BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175C24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 6,114,445 - 6,287,662
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041193, EG620570
Upstream geneZfhx4, Pxmp3, EG620382, EG667759, LOC100041165
Downstream geneLOC100041214, LOC383818, 1700008P02Rik, LOC100039349, Olfr289-ps1, EG667801
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175C24.bB6Ng01-175C24.g
ACCGA003063GA003064
length1,1641,111
definitionB6Ng01-175C24.b B6Ng01-175C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,114,445 - 6,115,610)(6,286,556 - 6,287,662)
sequence
gaattctcaggatgaagaaagagatcccagaaatgagactcacttaattt
aaacatttcagtcttgggagctgagtgtattaggatcttctatgaattta
acacttcaactgaactagaatacattttatcaaggatatcctcactttaa
tgagatgagagttcacatctttttaaatctatgtggttcttcctatgaac
atcatgcacactctaagaagaatataattgaatgcagtcctctacattgt
ttatgtttgacacatgtttgagattaatcaaattgtagtcacttctcatt
aacagcagagaataatttcaaaatggggcagaaccagatgacaaagaatt
gcttatgtgggttcaagacatactttatgaatggaaacacatgcctattt
tgacatcaaacttgataattttattttgctcttattggtttatgcacata
gagcattttaagggagtctgctctatagtggtctcttcggtacagagtga
gcatttgatgatttaaaaaaaaatcaatgtgatcttttcatgatactaca
gaaatctaaaatttcagcatatggacctagttgataacactggacattta
taggttttatcataggtttataaaaggttcacgggagagcagtataaatt
ttaaatttctatatgtcattgtgaatggcatcttcagatgccgtaggatt
agaactgtgtacctctctccctcagtgctcacctgtaacagtaaggatct
ctcactcaatgtgcctagtagagttggtaaccattttgtccttcattttt
acattttattttcaggatgatgctgttcacaatattgtaactaagaattt
tgtaatcataagaatttaaaagtaagtatttgaatttatttaactaaaac
aaacagatcatatcagttttagataaatttatacatcaattatatattag
tctacagtttattataaaggctgtattttaagatgtttctttaggttctg
agacactaaattactaagatgtccttttatgagattttgctagcctatta
aatagatgcaggagatagatgtatgacctttgtatttggattatggtagg
gaaactatactaggtttgggcaatgagcttatgccttggttcgaaggcaa
tatttaaacgaggc

gaattcaaaggaatgggctattttcaacatgtacaaaggaagtggtttcc
ctagcaacaggaaataggtgaaagctctcaggagtgatccttccacctat
gttccttttgagtttggtaatgcttccaggctcatggaagaaaaacagag
taaatgtatcacaaagaaatggtcctgatggtgaagggcttttgcagcat
ttataagatggcaagtgacttgttgtttgcagttatagtcaataacaaga
atagctatgctggaaaccaagtttctttctctctgctatctgtttcccat
attaataaagcataaaacaatgtgagggattcttctgaccacagtagtcc
tgtcttgattgacatacaacaaaaattgtctttgttaaaatcatttcatt
acaaacttctgcttttaccatcaagtgacttaacttctgcctgtcacccc
tgacacaaacatatacacacaaacacaaacaaaaatacacacaaacatac
acactcaaacacacacaaaatcatacataatgcacacacaaaaacacaga
aacatacacacaacatacacactcaaacatacaaaaaaacataaacatgc
atacacacaaatacagaaacatacacactcttctagaatgaaatgaagta
ttgggggaaattgcaacactttgactcgagagttctactagttatttcca
gcatagacctttcagccacagaaaagaaactcagccacttttgttttaag
cttttgctccattatcagcttttggcacgatgaagatgtttcaaactctt
ccagaggtgaaagaattccttcaattatgacgtgtttttcttcgaattat
caaatcttattttgctgtaaggaaccacagaaatgagaactttctttgct
aattctatttaatacttaattcatgatgttcagtgctagaggctggaaat
aggaaggtgaataatgaagagtcctgggcccccaaagacccacaatcact
ctcgctatgaaacatccggaattgaagtaaccttactaaatttagttcca
ttttctcttcttataattcataattctactgttagccatggtttttgacc
gtgattttttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_6114445_6115610
seq2: B6Ng01-175C24.b_44_1207

seq1  GAATTCTCAGGATGAAGAAAGAGATCCCAGAAATGAGACTCACTTAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGATGAAGAAAGAGATCCCAGAAATGAGACTCACTTAATTT  50

seq1  AAACATTTCAGTCTTGGGAGCTGAGTGTATTAGGATCTTCTATGAATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTCAGTCTTGGGAGCTGAGTGTATTAGGATCTTCTATGAATTTA  100

seq1  ACACTTCAACTGAACTAGAATACATTTTATCAAGGATATCCTCACTTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCAACTGAACTAGAATACATTTTATCAAGGATATCCTCACTTTAA  150

seq1  TGAGATGAGAGTTCACATCTTTTTAAATCTATGTGGTTCTTCCTATGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGAGAGTTCACATCTTTTTAAATCTATGTGGTTCTTCCTATGAAC  200

seq1  ATCATGCACACTCTAAGAAGAATATAATTGAATGCAGTCCTCTACATTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGCACACTCTAAGAAGAATATAATTGAATGCAGTCCTCTACATTGT  250

seq1  TTATGTTTGACACATGTTTGAGATTAATCAAATTGTAGTCACTTCTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTGACACATGTTTGAGATTAATCAAATTGTAGTCACTTCTCATT  300

seq1  AACAGCAGAGAATAATTTCAAAATGGGGCAGAACCAGATGACAAAGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCAGAGAATAATTTCAAAATGGGGCAGAACCAGATGACAAAGAATT  350

seq1  GCTTATGTGGGTTCAAGACATACTTTATGAATGGAAACACATGCCTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATGTGGGTTCAAGACATACTTTATGAATGGAAACACATGCCTATTT  400

seq1  TGACATCAAACTTGATAATTTTATTTTGCTCTTATTGGTTTATGCACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCAAACTTGATAATTTTATTTTGCTCTTATTGGTTTATGCACATA  450

seq1  GAGCATTTTAAGGGAGTCTGCTCTATAGTGGTCTCTTCGGTACAGAGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTTTAAGGGAGTCTGCTCTATAGTGGTCTCTTCGGTACAGAGTGA  500

seq1  GCATTTGATGATTTAAAAAAAAATCAATGTGATCTTTTCATGATACTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGATGATTTAAAAAAAAATCAATGTGATCTTTTCATGATACTACA  550

seq1  GAAATCTAAAATTTCAGCATATGGACCTAGTTGATAACACTGGACATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTAAAATTTCAGCATATGGACCTAGTTGATAACACTGGACATTTA  600

seq1  TAGGTTTTATCATAGGTTTATAAAAGGTTCACGGGAGAGCAGTATAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTTATCATAGGTTTATAAAAGGTTCACGGGAGAGCAGTATAAATT  650

seq1  TTAAATTTCTATATGTCATTGTGAATGGCATCTTCAGATGCCGTAGGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTCTATATGTCATTGTGAATGGCATCTTCAGATGCCGTAGGATT  700

seq1  AGAACTGTGTACCTCTCTCCCTCAGTGCTCACCTGTAACAGTAAGGATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGTGTACCTCTCTCCCTCAGTGCTCACCTGTAACAGTAAGGATCT  750

seq1  CTCACTCAATGTGCCTAGTAGAGTTGGTAACCATTTTGTCCTTCATTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCAATGTGCCTAGTAGAGTTGGTAACCATTTTGTCCTTCATTTTT  800

seq1  ACATTTTATTTTCAGGATGATGCTGTTCACAATATTGTAACTAAGAATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTATTTTCAGGATGATGCTGTTCACAATATTGTAACTAAGAATTT  850

seq1  TGTAATCATAAGAATTTAAAAGTAAGTATTTGAATTTATTTAACTAAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATCATAAGAATTTAAAAGTAAGTATTTGAATTTATTTAACTAAAAC  900

seq1  AAACAGATCATATCAGTTTTAGATAAATTTATACATCAATTATATATTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATCATATCAGTTTTAGATAAATTTATACATCAATTATATATTAG  950

seq1  TCTACAGTTTATTATAAAGGCTGTATTTTAAAGATGTTTCTTTAGGTTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGTTTATTATAAAGGCTGTATTTT-AAGATGTTTCTTTAGGTTCT  999

seq1  GAGAACACTAAAATTAACTAAGATGTCCTTTTAATGAGATTTTTGCTAGC  1050
      ||| ||||||||  | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  GAG-ACACTAAA--TTACTAAGATGTCCTTTT-ATGAGA-TTTTGCTAGC  1044

seq1  CTA-TAAATAGAATTGCAAGGAGATAGATGTATGAC--TTGTA-TTGGAT  1096
      ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||
seq2  CTATTAAATAGA--TGC-AGGAGATAGATGTATGACCTTTGTATTTGGAT  1091

seq1  TAT-GTAGGGAAATTATACTAGTTTGGGGCAATGAGCTAATGCTTTTGTT  1145
      ||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||| || |||
seq2  TATGGTAGGGAAACTATACTAGGTTTGGGCAATGAGCTTATGCCTTGGTT  1141

seq1  CCAAAGCAATA-TTAAAC-AGGC  1166
      | || |||||| |||||| ||||
seq2  CGAAGGCAATATTTAAACGAGGC  1164


seq1: chr3_6286556_6287662
seq2: B6Ng01-175C24.g_60_1170 (reverse)

seq1  CAAAAAAACACAGGTCAAAA--CATGCTTAACAGTAGAATTATGAATTAT  48
      ||||||| ||| ||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAATCAC-GGTCAAAAACCATGGCTAACAGTAGAATTATGAATTAT  49

seq1  AAG-AGAAGAAATGG-ACTAA--TTAGTAA-GTTACTTCAAATTCCGGAT  93
      ||| |||  |||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  AAGAAGAGAAAATGGAACTAAATTTAGTAAGGTTACTTC-AATTCCGGAT  98

seq1  GTTTCATAGCGAGAGTGATTGTGGGTCTTTGGGGGCCCAGGACTCTTCAT  143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATAGCGAGAGTGATTGTGGGTCTTTGGGGGCCCAGGACTCTTCAT  148

seq1  TATTCACCTTCCTATTTCCAGCCTCTAGCACTGAACATCATGAATTAAGT  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACCTTCCTATTTCCAGCCTCTAGCACTGAACATCATGAATTAAGT  198

seq1  ATTTAAATAGAATTAGCAAAGAAAGTTCTCATTTCTGTGGTTCCTTACAG  243
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTAAATAGAATTAGCAAAGAAAGTTCTCATTTCTGTGGTTCCTTACAG  247

seq1  CAAAATAAGATTTGATAATTCGAAGAAAAACACGTCATAATTGAAGGAAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAAGATTTGATAATTCGAAGAAAAACACGTCATAATTGAAGGAAT  297

seq1  TCTTTCACCTCTGGAAGAGTTTGAAACATCTTCATCGTGCCAAAAGCTGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCACCTCTGGAAGAGTTTGAAACATCTTCATCGTGCCAAAAGCTGA  347

seq1  TAATGGAGCAAAAGCTTAAAACAAAAGTGGCTGAGTTTCTTTTCTGTGGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGAGCAAAAGCTTAAAACAAAAGTGGCTGAGTTTCTTTTCTGTGGC  397

seq1  TGAAAGGTCTATGCTGGAAATAACTAGTAGAACTCTCGAGTCAAAGTGTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGTCTATGCTGGAAATAACTAGTAGAACTCTCGAGTCAAAGTGTT  447

seq1  GCAATTTCCCCCAATACTTCATTTCATTCTAGAAGAGTGTGTATGTTTCT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTCCCCCAATACTTCATTTCATTCTAGAAGAGTGTGTATGTTTCT  497

seq1  GTATTTGTGTGTATGCATGTTTATGTTTTTTTGTATGTTTGAGTGTGTAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGTGTGTATGCATGTTTATGTTTTTTTGTATGTTTGAGTGTGTAT  547

seq1  GTTGTGTGTATGTTTCTGTGTTTTTGTGTGTGCATTATGTATGATTTTGT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTGTATGTTTCTGTGTTTTTGTGTGTGCATTATGTATGATTTTGT  597

seq1  GTGTGTTTGAGTGTGTATGTTTGTGTGTATTTTTGTTTGTGTTTGTGTGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTGAGTGTGTATGTTTGTGTGTATTTTTGTTTGTGTTTGTGTGT  647

seq1  ATATGTTTGTGTCAGGGGTGACAGGCAGAAGTTAAGTCACTTGATGGTAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTTGTGTCAGGGGTGACAGGCAGAAGTTAAGTCACTTGATGGTAA  697

seq1  AAGCAGAAGTTTGTAATGAAATGATTTTAACAAAGACAATTTTTGTTGTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAAGTTTGTAATGAAATGATTTTAACAAAGACAATTTTTGTTGTA  747

seq1  TGTCAATCAAGACAGGACTACTGTGGTCAGAAGAATCCCTCACATTGTTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAATCAAGACAGGACTACTGTGGTCAGAAGAATCCCTCACATTGTTT  797

seq1  TATGCTTTATTAATATGGGAAACAGATAGCAGAGAGAAAGAAACTTGGTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTTATTAATATGGGAAACAGATAGCAGAGAGAAAGAAACTTGGTT  847

seq1  TCCAGCATAGCTATTCTTGTTATTGACTATAACTGCAAACAACAAGTCAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCATAGCTATTCTTGTTATTGACTATAACTGCAAACAACAAGTCAC  897

seq1  TTGCCATCTTATAAATGCTGCAAAAGCCCTTCACCATCAGGACCATTTCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATCTTATAAATGCTGCAAAAGCCCTTCACCATCAGGACCATTTCT  947

seq1  TTGTGATACATTTACTCTGTTTTTCTTCCATGAGCCTGGAAGCATTACCA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATACATTTACTCTGTTTTTCTTCCATGAGCCTGGAAGCATTACCA  997

seq1  AACTCAAAAGGAACATAGGTGGAAGGATCACTCCTGAGAGCTTTCACCTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAAAAGGAACATAGGTGGAAGGATCACTCCTGAGAGCTTTCACCTA  1047

seq1  TTTCCTGTTGCTAGGGAAACCACTTCCTTTGTACATGTTGAAAATAGCCC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGTTGCTAGGGAAACCACTTCCTTTGTACATGTTGAAAATAGCCC  1097

seq1  ATTCCTTTGAATTC  1107
      ||||||||||||||
seq2  ATTCCTTTGAATTC  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |