BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178A14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 158,042,308 - 158,183,151
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrrc7
Upstream geneLOC546818, Zranb2, Ptger3, LOC433686, LOC624684, Cth, Ankrd13c, Sfrs11, Lrrc40
Downstream geneLOC100041008, LOC668905, LOC668907, Depdc1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178A14.bB6Ng01-178A14.g
ACCGA005141GA005142
length1,2071,182
definitionB6Ng01-178A14.b B6Ng01-178A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(158,042,308 - 158,043,516)(158,181,953 - 158,183,151)
sequence
gaattcacaccactgatactgatattccacttgaaccaataattctaaat
ttgaaaacttgtccagaattaaacacatataaagtcacacatgactgctt
ctaaaagcaaagggaatttagaaaagcttaacttgaagccatggaggatt
gcttaaatgaatatgtaatgcactttaaatagaacattatccagccatta
aaatgatattacagatggataataataagatattgggattcaagaaactg
gccaaatgaaggtgcatggtgtttagctctccccaaacagaaaggaccaa
aacaacagcgtttccatttaaactctctaaatgggagcactagagagcaa
taacagctgagaccagaaggatgacagtgtgctctggcttactacataga
gaagggggcagccctgctaacactgctcaactgcccattgtgattacctc
agagacagtggtgaggtgctgtgggagaaataaaaccagaggctccctag
aagttcctgttagcattgtggatacctgctaaggtctccctccagccctg
aatacagactcagcaacagcctagactacacatagctgtgctatttccaa
gggagtccatggtatgtttctttcttatgattaagatactaagtgctggt
ccctctccaatctctctgctcctaagatgttctgtaggtattgtgccata
tttacacatagccgttcctagggtttgccttcagctttcttatcctgagc
aggagtggctggaagcacaccatctcccttgtttgagtggctactctgtt
cttggcatgcaggctcagggaacaagctatagctgggatgctcatggcca
agcaatgtcctgtcattcaggacaccagtgctgtcttctgctctccaggg
ttagagcaatattcaatccctagtcagattgaccttcatccataaatccc
tagtcagattgacaacaccatagttagtgggagaactgcatctatcacac
agaggggttaacctgcctcatatcaacaggtaccatggtagttctcaggc
atgttcgtgtgccctagaacatgaatactctgggctaggctaacagccta
ggtcagatctacacccaatatgaatgtccttcagtcaatctcaccatgta
aaagaaagggaggtggatatctatagctgttgctactttaagcgatttga
ggcttgc

gaattctttcttcaagcataaaaatacaaaacctcaaatatcagacttag
gaattggttttttactgttttgcctttgcaagcttttcaatattgtaaat
tgtgtgttggttttacaatttctttggagtcagagaaataaactatattt
ttaggacttctagggatgaaggaagttgatataactccatctccattaaa
aacatattttaaaactccaaataatggcctttatattgttatttctaaga
tttttcatagatacaccttttttttcaaattcaaaaaagatctagaatcc
catatctctcaaaaaagtccagtctactaattttattttatatggcccat
tcattttttattttattctattgcacatagccaaatgtcattattttact
ttggaactaaagaataaaattattttcaccataaataaatggcctttaaa
gaaactgacatcctgtaaagtcacccaataattcctctgtgagtgagagg
caggtgaattatagaagtaatctgctaaagcaagacagggcaccattaac
accttagctagacttagtggcctgaattattggattaactctgacagaga
gcaggaccttgggataaaagcattaaggaaagcttctgttttgatgaagg
gatgcagtattttgtcatcactttgtggctagatggattttgctgtaatt
atttgtaagtagttctaaatatgccaatatctctgctttgcttcaaccat
gttgtctcagtggcatcaggttttagggtgacttggacacgctaagattt
gtgagataaaataatacagattacaaagtgccaataaatgaaaaaataag
tgcctataaaagtcaagctataattggctgtgaggagtgctggaggaata
gaatgaaaaggacagaccattcacataccttctgaattttctagaagttt
gtgtgtacgtactacaaggtgtccaatttccaaaactgtaaacttatctc
gagaactggagattggttggctgtaagaccatttgttgttctaatgggcc
tggtcatcccagcagctatgtgggtgtctagaatcatctgtatatctagt
tccagccattcgacacctttctgactctgtagaccaaccaacacttcgtg
catatgcatgcaggtaagaagcgctcaaacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_158042308_158043516
seq2: B6Ng01-178A14.b_32_1238

seq1  GAATTCACACCACTGATACTGATATTCCACTTGAACCAATAATTCTAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACCACTGATACTGATATTCCACTTGAACCAATAATTCTAAAT  50

seq1  TTGAAAACTTGTCCAGAATTAAACACATATAAAGTCACACATGACTGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAACTTGTCCAGAATTAAACACATATAAAGTCACACATGACTGCTT  100

seq1  CTAAAAGCAAAGGGAATTTAGAAAAGCTTAACTTGAAGCCATGGAGGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGCAAAGGGAATTTAGAAAAGCTTAACTTGAAGCCATGGAGGATT  150

seq1  GCTTAAATGAATATGTAATGCACTTTAAATAGAACATTATCCAGCCATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAATGAATATGTAATGCACTTTAAATAGAACATTATCCAGCCATTA  200

seq1  AAATGATATTACAGATGGATAATAATAAGATATTGGGATTCAAGAAACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATATTACAGATGGATAATAATAAGATATTGGGATTCAAGAAACTG  250

seq1  GCCAAATGAAGGTGCATGGTGTTTAGCTCTCCCCAAACAGAAAGGACCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATGAAGGTGCATGGTGTTTAGCTCTCCCCAAACAGAAAGGACCAA  300

seq1  AACAACAGCGTTTCCATTTAAACTCTCTAAATGGGAGCACTAGAGAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAGCGTTTCCATTTAAACTCTCTAAATGGGAGCACTAGAGAGCAA  350

seq1  TAACAGCTGAGACCAGAAGGATGACAGTGTGCTCTGGCTTACTACATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCTGAGACCAGAAGGATGACAGTGTGCTCTGGCTTACTACATAGA  400

seq1  GAAGGGGGCAGCCCTGCTAACACTGCTCAACTGCCCATTGTGATTACCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGGGCAGCCCTGCTAACACTGCTCAACTGCCCATTGTGATTACCTC  450

seq1  AGAGACAGTGGTGAGGTGCTGTGGGAGAAATAAAACCAGAGGCTCCCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGTGGTGAGGTGCTGTGGGAGAAATAAAACCAGAGGCTCCCTAG  500

seq1  AAGTTCCTGTTAGCATTGTGGATACCTGCTAAGGTCTCCCTCCAGCCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCCTGTTAGCATTGTGGATACCTGCTAAGGTCTCCCTCCAGCCCTG  550

seq1  AATACAGACTCAGCAACAGCCTAGACTACACATAGCTGTGCTATTTCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGACTCAGCAACAGCCTAGACTACACATAGCTGTGCTATTTCCAA  600

seq1  GGGAGTCCATGGTATGTTTCTTTCTTATGATTAAGATACTAAGTGCTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCCATGGTATGTTTCTTTCTTATGATTAAGATACTAAGTGCTGGT  650

seq1  CCCTCTCCAATCTCTCTGCTCCTAAGATGTTCTGTAGGTATTGTGCCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCCAATCTCTCTGCTCCTAAGATGTTCTGTAGGTATTGTGCCATA  700

seq1  TTTACACATAGCCGTTCCTAGGGTTTGCCTTCAGCTTTCTTATCCTGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACATAGCCGTTCCTAGGGTTTGCCTTCAGCTTTCTTATCCTGAGC  750

seq1  AGGAGTGGCTGGAAGCACACCATCTCCCTTGTTTGAGTGGCTACTCTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGGCTGGAAGCACACCATCTCCCTTGTTTGAGTGGCTACTCTGTT  800

seq1  CTTGGCATGCAGGCTCAGGGAACAAGCTATAGCTGGGATGCTCATGGCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCATGCAGGCTCAGGGAACAAGCTATAGCTGGGATGCTCATGGCCA  850

seq1  AGCAATGTCCTGTCATTCAGGACACCAGTGCTGTCTTCTGCTCTCCAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGTCCTGTCATTCAGGACACCAGTGCTGTCTTCTGCTCTCCAGGG  900

seq1  TTAGAGCAATATTCAATCCCTAGTCAGATTGACCTTCATCCATAAATCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCAATATTCAATCCCTAGTCAGATTGACCTTCATCCATAAATCCC  950

seq1  TAGTCAGATTGACAACACCATAGTTAGTGGGAGAACTGCATCTATCACAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGATTGACAACACCATAGTTAGTGGGAGAACTGCATCTATCACAC  1000

seq1  AGAGGGGTTAACCTGCCTCATATC-ACAGGTACCATGGTAGTTCTCAGGC  1049
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGTTAACCTGCCTCATATCAACAGGTACCATGGTAGTTCTCAGGC  1050

seq1  ATGTTCGTTGTGCCCTAGAACATGATACCTCTGGGCTAGCCT-ACAG-CT  1097
      ||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||| || |||| ||
seq2  ATGTTCG-TGTGCCCTAGAACATGAATACTCTGGGCTAGGCTAACAGCCT  1099

seq1  AGGTCAGATCTAACACCAATATAGATGTCC-TCAGTTAAATCTCACCATT  1146
      ||||||||||||   |||||||  |||||| |||| | |||||||||| |
seq2  AGGTCAGATCTACACCCAATATGAATGTCCTTCAG-TCAATCTCACCA-T  1147

seq1  GTAAAAAGAAAAGGAGGGTGGATTATCTATAAAGCTG-TGCTAC-TAAAG  1194
      || |||||||| ||| |||||| |||||||  ||||| |||||| | |||
seq2  GT-AAAAGAAAGGGA-GGTGGA-TATCTAT--AGCTGTTGCTACTTTAAG  1192

seq1  CGATATTGA-CCTTGC  1209
      |||| ||||  |||||
seq2  CGAT-TTGAGGCTTGC  1207


seq1: chr3_158181953_158183151
seq2: B6Ng01-178A14.g_63_1244 (reverse)

seq1  GTGTTTGAGCG--TTTTACCTGCATGCATATGCACGGAGTGTGTGGTTGG  48
      |||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  GTGTTTGAGCGCTTCTTACCTGCATGCATATGCACGAAGTGT-TGGTTGG  49

seq1  TGCCTACAGAGGTCAGAAAAGGGTGTTGGATTGCTGGGACTAGATATACA  98
      |  ||||||| ||||||||  ||||| | || ||||| ||||||||||||
seq2  T--CTACAGA-GTCAGAAA--GGTGTCGAATGGCTGGAACTAGATATACA  94

seq1  GATGATTCTAAGACA-CCACATAGCTGCTGGGAATTGAACTCAGGCCCAA  147
      ||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||   |||||||| 
seq2  GATGATTCT-AGACACCCACATAGCTGCTGGGA--TGA--CCAGGCCCA-  138

seq1  TTTAAGAACAACAAATGGTCTTTACAGCCAAACCAATCCTCCAGTTCTCG  197
        | |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  --TTAGAACAACAAATGGTC-TTACAGCC-AACCAAT-CTCCAGTTCTCG  183

seq1  AGATAAGTTTTAACAGTTTTTGGAAATTGGACACCTTGTAGTACGTACAC  247
      ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGTTT--ACAG-TTTTGGAAATTGGACACCTTGTAGTACGTACAC  230

seq1  ACAAACTTCTAGAAAATTCAGAAGGTATGTGAATGGTCTGTCCTTTTCAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTTCTAGAAAATTCAGAAGGTATGTGAATGGTCTGTCCTTTTCAT  280

seq1  TCTATTCCTCCAGCACTCCTCACAGCCAATTATAGCTTGACTTTTATAGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCCTCCAGCACTCCTCACAGCCAATTATAGCTTGACTTTTATAGG  330

seq1  CACTTATTTTTTCATTTATTGGCACTTTGTAATCTGTATTATTTTATCTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATTTTTTCATTTATTGGCACTTTGTAATCTGTATTATTTTATCTC  380

seq1  ACAAATCTTAGCGTGTCCAAGTCACCCTAAAACCTGATGCCACTGAGACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCTTAGCGTGTCCAAGTCACCCTAAAACCTGATGCCACTGAGACA  430

seq1  ACATGGTTGAAGCAAAGCAGAGATATTGGCATATTTAGAACTACTTACAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTTGAAGCAAAGCAGAGATATTGGCATATTTAGAACTACTTACAA  480

seq1  ATAATTACAGCAAAATCCATCTAGCCACAAAGTGATGACAAAATACTGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTACAGCAAAATCCATCTAGCCACAAAGTGATGACAAAATACTGCA  530

seq1  TCCCTTCATCAAAACAGAAGCTTTCCTTAATGCTTTTATCCCAAGGTCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCATCAAAACAGAAGCTTTCCTTAATGCTTTTATCCCAAGGTCCT  580

seq1  GCTCTCTGTCAGAGTTAATCCAATAATTCAGGCCACTAAGTCTAGCTAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTGTCAGAGTTAATCCAATAATTCAGGCCACTAAGTCTAGCTAAG  630

seq1  GTGTTAATGGTGCCCTGTCTTGCTTTAGCAGATTACTTCTATAATTCACC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAATGGTGCCCTGTCTTGCTTTAGCAGATTACTTCTATAATTCACC  680

seq1  TGCCTCTCACTCACAGAGGAATTATTGGGTGACTTTACAGGATGTCAGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCACTCACAGAGGAATTATTGGGTGACTTTACAGGATGTCAGTT  730

seq1  TCTTTAAAGGCCATTTATTTATGGTGAAAATAATTTTATTCTTTAGTTCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAGGCCATTTATTTATGGTGAAAATAATTTTATTCTTTAGTTCC  780

seq1  AAAGTAAAATAATGACATTTGGCTATGTGCAATAGAATAAAATAAAAAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAAATAATGACATTTGGCTATGTGCAATAGAATAAAATAAAAAAT  830

seq1  GAATGGGCCATATAAAATAAAATTAGTAGACTGGACTTTTTTGAGAGATA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGCCATATAAAATAAAATTAGTAGACTGGACTTTTTTGAGAGATA  880

seq1  TGGGATTCTAGATCTTTTTTGAATTTGAAAAAAAAGGTGTATCTATGAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTCTAGATCTTTTTTGAATTTGAAAAAAAAGGTGTATCTATGAAA  930

seq1  AATCTTAGAAATAACAATATAAAGGCCATTATTTGGAGTTTTAAAATATG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTAGAAATAACAATATAAAGGCCATTATTTGGAGTTTTAAAATATG  980

seq1  TTTTTAATGGAGATGGAGTTATATCAACTTCCTTCATCCCTAGAAGTCCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATGGAGATGGAGTTATATCAACTTCCTTCATCCCTAGAAGTCCT  1030

seq1  AAAAATATAGTTTATTTCTCTGACTCCAAAGAAATTGTAAAACCAACACA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATAGTTTATTTCTCTGACTCCAAAGAAATTGTAAAACCAACACA  1080

seq1  CAATTTACAATATTGAAAAGCTTGCAAAGGCAAAACAGTAAAAAACCAAT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTACAATATTGAAAAGCTTGCAAAGGCAAAACAGTAAAAAACCAAT  1130

seq1  TCCTAAGTCTGATATTTGAGGTTTTGTATTTTTATGCTTGAAGAAAGAAT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGTCTGATATTTGAGGTTTTGTATTTTTATGCTTGAAGAAAGAAT  1180

seq1  TC  1199
      ||
seq2  TC  1182


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |