BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172H09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 3,389,984 - 3,514,082
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039140, Hnf4g
Upstream geneLOC667655
Downstream geneEG383815, LOC100039157, LOC100039167, LOC667709
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172H09.bB6Ng01-172H09.g
ACCGA001069GA001070
length1,0761,210
definitionB6Ng01-172H09.b B6Ng01-172H09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,513,014 - 3,514,082)(3,389,984 - 3,391,196)
sequence
gaattctgcataaaaccactatgattgaactcaaggtagtcacaaaaatg
tggccctccatggtatctgctgattctaccacataaagatcacagtcacc
cactatgtcttaatatatagcatgggaagtttgggtacagctgctcttta
acgtgtacttgaagtgaatgggcaaaacatgtacagttacatcagtaccc
aaatatgtaagcctggagctttgcacatgacacaccaggaactagttctc
aaatatactttgtgacttagaagttcctttccagaccaagtgcaagggaa
catggctttgccttatagcaccaaggtttcagccctcatttgaggatacc
tacagcttgaagcactggatgagtatatggaacatctatagttccttttt
gcctctgagccacatggcagcacctgaatccccagctttgatctctggga
atgatgtacccaacttacttttttctgtttcatttatattatttatgaga
taaatagaatattaatactgactacataggattattataaagacattgaa
attgcctagagcaatatgttctatctattatgaactcaatattaaccaaa
atgtgtgtgtgtgttcatgtgcgagtggacatgtgtgtgtttgagtcctt
aactggtccatctatgacattaagtcatatttgtaaattacccatacctt
catgtgtgtgaatggcagaattgacaaagaagaggatagtttttgcaatg
agagaagtatttgcagtgacaagtatgcatcaaggtgtaaccaattgttg
ctacccacacaggaaaacttctttttaaatatgttgtttagtttttgtac
taaatttttatttttgtgcttatatatagtagtttcatgtgtatgagtat
gtttgattgttgttttggttgtcatcattttgttttgtatgaaaatttgt
ggaattctgtaattgaaaatataaactgcctgtgctggagagattggtcc
agtgattaagagttggtgtctgttcttccagaggatctgcgttggatgca
ttatattgcactatgccacatacata

gaattctttggtatgctggttaacattcagaaatctgaatgtcttaaagt
tcctgtgaaatacataaataaacacacacagaataaaatctgggtaattt
actaaggtcattagatatatttttaaaagattatttaaataccaagagtt
cattaagcatggtactacatgtctgttattttggcccttgggaggtgaag
acactaagcttaggagttccacatcatcttttacgacataggaagttcca
gaccagtcaacctgagctacaggagaccctgtcttaaagaaacctgaaca
aatattgtacttcgcttatgatgaatgtagtgttttggttttaatagcat
cagtttttttagagaagcttcaaagtcagcacaaatgtacagatatagtg
aactatgcagggaaagacaatgctctagaagtagactcacattgggcccc
tttcacagttatgttgactcgatttatagacaagtatgcttgcttcattt
taccagtaataagggctgaacataggtgtgcgtaattagacaggctacct
atgatatctaacatgatatttatttttttccaaaagaaagtattatatct
taaattgattataaaacaactgagcaagaataaagttataaaaattaaaa
ttctaagcttttcatgtactgaaaatattatttgtagattctgctgtata
acaatttatactttttaaaagtcatgtgcaagtcagtttatactccggtt
gttaatctgctttctttacttcaaattaatctaaactgactaatgacaat
taaacaagtttcaaataacaattatttttgttcttaattacttcctttaa
aaataataacatagctctaaacaatattgtgctgaagttataaatatgtc
atattgcaataatcttttcttagggtccttatgttattttcttgtcttta
ttagattattttcgtcatttacatttcaaatacttataccggaaggttcc
ctatacccttcaccccgctgaggtcccatactacccacttccaattattt
ggccttgggcattctctatgctggggcttataagtttgcagaacctattg
gctctctttccatgattggcactagcccatttttctgctaacattggcac
ttgagaaccagtctcaggtcactgtagttaaatgtgctttctcccactat
agggttgcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_3513014_3514082
seq2: B6Ng01-172H09.b_45_1120 (reverse)

seq1  TATGTATGT-GCATAGTGC-ATAT-ATGCATTCAACGCAGATCCTCTGGA  47
      ||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTGGCATAGTGCAATATAATGCATCCAACGCAGATCCTCTGGA  50

seq1  AGAACAGACACC-ACTCTTAATCACT-GACCAATCTCTCCAGCACAGGCA  95
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGACACCAACTCTTAATCACTGGACCAATCTCTCCAGCACAGGCA  100

seq1  GTTTAATATTTTCAAATTACAG-ATTCCACAAA-TTTCATACAAAACAAA  143
      |||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTTT-ATATTTTC-AATTACAGAATTCCACAAATTTTCATACAAAACAAA  148

seq1  ATGATGACAACC-AAACAACAATCAAACATACTCATACACATG-AACTAC  191
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGATGACAACCAAAACAACAATCAAACATACTCATACACATGAAACTAC  198

seq1  TATATATAAGCACAAAAATAAAAATTTAGTACAAAAACTAAACAACATAT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATAAGCACAAAAATAAAAATTTAGTACAAAAACTAAACAACATAT  248

seq1  TTAAAAAGAAGTTTTCCTGTGTGGGTAGCAACAATTGGTTACACCTTGAT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGAAGTTTTCCTGTGTGGGTAGCAACAATTGGTTACACCTTGAT  298

seq1  GCATACTTGTCACTGCAAATACTTCTCTCATTGCAAAAACTATCCTCTTC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACTTGTCACTGCAAATACTTCTCTCATTGCAAAAACTATCCTCTTC  348

seq1  TTTGTCAATTCTGCCATTCACACACATGAAGGTATGGGTAATTTACAAAT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCAATTCTGCCATTCACACACATGAAGGTATGGGTAATTTACAAAT  398

seq1  ATGACTTAATGTCATAGATGGACCAGTTAAGGACTCAAACACACACATGT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTAATGTCATAGATGGACCAGTTAAGGACTCAAACACACACATGT  448

seq1  CCACTCGCACATGAACACACACACACATTTTGGTTAATATTGAGTTCATA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCGCACATGAACACACACACACATTTTGGTTAATATTGAGTTCATA  498

seq1  ATAGATAGAACATATTGCTCTAGGCAATTTCAATGTCTTTATAATAATCC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGAACATATTGCTCTAGGCAATTTCAATGTCTTTATAATAATCC  548

seq1  TATGTAGTCAGTATTAATATTCTATTTATCTCATAAATAATATAAATGAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGTCAGTATTAATATTCTATTTATCTCATAAATAATATAAATGAA  598

seq1  ACAGAAAAAAGTAAGTTGGGTACATCATTCCCAGAGATCAAAGCTGGGGA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAAAAGTAAGTTGGGTACATCATTCCCAGAGATCAAAGCTGGGGA  648

seq1  TTCAGGTGCTGCCATGTGGCTCAGAGGCAAAAAGGAACTATAGATGTTCC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTGCTGCCATGTGGCTCAGAGGCAAAAAGGAACTATAGATGTTCC  698

seq1  ATATACTCATCCAGTGCTTCAAGCTGTAGGTATCCTCAAATGAGGGCTGA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTCATCCAGTGCTTCAAGCTGTAGGTATCCTCAAATGAGGGCTGA  748

seq1  AACCTTGGTGCTATAAGGCAAAGCCATGTTCCCTTGCACTTGGTCTGGAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTGGTGCTATAAGGCAAAGCCATGTTCCCTTGCACTTGGTCTGGAA  798

seq1  AGGAACTTCTAAGTCACAAAGTATATTTGAGAACTAGTTCCTGGTGTGTC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTTCTAAGTCACAAAGTATATTTGAGAACTAGTTCCTGGTGTGTC  848

seq1  ATGTGCAAAGCTCCAGGCTTACATATTTGGGTACTGATGTAACTGTACAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCAAAGCTCCAGGCTTACATATTTGGGTACTGATGTAACTGTACAT  898

seq1  GTTTTGCCCATTCACTTCAAGTACACGTTAAAGAGCAGCTGTACCCAAAC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCCCATTCACTTCAAGTACACGTTAAAGAGCAGCTGTACCCAAAC  948

seq1  TTCCCATGCTATATATTAAGACATAGTGGGTGACTGTGATCTTTATGTGG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATGCTATATATTAAGACATAGTGGGTGACTGTGATCTTTATGTGG  998

seq1  TAGAATCAGCAGATACCATGGAGGGCCACATTTTTGTGACTACCTTGAGT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCAGCAGATACCATGGAGGGCCACATTTTTGTGACTACCTTGAGT  1048

seq1  TCAATCATAGTGGTTTTATGCAGAATTC  1069
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCATAGTGGTTTTATGCAGAATTC  1076


seq1: chr3_3389984_3391196
seq2: B6Ng01-172H09.g_70_1279

seq1  GAATTCTTTGGTATGCTGGTTAACATTCAGAAATCTGAATGTCTTAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGTATGCTGGTTAACATTCAGAAATCTGAATGTCTTAAAGT  50

seq1  TCCTGTGAAATACATAAATAAACACACACAGAATAAAATCTGGGTAATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGAAATACATAAATAAACACACACAGAATAAAATCTGGGTAATTT  100

seq1  ACTAAGGTCATTAGATATATTTTTAAAAGATTATTTAAATACCAAGAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGTCATTAGATATATTTTTAAAAGATTATTTAAATACCAAGAGTT  150

seq1  CATTAAGCATGGTACTACATGTCTGTTATTTTGGCCCTTGGGAGGTGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGCATGGTACTACATGTCTGTTATTTTGGCCCTTGGGAGGTGAAG  200

seq1  ACACTAAGCTTAGGAGTTCCACATCATCTTTTACGACATAGGAAGTTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAGCTTAGGAGTTCCACATCATCTTTTACGACATAGGAAGTTCCA  250

seq1  GACCAGTCAACCTGAGCTACAGGAGACCCTGTCTTAAAGAAACCTGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTCAACCTGAGCTACAGGAGACCCTGTCTTAAAGAAACCTGAACA  300

seq1  AATATTGTACTTCGCTTATGATGAATGTAGTGTTTTGGTTTTAATAGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGTACTTCGCTTATGATGAATGTAGTGTTTTGGTTTTAATAGCAT  350

seq1  CAGTTTTTTTAGAGAAGCTTCAAAGTCAGCACAAATGTACAGATATAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTTTTAGAGAAGCTTCAAAGTCAGCACAAATGTACAGATATAGTG  400

seq1  AACTATGCAGGGAAAGACAATGCTCTAGAAGTAGACTCACATTGGGCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGCAGGGAAAGACAATGCTCTAGAAGTAGACTCACATTGGGCCCC  450

seq1  TTTCACAGTTATGTTGACTCGATTTATAGACAAGTATGCTTGCTTCATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGTTATGTTGACTCGATTTATAGACAAGTATGCTTGCTTCATTT  500

seq1  TACCAGTAATAAGGGCTGAACATAGGTGTGCGTAATTAGACAGGCTACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTAATAAGGGCTGAACATAGGTGTGCGTAATTAGACAGGCTACCT  550

seq1  ATGATATCTAACATGATATTTATTTTTTTCCAAAAGAAAGTATTATATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATCTAACATGATATTTATTTTTTTCCAAAAGAAAGTATTATATCT  600

seq1  TAAATTGATTATAAAACAACTGAGCAAGAATAAAGTTATAAAAATTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGATTATAAAACAACTGAGCAAGAATAAAGTTATAAAAATTAAAA  650

seq1  TTCTAAGCTTTTCATGTACTGAAAATATTATTTGTAGATTCTGCTGTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGCTTTTCATGTACTGAAAATATTATTTGTAGATTCTGCTGTATA  700

seq1  ACAATTTATACTTTTTAAAAGTCATGTGCAAGTCAGTTTATACTCCGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTATACTTTTTAAAAGTCATGTGCAAGTCAGTTTATACTCCGGTT  750

seq1  GTTAATCTGCTTTCTTTACTTCAAATTAATCTAAACTGACTAATGACAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATCTGCTTTCTTTACTTCAAATTAATCTAAACTGACTAATGACAAT  800

seq1  TAAACAAGTTTCAAATAACAATTATTTTTGTTCTTAATTACTTCCTTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAGTTTCAAATAACAATTATTTTTGTTCTTAATTACTTCCTTTAA  850

seq1  AAATAATAACATAGCTCTAAACAATATTGTGCTGAAGTTATAAATATGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATAACATAGCTCTAAACAATATTGTGCTGAAGTTATAAATATGTC  900

seq1  ATATTGCAATAATCTTTTCTTAGTGTTCTTATGTTATTTTCTTGTCTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||
seq2  ATATTGCAATAATCTTTTCTTAGGGTCCTTATGTTATTTTCTTGTC-TTT  949

seq1  ATTAGA-TATTTTCGTCATTTACATTTCAAATAC-TATACC-GAAAGTTC  997
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||
seq2  ATTAGATTATTTTCGTCATTTACATTTCAAATACTTATACCGGAAGGTTC  999

seq1  CCTATACCC-TCACCCCGCTGAGGTCCCATACCTACCCACTCCCAA-TAT  1045
      ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||
seq2  CCTATACCCTTCACCCCGCTGAGGTCCCATA-CTACCCACTTCCAATTAT  1048

seq1  TTGGCCCT-GGCATTCTCCTATGCTGGGGCTTATAAAGTTTGCAAGACCT  1094
      |||||| | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||
seq2  TTGGCCTTGGGCATTCT-CTATGCTGGGGCTTAT-AAGTTTGCAGAACCT  1096

seq1  ATGGGCCTCTCTTCCCAATGATGGCCAACTAGGCCA-TTTTCTGCT-ACA  1142
      || || ||||||| || ||||| | | ||||| ||| ||||||||| |||
seq2  ATTGG-CTCTCTTTCC-ATGATTGGC-ACTAGCCCATTTTTCTGCTAACA  1143

seq1  TATGCAGCTAGAGACACGAGCTCTAGGGGTACTGGTTAGTT-AATATTGT  1191
      |  ||| || |||| || || |||  ||  ||||  ||||| ||| |  |
seq2  TTGGCA-CTTGAGA-ACCAG-TCTCAGGTCACTG--TAGTTAAATGTGCT  1188

seq1  TTTTCTACATATAGGGTTGCAG  1213
      || ||    |||||||||||||
seq2  TTCTCCCACTATAGGGTTGCAG  1210


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |