BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168J24
Chromosome3 (Build37)1 (Build37)
Map Location 48,483,394 - 48,483,936195,454,796 - 195,455,898
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666202, LOC666208, 1700018B24Rik
Downstream geneLOC100039404, EG666230, 4932443G14, LOC545519, LOC676568, LOC666247, LOC100039579, LOC100039587, LOC638779
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168J24.bB6Ng01-168J24.g
ACCDH959815DH959816
length5331,097
definitionDH959815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168J24, 5' end.DH959816|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168J24, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,483,394 - 48,483,936)(195,454,796 - 195,455,898)
sequence
tctggacacatgttggatagtgggaaagttatatactttcttagagagtt
cttagagagattctcagtgttattcttggtattttatttcctctatctat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatctttctatctatct
atctttctatctatcatctatctatctatctgtaaattatttgtacaggt
tacacatacaaatatatatgtaaactataaatgcaatacatataaatata
taatatattgttagaagacatgagaatagattagaaaatctagataatta
acttatgtagagaaacagaggcaatgcaagggttaaagcccttgaggtcc
atcattcccttctatttctctgctctttcagggataaccttgctgagatt
tgttgttgttgttggttgttgttgttgttgttgctgttgttgttgctgct
gttgttgttgtatgtgtatgtgtgtttgtgtgtgtgagagagagatctat
tttactttattgttgattaaaatgtgccactta
gaattctacacacactgagaaaaccagaagctcaacaggttctctagacc
ctgctttatacttcagtctttgtgtttgaattcaaactggtcaaaactat
ctgaactcatggagaccaaaagcacctaagcaattaaaccagaaggtgaa
atgtgctggtgcctaggatatgtgtgtaagttcaaggtcctctgagatgc
agtcatcgagactagataaaacatgacaaagaagctctgtcagtggaaat
gcctaggtggggaagacaacagggaaggcagagtactgtcagacttcagg
aagaatctgagatatgcacatgtgtaaacacacgtgcacacatataggaa
agttggttagaaggatcttgagacaccatgaaatcccaggatggtatagc
agggcctcaggggtcatgaagacaaaaccagaagttgttctctcccagag
gtaacagatgggcaccactatcagatatgtggccctagcatgaatggagc
aatgggttcagcaactggtgtccttagttaaccttcctccctggatctga
ggtgtgcaagggacatctcctcaactggctcactatagcttccaaacagt
gtcaatatagttagtaaggcatgtctccaaagtacataacagtactcttt
acaccttttaaacaagaaattaacaatccccaaagagctaattagtggtg
attcagaaaacaactgtcctaccttctggctgtagagtctgcttttctcc
tcttaaggagcaacatatctcagaaccagagtcaagcagcactaaaccct
caaattctgagcatcagaggaaagctctagcttgatcctatgaaaagtca
tcaccagtcctcaaacaggcactaaatgcatttccaagggctatcttatt
attaatactaaacatatcccttagttaaaaggtaggaatgtctgaagggt
agagctagtaggttcagccagttccatgccctgatcatgataatgccagg
tgctaatgcctgggggatggagaatacacccccagaaagagtatgtacag
gaaagcttccaggatggtgaccctgaataaagagaacgaagaggtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_48483394_48483936
seq2: B6Ng01-168J24.b_46_584 (reverse)

seq1  TAAGTGGCATATTTTAATCAACAATAAAGTAAAATAGATCTCTCTCTCAC  50
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGGCACATTTTAATCAACAATAAAGTAAAATAGATCTCTCTCTCAC  50

seq1  ACACACAAACACACATACACATACAACAACAACAGCAGCAACAACAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAACACACATACACATACAACAACAACAGCAGCAACAACAACAG  100

seq1  CAACAACAACAACAACAACCAACAACAACAACAAATCTCAGCAAGGTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAACAACAACAACCAACAACAACAACAAATCTCAGCAAGGTTAT  150

seq1  CCCTGAAAGAGCAGAGAAATAGAAGGGAATGATGGACCTCAAGGGCTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAAGAGCAGAGAAATAGAAGGGAATGATGGACCTCAAGGGCTTTA  200

seq1  ACCCTTGCATTGCCTCTGTTTCTCTACATAAGTTAATTATCTAGATTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGCATTGCCTCTGTTTCTCTACATAAGTTAATTATCTAGATTTTC  250

seq1  TAATCTATTCTCATGTCTTCTAACAATATATTATATATTTATATGTATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTATTCTCATGTCTTCTAACAATATATTATATATTTATATGTATTG  300

seq1  CATTTATAGTTTACATATATATTTGTATGTGTAACCTGTACAAATAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATAGTTTACATATATATTTGTATGTGTAACCTGTACAAATAATTT  350

seq1  ACAGATAGATAGATAGATGATAGATAGAAAGATAGATAGATAGAAAGATA  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |
seq2  ACAGATAGATAGATAGATGATAGATAGAAAGATAGATAGATAGAA----A  396

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGGAA  446

seq1  ATAAAATACCAAGAATAACACTGAGAATCTCTCTAAGAACTCTCTAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATACCAAGAATAACACTGAGAATCTCTCTAAGAACTCTCTAAGAA  496

seq1  AGTATATAACTTTCCCACTATCCAACATGTGTCCAGAGAATTC  543
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATAACTTTCCCACTATCCAACATGTGTCCAGAGAATTC  539

seq1: chr1_195454796_195455898
seq2: B6Ng01-168J24.g_69_1165 (reverse)

seq1  TGACCTCTTCTGTTCTCTTTTAATTTGGGGGTCACCAACCTGGAAGACTT  50
      |||||||||| |||||||||    ||  ||||||||| ||||||||  ||
seq2  TGACCTCTTC-GTTCTCTTT---ATTCAGGGTCACCATCCTGGAAGCTTT  46

seq1  TCTGTACATACTC-TTCTGGGGGTGTATTCT-CATTCCCCAGGCATTAGC  98
       |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  CCTGTACATACTCTTTCTGGGGGTGTATTCTCCATCCCCCAGGCATTAGC  96

seq1  ACCTGGCATTTATCATGATCAGGGCATTGGAACTGGCTGAACCTTACTAG  148
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  ACCTGGCA-TTATCATGATCAGGGCA-TGGAACTGGCTGAACC-TACTAG  143

seq1  CTCTACCCTTCAGACATTTCCTACCTTTTAACTAAGGGATATGTTTAGTA  198
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCCTTCAGACA-TTCCTACCTTTTAACTAAGGGATATGTTTAGTA  192

seq1  TTAATAATAAGATAGCCCTTGGAAATGCATTTAGTGCCTGTTTGAGGACT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAATAAGATAGCCCTTGGAAATGCATTTAGTGCCTGTTTGAGGACT  242

seq1  GGTGATGACTTTTCATAGGATCAAGCTAGAGCTTTCCTCTGATGCTCAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGACTTTTCATAGGATCAAGCTAGAGCTTTCCTCTGATGCTCAGA  292

seq1  ATTTGAGGGTTTAGTGCTGCTTGACTCTGGTTCTGAGATATGTTGCTCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGGGTTTAGTGCTGCTTGACTCTGGTTCTGAGATATGTTGCTCCT  342

seq1  TAAGAGGAGAAAAGCAGACTCTACAGCCAGAAGGTAGGACAGTTGTTTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGAGAAAAGCAGACTCTACAGCCAGAAGGTAGGACAGTTGTTTTC  392

seq1  TGAATCACCACTAATTAGCTCTTTGGGGATTGTTAATTTCTTGTTTAAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCACCACTAATTAGCTCTTTGGGGATTGTTAATTTCTTGTTTAAAA  442

seq1  GGTGTAAAGAGTACTGTTATGTACTTTGGAGACATGCCTTACTAACTATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAAAGAGTACTGTTATGTACTTTGGAGACATGCCTTACTAACTATA  492

seq1  TTGACACTGTTTGGAAGCTATAGTGAGCCAGTTGAGGAGATGTCCCTTGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACTGTTTGGAAGCTATAGTGAGCCAGTTGAGGAGATGTCCCTTGC  542

seq1  ACACCTCAGATCCAGGGAGGAAGGTTAACTAAGGACACCAGTTGCTGAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTCAGATCCAGGGAGGAAGGTTAACTAAGGACACCAGTTGCTGAAC  592

seq1  CCATTGCTCCATTCATGCTAGGGCCACATATCTGATAGTGGTGCCCATCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCTCCATTCATGCTAGGGCCACATATCTGATAGTGGTGCCCATCT  642

seq1  GTTACCTCTGGGAGAGAACAACTTCTGGTTTTGTCTTCATGACCCCTGAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCTCTGGGAGAGAACAACTTCTGGTTTTGTCTTCATGACCCCTGAG  692

seq1  GCCCTGCTATACCATCCTGGGATTTCATGGTGTCTCAAGATCCTTCTAAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCTATACCATCCTGGGATTTCATGGTGTCTCAAGATCCTTCTAAC  742

seq1  CAACTTTCCTATATGTGTGCACGTGTGTTTACACATGTGCATATCTCAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTCCTATATGTGTGCACGTGTGTTTACACATGTGCATATCTCAGA  792

seq1  TTCTTCCTGAAGTCTGACAGTACTCTGCCTTCCCTGTTGTCTTCCCCACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTGAAGTCTGACAGTACTCTGCCTTCCCTGTTGTCTTCCCCACC  842

seq1  TAGGCATTTCCACTGACAGAGCTTCTTTGTCATGTTTTATCTAGTCTCGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATTTCCACTGACAGAGCTTCTTTGTCATGTTTTATCTAGTCTCGA  892

seq1  TGACTGCATCTCAGAGGACCTTGAACTTACACACATATCCTAGGCACCAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCATCTCAGAGGACCTTGAACTTACACACATATCCTAGGCACCAG  942

seq1  CACATTTCACCTTCTGGTTTAATTGCTTAGGTGCTTTTGGTCTCCATGAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTCACCTTCTGGTTTAATTGCTTAGGTGCTTTTGGTCTCCATGAG  992

seq1  TTCAGATAGTTTTGACCAGTTTGAATTCAAACACAAAGACTGAAGTATAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATAGTTTTGACCAGTTTGAATTCAAACACAAAGACTGAAGTATAA  1042

seq1  AGCAGGGTCTAGAGAACCTGTTGAGCTTCTGGTTTTCTCAGTGTGTGTAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGTCTAGAGAACCTGTTGAGCTTCTGGTTTTCTCAGTGTGTGTAG  1092

seq1  AATTC  1103
      |||||
seq2  AATTC  1097