BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170I07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 49,563,122 - 49,669,347
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666230, 4932443G14, LOC545519, LOC676568, LOC666247, LOC100039579, LOC100039587, LOC638779, Pcdh18
Downstream geneLOC100039628, LOC639469, Slc7a11, EG621304, LOC100039667
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170I07.bB6Ng01-170I07.g
ACCDH961211DH961212
length677983
definitionDH961211|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170I07, 5' end.DH961212|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170I07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,668,671 - 49,669,347)(49,563,122 - 49,564,107)
sequence
gaattctagtcatttcttcaatagaacaccaggtggaataacttcctggg
actggcctacccgtgaggcaagctaatctatgtagacacagtaagtagta
tgacactgcttactaggcatagctaaacgtctccacacaccaaggcataa
ggagttgtgtgttttagaaacaattaattgttcaacttaatgcacagtac
ccgagtccttaacgcatagtgcctaggcaatacctggcctgcttggaatt
ctgtgctctagtggcatcccataggccacacctctcccatccccatcccc
cacccagtagctgttacttgtcactttatcttgctgatttttcctaaact
gccttaaagttggaatgtatcagagattagaccttcggcttcttttagtc
tcttgctagccttggtcctttgagactcttatctaatctcctgaatttaa
aaaccttccacatgccaagaacatccgcatagttctccctctctcttatc
tatgtgtttctagctgtcattcccactcaatcttgcgatgtgataggcat
cttaaacttacatatggaaaagtagatttggtctttaaactatgtacttt
tgtacccatattggcattggcattttacatgaatgcatgtctttgtaccg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattccaaagacatctaagtctatcagtttgaggactttcatctgtgaa
tgtgataagcatactgccacaacgcatgccttggcttggtcatcttcatt
tatgggatgcgtcttacatttgcttagagcaccatgctttagcaaatctt
tctcttcctccaggcagtgtgcttgcccataaatattatgaaaatgactt
catcttccaaggtattcaccataaattgacaggtgagatgtggccattca
gaatgtgtttctgtgcttatgactctagcaatcttggaatcatctcgcgg
atgcttgcaatctctttacacttagagcagaggctaatgtcttcctgagt
ggtttacatagctacttggtctgggatagaatctatggggacatgatacc
tcacccctttaatctaagcacttgggaggcaagtggaactctatgagttc
aaagccagcttcgtctgcattgcaaatcaccattcagtaagagctataaa
aggaaacaataatatatctcttttatatgtttcattaattctaacaatta
tttcttacaactacaaagaaagtacaaaaacacaaacaaacaagcaaaca
aacaaattcctatctctcagaccacacctgagagagatgagggttttttt
ttttattattattttttaacctggtctcttgaccttggcctgatacaact
tatttctttagactttcacaaatgtgggaacaagtacatggccttctcca
agaacttcttaggcagccagtagaagaaagcaaatagcatattcctaaaa
gtccatcaccttgatgtggcagcttttttgattaggaagaggagtgtttt
tattgcttgactactgtgcccatgtaagtgaagtcagatatgtgaacaaa
gtggtctgtgcctctggatttgagttgactggggctagtctgttgggcaa
cctttttctatgatatccctcccctccctcccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_49668671_49669347
seq2: B6Ng01-170I07.b_46_722 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACGGTACAAAGACATGCATTCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACGGTACAAAGACATGCATTCATG  50

seq1  TAAAATGCCAATGCCAATATGGGTACAAAAGTACATAGTTTAAAGACCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGCCAATGCCAATATGGGTACAAAAGTACATAGTTTAAAGACCAA  100

seq1  ATCTACTTTTCCATATGTAAGTTTAAGATGCCTATCACATCGCAAGATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTTTTCCATATGTAAGTTTAAGATGCCTATCACATCGCAAGATTG  150

seq1  AGTGGGAATGACAGCTAGAAACACATAGATAAGAGAGAGGGAGAACTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAATGACAGCTAGAAACACATAGATAAGAGAGAGGGAGAACTATG  200

seq1  CGGATGTTCTTGGCATGTGGAAGGTTTTTAAATTCAGGAGATTAGATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATGTTCTTGGCATGTGGAAGGTTTTTAAATTCAGGAGATTAGATAAG  250

seq1  AGTCTCAAAGGACCAAGGCTAGCAAGAGACTAAAAGAAGCCGAAGGTCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAAAGGACCAAGGCTAGCAAGAGACTAAAAGAAGCCGAAGGTCTA  300

seq1  ATCTCTGATACATTCCAACTTTAAGGCAGTTTAGGAAAAATCAGCAAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGATACATTCCAACTTTAAGGCAGTTTAGGAAAAATCAGCAAGAT  350

seq1  AAAGTGACAAGTAACAGCTACTGGGTGGGGGATGGGGATGGGAGAGGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGACAAGTAACAGCTACTGGGTGGGGGATGGGGATGGGAGAGGTGT  400

seq1  GGCCTATGGGATGCCACTAGAGCACAGAATTCCAAGCAGGCCAGGTATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTATGGGATGCCACTAGAGCACAGAATTCCAAGCAGGCCAGGTATTG  450

seq1  CCTAGGCACTATGCGTTAAGGACTCGGGTACTGTGCATTAAGTTGAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGCACTATGCGTTAAGGACTCGGGTACTGTGCATTAAGTTGAACAA  500

seq1  TTAATTGTTTCTAAAACACACAACTCCTTATGCCTTGGTGTGTGGAGACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGTTTCTAAAACACACAACTCCTTATGCCTTGGTGTGTGGAGACG  550

seq1  TTTAGCTATGCCTAGTAAGCAGTGTCATACTACTTACTGTGTCTACATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTATGCCTAGTAAGCAGTGTCATACTACTTACTGTGTCTACATAG  600

seq1  ATTAGCTTGCCTCACGGGTAGGCCAGTCCCAGGAAGTTATTCCACCTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCTTGCCTCACGGGTAGGCCAGTCCCAGGAAGTTATTCCACCTGGT  650

seq1  GTTCTATTGAAGAAATGACTAGAATTC  677
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTATTGAAGAAATGACTAGAATTC  677

seq1: chr3_49563122_49564107
seq2: B6Ng01-170I07.g_66_1048

seq1  GAATTCCAAAGACATCTAAGTCTATCAGTTTGAGGACTTTCATCTGTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGACATCTAAGTCTATCAGTTTGAGGACTTTCATCTGTGAA  50

seq1  TGTGATAAGCATACTGCCACAACGCATGCCTTGGCTTGGTCATCTTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATAAGCATACTGCCACAACGCATGCCTTGGCTTGGTCATCTTCATT  100

seq1  TATGGGATGCGTCTTACATTTGCTTAGAGCACCATGCTTTAGCAAATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGATGCGTCTTACATTTGCTTAGAGCACCATGCTTTAGCAAATCTT  150

seq1  TCTCTTCCTCCAGGCAGTGTGCTTGCCCATAAATATTATGAAAATGACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCTCCAGGCAGTGTGCTTGCCCATAAATATTATGAAAATGACTT  200

seq1  CATCTTCCAAGGTATTCACCATAAATTGACAGGTGAGATGTGGCCATTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCCAAGGTATTCACCATAAATTGACAGGTGAGATGTGGCCATTCA  250

seq1  GAATGTGTTTCTGTGCTTATGACTCTAGCAATCTTGGAATCATCTCGCGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTTTCTGTGCTTATGACTCTAGCAATCTTGGAATCATCTCGCGG  300

seq1  ATGCTTGCAATCTCTTTACACTTAGAGCAGAGGCTAATGTCTTCCTGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGCAATCTCTTTACACTTAGAGCAGAGGCTAATGTCTTCCTGAGT  350

seq1  GGTTTACATAGCTACTTGGTCTGGGATAGAATCTATGGGGACATGATACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTACATAGCTACTTGGTCTGGGATAGAATCTATGGGGACATGATACC  400

seq1  TCACCCCTTTAATCTAAGCACTTGGGAGGCAAGTGGAACTCTATGAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCTTTAATCTAAGCACTTGGGAGGCAAGTGGAACTCTATGAGTTC  450

seq1  AAAGCCAGCTTCGTCTGCATTGCAAATCACCATTCAGTAAGAGCTATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGCTTCGTCTGCATTGCAAATCACCATTCAGTAAGAGCTATAAA  500

seq1  AGGAAACAATAATATATCTCTTTTATATGTTTCATTAATTCTAACAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACAATAATATATCTCTTTTATATGTTTCATTAATTCTAACAATTA  550

seq1  TTTCTTACAACTACAAAGAAAGTACAAAAACACAAACAAACAAGCAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTACAACTACAAAGAAAGTACAAAAACACAAACAAACAAGCAAACA  600

seq1  AACAAATTCCTATCTCTCAGACCACACCTGAGAGAGATGAGGGTTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTCCTATCTCTCAGACCACACCTGAGAGAGATGAGGGTTTTTTT  650

seq1  TTTTATTATTATTTTTTAACCTGGTCTCTTGACCTTGGCCTGATACAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTATTATTTTTTAACCTGGTCTCTTGACCTTGGCCTGATACAACT  700

seq1  TATTTCTTTAGACTTTCACAAATGTGGGAACAAGTACATGGCCTTCTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTTAGACTTTCACAAATGTGGGAACAAGTACATGGCCTTCTCCA  750

seq1  AGAACTTCTTAGGCAGCCAGTAGAAGAAAGCAAATAGCATATTCCTAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTCTTAGGCAGCCAGTAGAAGAAAGCAAATAGCATATTCCTAAAA  800

seq1  GTCCATCACCTTGATGTGGCAGCTTTTTTGATTAGGAAGAGGAGTGTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCACCTTGATGTGGCAGCTTTTTTGATTAGGAAGAGGAGTGTTTT  850

seq1  CATTGCTTGACTACTGTGCCCATGTAAGTGAGGTCAGATATGTGAACAAA  900
       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTTGACTACTGTGCCCATGTAAGTGAAGTCAGATATGTGAACAAA  900

seq1  GTGGTCCTGTGCCTCTGGATTTGAAGTTGACTGGGTCTAGTCTGTTGGGC  950
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTGGT-CTGTGCCTCTGGATTTG-AGTTGACTGGGGCTAGTCTGTTGGGC  948

seq1  ATACTTTTTTCCATGATTCCCCTCCCCTCCCTCCCC  986
      | || |||||| |||||  |||||||||||||||||
seq2  A-ACCTTTTTCTATGATATCCCTCCCCTCCCTCCCC  983