BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183K02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 125,758,306 - 125,901,723
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNdst4, Ugt8a
Downstream geneArsj, Camk2d, Ank2, LOC100043749
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183K02.bB6Ng01-183K02.g
ACCGA009206GA009207
length1,1221,127
definitionB6Ng01-183K02.b B6Ng01-183K02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,900,597 - 125,901,723)(125,758,306 - 125,759,434)
sequence
gaattcagtgaaatagaaattactgacacttcttgaaatttagtttgaaa
aatactttgggggagagtttgaaacaggatcttgtgtatagcacaggcta
gttttgcatttgtttcttggcccagtctaacctcaagttcacagccattg
ccttgctttgacatgcttctcttgtaaacttcatttgtaagagcaaatgt
ctttaaaagtcagttgaaatgttggtgaaaaagaataataatcagaaggc
ctactgccaacgtccaaatgaaataaagatgagagctgagattgaatggg
attagtacattaatgtgttgcagactaatacaaggtagggatgtcagagc
agcttgtgtttatatagaagtgcaatttgttcaaggttgtttcatatcag
taagaaagacaatattcacttagaggtaaagagaccccatgcaatctatt
tgtgaaagaatcaattattccagggtggtctaagagctacttaggtaaat
ttcacattcctgaaatcggtctaaatcacttagttaataaagacacatag
tttgggatcctttatgttatttcttagatatatgtgcaatataataatca
ccttggtcttagactaaggaatttattgctggtcactagttatcacaatg
tagaagaataaactcgaaaaaggttagggatgcttgtgtatgcacacata
catatacagaggcatgtgtattgcaggcgaaaccagagatgaaaatacaa
ggaatttatacatcattgaggcaaaattctatgtctcatgtccccttgct
gatcatctctcatgggtggaaagcaactccctccactcaagtcacagtca
gcttttctctgttgcttgtgtatcactcagggactccaagttaaaacaaa
aagttatcttaaaaattgtatttattatttatttattcattcattcattc
attcattcattcatttattggtttgtccctgaaattcttttctgtagacc
agctgggcctcaaaccctgcagtctttctgctctgcccacttgatgtggc
caccactgttctagccagagatccgagttttatttcctttcctatcctat
gcatgtcatatttatattctac

gaattcaatatacccatgaagtaggttttatgagacaaggtgaagacttt
gggatgaggggattatgataggccagggagaaaggaggagaggaaataat
ttcaaaaagcagacttccggctccttccagcatgagacctgggtcaacat
gaggttttgcttttcttccttgcttggcaattgtgttcaatggctcctat
ctgtactaggctctgattgttttgggtaactttttccatactgaagcctc
ctactactgtgaaaccaagggctaagaatcctgtatttaaaccactggag
aacaatggagggtaatatccttaagcctgatttgtcagcaagattcttcc
cagttattggtactaaaaaatgctaagacatcacaaggcacctcttatga
tagctctaggaatggaggttagcagagggatgctggagaagccaatgtgt
gccttagacatgacatcaagatataagaaaatactaccatcaaactggga
attgggttatattggaactaaaaactaagtctggaaattttatgaacatg
gacaaaatttagctttcttatacctaatgaattgtggctgaccaaagtac
tacaaattcaatgtcgctacctctgataaatgccacatggaaaactttca
ggaccatgtggctaatagatgatacttggttgatggttcacactcatgag
atacttgatttgatacagaacaggcaagtagcctttctgtaacccatgag
tattactcctgcagatggcttacagggtgacaaagaagaggagctctagg
aagctacaccaggtattttagcaggaagttgactctcatactccttacat
gtcaatcctgtcacccaatgctggaaatgctcctaagtatagttttttgg
gccagaaaacaaacaaaaatatttttcaagttttttttgtaataatgaat
cttttcagaatagattactatatagtgagctagagttacttcaaatagac
agtcttgaaccaagacctccttgatgtatcatttagctgtggcaacaatg
gaactattgaagggagtggggttatttagaaacaacgttctctgattgga
acattttctcatctacctacacatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_125900597_125901723
seq2: B6Ng01-183K02.b_43_1164 (reverse)

seq1  GTAGATTATAAATATGAACATGGCCAATAGGATAGGAAA-GAATTAAAAC  49
      ||||| |||||||||| |||||    ||||||||||||| ||| ||||||
seq2  GTAGAATATAAATATG-ACATG---CATAGGATAGGAAAGGAAATAAAAC  46

seq1  TCGGGAATCTCTGGCTAG-ACAGTGGTGGCCAACACTCAAGTGGGCAGAA  98
      ||||  |||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |
seq2  TCGG--ATCTCTGGCTAGAACAGTGGTGGCC-ACA-TCAAGTGGGCAG-A  91

seq1  GCAGGAAGACCTGCAGGGTTTGAGG-CCAGCTGGTCTACAG-AAAGAATT  146
      |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCAGAAAGA-CTGCAGGGTTTGAGGCCCAGCTGGTCTACAGAAAAGAATT  140

seq1  TCA-GGACAAACCAATAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATAA  195
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGACAAACCAATAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATAA  190

seq1  ATAAATAATAAATACAATTTTTAAGATAACTTTTTGTTTTAACTTGGAGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAATAAATACAATTTTTAAGATAACTTTTTGTTTTAACTTGGAGT  240

seq1  CCCTGAGTGATACACAAGCAACAGAGAAAAGCTGACTGTGACTTGAGTGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGTGATACACAAGCAACAGAGAAAAGCTGACTGTGACTTGAGTGG  290

seq1  AGGGAGTTGCTTTCCACCCATGAGAGATGATCAGCAAGGGGACATGAGAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTTGCTTTCCACCCATGAGAGATGATCAGCAAGGGGACATGAGAC  340

seq1  ATAGAATTTTGCCTCAATGATGTATAAATTCCTTGTATTTTCATCTCTGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATTTTGCCTCAATGATGTATAAATTCCTTGTATTTTCATCTCTGG  390

seq1  TTTCGCCTGCAATACACATGCCTCTGTATATGTATGTGTGCATACACAAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGCCTGCAATACACATGCCTCTGTATATGTATGTGTGCATACACAAG  440

seq1  CATCCCTAACCTTTTTCGAGTTTATTCTTCTACATTGTGATAACTAGTGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTAACCTTTTTCGAGTTTATTCTTCTACATTGTGATAACTAGTGA  490

seq1  CCAGCAATAAATTCCTTAGTCTAAGACCAAGGTGATTATTATATTGCACA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAATAAATTCCTTAGTCTAAGACCAAGGTGATTATTATATTGCACA  540

seq1  TATATCTAAGAAATAACATAAAGGATCCCAAACTATGTGTCTTTATTAAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTAAGAAATAACATAAAGGATCCCAAACTATGTGTCTTTATTAAC  590

seq1  TAAGTGATTTAGACCGATTTCAGGAATGTGAAATTTACCTAAGTAGCTCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGATTTAGACCGATTTCAGGAATGTGAAATTTACCTAAGTAGCTCT  640

seq1  TAGACCACCCTGGAATAATTGATTCTTTCACAAATAGATTGCATGGGGTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCACCCTGGAATAATTGATTCTTTCACAAATAGATTGCATGGGGTC  690

seq1  TCTTTACCTCTAAGTGAATATTGTCTTTCTTACTGATATGAAACAACCTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACCTCTAAGTGAATATTGTCTTTCTTACTGATATGAAACAACCTT  740

seq1  GAACAAATTGCACTTCTATATAAACACAAGCTGCTCTGACATCCCTACCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAATTGCACTTCTATATAAACACAAGCTGCTCTGACATCCCTACCT  790

seq1  TGTATTAGTCTGCAACACATTAATGTACTAATCCCATTCAATCTCAGCTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTAGTCTGCAACACATTAATGTACTAATCCCATTCAATCTCAGCTC  840

seq1  TCATCTTTATTTCATTTGGACGTTGGCAGTAGGCCTTCTGATTATTATTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTTATTTCATTTGGACGTTGGCAGTAGGCCTTCTGATTATTATTC  890

seq1  TTTTTCACCAACATTTCAACTGACTTTTAAAGACATTTGCTCTTACAAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCACCAACATTTCAACTGACTTTTAAAGACATTTGCTCTTACAAAT  940

seq1  GAAGTTTACAAGAGAAGCATGTCAAAGCAAGGCAATGGCTGTGAACTTGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTACAAGAGAAGCATGTCAAAGCAAGGCAATGGCTGTGAACTTGA  990

seq1  GGTTAGACTGGGCCAAGAAACAAATGCAAAACTAGCCTGTGCTATACACA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGACTGGGCCAAGAAACAAATGCAAAACTAGCCTGTGCTATACACA  1040

seq1  AGATCCTGTTTCAAACTCTCCCCCAAAGTATTTTTCAAACTAAATTTCAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTGTTTCAAACTCTCCCCCAAAGTATTTTTCAAACTAAATTTCAA  1090

seq1  GAAGTGTCAGTAATTTCTATTTCACTGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTCAGTAATTTCTATTTCACTGAATTC  1122


seq1: chr3_125758306_125759434
seq2: B6Ng01-183K02.g_63_1189

seq1  GAATTCAATATACCCATGAAGTAGGTTTTATGAGACAAGGTGAAGACTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATACCCATGAAGTAGGTTTTATGAGACAAGGTGAAGACTTT  50

seq1  GGGATGAGGGGATTATGATAGGCCAGGGAGAAAGGAGGAGAGGAAATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGAGGGGATTATGATAGGCCAGGGAGAAAGGAGGAGAGGAAATAAT  100

seq1  TTCAAAAAGCAGACTTCCGGCTCCTTCCAGCATGAGACCTGGGTCAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAAGCAGACTTCCGGCTCCTTCCAGCATGAGACCTGGGTCAACAT  150

seq1  GAGGTTTTGCTTTTCTTCCTTGCTTGGCAATTGTGTTCAATGGCTCCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTTTGCTTTTCTTCCTTGCTTGGCAATTGTGTTCAATGGCTCCTAT  200

seq1  CTGTACTAGGCTCTGATTGTTTTGGGTAACTTTTTCCATACTGAAGCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTAGGCTCTGATTGTTTTGGGTAACTTTTTCCATACTGAAGCCTC  250

seq1  CTACTACTGTGAAACCAAGGGCTAAGAATCCTGTATTTAAACCACTGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTACTGTGAAACCAAGGGCTAAGAATCCTGTATTTAAACCACTGGAG  300

seq1  AACAATGGAGGGTAATATCCTTAAGCCTGATTTGTCAGCAAGATTCTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGGAGGGTAATATCCTTAAGCCTGATTTGTCAGCAAGATTCTTCC  350

seq1  CAGTTATTGGTACTAAAAAATGCTAAGACATCACAAGGCACCTCTTATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATTGGTACTAAAAAATGCTAAGACATCACAAGGCACCTCTTATGA  400

seq1  TAGCTCTAGGAATGGAGGTTAGCAGAGGGATGCTGGAGAAGCCAATGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTAGGAATGGAGGTTAGCAGAGGGATGCTGGAGAAGCCAATGTGT  450

seq1  GCCTTAGACATGACATCAAGATATAAGAAAATACTACCATCAAACTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAGACATGACATCAAGATATAAGAAAATACTACCATCAAACTGGGA  500

seq1  ATTGGGTTATATTGGAACTAAAAACTAAGTCTGGAAATTTTATGAACATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTTATATTGGAACTAAAAACTAAGTCTGGAAATTTTATGAACATG  550

seq1  GACAAAATTTAGCTTTCTTATACCTAATGAATTGTGGCTGACCAAAGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAATTTAGCTTTCTTATACCTAATGAATTGTGGCTGACCAAAGTAC  600

seq1  TACAAATTCAATGTCGCTACCTCTGATAAATGCCACATGGAAAACTTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATTCAATGTCGCTACCTCTGATAAATGCCACATGGAAAACTTTCA  650

seq1  GGACCATGTGGCTAATAGATGATACTTGGTTGATGGTTCACACTCATGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCATGTGGCTAATAGATGATACTTGGTTGATGGTTCACACTCATGAG  700

seq1  ATACTTGATTTGATACAGAACAGGCAAGTAGCCTTTCTGTAACCCATGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGATTTGATACAGAACAGGCAAGTAGCCTTTCTGTAACCCATGAG  750

seq1  TATTACTCCTGCAGATGGCTTACAGGGTGACAAAGAAGAGGAGCTCTAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTCCTGCAGATGGCTTACAGGGTGACAAAGAAGAGGAGCTCTAGG  800

seq1  AAGCTACACCAGGTATTTTAGCAGGAAGTTGACTCTCATACTCCTTACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACACCAGGTATTTTAGCAGGAAGTTGACTCTCATACTCCTTACAT  850

seq1  GTCAATCCTGTCACCCAATGCTGGAAATGCTCCTAAGTATAGTTTTTT-G  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTCAATCCTGTCACCCAATGCTGGAAATGCTCCTAAGTATAGTTTTTTGG  900

seq1  GCCAGAAAACAAACAAAAATATTTTTCAAGTTTTTTTTGTAATAATGAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAAAACAAACAAAAATATTTTTCAAGTTTTTTTTGTAATAATGAAT  950

seq1  CTTTTCAGAATAGAATACTATATAGTGAGCTAGAGTTACTTCAAATAGAC  999
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGAATAGATTACTATATAGTGAGCTAGAGTTACTTCAAATAGAC  1000

seq1  AGTTCTTGAACCAAGACCTCCTTGAATGTATCATTTAGCCTGTGGCAACA  1049
      || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  AG-TCTTGAACCAAGACCTCCTTG-ATGTATCATTTAG-CTGTGGCAACA  1047

seq1  ATGGGACTATTG-AGGGAGTGGGGTTAATTAG-AACACAGTTCTCTGGAT  1097
      |||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||  ||||||||  |
seq2  ATGGAACTATTGAAGGGAGTGGGGTTATTTAGAAACAACGTTCTCTGATT  1097

seq1  GGGACATTTTCTTCATTCTA-CTACACAATGTA  1129
      || |||||||| ||| |||| |||||| |||||
seq2  GGAACATTTTC-TCA-TCTACCTACAC-ATGTA  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |