BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173H15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 75,329,664 - 75,499,639
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdcd10, Serpini1
Upstream geneLOC100041551, EG667459, BC050789, Serpini2, Wdr49
Downstream geneGolph4, Fstl5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173H15.bB6Ng01-173H15.g
ACCGA001812GA001813
length9881,145
definitionB6Ng01-173H15.b B6Ng01-173H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,329,664 - 75,330,648)(75,498,490 - 75,499,639)
sequence
gaattcaaggtatggtttcaaggtagcacaatttagcctatgccacagaa
acatgctaataaaactatgcttcccatgggggggggggtcatctttactt
atggcttcaccgaaacactgcattaattagagatattattattccagctt
gtgctgctttctatctatggaggttgaagagaattaccatagacacttag
ctagaaaaggtgttaggacagaaaatagcacagagaatgctggtatcagt
ctactatggttcaaactattctatacccttaggatataacttacattttg
tggctcattctcctcatctcttaaaggaataattattaatgctatttcat
taacatattaatacagaaaagggcttacactgtgacataatatcgtttct
ttccttatcactcaaaacatatgctccaaatatttaacatagcattttga
aaccaaagttaaacaggttattcctgaacacaaacctggcacttactcta
tgtggttcctttttatggtttcaaggtaacacacaatttattttagccta
tgccacagaaacatgctaataaaactatgcttcccagaaatctttaccta
tggtttccccaaaacattgcattaattagagatattattattccagcttg
tgctgctttctatctatggaggctgaagagaattaccatagacacttagc
gagaaaatattttctccaccactagtacaaacgtcaaaggctggtgattt
tgtcaacctgacacaagctagggtctctcaattgagaaaatggcaaatga
gccataggattggctgtggtgaacctgtggggcattttcttcttggatga
ttgatgctggagggagtacttcctggaaaggtagtcatgaagtatctaaa
gtaagcttgagccagtcagtaagcagcattttttccatggcctctgcttc
agagcttgagatgcaggctcctgccttggctttcctca

gaattctattctaacttcctatgttcccagagttctctagagacttggct
catttgaggaattgaaagcagaggccacacacctgctcctgggagcttgt
gtgtttaagaatcctgaactggccaactcttgttttagatgtcgtgtcat
catatttaaaacttattaggggctggcagacacctcggtggttaaaggtt
tccactactaaggctgagtacctgagtgctatctccttaacccagatgtg
gtacacggggagaactgaagcggtccttacaggtgtcagtcagggaagca
aactaacaaagtgatgggaatgaaagccaggtgagacagactttgtcagc
ctacgtcagactttaacgagtctaatgccaggtatttaaaacacacgaca
gtttgagaaaaggtttctagacaacagtaaatctaattcctggttcataa
taaagcttaaagtgtgactacatagaaactccttaacagacagagtacaa
gtgaccatgagggtcagttctgtaccaaaactgcctagactctcctgtgg
tctctgaccaagacagcatagaggtcagcacactatagaatacatgtgac
atcttccatgagaatgggtatcagtctagggaggggatagactgggataa
tcagcctgggagatttgggcaaattctttctatatagcaaaaggtgggtg
agatctgcctccacagatagcaaaaaagtcatcaggtatttaacaaaatc
tgttcccagccttctggacagggaaaacagatattttatctcctccattg
agaagaggccactgtgtgtttcaatttcctggtttttctagttatctgtg
ggcacaaggtcctggtgcccccaacagaaaactgactccccacagattgt
cctctccacttctacacacatgctatgtcacatgtgaccaaatcttatac
ccacatacatagcctaataaataaataaagtgtaatcatgaaaccttgta
aaggcaccattaggagtatacctcaaacccatgcctacatttccctgcac
acagtagcctatagatcctgttcctccttcttccaaaggagaatgtcctt
gtaagcaggagttactgaacggtccaatcaattacaccaggaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_75329664_75330648
seq2: B6Ng01-173H15.b_40_1027

seq1  GAATTCAAGGTATGGTTTCAAGGTAGCACAATTTAGCCTATGCCACAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTATGGTTTCAAGGTAGCACAATTTAGCCTATGCCACAGAA  50

seq1  ACATGCTAATAAAACTATGCTTCCCATGGGGGGGGGGGTCATCTTTACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTAATAAAACTATGCTTCCCATGGGGGGGGGGGTCATCTTTACTT  100

seq1  ATGGCTTCACCGAAACACTGCATTAATTAGAGATATTATTATTCCAGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTCACCGAAACACTGCATTAATTAGAGATATTATTATTCCAGCTT  150

seq1  GTGCTGCTTTCTATCTATGGAGGTTGAAGAGAATTACCATAGACACTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCTTTCTATCTATGGAGGTTGAAGAGAATTACCATAGACACTTAG  200

seq1  CTAGAAAAGGTGTTAGGACAGAAAATAGCACAGAGAATGCTGGTATCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAAGGTGTTAGGACAGAAAATAGCACAGAGAATGCTGGTATCAGT  250

seq1  CTACTATGGTTCAAACTATTCTATACCCTTAGGATATAACTTACATTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTATGGTTCAAACTATTCTATACCCTTAGGATATAACTTACATTTTG  300

seq1  TGGCTCATTCTCCTCATCTCTTAAAGGAATAATTATTAATGCTATTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCATTCTCCTCATCTCTTAAAGGAATAATTATTAATGCTATTTCAT  350

seq1  TAACATATTAATACAGAAAAGGGCTTACACTGTGACATAATATCGTTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATATTAATACAGAAAAGGGCTTACACTGTGACATAATATCGTTTCT  400

seq1  TTCCTTATCACTCAAAACATATGCTCCAAATATTTAACATAGCATTTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTATCACTCAAAACATATGCTCCAAATATTTAACATAGCATTTTGA  450

seq1  AACCAAAGTTAAACAGGTTATTCCTGAACACAAACCTGGCACTTACTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGTTAAACAGGTTATTCCTGAACACAAACCTGGCACTTACTCTA  500

seq1  TGTGGTTCCTTTTTATGGTTTCAAGGTAACACACAATTTATTTTAGCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTCCTTTTTATGGTTTCAAGGTAACACACAATTTATTTTAGCCTA  550

seq1  TGCCACAGAAACATGCTAATAAAACTATGCTTCCCAGAAATCTTTACCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAGAAACATGCTAATAAAACTATGCTTCCCAGAAATCTTTACCTA  600

seq1  TGGTTTCCCCAAAACATTGCATTAATTAGAGATATTATTATTCCAGCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCCCCAAAACATTGCATTAATTAGAGATATTATTATTCCAGCTTG  650

seq1  TGCTGCTTTCTATCTATGGAGGCTGAAGAGAATTACCATAGACACTTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTTTCTATCTATGGAGGCTGAAGAGAATTACCATAGACACTTAGC  700

seq1  GAGAAAATATTTTCTCCACCACTAGTACAAACGTCAAAGGCTGGTGATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAATATTTTCTCCACCACTAGTACAAACGTCAAAGGCTGGTGATTT  750

seq1  TGTCAACCTGACACAAGCTAGGGTCTCTCAATTGAGAAAATGGCAAATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAACCTGACACAAGCTAGGGTCTCTCAATTGAGAAAATGGCAAATGA  800

seq1  GCCATAGGATTGGCTGTGGTGAACCTGTGGGGCATTTTCTTCTTGGATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGGATTGGCTGTGGTGAACCTGTGGGGCATTTTCTTCTTGGATGA  850

seq1  TTGATGCTGGAGGGAGTAC-TCCTGGAAAGGTAGTCATGAAGTATCTAAA  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGCTGGAGGGAGTACTTCCTGGAAAGGTAGTCATGAAGTATCTAAA  900

seq1  GTAAGCTTGAGCCAGTCAGTAAGCAGCA-TTTTTCCATGGCCTCTGCTTC  948
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCTTGAGCCAGTCAGTAAGCAGCATTTTTTCCATGGCCTCTGCTTC  950

seq1  AGAGCCTGAG-TGCAGGCTCCTGCCTTGGCTTTCCTCA  985
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTGAGATGCAGGCTCCTGCCTTGGCTTTCCTCA  988


seq1: chr3_75498490_75499639
seq2: B6Ng01-173H15.g_68_1212 (reverse)

seq1  TTTTCCTGGTGTAATTGATTTTGGACTGTTCAGTAAACCTTCCTTGCTTA  50
      ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||  ||  | ||||||
seq2  TTTTCCTGGTGTAATTGA--TTGGACCGTTCAGTAA--CT--CCTGCTTA  44

seq1  CAAAGGACCATCTCCCTTGGAAGAAGGA-GACAAGGATCTTATAGGCTAC  99
      | ||||||  ||||| |||||||||||| ||  |||||| ||||||||||
seq2  C-AAGGACATTCTCCTTTGGAAGAAGGAGGAACAGGATC-TATAGGCTAC  92

seq1  TGTGTTGCA-GGAAATGTAAGCATTGGGTTTGAGGTATTACTTCCTAAT-  147
      |||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||| 
seq2  TGTG-TGCAGGGAAATGTAGGCA-TGGGTTTGAGGTA-TAC-TCCTAATG  138

seq1  GTGCC-TTACAAGTTTTCATGATTACACTTTATTTATTTATTA-GCTATG  195
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTGCCTTTACAAGGTTTCATGATTACACTTTATTTATTTATTAGGCTATG  188

seq1  TATGTGTGTAT-AGATTTGGTCACATGTGACATAGCATGTGTGTAGAAGT  244
      |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGGTATAAGATTTGGTCACATGTGACATAGCATGTGTGTAGAAGT  238

seq1  -GAGAGGACAATCTGT-GGGAGTCAGTTTTCTGTTGGGGGCACCAGGACC  292
       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGACAATCTGTGGGGAGTCAGTTTTCTGTTGGGGGCACCAGGACC  288

seq1  TTTGTGCCCACAGATAACTAGAAAAACCAGGAATTTGAAACACACAGTGG  342
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  -TTGTGCCCACAGATAACTAGAAAAACCAGGAAATTGAAACACACAGTGG  337

seq1  CCTCTTCTCAATGGAGGAGATAAAATATCTGTTTTCCCTGTCCAGAAGGC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTCAATGGAGGAGATAAAATATCTGTTTTCCCTGTCCAGAAGGC  387

seq1  TGGGAACAGATTTTGTTAAATACCTGATGACTTTTTTGCTATCTGTGGAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACAGATTTTGTTAAATACCTGATGACTTTTTTGCTATCTGTGGAG  437

seq1  GCAGATCTCACCCACCTTTTGCTATATAGAAAGAATTTGCCCAAATCTCC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCTCACCCACCTTTTGCTATATAGAAAGAATTTGCCCAAATCTCC  487

seq1  CAGGCTGATTATCCCAGTCTATCCCCTCCCTAGACTGATACCCATTCTCA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGATTATCCCAGTCTATCCCCTCCCTAGACTGATACCCATTCTCA  537

seq1  TGGAAGATGTCACATGTATTCTATAGTGTGCTGACCTCTATGCTGTCTTG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGATGTCACATGTATTCTATAGTGTGCTGACCTCTATGCTGTCTTG  587

seq1  GTCAGAGACCACAGGAGAGTCTAGGCAGTTTTGGTACAGAACTGACCCTC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGACCACAGGAGAGTCTAGGCAGTTTTGGTACAGAACTGACCCTC  637

seq1  ATGGTCACTTGTACTCTGTCTGTTAAGGAGTTTCTATGTAGTCACACTTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCACTTGTACTCTGTCTGTTAAGGAGTTTCTATGTAGTCACACTTT  687

seq1  AAGCTTTATTATGAACCAGGAATTAGATTTACTGTTGTCTAGAAACCTTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTATTATGAACCAGGAATTAGATTTACTGTTGTCTAGAAACCTTT  737

seq1  TCTCAAACTGTCGTGTGTTTTAAATACCTGGCATTAGACTCGTTAAAGTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACTGTCGTGTGTTTTAAATACCTGGCATTAGACTCGTTAAAGTC  787

seq1  TGACGTAGGCTGACAAAGTCTGTCTCACCTGGCTTTCATTCCCATCACTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGTAGGCTGACAAAGTCTGTCTCACCTGGCTTTCATTCCCATCACTT  837

seq1  TGTTAGTTTGCTTCCCTGACTGACACCTGTAAGGACCGCTTCAGTTCTCC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTTTGCTTCCCTGACTGACACCTGTAAGGACCGCTTCAGTTCTCC  887

seq1  CCGTGTACCACATCTGGGTTAAGGAGATAGCACTCAGGTACTCAGCCTTA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTACCACATCTGGGTTAAGGAGATAGCACTCAGGTACTCAGCCTTA  937

seq1  GTAGTGGAAACCTTTAACCACCGAGGTGTCTGCCAGCCCCTAATAAGTTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGAAACCTTTAACCACCGAGGTGTCTGCCAGCCCCTAATAAGTTT  987

seq1  TAAATATGATGACACGACATCTAAAACAAGAGTTGGCCAGTTCAGGATTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGATGACACGACATCTAAAACAAGAGTTGGCCAGTTCAGGATTC  1037

seq1  TTAAACACACAAGCTCCCAGGAGCAGGTGTGTGGCCTCTGCTTTCAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACACACAAGCTCCCAGGAGCAGGTGTGTGGCCTCTGCTTTCAATTC  1087

seq1  CTCAAATGAGCCAAGTCTCTAGAGAACTCTGGGAACATAGGAAGTTAGAA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATGAGCCAAGTCTCTAGAGAACTCTGGGAACATAGGAAGTTAGAA  1137

seq1  TAGAATTC  1150
      ||||||||
seq2  TAGAATTC  1145


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |