BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189A08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 149,180,624 - 149,310,545
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040354, Lphn2, LOC100040368, LOC668893, EG381483
Downstream geneLOC100040620, LOC100040633, LOC100040455, LOC100040463, LOC623554
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189A08.bB6Ng01-189A08.g
ACCGA013155GA013156
length8341,167
definitionB6Ng01-189A08.b B6Ng01-189A08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,180,624 - 149,181,457)(149,309,377 - 149,310,545)
sequence
gaattctcaatgtgagacccggcattcagaatgttgaacaaagaattgga
cacactgctcattgcttcacaaacagaattttcagcatcccaggcagcca
gagcttcgttgtcctctctgcaagaggaaacacttagatctgggagaaga
gactccgtcgcactgacacagctaccgtgatgtgcgtgcgctgcaggcct
ggacggcaaatggattttatttttaaactcccaaaagtttaatttgtttt
cccaaactctaggtctcttttactccacttaaaatacatagttgtcttct
ctagagtctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtc
ttgtcaggtttgttttgtggagcaaatgatatagtcactcagagactgtc
agaaacatcatcctgagatgtgccaaagtattacattccttcacctgcat
gtacagtagaatgtagtttccacacgatgacagcacaaggcatccttttc
tccttcctctggtttctaaatagtttaataataaaatttgtaaaccataa
agaacgaactatgtgacagctaatgactgcacgggaacactgctgaggtt
gccggtgtggtttgatgtctgcttaccgacaagaaaaaagagaaattaag
gatggaatgtgatattttaaagtaaagttttctgtggatctgagagcagc
tgcccatcaccaacaagagcaaagcctgtagctgtttaaatggatgcaaa
ctgaacgagttgaccctagttggagagggcaaagtaaatcacaaggaaaa
aggaagcggggctggggtggggtgtggtggggga

gaattcctataactcaacaacaaaataaaagccctgattaaaagtgggca
aggaaatcagtgaaatgacagttaaactttgctgtcaacctgctggatgt
ggaatcaccctgctgaatgaagaggtctctgtgtaagaataagtgtgagg
gatgctccccagggaagtctgaggaaaaaggatctacaaggaaggtgggt
ggtagcatcttatgagctagggatcacaagggaatcaaattgctactggc
actttgtaccctggctatctgctctgagctgtcctgtctcacactttcat
atgataaagaggcatgactctctgaaactgaatcaaatgaaatccttcct
ctctctagctgtacaggcacattcgaagttatcagaaaaagaaacatcaa
agtcatagtgaggtgaatttccaaacattagattagtggccataaacaaa
gaatattcaaaatcacaacatgtattgacaaggataaacaaaagtagaaa
ttgtgttgatagtaaaataattaaattttgtagaaaacaataattcaaaa
atcttgttgaattacgatataatacacatatccttctgaatatgtaacca
ggactttttaaatgctcaatagatgctatttatgtgtgtccctagcatac
caaagaggtaatcaattttagtatctgtcaaggacataaagaaacagact
acacatacagtgggatatttgcctttaaaaggaggaaaaatattgactta
tactacaacatggatgaatcttgaggacatgatactgaatgaattaacca
gtcaaaacaacataaatgttacatgatcccatttatatgagctccctaaa
gtagctagaagcacagagcagacccagaaatcttagttgctaacatctta
ggcaccagcatcttctgatctgaacctttttatggcgtacttgtcaattc
catcccgaatattttcaaagacaaaactcccaaatcaaacaaaacccaga
gagagaattcttgcagttactccttcatgaatgactccatcatccccaca
attaattcagccaaaaattcatcagagtcttcataggctcattcaactta
taaaatacatgccaggatgtttttattccacctgaatgctctcaagctat
tttcccttataacatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_149180624_149181457
seq2: B6Ng01-189A08.b_46_879

seq1  GAATTCTCAATGTGAGACCCGGCATTCAGAATGTTGAACAAAGAATTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAATGTGAGACCCGGCATTCAGAATGTTGAACAAAGAATTGGA  50

seq1  CACACTGCTCATTGCTTCACAAACAGAATTTTCAGCATCCCAGGCAGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGCTCATTGCTTCACAAACAGAATTTTCAGCATCCCAGGCAGCCA  100

seq1  GAGCTTCGTTGTCCTCTCTGCAAGAGGAAACACTTAGATCTGGGAGAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCGTTGTCCTCTCTGCAAGAGGAAACACTTAGATCTGGGAGAAGA  150

seq1  GACTCCGTCGCACTGACACAGCTACCGTGATGTGCGTGCGCTGCAGGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCGTCGCACTGACACAGCTACCGTGATGTGCGTGCGCTGCAGGCCT  200

seq1  GGACGGCAAATGGATTTTATTTTTAAACTCCCAAAAGTTTAATTTGTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGGCAAATGGATTTTATTTTTAAACTCCCAAAAGTTTAATTTGTTTT  250

seq1  CCCAAACTCTAGGTCTCTTTTACTCCACTTAAAATACATAGTTGTCTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACTCTAGGTCTCTTTTACTCCACTTAAAATACATAGTTGTCTTCT  300

seq1  CTAGAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTC  350

seq1  TTGTCAGGTTTGTTTTGTGGAGCAAATGATATAGTCACTCAGAGACTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGGTTTGTTTTGTGGAGCAAATGATATAGTCACTCAGAGACTGTC  400

seq1  AGCAACATCATCCTGAGATGTGCCAAAGTATTACATTCCTTCACCTGCAT  450
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACATCATCCTGAGATGTGCCAAAGTATTACATTCCTTCACCTGCAT  450

seq1  GTACAGTAGAATGTAGTTTCCACACGATGACAGCACAAGGCATCCTTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGTAGAATGTAGTTTCCACACGATGACAGCACAAGGCATCCTTTTC  500

seq1  TCCTTCCTCTGGTTTCTAAATAGTTTAATAATAAAATTTGTAAACCATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTCTGGTTTCTAAATAGTTTAATAATAAAATTTGTAAACCATAA  550

seq1  AGAACGAACTATGTGACAGCTAATGACTGCACGGGAACACTGCTGAGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGAACTATGTGACAGCTAATGACTGCACGGGAACACTGCTGAGGTT  600

seq1  GCCGGTGTGGTTTGATGTCTGCTTACCGACAAGAAAAAAGAGAAATTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGTGTGGTTTGATGTCTGCTTACCGACAAGAAAAAAGAGAAATTAAG  650

seq1  GATGGAATGTGATATTTTAAAGTAAAGTTTTCTGTGGATCTGAGAGCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAATGTGATATTTTAAAGTAAAGTTTTCTGTGGATCTGAGAGCAGC  700

seq1  TGCCCATCACCAACAAGAGCAAAGCCTGTAGCTGTTTAAATGGATGCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCATCACCAACAAGAGCAAAGCCTGTAGCTGTTTAAATGGATGCAAA  750

seq1  CTGAACGAGTTGACCCTAGTTGGAGAGGGCAAAGTAAATCACAAGGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACGAGTTGACCCTAGTTGGAGAGGGCAAAGTAAATCACAAGGAAAA  800

seq1  AGGAAGCGGGGCTGGGGTGGGGTGTGGTGGGGGA  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCGGGGCTGGGGTGGGGTGTGGTGGGGGA  834


seq1: chr3_149309377_149310545
seq2: B6Ng01-189A08.g_63_1229 (reverse)

seq1  CCATGGTTATAAAGAGAAAATAGACTTGAGAAGCATTCAGGTGAAATAAA  50
      |||| ||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||
seq2  CCAT-GTTAT-AAGGGAAAATAG-CTTGAG-AGCATTCAGGTGGAATAAA  46

seq1  AACATCTTGGCAATGTATTTTATAAGGTGAATGAG-CTATGAAGAACTCT  99
      |||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| 
seq2  AACATCCTGGC-ATGTATTTTATAAGTTGAATGAGCCTATGAAG-ACTC-  93

seq1  TGATGAATTTTTGGCTGATTTAA-TGTGGGGATGATGGAGTCATTCAATG  148
      |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGATGAATTTTTGGCTGAATTAATTGTGGGGATGATGGAGTCATTC-ATG  142

seq1  AAGGAGTAACTGCAAGAATTCTCTCTCTGGTTTTGTTTTGATTTGGGAGT  198
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||
seq2  AAGGAGTAACTGCAAGAATTCTCTCTCTGGGTTTTGTTTGATTTGGGAGT  192

seq1  TTTGTCTTTG-ATATATTC-GGATGGAATTGACAAGTACGCCAT-AAAAG  245
      |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTGTCTTTGAAAATATTCGGGATGGAATTGACAAGTACGCCATAAAAAG  242

seq1  GTTCAGATCAG-AGATGCTGGTGCCTAAGATGTTAGCAACTAAGATTTCT  294
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGATCAGAAGATGCTGGTGCCTAAGATGTTAGCAACTAAGATTTCT  292

seq1  GGGTCTGCTCTGTGCTTCTAGCTACTTTAGGGAGCTCATATAAATGGGAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTGCTCTGTGCTTCTAGCTACTTTAGGGAGCTCATATAAATGGGAT  342

seq1  CATGTAACATTTATGTTGTTTTGACTGGTTAATTCATTCAGTATCATGTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAACATTTATGTTGTTTTGACTGGTTAATTCATTCAGTATCATGTC  392

seq1  CTCAAGATTCATCCATGTTGTAGTATAAGTCAATATTTTTCCTCCTTTTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGATTCATCCATGTTGTAGTATAAGTCAATATTTTTCCTCCTTTTA  442

seq1  AAGGCAAATATCCCACTGTATGTGTAGTCTGTTTCTTTATGTCCTTGACA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAATATCCCACTGTATGTGTAGTCTGTTTCTTTATGTCCTTGACA  492

seq1  GATACTAAAATTGATTACCTCTTTGGTATGCTAGGGACACACATAAATAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTAAAATTGATTACCTCTTTGGTATGCTAGGGACACACATAAATAG  542

seq1  CATCTATTGAGCATTTAAAAAGTCCTGGTTACATATTCAGAAGGATATGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATTGAGCATTTAAAAAGTCCTGGTTACATATTCAGAAGGATATGT  592

seq1  GTATTATATCGTAATTCAACAAGATTTTTGAATTATTGTTTTCTACAAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTATATCGTAATTCAACAAGATTTTTGAATTATTGTTTTCTACAAAA  642

seq1  TTTAATTATTTTACTATCAACACAATTTCTACTTTTGTTTATCCTTGTCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTATTTTACTATCAACACAATTTCTACTTTTGTTTATCCTTGTCA  692

seq1  ATACATGTTGTGATTTTGAATATTCTTTGTTTATGGCCACTAATCTAATG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTTGTGATTTTGAATATTCTTTGTTTATGGCCACTAATCTAATG  742

seq1  TTTGGAAATTCACCTCACTATGACTTTGATGTTTCTTTTTCTGATAACTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAATTCACCTCACTATGACTTTGATGTTTCTTTTTCTGATAACTT  792

seq1  CGAATGTGCCTGTACAGCTAGAGAGAGGAAGGATTTCATTTGATTCAGTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATGTGCCTGTACAGCTAGAGAGAGGAAGGATTTCATTTGATTCAGTT  842

seq1  TCAGAGAGTCATGCCTCTTTATCATATGAAAGTGTGAGACAGGACAGCTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAGTCATGCCTCTTTATCATATGAAAGTGTGAGACAGGACAGCTC  892

seq1  AGAGCAGATAGCCAGGGTACAAAGTGCCAGTAGCAATTTGATTCCCTTGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGATAGCCAGGGTACAAAGTGCCAGTAGCAATTTGATTCCCTTGT  942

seq1  GATCCCTAGCTCATAAGATGCTACCACCCACCTTCCTTGTAGATCCTTTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTAGCTCATAAGATGCTACCACCCACCTTCCTTGTAGATCCTTTT  992

seq1  TCCTCAGACTTCCCTGGGGAGCATCCCTCACACTTATTCTTACACAGAGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGACTTCCCTGGGGAGCATCCCTCACACTTATTCTTACACAGAGA  1042

seq1  CCTCTTCATTCAGCAGGGTGATTCCACATCCAGCAGGTTGACAGCAAAGT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCATTCAGCAGGGTGATTCCACATCCAGCAGGTTGACAGCAAAGT  1092

seq1  TTAACTGTCATTTCACTGATTTCCTTGCCCACTTTTAATCAGGGCTTTTA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGTCATTTCACTGATTTCCTTGCCCACTTTTAATCAGGGCTTTTA  1142

seq1  TTTTGTTGTTGAGTTATAGGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTGTTGAGTTATAGGAATTC  1167


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |