BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190A16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 154,725,713 - 154,841,287
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFpgt, Lrrc44
Upstream geneSlc44a5, LOC100040980, Lhx8, LOC100040810, LOC100040829, Tyw3, Cryz, BC007180, Tnni3k
Downstream geneEG383956, Scp2-ps1, EG668902, LOC624519
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190A16.bB6Ng01-190A16.g
ACCGA013899GA013900
length1,0151,181
definitionB6Ng01-190A16.b B6Ng01-190A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,840,278 - 154,841,287)(154,725,713 - 154,726,917)
sequence
gaattctgtgtcatttgccactgactgacctcatttgatacttctgaatg
tattacaggtttatgatccatttgtgatatgccaactggtctcaccttat
ttcaaacaaatgtaatgatgacatgacccttcacaaaaggatgtgaagtg
gttgctactgttggaaaactctcctgacttctcagcacagagacacagcc
ttaaacagtgagcagaggttacagcattactatggggggcgggggtaaag
aatgaggtaagtgagggtgggtgaaggaataagatgaaggaaccaggcac
gccaacttctatcatatactgggtttctttgtgttctgtgaagtgtgaaa
atgtaatcaatggtactggcccacagctggcactttctgctttgtttttt
acaacacagtggagtttctgtgtttccttccttgtacccacacttacagc
tgcttccaccactgtcattggctgctgttagtgacaagcatacagcagca
cacaaagctcacactctgtgtgctttcaaatggtttatatgtgattttac
ttttggagatatctaatctattgtaaaaattaactactgaactatcacaa
cacacactggagcctgagttagaggtgtggcagcttgattctagtatgag
aaagttacacttgaattcgataccttttgtggtactttttctgtaaagat
gtatcctcactgtctttgatactcataaacacacataaacacacacacac
atacacacacacaaatcacatgcatcactgaggtcactatccacttcaca
gcactttgatagatgtggtgactcctgaatttgcattatttatcctttat
tttttcaattatttattattaaattattggttcacaagacatcccaatat
caccccctttcacctcccagtgtcccttcaaacagcctctcttccccaac
cttcaccttttaactctaagaagggggggaggcttccttggaatatcacc
ccccccctggcacat
gaattcattttttcagtcaccaattatccatccaaggctgtgcctcaaag
ctcaaagaaaactaagaagattcgggaacaacaaatcatttcaaggctca
gaaagattctccacataacatggttgctgagaaatctgtggaaatgtagc
taatatgctatgtactgcatagatcatttatatgagcattttggaaggct
tgcaggggtctgatttaataacttgccccatgttctttcaaacatgagac
accagtgttagggagaatcataggctgatagatctgctgaagtgtcctat
gtcctcaaaagttcagggtaagtcacctgtggcagttctaggattgtggg
aatcccatacctaccttttcgtatgttcccagccctgagacaggagagca
tcatgaaaatggcaagtgtgtggtttcctgggtgctcctaagttgctatg
ctgggtgtttccccagtgatggtctgctcagtgcattcaagaagaggcag
tctcttccaccactaccttgtcccacctcttgggaatctccagcatggaa
agctgggagccatgactaccaggccatttgcatttgttccctccagttga
cagggcagagatgtcatcagccttacccagaggctcagtgccctcagagc
aggatgctcacttttcttactgcttccattttatacatcacctgtgcagc
taggctcaggaactaacagtgaaaatactacatccccgttcccataaacc
ctgagtgagattaaacaatgagaaattaggtttatcagctggtatggtgc
aatttaaccatatggttcaggagtcaacaggaggacagttcatggacata
gaacttcctcagactctcatctctaaagtcaatgcttaggagacatgata
gagcaatatttacatgcttaatcagaatttctgaaaaatttgcatgtgtt
ttagttatacattactcttctaatgcatatataaatgacatccatatgac
tatactgtaggctttttcaagtagcactggagtgagagaggtgggctcta
tctactatttctttctgaatgctagagtgtcattccactatattgctact
gaaaaggtcatgctgctatttcaggaatgccaatggatcacagtctgggg
ttctggacatgcttcacaaacaacttggcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_154840278_154841287
seq2: B6Ng01-190A16.b_47_1061 (reverse)

seq1  ATGTGCCA-GGGTGTGGTGATA-TCCAAGGGAGCCCTCCCCCCTTCTTAG  48
      |||||||| ||| | ||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||
seq2  ATGTGCCAGGGGGGGGGTGATATTCCAAGGAAGCCTCCCCCCCTTCTTAG  50

seq1  AG-TCAAAGGTGAGGGGTGGGGAAGGAGAGGCTGTCTGAGGGGACACTGG  97
      || | |||||||| || ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||
seq2  AGTTAAAAGGTGAAGGTTGGGGAA-GAGAGGCTGTTTGAAGGGACACTGG  99

seq1  GAGGTGAAGGGGGCTGATATTGGGATGTACTGTGAACAAATAAATTAATA  147
      |||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||| 
seq2  GAGGTGAAAGGGGGTGATATTGGGATGTCTTGTGAACCAATAATTTAAT-  148

seq1  AATAAATAATTGAAAAAAATAAAGGATAAATACTGCAAATTCA-GAGTCA  196
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  AATAAATAATTG-AAAAAATAAAGGATAAATAATGCAAATTCAGGAGTCA  197

seq1  CCACATCTATCAAAGTGCTGTGAAGTGGATAGTGACCTCAGTGATGCATG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTATCAAAGTGCTGTGAAGTGGATAGTGACCTCAGTGATGCATG  247

seq1  TGATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTATGTGTGTTTATGAGTAT  296
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTTTATGTGTGTTTATGAGTAT  297

seq1  C-AAGACAGTGAGGATACATCTTTACAG-AAAAGTACCAC-AAAGGTATC  343
      | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  CAAAGACAGTGAGGATACATCTTTACAGAAAAAGTACCACAAAAGGTATC  347

seq1  GAATTCAAGTGTAACTTTCTCATACTAGAATCAAGCTGCCACACCTCTAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTGTAACTTTCTCATACTAGAATCAAGCTGCCACACCTCTAA  397

seq1  CTCAGGCTCCAGTGTGTGTTGTGATAGTTCAGTAGTTAATTTTTACAATA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCTCCAGTGTGTGTTGTGATAGTTCAGTAGTTAATTTTTACAATA  447

seq1  GATTAGATATCTCC-AAAGTAAAATCACATATAAACCATTTGAAAGCACA  492
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGATATCTCCAAAAGTAAAATCACATATAAACCATTTGAAAGCACA  497

seq1  CAGAGTGTGAGCTTTGTGTGCTGCTGTATGCTTGTCACTAACAGCAGCCA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGTGAGCTTTGTGTGCTGCTGTATGCTTGTCACTAACAGCAGCCA  547

seq1  ATGACAGTGGTGGAAGCAGCTGTAAGTGTGGGTACAAGGAAGGAAACACA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGTGGTGGAAGCAGCTGTAAGTGTGGGTACAAGGAAGGAAACACA  597

seq1  GAAACTCCACTGTGTTGTAAAAAACAAAGCAGAAAGTGCCAGCTGTGGGC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTCCACTGTGTTGTAAAAAACAAAGCAGAAAGTGCCAGCTGTGGGC  647

seq1  CAGTACCATTGATTACATTTTCACACTTCACAGAACACAAAGAAACCCAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACCATTGATTACATTTTCACACTTCACAGAACACAAAGAAACCCAG  697

seq1  TATATGATAGAAGTTGGCGTGCCTGGTTCCTTCATCTTATTCCTTCACCC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGATAGAAGTTGGCGTGCCTGGTTCCTTCATCTTATTCCTTCACCC  747

seq1  ACCCTCACTTACCTCATTCTTTACCCCCGCCCCCCATAGTAATGCTGTAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCACTTACCTCATTCTTTACCCCCGCCCCCCATAGTAATGCTGTAA  797

seq1  CCTCTGCTCACTGTTTAAGGCTGTGTCTCTGTGCTGAGAAGTCAGGAGAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCTCACTGTTTAAGGCTGTGTCTCTGTGCTGAGAAGTCAGGAGAG  847

seq1  TTTTCCAACAGTAGCAACCACTTCACATCCTTTTGTGAAGGGTCATGTCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAACAGTAGCAACCACTTCACATCCTTTTGTGAAGGGTCATGTCA  897

seq1  TCATTACATTTGTTTGAAATAAGGTGAGACCAGTTGGCATATCACAAATG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTACATTTGTTTGAAATAAGGTGAGACCAGTTGGCATATCACAAATG  947

seq1  GATCATAAACCTGTAATACATTCAGAAGTATCAAATGAGGTCAGTCAGTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATAAACCTGTAATACATTCAGAAGTATCAAATGAGGTCAGTCAGTG  997

seq1  GCAAATGACACAGAATTC  1010
      ||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGACACAGAATTC  1015

seq1: chr3_154725713_154726917
seq2: B6Ng01-190A16.g_62_1242

seq1  GAATTCATTTTTTCAGTCACCAATTATCCATCCAAGGCTGTGCCTCAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTTTCAGTCACCAATTATCCATCCAAGGCTGTGCCTCAAAG  50

seq1  CTCAAAGAAAACTAAGAAGATTCGGGAACAACAAATCATTTCAAGGCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGAAAACTAAGAAGATTCGGGAACAACAAATCATTTCAAGGCTCA  100

seq1  GAAAGATTCTCCACATAACATGGTTGCTGAGAAATCTGTGGAAATGTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATTCTCCACATAACATGGTTGCTGAGAAATCTGTGGAAATGTAGC  150

seq1  TAATATGCTATGTACTGCATAGATCATTTATATGAGCATTTTGGAAGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGCTATGTACTGCATAGATCATTTATATGAGCATTTTGGAAGGCT  200

seq1  TGCAGGGGTCTGATTTAATAACTTGCCCCATGTTCTTTCAAACATGAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGGTCTGATTTAATAACTTGCCCCATGTTCTTTCAAACATGAGAC  250

seq1  ACCAGTGTTAGGGAGAATCATAGGCTGATAGATCTGCTGAAGTGTCCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTGTTAGGGAGAATCATAGGCTGATAGATCTGCTGAAGTGTCCTAT  300

seq1  GTCCTCAAAAGTTCAGGGTAAGTCACCTGTGGCAGTTCTAGGATTGTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAAAAGTTCAGGGTAAGTCACCTGTGGCAGTTCTAGGATTGTGGG  350

seq1  AATCCCATACCTACCTTTTCGTATGTTCCCAGCCCTGAGACAGGAGAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCATACCTACCTTTTCGTATGTTCCCAGCCCTGAGACAGGAGAGCA  400

seq1  TCATGAAAATGGCAAGTGTGTGGTTTCCTGGGTGCTCCTAAGTTGCTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAAATGGCAAGTGTGTGGTTTCCTGGGTGCTCCTAAGTTGCTATG  450

seq1  CTGGGTGTTTCCCCAGTGATGGTCTGCTCAGTGCATTCAAGAAGAGGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGTTTCCCCAGTGATGGTCTGCTCAGTGCATTCAAGAAGAGGCAG  500

seq1  TCTCTTCCACCACTACCTTGTCCCACCTCTTGGGAATCTCCAGCATGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCACCACTACCTTGTCCCACCTCTTGGGAATCTCCAGCATGGAA  550

seq1  AGCTGGGAGCCATGACTACCAGGCCATTTGCATTTGTTCCCTCCAGTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGAGCCATGACTACCAGGCCATTTGCATTTGTTCCCTCCAGTTGA  600

seq1  CAGGGCAGAGATGTCATCAGCCTTACCCAGAGGCTCAGTGCCCTCAGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAGAGATGTCATCAGCCTTACCCAGAGGCTCAGTGCCCTCAGAGC  650

seq1  AGGATGCTCACTTTTCTTACTGCTTCCATTTTATACATCACCTGTGCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCTCACTTTTCTTACTGCTTCCATTTTATACATCACCTGTGCAGC  700

seq1  TAGGCTCAGGAACTAACAGTGAAAATACTACATCCCCGTTCCCATAAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCAGGAACTAACAGTGAAAATACTACATCCCCGTTCCCATAAACC  750

seq1  CTGAGTGAGATTAAACAATGAGAAATTAGGTTTATCAGGCTGGTATGGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGAGTGAGATTAAACAATGAGAAATTAGGTTTATCA-GCTGGTATGGTG  799

seq1  CAATTTAACCATATGGTTCAGGGAGTCAACAGGAGGACAGTTCATGGACA  850
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTAACCATATGGTTCA-GGAGTCAACAGGAGGACAGTTCATGGACA  848

seq1  TAGAACTTCCTCAGACTCTCATCTCTAAAGTCAATGCTTAGGAGACATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTTCCTCAGACTCTCATCTCTAAAGTCAATGCTTAGGAGACATGA  898

seq1  TAGAGCAAATATTTACATGCTTAATCAGAATTTCTGAAAAATTTGCATGT  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGC-AATATTTACATGCTTAATCAGAATTTCTGAAAAATTTGCATGT  947

seq1  GTTTTAGTTATAACATTACTCTTCTAATGCATATTATAAATGACAATCCA  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  GTTTTAGTTAT-ACATTACTCTTCTAATGCATA-TATAAATGAC-ATCCA  994

seq1  TAATGACTATAACCTGTAGGGCCTTTTTCAAGTTAGCACT-GAGTGAGAG  1049
      | |||||||||  |||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  T-ATGACTATA--CTGTAGG--CTTTTTCAAG-TAGCACTGGAGTGAGAG  1038

seq1  AGTGGGCCTCTATCTTACTTATTTCTTTCTGGAATGCTAAGAGTGTCCAT  1099
      ||  || ||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||   
seq2  AGGTGGGCTCTATC-TAC-TATTTCTTTCT-GAATGCT-AGAGTGTC--A  1082

seq1  TTCCACTATATTTGCTACTGAGAAAAGTCATGCTGCTATTTCAGG-ATGC  1148
      |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTCCACTATA-TTGCTACTGA-AAAGGTCATGCTGCTATTTCAGGAATGC  1130

seq1  AGTATGTATTTCACCATTCCTGGGGTTTCTGACCAATGCT--ACAAACAA  1196
         ||| |  ||||  |  ||||||||   |||  |||||  ||||||||
seq2  -CAATGGA--TCACAGT--CTGGGGTTCTGGAC--ATGCTTCACAAACAA  1173

seq1  CTTTGGCCA  1205
      | |||||||
seq2  C-TTGGCCA  1181