCTTCTTTTGAAGTTCAACTTACTTTATTAGTTC  50

seq1  TTAACCTTTTCTCTTAGATATCAAGGCAACAGGAGCAGACAGCACAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTTTTCTCTTAGATATCAAGGCAACAGGAGCAGACAGCACAAGGA  100

seq1  ACAGCACCAGATGCAGTAGACCAACAAAGGAGGGACTCCAGATCCACCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACCAGATGCAGTAGACCAACAAAGGAGGGACTCCAGATCCACCAT  150

seq1  GTTTCGCATTCCTGAGTTCAAGTGGTCTCAGATGCATCAACGTCTGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCGCATTCCTGAGTTCAAGTGGTCTCAGATGCATCAACGTCTGCTCA  200

seq1  CTGATCTCTTATTTTCCATAGAAACAGATATACAGATGTGGAGAAGGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTCTTATTTTCCATAGAAACAGATATACAGATGTGGAGAAGGTTT  250

seq1  GTTCATATATTCACTATAGAATACATGTATGAAGCTTAGTCTTTGTTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATATATTCACTATAGAATACATGTATGAAGCTTAGTCTTTGTTTTC  300

seq1  AAAGAAATTTGTGTAAACATTTTATATTACCCCAAACATTTGATTGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATTTGTGTAAACATTTTATATTACCCCAAACATTTGATTGAAAA  350

seq1  AAAAGACTATAAATTACTCTATGTTAGTATTCTATCACATTACCATTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACTATAAATTACTCTATGTTAGTATTCTATCACATTACCATTTAT  400

seq1  CCTCCATTCTATGTGTGGAATTTCTGGACTACAAACCCAGGAAAATCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATTCTATGTGTGGAATTTCTGGACTACAAACCCAGGAAAATCCAA  450

seq1  GATTTCCTGTACTAAAAATTGCTCGAGGTTTGTTATAGTATTTATAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCCTGTACTAAAAATTGCTCGAGGTTTGTTATAGTATTTATAGAAT  500

seq1  TAGCTAGAAGGTAGGTATTCCAATGGCGCTTATTATTGTAAATGCCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAGAAGGTAGGTATTCCAATGGCGCTTATTATTGTAAATGCCAAAA  550

seq1  TGTAGTTGATATTTATGTATAGCATTGTTCATATATTTAAAACAAATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTTGATATTTATGTATAGCATTGTTCATATATTTAAAACAAATAAT  600

seq1  CTATATATGTTCTATCATTTTATATTGTGTGATTTATAATTTTAAAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATATGTTCTATCATTTTATATTGTGTGATTTATAATTTTAAAAGAA  650

seq1  TCCAATTTGTTGATTTTTGTTTGTAAGTTACTCTTACCACATTTAAGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTTGTTGATTTTTGTTTGTAAGTTACTCTTACCACATTTAAGAGT  700

seq1  GGTACTATGCAAGAAAGTATTAGTAAAAATTTATTTTAAATAGCCCATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTATGCAAGAAAGTATTAGTAAAAATTTATTTTAAATAGCCCATGT  750

seq1  AGTGCTGTTTGCCTTCTAATTTTTGCTGTGATTTCTTAATAAGCATAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGTTTGCCTTCTAATTTTTGCTGTGATTTCTTAATAAGCATAATT  800

seq1  TCACTCAACTCTTTAATCCAAGTGTATAATGAGTAGAGTTGGCTTTAGCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCAACTCTTTAATCCAAGTGTATAATGAGTAGAGTTGGCTTTAGCG  850

seq1  GAGGCTCTATGCTTGTGCATAGACAGTGACTTCTGACAGAGTGGTTTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCTATGCTTGTGCATAGACAGTGACTTCTGACAGAGTGGTTTGCT  900

seq1  TGTTCTGAGAAAGTGTGCACCTCAGTATCTGCTGCATTTCCTGCCTCTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGAGAAAGTGTGCACCTCAGTATCTGCTGCATTTCCTGCCTCTCC  950

seq1  TTAAGCAGGTATATGGTATACTGTGATTTCCTTTCCTCAGCTTCATCAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCAGGTATATGGTATACTGTGATTTCCTTTCCTCAGCTTCATCAGT  1000

seq1  AAACATAATTTATCTTTGGACAGCCATTCAACAAAGACAGTTATGGACTT  1050
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAACAT-ATTTATCTTTGGACAGCCATTCAACAAAGAAAGTTATGGACTT  1049

seq1  CGTGAATAGCAGTGATAATGTCATCTTTGTGCACAACACAATTCATCTCA  1100
      ||||||||||| ||| |||||||| |||||||   | || ||||||||||
seq2  CGTGAATAGCA-TGA-AATGTCATTTTTGTGC---AAACCATTCATCTCA  1094

seq1  -TCTCTCAAGTGATGGACAATATGGTCATGGCTTGTGGGGGTATACTGCC  1149
       | ||| ||||||| |||||| | ||||| |||||  |||| |||||| |
seq2  TTTTCTTAAGTGATTGACAAT-TTGTCAT-GCTTGGTGGGGAATACTGGC  1142

seq1  ATTACTCTCAGCTGCTACCTCGGCCACAGTAAGACTTCACTCT  1192
      | ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  A-TACCCTCAGCTGCTACCCCGGCCACAGTAGGACTTCACTCT  1184

seq1: chr3_86293390_86294646
seq2: B6Ng01-168C15.g_68_1320 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAAACA--ACCTTTAAGCATTCCTGCATGTTCCA-TGTAG  47
      ||||||||||||||||  ||| |   || | |  ||||  |||| |||||
seq2  GAGAGAGAGAGAAACACCACCCTGTCGCCTACTCGCATTGTCCAGTGTAG  50

seq1  TCTATAATCATAATCCCAAAAATTATGAAAGCACACACACACACTGTCTT  97
      ||  |||||  ||| |||||     || |||  ||||||||| ||   ||
seq2  TC-CTAATCCAAATTCCAAA----TTGGAAGGCCACACACACCCTTCTTT  95

seq1  ATGTGAGTTATTGTACATTAGTATTATTTGTAATGGTCACAAGCTGGTAG  147
       |||||||  | ||||||  ||| || | | ||| ||| | || ||||||
seq2  TTGTGAGTATTGGTACATAGGTA-TACTGGAAAT-GTC-CCAGGTGGTAG  142

seq1  C-AATA-CAAATG-TTTAT-CAGTTAGGTAGCTGATAACCCAATGTATGT  193
      | |||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||
seq2  CAAATACCAAATGTTTTATCCAGTTAGGTAG-TGAT-ACCCAATGTAAGT  190

seq1  TTCC--ACAAAATGAGAAACTACTGAGCAATATGAAGAAAGAACTGTCCA  241
      ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTCCCAACAAAATGAGAAACTACTGAGCAATATG-AGAAAGAACTGTCCA  239

seq1  ATCAGTAGCAACTTGGATAAACCACAAAGTCATGTTGAGTAAAAACAATC  291
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATCAGTAGC-ACTTGGATAAACCACAAAGTCATGTTGAGT-AAAACAATC  287

seq1  CAGACAGTTTTTTATTTAGTCTCATGTACGAGGAATCAGCAGACAGACAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGTTTTTTATTTAGTCTCATGTACGAGGAATCAGCAGACAGACAG  337

seq1  ACAGATCCCTACAGGAGTGTGCATGTGAGATTTGCGTTAAGAGTAGAAAT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCCCTACAGGAGTGTGCATGTGAGATTTGCGTTAAGAGTAGAAAT  387

seq1  TATTATCAAATGTAAGAGTACTTTTTGAGTTATGGAAGGACTCTCAAACT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCAAATGTAAGAGTACTTTTTGAGTTATGGAAGGACTCTCAAACT  437

seq1  TATGATGCAGATCGCATAAATACATAAATTTATACCAAATCACCAAATTA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGCAGATCGCATAAATACATAAATTTATACCAAATCACCAAATTA  487

seq1  TAAGTTAATCATTCTACAAACATTATGGTTTCCACTTTCTTTCTTTTTTC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTAATCATTCTACAAACATTATGGTTTCCACTTTCTTTCTTTTTTC  537

seq1  CTGCTTCACTATTCCTTTATATTTAGTCCAACATGCATTATATGGGCTGA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCACTATTCCTTTATATTTAGTCCAACATGCATTATATGGGCTGA  587

seq1  GAAATATAGGTATTCACAGCAAAAGATATAATCAGGAAGTCATCACCTAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATAGGTATTCACAGCAAAAGATATAATCAGGAAGTCATCACCTAA  637

seq1  ATAATAAGGAGACTATGCAGTGATATGGCTCAGCCTGTGGTATTGGAGCC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAGGAGACTATGCAGTGATATGGCTCAGCCTGTGGTATTGGAGCC  687

seq1  CAAGGTGGTTAACCAAAAGCACAGAAGTTTAACAGATACAGGAAACAGCA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGGTTAACCAAAAGCACAGAAGTTTAACAGATACAGGAAACAGCA  737

seq1  TATCAGCTTGAGCAGAGTGAGGACATTTTTATCAGATGGTTGATGCTGAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGCTTGAGCAGAGTGAGGACATTTTTATCAGATGGTTGATGCTGAA  787

seq1  GGAAAAATGGACTGAGGTGGGTGTCTACACAATGGCAAGACCTATTTATG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAATGGACTGAGGTGGGTGTCTACACAATGGCAAGACCTATTTATG  837

seq1  TGTACTGTTGCAGGCTTTGCTGGGGAGGATGGAGGCCTGGCCTGGATTGC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGTTGCAGGCTTTGCTGGGGAGGATGGAGGCCTGGCCTGGATTGC  887

seq1  CAGAGCCTGAGTAGTGTTTAGAAAATATTCACGGAGAAGTCTCAGCAGGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCTGAGTAGTGTTTAGAAAATATTCACGGAGAAGTCTCAGCAGGA  937

seq1  GATACTGGTTGGATAGGTCATCTGTGTATGGTGGGACTTTGGTCATGTTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGGTTGGATAGGTCATCTGTGTATGGTGGGACTTTGGTCATGTTT  987

seq1  ACAAAGATAGGTCAAATCAGTATATAGGTTATGAATGAGAACTAAATTAT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGATAGGTCAAATCAGTATATAGGTTATGAATGAGAACTAAATTAT  1037

seq1  TCTTTAATTATGGGGGTTATAAATAACAAGACAGGAAACTGGAATTATAC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAATTATGGGGGTTATAAATAACAAGACAGGAAACTGGAATTATAC  1087

seq1  TGATATTAAATAAATAGATGACTGTAGATAAATATAAATATAAAACTTTG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTAAATAAATAGATGACTGTAGATAAATATAAATATAAAACTTTG  1137

seq1  TATATAAATATGCTCATTTATTCTGTAGTTTAGTTCATGGAGACTCAAAA  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAATATGCTCATTTATTCTGTAGTTTAGTTCATGGAGACTCAAAA  1187

seq1  ATAGTTGCACCCCTTTAGCACTGATCATATCTACAGTCTTGATAACAGCT  1241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTGCACCCCTTTAGCACTGATCATATCTACAGTCTTGATAACAGCT  1237

seq1  TTTGAAATAGGAATTC  1257
      ||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATAGGAATTC  1253