BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178P23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 16,477,393 - 16,636,811
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040034
Upstream geneLOC668101, LOC100038947, LOC622425, LOC664795, LOC381484, Ythdf3
Downstream geneLOC100040059, EG383936, LOC622737
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178P23.bB6Ng01-178P23.g
ACCGA005836GA005837
length1,050617
definitionB6Ng01-178P23.b B6Ng01-178P23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,477,393 - 16,478,443)(16,636,196 - 16,636,811)
sequence
gaattcccaacaaatggtgctggtctaattggatgtatgcatgtagaaac
atgcaaatagatccatatttatcattctgcatggctgcatatagacatac
agagccctgcctaccaccaccctgtgcaacatgggaggagaaagacactc
agagatctctgactgccataccactcacagatcagccctctggtacataa
taaaagtgggccatagacacacatgtgccagaggatgtcacaaaggggcc
tgtcagatgaattgccagcctgtagcaggagcctttaaaagtatgtggca
gttggtaaagaaagagatatttagtagcttgagcataatgaagagagttg
tacttggaaacttaagggtggtgaggagtagcctgttagaagtggccagc
cttctctggctaagcagcagcagcagaggtgagtgttcatgtccttggct
catatcaccattagaggacatgggaacgactctggctaggtcaggcactg
gagaccatatgaatgtcaagcagttgtgcagaactgtccccgctactcac
tggctaagtgctctggaaagctggtcctacctctcacatgtggcagcact
tgggggcacaggccccgcatctcacccaggcagcacagtggagctggccc
tggtggcaagggtatgtatgagcctccccaattcagtgaatgtatgagag
ctgccccttctactcatctgctgtggagtttagccaacactttcttccta
agtatatggagctgtgaaatcatgctagaattggacactgaaggcagttg
aagtagagaatcttgtgtttgatctatcttggattgctactcattggaac
aaagaggacaacaagcattaaagtaggaccagtttttgtgtaggtgaagt
gtgtgtttgaaaatactcagatagcccttccgctcgactcgagactcgag
ccccgggctaccttgccagcagaagtcttgccaacacccgcaaggcccac
acggacctccccacgggaccctaagacctctggtgagtggaacacagcgc


gaattcactactcttaaggctaacttgtaaaattttgcagtgagaaggga
ttggataggtgtactggctagttttgtatcaagttgacacaggctggagt
aatcacagagaaaggagcttcagttggggaaatgcctccaggagattcaa
ctgtaaggcattttcttaattagtgatcaaggcagaaaggtcccttgtgg
gtggtgccatctctgggcttgtagtcttggttctataagagagtaggctg
agcaagccaggggaagcaagccagtaaagaagatccctccatggcttctg
catcagctcctgctttctgacctgcttgagttccagtcctgacttccttc
agtgatgaacagcaatgtggaagagtaagctgaataaacccttttctccc
caacttgcttcttggtcatgatgttttgtccaggaatagaaagcctggct
aagacaatagggttaaataaaatatggagtaggaagtaggtaaattggaa
tgaaaatcctatcggctcatagcatctctatgactatacaatgagcatat
ccaaatcaacaaatgctttgtatattttagaataaagcttcacacactga
ataagcgaaaacatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_16477393_16478443
seq2: B6Ng01-178P23.b_46_1095

seq1  GAATTCCCAACAAATGGTGCTGGTCTAATTGGATGTATGCATGTAGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAACAAATGGTGCTGGTCTAATTGGATGTATGCATGTAGAAAC  50

seq1  ATGCAAATAGATCCATATTTATCATTCTGCATGGCTGCATATAGACATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAATAGATCCATATTTATCATTCTGCATGGCTGCATATAGACATAC  100

seq1  AGAGCCCTGCCTACCACCACCCTGTGCAACATGGGAGGAGAAAGACACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCTGCCTACCACCACCCTGTGCAACATGGGAGGAGAAAGACACTC  150

seq1  AGAGATCTCTGACTGCCATACCACTCACAGATCAGCCCTCTGGTACATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCTCTGACTGCCATACCACTCACAGATCAGCCCTCTGGTACATAA  200

seq1  TAAAAGTGGGCCATAGACACACATGTGCCAGAGGATGTCACAAAGGGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTGGGCCATAGACACACATGTGCCAGAGGATGTCACAAAGGGGCC  250

seq1  TGTCAGATGAATTGCCAGCCTGTAGCAGGAGCCTTTAAAAGTATGTGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGATGAATTGCCAGCCTGTAGCAGGAGCCTTTAAAAGTATGTGGCA  300

seq1  GTTGGTAAAGAAAGAGATATTTAGTAGCTTGAGCATAATGAAGAGAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTAAAGAAAGAGATATTTAGTAGCTTGAGCATAATGAAGAGAGTTG  350

seq1  TACTTGGAAACTTAAGGGTGGTGAGGAGTAGCCTGTTAGAAGTGGCCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGAAACTTAAGGGTGGTGAGGAGTAGCCTGTTAGAAGTGGCCAGC  400

seq1  CTTCTCTGGCTAAGCAGCAGCAGCAGAGGTGAGTGTTCATGTCCTTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTGGCTAAGCAGCAGCAGCAGAGGTGAGTGTTCATGTCCTTGGCT  450

seq1  CATATCACCATTAGAGGACATGGGAACGACTCTGGCTAGGTCAGGCACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCACCATTAGAGGACATGGGAACGACTCTGGCTAGGTCAGGCACTG  500

seq1  GAGACCATATGAATGTCAAGCAGTTGTGCAGAACTGTCCCCGCTACTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCATATGAATGTCAAGCAGTTGTGCAGAACTGTCCCCGCTACTCAC  550

seq1  TGGCTAAGTGCTCTGGAAAGCTGGTCCTACCTCTCACATGTGGCAGCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAAGTGCTCTGGAAAGCTGGTCCTACCTCTCACATGTGGCAGCACT  600

seq1  TGGGGGCACAGGCCCCGCATCTCACCCAGGCAGCACAGTGGAGCTGGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGCACAGGCCCCGCATCTCACCCAGGCAGCACAGTGGAGCTGGCCC  650

seq1  TGGTGGCAAGGGTATGTATGAGCCTCCCCAATTCAGTGAATGTATGAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCAAGGGTATGTATGAGCCTCCCCAATTCAGTGAATGTATGAGAG  700

seq1  CTGCCCCTTCTACTCATCTGCTGTGGAGTTTAGCCAACACTTTCTTCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCTTCTACTCATCTGCTGTGGAGTTTAGCCAACACTTTCTTCCTA  750

seq1  AGTATATGGAGCTGTGAAATCATGCTAGAATTGGACACTGAAGGCAGTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATGGAGCTGTGAAATCATGCTAGAATTGGACACTGAAGGCAGTTG  800

seq1  AAGTAGAGAATCTTGTGTTTGATCTATCTTGGATTGCTACTCATTGGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAGAATCTTGTGTTTGATCTATCTTGGATTGCTACTCATTGGAAC  850

seq1  AAAGAGGACAACAAGCATTAAAGTAGGACCAGTTTTTGTGTAGGTGAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGACAACAAGCATTAAAGTAGGACCAGTTTTTGTGTAGGTGAAGT  900

seq1  GTGTGTTTGAAAATACTCAGATAGCCCTTCCGCTCGACTCGAGACTCGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTGAAAATACTCAGATAGCCCTTCCGCTCGACTCGAGACTCGAG  950

seq1  CCCCGGGCTACCTTGCCAGCAG-AGTCTTGCCCAACACCCGCAAGGGCCC  999
      |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  CCCCGGGCTACCTTGCCAGCAGAAGTCTTG-CCAACACCCGCAA-GGCCC  998

seq1  ACACGGGACTCCCCACGGGACCCTAAGACCTCTGGTGAGTGGAACACAGC  1049
      ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGACCTCCCCACGGGACCCTAAGACCTCTGGTGAGTGGAACACAGC  1048

seq1  GC  1051
      ||
seq2  GC  1050


seq1: chr3_16636196_16636811
seq2: B6Ng01-178P23.g_67_683 (reverse)

seq1  ATCATGTTTTCGCTT-TTCAGTGTGTGAAGCCTTATTCTAAAATATACAA  49
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTTTTCGCTTATTCAGTGTGTGAAGCTTTATTCTAAAATATACAA  50

seq1  AGCATTTGTTGATTTGGATATGCTCATTGTATAGTCATAGAGATGCTATG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTGTTGATTTGGATATGCTCATTGTATAGTCATAGAGATGCTATG  100

seq1  AGCCGATAGGATTTTCATTCCAATTTACCTACTTCCTACTCCATATTTTA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGATAGGATTTTCATTCCAATTTACCTACTTCCTACTCCATATTTTA  150

seq1  TTTAACCCTATTGTCTTAGCCAGGCTTTCTATTCCTGGACAAAACATCAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACCCTATTGTCTTAGCCAGGCTTTCTATTCCTGGACAAAACATCAT  200

seq1  GACCAAGAAGCAAGTTGGGGAGAAAAGGGTTTATTCAGCTTACTCTTCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGAAGCAAGTTGGGGAGAAAAGGGTTTATTCAGCTTACTCTTCCA  250

seq1  CATTGCTGTTCATCACTGAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTGTTCATCACTGAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCA  300

seq1  GAAAGCAGGAGCTGATGCAGAAGCCATGGAGGGATCTTCTTTACTGGCTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAGGAGCTGATGCAGAAGCCATGGAGGGATCTTCTTTACTGGCTT  350

seq1  GCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTACTCTCTTATAGAACCAAGACTACAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTACTCTCTTATAGAACCAAGACTACAAG  400

seq1  CCCAGAGATGGCACCACCCACAAGGGACCTTTCTGCCTTGATCACTAATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGATGGCACCACCCACAAGGGACCTTTCTGCCTTGATCACTAATT  450

seq1  AAGAAAATGCCTTACAGTTGAATCTCCTGGAGGCATTTCCCCAACTGAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATGCCTTACAGTTGAATCTCCTGGAGGCATTTCCCCAACTGAAG  500

seq1  CTCCTTTCTCTGTGATTACTCCAGCCTGTGTCAACTTGATACAAAACTAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCTCTGTGATTACTCCAGCCTGTGTCAACTTGATACAAAACTAG  550

seq1  CCAGTACACCTATCCAATCCCTTCTCACTGCAAAATTTTACAAGTTAGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACACCTATCCAATCCCTTCTCACTGCAAAATTTTACAAGTTAGCC  600

seq1  TTAAGAGTAGTGAATTC  616
      |||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGTAGTGAATTC  617


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |