BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173H09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 7,008,871 - 7,110,645
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041193, EG620570, LOC100041214, LOC383818, 1700008P02Rik, LOC100039349, Olfr289-ps1
Downstream geneEG667801, Pkia, LOC667807, 3110050N22Rik, Il7, LOC620822
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173H09.bB6Ng01-173H09.g
ACCGA001800GA001801
length1,1631,046
definitionB6Ng01-173H09.b B6Ng01-173H09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,109,476 - 7,110,645)(7,008,871 - 7,009,930)
sequence
gaattccacctggcctataagccaacagcagcaggcagtattgaaagatt
caatggattacttaaaagtaaaattcatggcacataaagataagtccacc
ctcagaagctctggtgaaagctgcctttgaactaaatcgcagacctagaa
tcactagacaatctccaattgaagaagtcctcagcatacagacagacata
gattatccagatgcaaaaactagaaatataaccaaaccctatgcttgcat
ccttcgcaggcacaaagataaattatagcatccggccactggaaatactg
tgtggaccacagacagcaagggaggactgcaactaagcaaactggaggac
ttggtatcacactaacaggcaatgtatgtatgtgcatgtgtgagagcact
gatatatacagtgatccttattattattgtctttctgggaatcgttccag
tggtggacctcagtgtatacttctgtgaccaaatacacaatcatacttct
actagcctgatagccaactataccttttgatggctaaatactgtggtatg
aagaaattggaaataacattgttattactaactctatgctcacttattag
tgggtttttggttatttgcttttttgagcagttggaggaatggtgctatg
catgttattaaccacggggcaccctttggctatgcttactctggtctatg
tcatattatcatttaataatgttaaataccctggaattggtatacatgga
gtcgctggcaacagcactgggagtattaatatgcctactactaccccaaa
acaccaattaccatggcctacctatagacctaaagttctagaaactatac
aaaatactcagatggtagatagatgacaggatatagggcaacataccaag
taagaatagacagctttcagacccagtatgcttactgcttgaattatttt
ctagtaccagggctgcaataacctcagacatcaggtagcaccataccatc
ctacaaaattatatgtttatctcaaaagatagatataatacaaattagat
attgaacaaaatgccactttaaaaagtgtggtcatgacctctatgtagag
ccacctttctatagtatgtggagacatccaaggttaataacccactttat
gttaaagggagtc

gaattcctgtgtcgagaatcgaaaaatgtcatcggagtaaatattgaaat
ctctcagaataagcaatttcagagatgttagggtgacagatacaaaacta
attgacagaattccagaaaagaggatcagggcatcttaagagccagagag
actagagaggctgcaccagtgagcactcttaaaggggcctcgcacattta
cctcaagaagagataactgccttttctgttagtttgtacacaattttaca
ttcaaatgaaaacaattattcatgtgcatctggaataaagcaggtccacc
cattgtttaatgtggtttcgcccacaattctgaaagaaagatacaatggc
tacatatgtatctcattgctgttattttcccacagacaatgcctgacatt
acatctctgacactcaaccttctctcaagactcacccaagtggactacag
agcatcttaagtgtggcaaataatggtcattattttaaaggcacagaatt
agagtgacagaaaactggaatttttttaaatgggtgtctagtatgtagga
tctaatcaacaccatctgacatccgaaggtaggatatatttggtgagcaa
aatccttgacagattttcttttaagtgtgaaataaaagcctggtgttcaa
aagagccacgaggactaatggaaatctgactgactgttttagactggaac
aaaagagatatatgaggctgtcacctttaccagcacttcaagagacccag
aaaaaaacaaacaaaaaaaaaaaaacccgaacaaacaaacaaaaaaaaaa
aaccccacaaacaaacaaacaaaacaaaaaaaaaaaaaaaaaacccaaca
agaacaaactgacactcttaggacagcttcggacaagctaaacatatcac
cccaggctgttggaatttcagtcaatgttaaaaggttccctctgaggata
ggttgcatatggcattccatcctgtacagaggctcagaacttcagtgaaa
gagctggagccagtatgcatttgtctcaaaccaggctgtatactag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_7109476_7110645
seq2: B6Ng01-173H09.b_43_1205 (reverse)

seq1  GACT-CCTTTAACATTAAGTGTGTTAATTTTAACCTTGGATGGTCTCCAC  49
      |||| |||||||||| ||||| ||||   |||||||||||| ||||||||
seq2  GACTCCCTTTAACATAAAGTGGGTTA---TTAACCTTGGAT-GTCTCCAC  46

seq1  CAATAATTATTAGAAAG--TGCTCTAACATTAGA-GTCATTGGACCACAC  96
        ||| |   |||||||   ||||| ||| |||| |||||  ||||||||
seq2  --ATACT--ATAGAAAGGTGGCTCT-ACA-TAGAGGTCAT--GACCACAC  88

seq1  TTTTTTAAAGTGGCATTTTGTTC-ATATCT-ATTTGTATTATATCTATCT  144
       |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| 
seq2  -TTTTTAAAGTGGCATTTTGTTCAATATCTAATTTGTATTATATCTATC-  136

seq1  TTTTGAGAT-AACATATAATTTTTGTTAGGATGGTATGGTGCTACCTGAT  193
      ||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGATAAACATATAATTTT--GTAGGATGGTATGGTGCTACCTGAT  184

seq1  GTCTGAGGTTATTGCAGCCCTGGTACTAG-AAATAATTCAAGCAGTAAGC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGGTTATTGCAGCCCTGGTACTAGAAAATAATTCAAGCAGTAAGC  234

seq1  ATACTGGGTCTGAAAGCTGTCTATTCTTACTTGGTATGTTG-CCTATATC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATACTGGGTCTGAAAGCTGTCTATTCTTACTTGGTATGTTGCCCTATATC  284

seq1  CTGTCATCTATCTACCATCTGAGTATTTTGTATAGTTTCTAGAACTTTAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATCTATCTACCATCTGAGTATTTTGTATAGTTTCTAGAACTTTAG  334

seq1  GTCTATAGGTAGGCCATGGTAATTGGTGTTTTGGGGTAGTAGTAGGCATA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATAGGTAGGCCATGGTAATTGGTGTTTTGGGGTAGTAGTAGGCATA  384

seq1  TTAATACTCCCAGTGCTGTTGCCAGCGACTCCATGTATACCAATTCCAGG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACTCCCAGTGCTGTTGCCAGCGACTCCATGTATACCAATTCCAGG  434

seq1  GTATTTAACATTATTAAATGATAATATGACATAGACCAGAGTAAGCATAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAACATTATTAAATGATAATATGACATAGACCAGAGTAAGCATAG  484

seq1  CCAAAGGGTGCCCCGTGGTTAATAACATGCATAGCACCATTCCTCCAACT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGGTGCCCCGTGGTTAATAACATGCATAGCACCATTCCTCCAACT  534

seq1  GCTCAAAAAAGCAAATAACCAAAAACCCACTAATAAGTGAGCATAGAGTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAAAAAGCAAATAACCAAAAACCCACTAATAAGTGAGCATAGAGTT  584

seq1  AGTAATAACAATGTTATTTCCAATTTCTTCATACCACAGTATTTAGCCAT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATAACAATGTTATTTCCAATTTCTTCATACCACAGTATTTAGCCAT  634

seq1  CAAAAGGTATAGTTGGCTATCAGGCTAGTAGAAGTATGATTGTGTATTTG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGTATAGTTGGCTATCAGGCTAGTAGAAGTATGATTGTGTATTTG  684

seq1  GTCACAGAAGTATACACTGAGGTCCACCACTGGAACGATTCCCAGAAAGA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGAAGTATACACTGAGGTCCACCACTGGAACGATTCCCAGAAAGA  734

seq1  CAATAATAATAAGGATCACTGTATATATCAGTGCTCTCACACATGCACAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATAATAAGGATCACTGTATATATCAGTGCTCTCACACATGCACAT  784

seq1  ACATACATTGCCTGTTAGTGTGATACCAAGTCCTCCAGTTTGCTTAGTTG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATTGCCTGTTAGTGTGATACCAAGTCCTCCAGTTTGCTTAGTTG  834

seq1  CAGTCCTCCCTTGCTGTCTGTGGTCCACACAGTATTTCCAGTGGCCGGAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTCCCTTGCTGTCTGTGGTCCACACAGTATTTCCAGTGGCCGGAT  884

seq1  GCTATAATTTATCTTTGTGCCTGCGAAGGATGCAAGCATAGGGTTTGGTT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAATTTATCTTTGTGCCTGCGAAGGATGCAAGCATAGGGTTTGGTT  934

seq1  ATATTTCTAGTTTTTGCATCTGGATAATCTATGTCTGTCTGTATGCTGAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCTAGTTTTTGCATCTGGATAATCTATGTCTGTCTGTATGCTGAG  984

seq1  GACTTCTTCAATTGGAGATTGTCTAGTGATTCTAGGTCTGCGATTTAGTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTTCAATTGGAGATTGTCTAGTGATTCTAGGTCTGCGATTTAGTT  1034

seq1  CAAAGGCAGCTTTCACCAGAGCTTCTGAGGGTGGACTTATCTTTATGTGC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCAGCTTTCACCAGAGCTTCTGAGGGTGGACTTATCTTTATGTGC  1084

seq1  CATGAATTTTACTTTTAAGTAATCCATTGAATCTTTCAATACTGCCTGCT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATTTTACTTTTAAGTAATCCATTGAATCTTTCAATACTGCCTGCT  1134

seq1  GCTGTTGGCTTATAGGCCAGGTGGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGGCTTATAGGCCAGGTGGAATTC  1163


seq1: chr3_7008871_7009930
seq2: B6Ng01-173H09.g_69_1114

seq1  GAATTCCTGTGTCGAGAATCGAAAAATGTCATCGGAGTAAATATTGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTGTCGAGAATCGAAAAATGTCATCGGAGTAAATATTGAAAT  50

seq1  CTCTCAGAATAAGCAATTTCAGAGATGTTAGGGTGACAGATACAAAACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGAATAAGCAATTTCAGAGATGTTAGGGTGACAGATACAAAACTA  100

seq1  ATTGACAGAATTCCAGAAAAGAGGATCAGGGCATCTTAAGAGCCAGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACAGAATTCCAGAAAAGAGGATCAGGGCATCTTAAGAGCCAGAGAG  150

seq1  ACTAGAGAGGCTGCACCAGTGAGCACTCTTAAAGGGGCCTCGCACATTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAGAGGCTGCACCAGTGAGCACTCTTAAAGGGGCCTCGCACATTTA  200

seq1  CCTCAAGAAGAGATAACTGCCTTTTCTGTTAGTTTGTACACAATTTTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGAAGAGATAACTGCCTTTTCTGTTAGTTTGTACACAATTTTACA  250

seq1  TTCAAATGAAAACAATTATTCATGTGCATCTGGAATAAAGCAGGTCCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATGAAAACAATTATTCATGTGCATCTGGAATAAAGCAGGTCCACC  300

seq1  CATTGTTTAATGTGGTTTCGCCCACAATTCTGAAAGAAAGATACAATGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTAATGTGGTTTCGCCCACAATTCTGAAAGAAAGATACAATGGC  350

seq1  TACATATGTATCTCATTGCTGTTATTTTCCCACAGACAATGCCTGACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATGTATCTCATTGCTGTTATTTTCCCACAGACAATGCCTGACATT  400

seq1  ACATCTCTGACACTCAACCTTCTCTCAAGACTCACCCAAGTGGACTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCTGACACTCAACCTTCTCTCAAGACTCACCCAAGTGGACTACAG  450

seq1  AGCATCTTAAGTGTGGCAAATAATGGTCATTATTTTAAAGGCACAGAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTTAAGTGTGGCAAATAATGGTCATTATTTTAAAGGCACAGAATT  500

seq1  AGAGTGACAGAAAACTGGAATTTTTTTAAATGGGTGTCTAGTATGTAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGACAGAAAACTGGAATTTTTTTAAATGGGTGTCTAGTATGTAGGA  550

seq1  TCTAATCAACACCATCTGACATCCGAAGGTAGGATATATTTGGTGAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCAACACCATCTGACATCCGAAGGTAGGATATATTTGGTGAGCAA  600

seq1  AATCCTTGACAGATTTTCTTTTAAGTGTGAAATAAAAGCCTGGTGTTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTTGACAGATTTTCTTTTAAGTGTGAAATAAAAGCCTGGTGTTCAA  650

seq1  AAGAGCCACGAGGACTAATGGAAATCTGACTGACTGTTTTAGACTGGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCACGAGGACTAATGGAAATCTGACTGACTGTTTTAGACTGGAAC  700

seq1  AAAAGAGATATATGAGGCTGTCACCTTTACCAGCACTTCAAGAGACCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGATATATGAGGCTGTCACCTTTACCAGCACTTCAAGAGACCCAG  750

seq1  AAAAAAACAAAC-AAAAAAAAAAAACCCGAACAAACAAACAAAAAAAAAA  799
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACAAACAAAAAAAAAAAAACCCGAACAAACAAACAAAAAAAAAA  800

seq1  AACCCCAACAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  849
      |||||||   |||||||   |||||||   | ||||||||||||||||||
seq2  AACCCCA--CAAACAAA--CAAACAAA---ACAAAAAAAAAAAAAAAAAA  843

seq1  CCCAACAAGAACAAACTGAACACTCTTAGGACAAGCTTCAGGACAAGCTA  899
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  CCCAACAAGAACAAACTG-ACACTCTTAGGAC-AGCTTC-GGACAAGCTA  890

seq1  AACATATCACCCCAGGCTGTTGGAATTTCAGTCAATGTTAAAAAGTTCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACATATCACCCCAGGCTGTTGGAATTTCAGTCAATGTTAAAAGGTTCCC  940

seq1  TCTGAGGATAGGTTGCATATGGCATTCCATCCTGTACAGAGGCTCAGAAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  TCTGAGGATAGGTTGCATATGGCATTCCATCCTGTACAGAGGCTCAG--A  988

seq1  ACTTCAGTTGACAGAGCT-GAGCCAAGTATGCATTTGTCTCCAAACCAGG  1048
      ||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTTCAG-TGAAAGAGCTGGAGCC-AGTATGCATTTGTCT-CAAACCAGG  1035

seq1  CTGTATAACTAG  1060
      |||||| |||||
seq2  CTGTAT-ACTAG  1046


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |