BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178A23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 80,513,121 - 80,620,285
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGria2
Upstream geneRxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik, EG626797
Downstream geneGlrb, EG626841, Pdgfc, LOC229443
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178A23.bB6Ng01-178A23.g
ACCGA005159GA005160
length1,1841,091
definitionB6Ng01-178A23.b B6Ng01-178A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,619,105 - 80,620,285)(80,513,121 - 80,514,218)
sequence
gaattcattagcatcacagacacaaaatatttataaatcttaaagttgtt
agaaggaaggtacaatttggggtatatttggaccccaagttaccttgtga
cttgagaatctctgagtttgtgtacatagtagcaaatgatgctgttccaa
gtgattcactgtgtccagacaattgagggcacagtctggaaatgatagaa
tattggattcacagcagagtattctaagattagagatttttttctataca
atgttatatgacttctccattattactcttagtattatttatctacctac
gtgaatgtaaatcatgtctttcttctcagtattcctttctcaatctctcc
atttttaaccaatattcccaagttctatttatttctagcttcagcaatga
atctcaaatgagaacgatgaatttatttgtccatggatgtaagtactggc
ttaatgtgggccatgtgacctaaatgctgggacatctgaacactgatcac
tgttttgtcaagcagaccagtctacaaacatatgaggaattaatcacagg
cttagaataaacgcaagtctcagaaattgagagtggttagattaagcaaa
ctctgacacagccttggcatcgattctatctatcaatgtgtttttcctgt
gtaaggcacctgcatgtattttcagtactgtcaaggtcaaataaattgat
ttttagtttacaatttatagtttcttttaacttattacaattttctatac
ttatatggcattgtctccttcaaaacaagtttatatagacctgatataat
ttttttaaaaagagatttatttatttatttatttatttatttatttattt
aaatatatatgagtacactgcccagaagagggcatcagatctcattacag
atggttgtgagccaccgtgtggtttctgggaattgaactcaggacctctg
gaagagtagtcagtgttcttaactgctgacttacctctccacccagtgat
attatttttaataaccaaattccttttagtgacttcttcttggctgatct
tgaagtgaaatcaactttcatggatagtattgtgaagggtttcagcaaga
gcgaaacaaatctggtggtcagctttgggcattagaccagacacctttca
aggtgggtagcaaagttctggttcctcacagctt

gaattctttccaggtaaacatacagtaagtgacacactgacaaatatgca
gagtaaatatgcagagtaaataaagctgtctggtgtggttactacccaca
aacctaaacaccagctctacaacagaaagctttaactatggaaaaccaga
gttgactatgagtgcatagagtcacttaccaatattgtggtgacaaccac
agttttgttttcaagcccagatgtgtcatttccagaggggagctcggtta
gggtgacaaccattttatccacttcactccagtacccaatctgaaaaaag
tgacagctgataaacacagagaaatgaaccatcttaatgtaataaactgg
atacttttcgaacccatgcctgtatccaaactaataccctcattaaccag
aatcctaaataacagcaaaaaatttacagtcataaacataatgtaattag
gattgaaactgtatatatatcatcttctaaagtgggttggatcttcattt
ttattatttgtttatttggttttgtttattcaaggtaagaacatgggatg
aatctatgctggtttgtgtagaactcaacatgcattcaaatcacaatcct
cctgcccccggtctgtcattcatagattaaaggcataagcaagtacaact
ggctcacttttcacattcctggataatttacattgtggagtaattatgca
aatatatcctaaacagtgatattttagccagactattttaaataaagatt
ttaattataaatttcaacacatgtttacatggctatttatttcttctaag
ctcattcaatctttagcagttgtcttatcttatacttacagtcttccctt
aaaaattaaaaaaaaaaaaaagtgtatatttctgcttacaggtactatca
tagattctactccactgttgcttaccaaaagtgagtctatttgattcaga
aaattgatctcaaaccttatgttgcttctagaagtagctcactaatgtct
acatgtatggctttttgacccagttggtgagactctcatgaatctgcctg
ctcacagtagaccccactctcagcttcacgtttacctccgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_80619105_80620285
seq2: B6Ng01-178A23.b_42_1225 (reverse)

seq1  AAGCTGTAGGAAACCAGACATTGGCTACCCACC-TGAAAGGTG-CTAGTC  48
      |||||||  | |||||||  || |||||||||| ||||||||| || |||
seq2  AAGCTGTGAGGAACCAGAACTTTGCTACCCACCTTGAAAGGTGTCTGGTC  50

seq1  TAATGCTCAAAACTGACTCACAGGGTTTGTTCTGCTCTTTGCTGAAA-CC  97
      |||||| |||| ||||| |||  | ||||||  |||| ||||||||| ||
seq2  TAATGCCCAAAGCTGAC-CACCAGATTTGTTTCGCTC-TTGCTGAAACCC  98

seq1  TTCACAATAACTAT-CATGAAAGTTGATTTCACTTCAAGATCAGCCAAG-  145
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTCACAAT-ACTATCCATGAAAGTTGATTTCACTTCAAGATCAGCCAAGA  147

seq1  AGAAGTCACTAAAAGGAATTTGGTTATT-AAAATAATATCACTGGGTGGA  194
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCACTAAAAGGAATTTGGTTATTAAAAATAATATCACTGGGTGGA  197

seq1  GAGGTAAGTCAGCAGTTAAGAACACTGACTACTCTTCCAGAGGTCCTGAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAAGTCAGCAGTTAAGAACACTGACTACTCTTCCAGAGGTCCTGAG  247

seq1  TTCAATTCCCAGAAACCACACGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTCCCAGAAACCACACGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATC  297

seq1  TGATGCCCTCTTCTGGGCAGTGTACTCATATATATTTAAATAAATAAATA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCCTCTTCTGGGCAGTGTACTCATATATATTTAAATAAATAAATA  347

seq1  AATAAATAAATAAATAAATAAATCTCTTTTTAAAAAAATTATATCAGGTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAATAAATAAATAAATCTCTTTTTAAAAAAATTATATCAGGTC  397

seq1  TATATAAACTTGTTTTGAAGGAGACAATGCCATATAAGTATAGAAAATTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAACTTGTTTTGAAGGAGACAATGCCATATAAGTATAGAAAATTG  447

seq1  TAATAAGTTAAAAGAAACTATAAATTGTAAACTAAAAATCAATTTATTTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGTTAAAAGAAACTATAAATTGTAAACTAAAAATCAATTTATTTG  497

seq1  ACCTTGACAGTACTGAAAATACATGCAGGTGCCTTACACAGGAAAAACAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGACAGTACTGAAAATACATGCAGGTGCCTTACACAGGAAAAACAC  547

seq1  ATTGATAGATAGAATCGATGCCAAGGCTGTGTCAGAGTTTGCTTAATCTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATAGATAGAATCGATGCCAAGGCTGTGTCAGAGTTTGCTTAATCTA  597

seq1  ACCACTCTCAATTTCTGAGACTTGCGTTTATTCTAAGCCTGTGATTAATT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTCTCAATTTCTGAGACTTGCGTTTATTCTAAGCCTGTGATTAATT  647

seq1  CCTCATATGTTTGTAGACTGGTCTGCTTGACAAAACAGTGATCAGTGTTC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATATGTTTGTAGACTGGTCTGCTTGACAAAACAGTGATCAGTGTTC  697

seq1  AGATGTCCCAGCATTTAGGTCACATGGCCCACATTAAGCCAGTACTTACA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCCCAGCATTTAGGTCACATGGCCCACATTAAGCCAGTACTTACA  747

seq1  TCCATGGACAAATAAATTCATCGTTCTCATTTGAGATTCATTGCTGAAGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGACAAATAAATTCATCGTTCTCATTTGAGATTCATTGCTGAAGC  797

seq1  TAGAAATAAATAGAACTTGGGAATATTGGTTAAAAATGGAGAGATTGAGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAAATAGAACTTGGGAATATTGGTTAAAAATGGAGAGATTGAGA  847

seq1  AAGGAATACTGAGAAGAAAGACATGATTTACATTCACGTAGGTAGATAAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATACTGAGAAGAAAGACATGATTTACATTCACGTAGGTAGATAAA  897

seq1  TAATACTAAGAGTAATAATGGAGAAGTCATATAACATTGTATAGAAAAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTAAGAGTAATAATGGAGAAGTCATATAACATTGTATAGAAAAAA  947

seq1  ATCTCTAATCTTAGAATACTCTGCTGTGAATCCAATATTCTATCATTTCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAATCTTAGAATACTCTGCTGTGAATCCAATATTCTATCATTTCC  997

seq1  AGACTGTGCCCTCAATTGTCTGGACACAGTGAATCACTTGGAACAGCATC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTGCCCTCAATTGTCTGGACACAGTGAATCACTTGGAACAGCATC  1047

seq1  ATTTGCTACTATGTACACAAACTCAGAGATTCTCAAGTCACAAGGTAACT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTACTATGTACACAAACTCAGAGATTCTCAAGTCACAAGGTAACT  1097

seq1  TGGGGTCCAAATATACCCCAAATTGTACCTTCCTTCTAACAACTTTAAGA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCCAAATATACCCCAAATTGTACCTTCCTTCTAACAACTTTAAGA  1147

seq1  TTTATAAATATTTTGTGTCTGTGATGCTAATGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAATATTTTGTGTCTGTGATGCTAATGAATTC  1184


seq1: chr3_80513121_80514218
seq2: B6Ng01-178A23.g_60_1150

seq1  GAATTCTTTCCAGGTAAACATACAGTAAGTGACACACTGACAAATATGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCAGGTAAACATACAGTAAGTGACACACTGACAAATATGCA  50

seq1  GAGTAAATATGCAGAGTAAATAAAGCTGTCTGGTGTGGTTACTACCCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAATATGCAGAGTAAATAAAGCTGTCTGGTGTGGTTACTACCCACA  100

seq1  AACCTAAACACCAGCTCTACAACAGAAAGCTTTAACTATGGAAAACCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAACACCAGCTCTACAACAGAAAGCTTTAACTATGGAAAACCAGA  150

seq1  GTTGACTATGAGTGCATAGAGTCACTTACCAATATTGTGGTGACAACCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACTATGAGTGCATAGAGTCACTTACCAATATTGTGGTGACAACCAC  200

seq1  AGTTTTGTTTTCAAGCCCAGATGTGTCATTTCCAGAGGGGAGCTCGGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGTTTTCAAGCCCAGATGTGTCATTTCCAGAGGGGAGCTCGGTTA  250

seq1  GGGTGACAACCATTTTATCCACTTCACTCCAGTACCCAATCTGAAAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGACAACCATTTTATCCACTTCACTCCAGTACCCAATCTGAAAAAAG  300

seq1  TGACAGCTGATAAACACAGAGAAATGAACCATCTTAATGTAATAAACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCTGATAAACACAGAGAAATGAACCATCTTAATGTAATAAACTGG  350

seq1  ATACTTTTCGAACCCATGCCTGTATCCAAACTAATACCCTCATTAACCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTCGAACCCATGCCTGTATCCAAACTAATACCCTCATTAACCAG  400

seq1  AATCCTAAATAACAGCAAAAAATTTACAGTCATAAACATAATGTAATTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTAAATAACAGCAAAAAATTTACAGTCATAAACATAATGTAATTAG  450

seq1  GATTGAAACTGTATATATATCATCTTCTAAAGTGGGTTGGATCTTCATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAAACTGTATATATATCATCTTCTAAAGTGGGTTGGATCTTCATTT  500

seq1  TTATTATTTGTTTATTTGGTTTTGTTTATTCAAGGTAAGAACATGGGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTTGTTTATTTGGTTTTGTTTATTCAAGGTAAGAACATGGGATG  550

seq1  AATCTATGCTGGTTTGTGTAGAACTCAACATGCATTCAAATCACAATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATGCTGGTTTGTGTAGAACTCAACATGCATTCAAATCACAATCCT  600

seq1  CCTGCCCCCGGTCTGTCATTCATAGATTAAAGGCATAAGCAAGTACAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCCCGGTCTGTCATTCATAGATTAAAGGCATAAGCAAGTACAACT  650

seq1  GGCTCACTTTTCACATTCCTGGATAATTTACATTGTGGAGTAATTATGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACTTTTCACATTCCTGGATAATTTACATTGTGGAGTAATTATGCA  700

seq1  AATATATCCTAAACAGTGATATTTTAGCCAGACTATTTTAAATAAAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATCCTAAACAGTGATATTTTAGCCAGACTATTTTAAATAAAGATT  750

seq1  TTAATTATAAATTTCAACACATGTTTACATGGCTATTTATTTCTTCTAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTATAAATTTCAACACATGTTTACATGGCTATTTATTTCTTCTAAG  800

seq1  CTCATTCAATCTTTAGCAGTTGTCTTATCTTATACTTACAGTCTTCCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCAATCTTTAGCAGTTGTCTTATCTTATACTTACAGTCTTCCCTT  850

seq1  AAAAATT--AAAAAAAAAAAAGTGTATATTTCTGCTTACAGGTACTATCA  898
      |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTAAAAAAAAAAAAAAGTGTATATTTCTGCTTACAGGTACTATCA  900

seq1  TAGATTCTACTCCACTGTTGCTTACCAAAAGTGAGTCTATTTGATTCAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTCTACTCCACTGTTGCTTACCAAAAGTGAGTCTATTTGATTCAGA  950

seq1  AAATTGATCTCAAACCTTATGTTGCTTCTAGAAGTAGCTCACTAATGTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGATCTCAAACCTTATGTTGCTTCTAGAAGTAGCTCACTAATGTCT  1000

seq1  ACATGTATGGGCTTTTTGACCCCAGTT-GTGAGGACTCCTCATTGAATCT  1047
      |||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||| |||| |||||||
seq2  ACATGTAT-GGCTTTTTGA-CCCAGTTGGTGA-GACT-CTCA-TGAATCT  1045

seq1  GCCTGCTCACAGGTAGACCCCACTCTCCAGCCTTCACGTTTTACCTTCCG  1097
      ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||
seq2  GCCTGCTCACA-GTAGACCCCACTCT-CAG-CTTCACG-TTTACC-TCCG  1090

seq1  G  1098
      |
seq2  G  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |