BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173D11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 140,437,951 - 140,592,036
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC621343
Upstream geneLOC229883
Downstream gene4930590L14Rik, Pdha2, Unc5c, LOC100039923, Bmpr1b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173D11.bB6Ng01-173D11.g
ACCGA001623GA001624
length1,1981,061
definitionB6Ng01-173D11.b B6Ng01-173D11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,590,825 - 140,592,036)(140,437,951 - 140,439,014)
sequence
gaattctttaagttttgcactttggaaaacatgaaaatagcttttaactt
ttgtatttcactacattaggatctgttatggttgaattaatatagtttca
ataataaactcgtcttttcaatggtgacttataataaacactaattcata
gagtttgtattgtttatactgtttctctcctgtagaaacgtatgttggtt
aatatatcttccaaccttcttaatcctttgtagatatttgcaagtctcaa
tcattggcatggactttggtgcaaatcaaaggcagaggaggaggaggagg
aggaggagacctcaaataacagaaagaagatattcaaatgacaagaaagt
ggaatataaaaaggaaactgagattacaggcccattctgtctttataata
gagctaatgtcttgaaattggaattatatagtttacttgaataatcgtgt
tgatatcaaaagagattgcaagtgcacacatgcacacccagcaacaattt
ttgcaaattatgcaatgtttgatgttacatgttttgatgcttactccttg
agtgagccttgataagttattttgatttagtatttgagaaaattggttta
tcatttgaaaagagtcaaattaggttcattttgaagtacttatttccaaa
aagtagaaattttgttgctcctcttatgaaagaatttcttcttggaatca
catgtgaatattctcctgggtgctaatataaaacttaagtatagtcatta
cacgcaataatgtatattatcatcactatttcatagcctatgttttctac
caataagaccttgaataaatagactatgctcactattttatacaatatct
attttcctttatcttggcttatcacaaacttgctggaagatgtcctagtt
ccaacccttcttcctccttcatttgctagaaaagttagaatatgttggct
ccaagaatattctttgactccaacagcatccaaacttgtcacattttctt
tcaaagtcacaatcacagatcatagcatgactgaaagcatagtgacacag
caaaccaaccctaacacttctaaatctgagaaaggtcatgtgctctcatg
acatgctctctgatactcactcgaatggcagctaccagactcaaggtttc
ctcattatactcagtaatctccaggttcaatgacttgataggcacaat

gaattctttaaagcactgaaatggtgggaagaacagtttggccttgacca
cagaccaagaaaataaaatggtagagctgaattatctgtttattttcatg
gctactctttctagctcatggttgtctttgcatctgattacttagctaca
tgcatttatccaatttactaaaacgtcatatgaacttacagagagtaatc
agtttaatgaaacattatccaaactcctgatagactttcacatatgaata
aagctaactcaacttgttcattttccccatctctcccctttattcatctt
gtcttacacttccctttgtttcagcctttcaccttgcttctgcctccata
cttgggcagtgataaaaacaatatcagggaacttacgaagtgtcaggatt
ttgtacaaatgcaacaaagggaaaacatgagctgtgattctggaaccaca
aaggttgggaatacacctaagacggatcctgcagcagaaaagtgaatcag
caaattcctaagaaatcataggtctgaaaacaagtcagaagatatgaatg
agagagaaaacagaagcagccccgtggcttcagcagagttcatgtttatt
gctctatattatattccctacacagcacaagcactctaataaaactttga
attatttttggttttcaaggctatactaacgttataaatatagaatgaag
tgctacctctgttaaacatagttgacacaaggctactaagtatcatggat
ctaaaggtcaatgaatattggatagagagggtgttcagcagctaaaggaa
tttgttttccagaggacctgtgcttcatttccagcaccatgtccagcatg
taagaaactcctggagctccatctacaggagatcaaatatgctatgggcc
tggtgaatacccccccacacacacacacaattgtttgcatatatatatat
atatatatacatatatatatatatatatatatatgtatatatatatatat
atatatacggcaataaatcttagagaccctgtaacacgcatgatcagtta
tttagaatacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_140590825_140592036
seq2: B6Ng01-173D11.b_45_1242 (reverse)

seq1  ATTGTGCTATACAAAGTCATTGAGCTGGGAGATTACTGAGTGTATTAGTG  50
      |||||||  ||  |||||||||| |  |||||||||||||| || |    
seq2  ATTGTGC-CTATCAAGTCATTGAACCTGGAGATTACTGAGTATAAT----  45

seq1  GAGGAA--CCTGAGTCTGTATAGCTGGCCAATCTGAGTGAGGTATCAGAG  98
      ||||||  | ||||||||  ||||| |||| || |||||| |||||||||
seq2  GAGGAAACCTTGAGTCTG-GTAGCT-GCCATTC-GAGTGA-GTATCAGAG  91

seq1  AGCATGTCAATGAGAGCACATGAACCCTTTCTCAGATTTAAGAAGTGTTT  148
      |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||  |
seq2  AGCATGTC-ATGAGAGCACATGA--CCTTTCTCAGATTT-AGAAGTG--T  135

seq1  TGGGTTTGGTTTGCTGTTGTCACTATTGCTTTCAGTCATGCTATGATCTG  198
      | || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTGGTTTGCTG-TGTCACTA-TGCTTTCAGTCATGCTATGATCTG  183

seq1  TGATTGTGACTTTGAAAG-AAATGTGACAAGTTTGGATGCTGTTGGAGTC  247
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTGACTTTGAAAGAAAATGTGACAAGTTTGGATGCTGTTGGAGTC  233

seq1  AAAGAATA-TCTTGGAGCCAACATATTCTAACTTTTCTAGCAAATGAAGG  296
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATATTCTTGGAGCCAACATATTCTAACTTTTCTAGCAAATGAAGG  283

seq1  AGGAAGAAGGGTTGGAACTAGGACATTCTTCCAGCAAGTTTGTGATAAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAAGGGTTGGAACTAGGACA-TCTTCCAGCAAGTTTGTGATAAGC  332

seq1  CAAGATAAAGGAAAATAGATATTGTATAAAATAGTGAGCATAGTCTATTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATAAAGGAAAATAGATATTGTATAAAATAGTGAGCATAGTCTATTT  382

seq1  ATTCAAGGTCTTATTGGTAGAAAACATAGGCTATGAAATAGTGATGATAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGGTCTTATTGGTAGAAAACATAGGCTATGAAATAGTGATGATAA  432

seq1  TATACATTATTGCGTGTAATGACTATACTTAAGTTTTATATTAGCACCCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATTATTGCGTGTAATGACTATACTTAAGTTTTATATTAGCACCCA  482

seq1  GGAGAATATTCACATGTGATTCCAAGAAGAAATTCTTTCATAAGAGGAGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAATATTCACATGTGATTCCAAGAAGAAATTCTTTCATAAGAGGAGC  532

seq1  AACAAAATTTCTACTTTTTGGAAATAAGTACTTCAAAATGAACCTAATTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATTTCTACTTTTTGGAAATAAGTACTTCAAAATGAACCTAATTT  582

seq1  GACTCTTTTCAAATGATAAACCAATTTTCTCAAATACTAAATCAAAATAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTTTCAAATGATAAACCAATTTTCTCAAATACTAAATCAAAATAA  632

seq1  CTTATCAAGGCTCACTCAAGGAGTAAGCATCAAAACATGTAACATCAAAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCAAGGCTCACTCAAGGAGTAAGCATCAAAACATGTAACATCAAAC  682

seq1  ATTGCATAATTTGCAAAAATTGTTGCTGGGTGTGCATGTGTGCACTTGCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATAATTTGCAAAAATTGTTGCTGGGTGTGCATGTGTGCACTTGCA  732

seq1  ATCTCTTTTGATATCAACACGATTATTCAAGTAAACTATATAATTCCAAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTTTGATATCAACACGATTATTCAAGTAAACTATATAATTCCAAT  782

seq1  TTCAAGACATTAGCTCTATTATAAAGACAGAATGGGCCTGTAATCTCAGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGACATTAGCTCTATTATAAAGACAGAATGGGCCTGTAATCTCAGT  832

seq1  TTCCTTTTTATATTCCACTTTCTTGTCATTTGAATATCTTCTTTCTGTTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTTATATTCCACTTTCTTGTCATTTGAATATCTTCTTTCTGTTA  882

seq1  TTTGAGGTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTGCCTTTGATTTGCACCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTGCCTTTGATTTGCACCA  932

seq1  AAGTCCATGCCAATGATTGAGACTTGCAAATATCTACAAAGGATTAAGAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCATGCCAATGATTGAGACTTGCAAATATCTACAAAGGATTAAGAA  982

seq1  GGTTGGAAGATATATTAACCAACATACGTTTCTACAGGAGAGAAACAGTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAAGATATATTAACCAACATACGTTTCTACAGGAGAGAAACAGTA  1032

seq1  TAAACAATACAAACTCTATGAATTAGTGTTTATTATAAGTCACCATTGAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAATACAAACTCTATGAATTAGTGTTTATTATAAGTCACCATTGAA  1082

seq1  AAGACGAGTTTATTATTGAAACTATATTAATTCAACCATAACAGATCCTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGAGTTTATTATTGAAACTATATTAATTCAACCATAACAGATCCTA  1132

seq1  ATGTAGTGAAATACAAAAGTTAAAAGCTATTTTCATGTTTTCCAAAGTGC  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTGAAATACAAAAGTTAAAAGCTATTTTCATGTTTTCCAAAGTGC  1182

seq1  AAAACTTAAAGAATTC  1212
      ||||||||||||||||
seq2  AAAACTTAAAGAATTC  1198


seq1: chr3_140437951_140439014
seq2: B6Ng01-173D11.g_66_1126

seq1  GAATTCTTTAAAGCACTGAAATGGTGGGAAGAACAGTTTGGCCTTGACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAAGCACTGAAATGGTGGGAAGAACAGTTTGGCCTTGACCA  50

seq1  CAGACCAAGAAAATAAAATGGTAGAGCTGAATTATCTGTTTATTTTCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCAAGAAAATAAAATGGTAGAGCTGAATTATCTGTTTATTTTCATG  100

seq1  GCTACTCTTTCTAGCTCATGGTTGTCTTTGCATCTGATTACTTAGCTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTCTTTCTAGCTCATGGTTGTCTTTGCATCTGATTACTTAGCTACA  150

seq1  TGCATTTATCCAATTTACTAAAACGTCATATGAACTTACAGAGAGTAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTATCCAATTTACTAAAACGTCATATGAACTTACAGAGAGTAATC  200

seq1  AGTTTAATGAAACATTATCCAAACTCCTGATAGACTTTCACATATGAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAATGAAACATTATCCAAACTCCTGATAGACTTTCACATATGAATA  250

seq1  AAGCTAACTCAACTTGTTCATTTTCCCCATCTCTCCCCTTTATTCATCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAACTCAACTTGTTCATTTTCCCCATCTCTCCCCTTTATTCATCTT  300

seq1  GTCTTACACTTCCCTTTGTTTCAGCCTTTCACCTTGCTTCTGCCTCCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTACACTTCCCTTTGTTTCAGCCTTTCACCTTGCTTCTGCCTCCATA  350

seq1  CTTGGGCAGTGATAAAAACAATATCAGGGAACTTACGAAGTGTCAGGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCAGTGATAAAAACAATATCAGGGAACTTACGAAGTGTCAGGATT  400

seq1  TTGTACAAATGCAACAAAGGGAAAACATGAGCTGTGATTCTGGAACCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAAATGCAACAAAGGGAAAACATGAGCTGTGATTCTGGAACCACA  450

seq1  AAGGTTGGGAATACACCTAAGACGGATCCTGCAGCAGAAAAGTGAATCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGGGAATACACCTAAGACGGATCCTGCAGCAGAAAAGTGAATCAG  500

seq1  CAAATTCCTAAGAAATCATAGGTCTGAAAACAAGTCAGAAGATATGAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCCTAAGAAATCATAGGTCTGAAAACAAGTCAGAAGATATGAATG  550

seq1  AGAGAGAAAACAGAAGCAGCCCCGTGGCTTCAGCAGAGTTCATGTTTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAAACAGAAGCAGCCCCGTGGCTTCAGCAGAGTTCATGTTTATT  600

seq1  GCTCTATATTATATTCCCTACACAGCACAAGCACTCTAATAAAACTTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTATATTATATTCCCTACACAGCACAAGCACTCTAATAAAACTTTGA  650

seq1  ATTATTTTTGGTTTTCAAGGCTATACTAACGTTATAAATATAGAATGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTTGGTTTTCAAGGCTATACTAACGTTATAAATATAGAATGAAG  700

seq1  TGCTACCTCTGTTAAACATAGTTGACACAAGGCTACTAAGTATCATGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCTCTGTTAAACATAGTTGACACAAGGCTACTAAGTATCATGGAT  750

seq1  CTAAAGGTCAATGAATATTGGATAGAGAGGGTGTTCAGCAGCTAAGGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTAAAGGTCAATGAATATTGGATAGAGAGGGTGTTCAGCAGCTAAAGGAA  800

seq1  TTTGTTTTCCAGAGGACCTGTGCTTCATTTCCAGCACCATGTCCAGCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTCCAGAGGACCTGTGCTTCATTTCCAGCACCATGTCCAGCATG  850

seq1  TAAGAAACTCCTGGAGCTCCATCTACAGGAGATCAAATATGCTATGGGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAACTCCTGGAGCTCCATCTACAGGAGATCAAATATGCTATGGGCC  900

seq1  TGGTGAATACCCCCCCACACACACACACAATTGTTTGCATATATATATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAATACCCCCCCACACACACACACAATTGTTTGCATATATATATAT  950

seq1  ATATATATAC--ATATATATATATATATATATATGTATATATATATATAT  998
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATACATATATATATATATATATATATATGTATATATATATATAT  1000

seq1  ATATATAATGTATAATAAATCTTTAAAATACACTGTAACAGCAATAATCA  1048
      |||||||  |   ||||||||||  | | || ||||||||   || ||||
seq2  ATATATACGG--CAATAAATCTT--AGAGACCCTGTAACACGCATGATCA  1046

seq1  GTTATTATAAAATACC  1064
      |||||| || ||||||
seq2  GTTATT-TAGAATACC  1061


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |