BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177G17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 135,677,427 - 135,827,081
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383923, Bank1, LOC100039477
Upstream geneLOC100039290, EG620439, Cenpe, Bdh2, C80638, 4933425K02Rik, Zcd2, Ube2d3, Manba, LOC668745, Nfkb1, ENSMUSG00000045520, Slc39a8, LOC100039350
Downstream geneLOC668868, Ppp3ca, LOC668870
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177G17.bB6Ng01-177G17.g
ACCGA004693GA004694
length8971,022
definitionB6Ng01-177G17.b B6Ng01-177G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,826,434 - 135,827,081)(135,677,427 - 135,678,447)
sequence
gaattcattaagtggcctccgagtacacagcacccccccaacttgtaagg
aagacacataaggaagttacaacttctctgtccttatttttcactctagg
ttaaacaggctatttatacagccatatacaaggaaaaacaaaatgactag
gtacccaacgaagcccagtgtagtaagaacaggtaacattttgtcatttg
tcaagattgttgtgtatctctgtgggattctagcacagtcttatgaagaa
tagttatgcgcaaacagtcattgatctggttttctctctgttgctttgat
aaaacactaatcaaaagccgcttgctcacagccatccattggacaaagca
catggtccccaatgaaggagctaaagaaagtacccaaggagctgaagggg
tctgcagccctataggaggaacaacaatatgaactaaccagtacccccag
agctccctgggactaaaccaccaatcaaagaaaacacatggtgggattca
tggctctagctgcatatgtagcagaggatgacctcgttgatcatcaatgg
gaggagaggcccttggtcctgtgaaggttctatgccccagtataaaggac
taccagggccaggaagtgggagtgggtaggttggtgagcagggggaggtt
ctcctctctgttcagtctggggaacacacacacacacacatacatagtag
gatggtgccatccaatttcagttaaacctctctagaaatgcctttgtaga
catgcccagatgtgtgtctcctaggtaggtccaaatcccatcaaggtggc
tttcaagacacagatactgttttgtcccagaggttcattgtgatgacata
ttgggtccccaaaataatcagaattgagaggaccttctaacaggtgg
gaattctcttcacagtattaggagcaatgtacatgttgatttttctgtaa
ggaaagaaatgcttccataatgtgctgctgcctttatgtctatctccaat
atgagttttgtcatcactttggctttttgtgttaatttggatgcttgctg
ttccccaattttatttcaatttgctgccttctggttagcttcctcaccca
caatttattgtgttatttgtttatttattttagatattttctttatttac
atttcaaatgttatccccttttctagtttcccctctgaaaatcccctatc
ccctcccccctcctttagcttctctcacttttcctacccccaggagtggc
ttattcttttcccttttaacaaaatatttaggagtttcacacatgcctac
aaatacaatggtttgatcaagttcactccttgtttgtttattcaattttt
tctccatcctcccattcccctatcactgttgcctcccaatgccatggcca
cccctaattgagtcctatcaatgctgccaatatgttctgggctgcagagt
aatctactagatatccaattggagcaggagtaagcctctcagaagctaaa
tcattgaataaaactctctctcccagaaaccatctgttgtcagcagtttc
tcaaatgatggtggggctatgtgagttttcctttctccatgctggagaga
tcttgtgaaggtcttatgcatacagtcaaagtcactctgagttcctatgt
gcacctgtcatgtagacgtccactgcctgtggcccttacagtccttttgc
ctcttctttcctgatccctgagccctgggaggagagccgtgatacagatg
ttccctttaggcctgagcactaagagtgcttctttttagaatgttttgtc
cctgggttttgtataggaaattttatgaggtctcccatgtctcattgtct
cttgattttcctttgaaatatatgtgatagagatacatcctacacatcaa
atgccccattacttctagatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_135826434_135827081
seq2: B6Ng01-177G17.b_43_690 (reverse)

seq1  CCTCCCCCTGCTCACCAACCTACCCACTCCCACTTCCTGGCCCTGGTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCTGCTCACCAACCTACCCACTCCCACTTCCTGGCCCTGGTAGT  50

seq1  CCTTTATACTGGGGCATAGAACCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTCCTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATACTGGGGCATAGAACCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTCCTCCC  100

seq1  ATTGATGATCAACGAGGTCATCCTCTGCTACATATGCAGCTAGAGCCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGATCAACGAGGTCATCCTCTGCTACATATGCAGCTAGAGCCATG  150

seq1  AATCCCACCATGTGTTTTCTTTGATTGGTGGTTTAGTCCCAGGGAGCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCACCATGTGTTTTCTTTGATTGGTGGTTTAGTCCCAGGGAGCTCT  200

seq1  GGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCTCCTATAGGGCTGCAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCTCCTATAGGGCTGCAGACC  250

seq1  CCTTCAGCTCCTTGGGTACTTTCTTTAGCTCCTTCATTGGGGACCATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGCTCCTTGGGTACTTTCTTTAGCTCCTTCATTGGGGACCATGTG  300

seq1  CTTTGTCCAATGGATGGCTGTGAGCAAGCGGCTTTTGATTAGTGTTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCCAATGGATGGCTGTGAGCAAGCGGCTTTTGATTAGTGTTTTAT  350

seq1  CAAAGCAACAGAGAGAAAACCAGATCAATGACTGTTTGCGCATAACTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAACAGAGAGAAAACCAGATCAATGACTGTTTGCGCATAACTATT  400

seq1  CTTCATAAGACTGTGCTAGAATCCCACAGAGATACACAACAATCTTGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAAGACTGTGCTAGAATCCCACAGAGATACACAACAATCTTGACA  450

seq1  AATGACAAAATGTTACCTGTTCTTACTACACTGGGCTTCGTTGGGTACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAAAATGTTACCTGTTCTTACTACACTGGGCTTCGTTGGGTACCT  500

seq1  AGTCATTTTGTTTTTCCTTGTATATGGCTGTATAAATAGCCTGTTTAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTTGTTTTTCCTTGTATATGGCTGTATAAATAGCCTGTTTAACC  550

seq1  TAGAGTGAAAAATAAGGACAGAGAAGTTGTAACTTCCTTATGTGTCTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGAAAAATAAGGACAGAGAAGTTGTAACTTCCTTATGTGTCTTCC  600

seq1  TTACAAGTTGTGTGGGTGCTGTGTACTCGGAGGCCACTTAATGAATTC  648
      |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAGTTGGGGGGGTGCTGTGTACTCGGAGGCCACTTAATGAATTC  648

seq1: chr3_135677427_135678447
seq2: B6Ng01-177G17.g_61_1082

seq1  GAATTCTCTTCACAGTATTAGGAGCAATGTACATGTTGATTTTTCTGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCACAGTATTAGGAGCAATGTACATGTTGATTTTTCTGTAA  50

seq1  GGAAAGAAATGCTTCCATAATGTGCTGCTGCCTTTATGTCTATCTCCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAAATGCTTCCATAATGTGCTGCTGCCTTTATGTCTATCTCCAAT  100

seq1  ATGAGTTTTGTCATCACTTTGGCTTTTTGTGTTAATTTGGATGCTTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTTTGTCATCACTTTGGCTTTTTGTGTTAATTTGGATGCTTGCTG  150

seq1  TTCCCCAATTTTATTTCAGTTTGCTGCCTTCTGGTTAGCTTCCTCACCCA  200
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAATTTTATTTCAATTTGCTGCCTTCTGGTTAGCTTCCTCACCCA  200

seq1  CAATTTATTGTGTTATTTGTTTATTTATTTTAGATATTTTCTTTATTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTATTGTGTTATTTGTTTATTTATTTTAGATATTTTCTTTATTTAC  250

seq1  ATTTCAAATGTTATCCCCTTTTCTAGTTTCCCCTCTGAAAATCCCCTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAATGTTATCCCCTTTTCTAGTTTCCCCTCTGAAAATCCCCTATC  300

seq1  CCCTCCCCCCTCCTTTAGCTTCTCTCACTTTTCCTACCCCCAGGAGTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCCCTCCTTTAGCTTCTCTCACTTTTCCTACCCCCAGGAGTGGC  350

seq1  TTATTCTTTTCCCTTTTAACAAAATATTTAGGAGTTTCACACATGCCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTTTTCCCTTTTAACAAAATATTTAGGAGTTTCACACATGCCTAC  400

seq1  AAATACAATGGTTTGATCAAGTTCACTCCTTGTTTGTTTATTCAATTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAATGGTTTGATCAAGTTCACTCCTTGTTTGTTTATTCAATTTTT  450

seq1  TCTCCATCCTCCCATTCCCCTATCACTGTTGCCTCCCAATGCCATGGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCCTCCCATTCCCCTATCACTGTTGCCTCCCAATGCCATGGCCA  500

seq1  CCCCTAATTGAGTCCTATCAATGCTGCCAATATGTTCTGGGCTGCAGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAATTGAGTCCTATCAATGCTGCCAATATGTTCTGGGCTGCAGAGT  550

seq1  AATCTACTAGATATCCAATTGGAGCAGGAGTAAGCCTCTCAGAAGCTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTACTAGATATCCAATTGGAGCAGGAGTAAGCCTCTCAGAAGCTAAA  600

seq1  TCATTGAATAAAACTCTCTCTCCCAGAAGCCATCTGTTGTCAACAGTTTC  650
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TCATTGAATAAAACTCTCTCTCCCAGAAACCATCTGTTGTCAGCAGTTTC  650

seq1  TCAAATGATGGTGGGGCTATGTGAGTTTTCCTTTCTCCATGCTGGAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGATGGTGGGGCTATGTGAGTTTTCCTTTCTCCATGCTGGAGAGA  700

seq1  TCTTGTGAAGGTCTTATGCATACAGTCAAAGTCACTCTGAGTTCCTATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGAAGGTCTTATGCATACAGTCAAAGTCACTCTGAGTTCCTATGT  750

seq1  GCACCTGTCATGTAGACGTCCACTGCCTGTGGCCCTTACAGTCCTTTTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGTCATGTAGACGTCCACTGCCTGTGGCCCTTACAGTCCTTTTGC  800

seq1  CTCTTCTTTCCTGATCCCTGAGCCCTGGGAGGAGAGCCGTGATACAGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTTTCCTGATCCCTGAGCCCTGGGAGGAGAGCCGTGATACAGATG  850

seq1  TTCCCTTTAGGCCTGAGCACTAAGAGTGCTTCTTTTTAGAATGTTTTGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTTAGGCCTGAGCACTAAGAGTGCTTCTTTTTAGAATGTTTTGTC  900

seq1  CCTGGTTTTTGTATAGTAAATTTTATGAGGTCTCCCATGTCTCATTGTCT  950
      ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTTTGTATAGGAAATTTTATGAGGTCTCCCATGTCTCATTGTCT  950

seq1  CTTGATTTTCCTTTGAAATATATGTGTTAGAGATACATCCTACAC-TCAA  999
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTGATTTTCCTTTGAAATATATGTGATAGAGATACATCCTACACATCAA  1000

seq1  ATACCCCATTCCTTCTAAATGC  1021
      || ||||||| |||||| ||||
seq2  ATGCCCCATTACTTCTAGATGC  1022