BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183B19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 21,820,426 - 21,957,448
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665094, LOC100040325, 7530428D23Rik, LOC100039465
Downstream geneLOC100040353, Tbl1xr1, LOC545506, LOC675593, LOC100040378, LOC623751
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183B19.bB6Ng01-183B19.g
ACCGA008824GA008825
length1,0811,109
definitionB6Ng01-183B19.b B6Ng01-183B19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,820,426 - 21,821,507)(21,956,341 - 21,957,448)
sequence
gaattcactctctagaccaggatggccttgaacaactcatagatccactt
gcctctgcctcctgagtgctaggattaattaatgaatcattttaaaggga
tactattacgagcaagtttaaggtaaatgccagaaaaagatgtggttaaa
agaacatttgaggatatctaagactaggaaagataagcaaatggtaaatt
tcctgtagccccagctgacctcaaacttgctctataattaggatgacctt
gaactcttaaatctcctgccctggattcccaagtgctcctaaatactccc
aagtgccgggattatagggatgtaccactatgcccagtttacacggtgac
agagatcaaactcagggcctggtgcatgctgtgaagaaattctaccaact
gaactccagctccagttggtgattctacctcaagctctactgctctgtat
tttctgcaatgaccccaatccttgtactaagaatctcctccagacccaga
tgatgatccttctttagctaagtttggctttctttccactgctctccatc
taaaaccattgattagaaaattccagagggttggatagatggctcagcag
ttaagagcactgactgaacttccagaggtcctgagttcaaatcccagcaa
ccacatggtgactcacaaccatccgtaataaaatctgatgccctcttctg
gggtgtctgaagacagctacagtgtacttacataaaataaataaatttaa
aaaaaaaaaaaacttcttttagaaaatttcagaaataactagctcataag
ttttataaactgacagtcattctgaatactatggctcagggtaacatacc
accctccaatctcccccccaccccagccccaccctgggatgtgaattaat
cctttgtccagcatgtccacagtggacatgccacctacctatggcccact
ttgtagtttgtaaatcaactgtatagtaacacagtccttattttcaggta
tcccttaatttgccaaatatgatgcaaaacacataagtacagtgcacagt
tgctagtggggaagggaggaagggagggggg

gcatgtttgttccctgactgaatacttccttatatttctctaggagcact
cagctgggaagtcctagctagggaacggaaactgccttcaaaatgggctt
cttttgcaacccgattttctgggaggtcaaggtttgtttccaccctaatg
tggtcagtgtctcagctgccttacattttcgcagctcttcctcaactgac
tttgccttctcccttcctgtccttaacttcactgaattctcaatgcttct
ctttagttgccagttttgaccttccaggttggttggttggttgattggtt
ggtttttaaagacagggtttctctgtgtagctctggctgtcctggaactt
acttttttgaccaggagggcttcagacttgcacaggtccacccgcctttg
cttccccagtgctgagattaaagatgctcctgaccacccatggctgattt
ccagttttaattctggttgcttgcctttgtctattaagatctatgaaact
aagcacaaacctttaatctcagcacataggaggcagaagtcggatgatct
ctgtgagttagcgggcagcatagtgagttctggaacagccagagctacat
gatgagatgtctcaaaaacagcaacaacaagacctaaggaactaaccatt
ccttctttcacctctggtcactccaactctccaccccaaccccaagcatc
cgtacacatatcacaatcaacctgatatacgccacactacagacgaagtt
gtaagcgtcatttgttatttaagtgtgtatttacctttttgtggagagct
tttggggctgctgctaggcaggaatatgacattggccaaggacaaggaag
tacctcagcaggaattctgatttggggctagaacaagaagtaggcttaaa
ggcaaaaatatgacttttgggcttggacagggaaagtaggctcagattat
tcttttgtcatccctgattaagcccttagaacccttgatcatttcgagta
atcatgggactctgttattgccttgctgttctttcactatttgtgttaat
gccttgcttggtcttccactagactgacctttattacttgctgtaagaaa
tagtataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_21820426_21821507
seq2: B6Ng01-183B19.b_43_1123

seq1  GAATTCACTCTCTAGACCAGGATGGCCTTGAACAACTCATAGATCCACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTCTAGACCAGGATGGCCTTGAACAACTCATAGATCCACTT  50

seq1  GCCTCTGCCTCCTGAGTGCTAGGATTAATTAATGAATCATTTTAAAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTCCTGAGTGCTAGGATTAATTAATGAATCATTTTAAAGGGA  100

seq1  TACTATTACGAGCAAGTTTAAGGTAAATGCCAGAAAAAGATGTGGTTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTACGAGCAAGTTTAAGGTAAATGCCAGAAAAAGATGTGGTTAAA  150

seq1  AGAACATTTGAGGATATCTAAGACTAGGAAAGATAAGCAAATGGTAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATTTGAGGATATCTAAGACTAGGAAAGATAAGCAAATGGTAAATT  200

seq1  TCCTGTAGCCCCAGCTGACCTCAAACTTGCTCTATAATTAGGATGACCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAGCCCCAGCTGACCTCAAACTTGCTCTATAATTAGGATGACCTT  250

seq1  GAACTCTTAAATCTCCTGCCCTGGATTCCCAAGTGCTCCTAAATACTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTTAAATCTCCTGCCCTGGATTCCCAAGTGCTCCTAAATACTCCC  300

seq1  AAGTGCCGGGATTATAGGGATGTACCACTATGCCCAGTTTACACGGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCCGGGATTATAGGGATGTACCACTATGCCCAGTTTACACGGTGAC  350

seq1  AGAGATCAAACTCAGGGCCTGGTGCATGCTGTGAAGAAATTCTACCAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCAAACTCAGGGCCTGGTGCATGCTGTGAAGAAATTCTACCAACT  400

seq1  GAACTCCAGCTCCAGTTGGTGATTCTACCTCAAGCTCTACTGCTCTGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCAGCTCCAGTTGGTGATTCTACCTCAAGCTCTACTGCTCTGTAT  450

seq1  TTTCTGCAATGACCCCAATCCTTGTACTAAGAATCTCCTCCAGACCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCAATGACCCCAATCCTTGTACTAAGAATCTCCTCCAGACCCAGA  500

seq1  TGATGATCCTTCTTTAGCTAAGTTTGGCTTTCTTTCCACTGCTCTCCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATCCTTCTTTAGCTAAGTTTGGCTTTCTTTCCACTGCTCTCCATC  550

seq1  TAAAACCATTGATTAGAAAATTCCAGAGGGTTGGATAGATGGCTCAGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCATTGATTAGAAAATTCCAGAGGGTTGGATAGATGGCTCAGCAG  600

seq1  TTAAGAGCACTGACTGAACTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGCACTGACTGAACTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAA  650

seq1  CCACATGGTGACTCACAACCATCCGTAATAAAATCTGATGCCCTCTTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGGTGACTCACAACCATCCGTAATAAAATCTGATGCCCTCTTCTG  700

seq1  GGGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATAAAATAAATAAATTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATAAAATAAATAAATTTAA  750

seq1  AAAAAAAAAAAACTTCTTTTAGAAAATTTCAGAAATAACTAGCTCATAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAACTTCTTTTAGAAAATTTCAGAAATAACTAGCTCATAAG  800

seq1  TTTTATAAACTGACAGTCATTCTGAATACTATGGCTCAGGGTAACATACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAAACTGACAGTCATTCTGAATACTATGGCTCAGGGTAACATACC  850

seq1  ACCCTCCAATCT-CCCCCCACCCCAGCCCCACCCTGGGATGTGAATTAAT  899
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCCAATCTCCCCCCCACCCCAGCCCCACCCTGGGATGTGAATTAAT  900

seq1  CCTTTGTCCAGCATGTCCACAGTGGACATGCCACCTACCTATGGCCCACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTCCAGCATGTCCACAGTGGACATGCCACCTACCTATGGCCCACT  950

seq1  TTGTAGTTTGTAAATCAACTGTATAGTAACACAGTCCTTATTTTCAGGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTTTGTAAATCAACTGTATAGTAACACAGTCCTTATTTTCAGGTA  1000

seq1  TCCCTTATTTTGCCAAATAATGATGCAAAACACATAAGTACAGTGGCACA  1049
      ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  TCCCTTAATTTGCCAAAT-ATGATGCAAAACACATAAGTACAGT-GCAC-  1047

seq1  AGGTGCTAGTGGGGAAGGGAGGAA-GGAGGGGGG  1082
      || ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTTGCTAGTGGGGAAGGGAGGAAGGGAGGGGGG  1081


seq1: chr3_21956341_21957448
seq2: B6Ng01-183B19.g_76_1184 (reverse)

seq1  TTTATACTATTTTAATTACAGGCAAGTAAT-AAGGTCAGTTCTAGGTTGA  49
      ||||||||||||   ||||| ||||||||| |||||||| |||| || ||
seq2  TTTATACTATTT--CTTACA-GCAAGTAATAAAGGTCAG-TCTA-GTGGA  45

seq1  AGAACAAGCAAGGCAATAAACACAAATAGTGAAAGAACAAGCAAGGCAAT  99
      ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGACCAAGCAAGGC-ATTAACACAAATAGTGAAAGAAC-AGCAAGGCAAT  93

seq1  AAACAGAGTCCCATGATTACTCG-AATGATCAAGGTTTCTAAGGGCTT-A  147
       |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |
seq2  -AACAGAGTCCCATGATTACTCGAAATGATCAAGGGTTCTAAGGGCTTAA  142

seq1  TCA-GGATGAC-AAAGA--TATCTGAGCCTAC-TTCCCTGTCCAAGCCC-  191
      ||| ||||||| |||||   |||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  TCAGGGATGACAAAAGAATAATCTGAGCCTACTTTCCCTGTCCAAGCCCA  192

seq1  AAAGTCATATTTTTGCC-TTAAGCCTACTTCTTTGTTCTAGCCCCAAATC  240
      ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCATATTTTTGCCTTTAAGCCTACTTC-TTGTTCTAGCCCCAAATC  241

seq1  AG-ATTCCTGCCTGAGGTACTTCCTTGTCCTTGGCCAATGTCATATTCCT  289
      || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCCTG-CTGAGGTACTTCCTTGTCCTTGGCCAATGTCATATTCCT  290

seq1  GCCTAGCAGCAGCCCCAAAAGCTCTCCACAAAAAGGTAAATACACACTTA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGCAGCAGCCCCAAAAGCTCTCCACAAAAAGGTAAATACACACTTA  340

seq1  AATAACAAATGACGCTTACAACTTCGTCTGTAGTGTGGCGTATATCAGGT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAAATGACGCTTACAACTTCGTCTGTAGTGTGGCGTATATCAGGT  390

seq1  TGATTGTGATATGTGTACGGATGCTTGGGGTTGGGGTGGAGAGTTGGAGT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTGATATGTGTACGGATGCTTGGGGTTGGGGTGGAGAGTTGGAGT  440

seq1  GACCAGAGGTGAAAGAAGGAATGGTTAGTTCCTTAGGTCTTGTTGTTGCT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAGGTGAAAGAAGGAATGGTTAGTTCCTTAGGTCTTGTTGTTGCT  490

seq1  GTTTTTGAGACATCTCATCATGTAGCTCTGGCTGTTCCAGAACTCACTAT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGAGACATCTCATCATGTAGCTCTGGCTGTTCCAGAACTCACTAT  540

seq1  GCTGCCCGCTAACTCACAGAGATCATCCGACTTCTGCCTCCTATGTGCTG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCCGCTAACTCACAGAGATCATCCGACTTCTGCCTCCTATGTGCTG  590

seq1  AGATTAAAGGTTTGTGCTTAGTTTCATAGATCTTAATAGACAAAGGCAAG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAAGGTTTGTGCTTAGTTTCATAGATCTTAATAGACAAAGGCAAG  640

seq1  CAACCAGAATTAAAACTGGAAATCAGCCATGGGTGGTCAGGAGCATCTTT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGAATTAAAACTGGAAATCAGCCATGGGTGGTCAGGAGCATCTTT  690

seq1  AATCTCAGCACTGGGGAAGCAAAGGCGGGTGGACCTGTGCAAGTCTGAAG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCAGCACTGGGGAAGCAAAGGCGGGTGGACCTGTGCAAGTCTGAAG  740

seq1  CCCTCCTGGTCAAAAAAGTAAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTGGTCAAAAAAGTAAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGA  790

seq1  AACCCTGTCTTTAAAAACCAACCAATCAACCAACCAACCAACCTGGAAGG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGTCTTTAAAAACCAACCAATCAACCAACCAACCAACCTGGAAGG  840

seq1  TCAAAACTGGCAACTAAAGAGAAGCATTGAGAATTCAGTGAAGTTAAGGA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACTGGCAACTAAAGAGAAGCATTGAGAATTCAGTGAAGTTAAGGA  890

seq1  CAGGAAGGGAGAAGGCAAAGTCAGTTGAGGAAGAGCTGCGAAAATGTAAG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGGAGAAGGCAAAGTCAGTTGAGGAAGAGCTGCGAAAATGTAAG  940

seq1  GCAGCTGAGACACTGACCACATTAGGGTGGAAACAAACCTTGACCTCCCA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGAGACACTGACCACATTAGGGTGGAAACAAACCTTGACCTCCCA  990

seq1  GAAAATCGGGTTGCAAAAGAAGCCCATTTTGAAGGCAGTTTCCGTTCCCT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCGGGTTGCAAAAGAAGCCCATTTTGAAGGCAGTTTCCGTTCCCT  1040

seq1  AGCTAGGACTTCCCAGCTGAGTGCTCCTAGAGAAATATAAGGAAGTATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGGACTTCCCAGCTGAGTGCTCCTAGAGAAATATAAGGAAGTATTC  1090

seq1  AGTCAGGGAACAAACATGC  1108
      |||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGGAACAAACATGC  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |