BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190M06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 152,707,872 - 152,857,388
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040750
Upstream geneLOC676548, Gipc2, Dnajb4, Fubp1, Nexn, C030011O14Rik, Usp33, Zzz3, Ak5, LOC100040705, Pigk, Rpl29-ps1, St6galnac5
Downstream geneSt6galnac3, EG545578, Asb17, Msh4, Rabggtb, Acadm, Slc44a5, LOC100040980
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190M06.bB6Ng01-190M06.g
ACCGA014440GA014441
length1,1781,132
definitionB6Ng01-190M06.b B6Ng01-190M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,856,195 - 152,857,388)(152,707,872 - 152,708,993)
sequence
gaattcaaacaacattaaaggtggacacaagcaggtgcagatatgcatct
ttttatcactttcgtctgtagacccattaatcttactgctctccatgtgc
attcacgctcagctttaggagttagcacgactgtgaattattctgatgat
ccctttcttacggaggaggtctcgtgtatactcgtctgcagagctccagt
gaaacttttctaatgtaaatgacagctatgtgcatccaatccctgtcttt
aaaagagctaaagaagcaaaactcataatgtatctctgtcccaactttca
cctgttgtgctggctagttgtctgtcagtgacacaatccggagtcatttg
ggaaagaggaacatcaactgagacagtttctccacattaagggttgatgt
ggggccccatctgggcatccctgaacatgaggtcctaagtgcataagaaa
gtaaggctgagaaggccagggagacaaactaggaagtagcatccttccat
gtactctgcttcaatccctaccttcatgtttgtgacttgagttcatgccc
tgacttcactcagtgatggaccgtcttccatatgtgtaagacaaatgaat
cctctcttccccaaattgtttctggtcatggtgtttatcacagcgagaga
aagcacactaggacacctgttgtctagagaaaatctaatagaggagtcgc
ctctttcatccgagaaaataaattctgtgttgtaaatgagttacttctgt
cttcccgtgagtgagtcattgggtcctgagaaaattcataaattacttca
gtggggaagaaggataaaggaagaagagagagctagttggaaaaccaaaa
atcaatattcccatgcatctcttctcaatttctgctgaaatcttccatta
tttcctaatgattcttctttgttatgcatcggctaaaaggccaaccccag
ggagttcatgacctcttgctgtagtgtgaaggccctttcctggctttctc
tctctctttttttcctctagcgggtatagtagctgtgtctattataccgt
ctacagtggtgctctgcttaatacaggcccacagcatgtacagctacttc
tggcctgaaacatgaatccaaatgatcttcctcctaagattggatctaca
ttgtcacaagagaaaaggcgggcgggta
gaattccatccacagtggtttatctgggttatctcccggtgagtctgtag
gctgctcccttcactcttagccttctctcccgtaccagagtgacctacct
gtgaaccagagctgagagtctattccacatcacaagtgggtcatgagtga
tctcccatggggcccaaggtgttgaagagtgactggtaaaggattcatgc
tgatgcaaaagagtagctgggaagccacgggccttccggcttcttgaacc
acttctaatttaaggtggattgctgctgagcccatccagttttatgagct
ggggagtctgagggagcccaggtcatggtgagcagttcacaccatgtggt
cacttgttgccccgtgggctgtctccttcacaaagccctaggcaagactg
caagcatatctttccaagttagtgcagctatttctgatcctctttcctga
tagcgatggaagagaattcatttgccagatcaatagctgtacagcctaca
tgtgagtttgtgctaatctgcactgccatagataacgtatctagcacagc
agctgcagtcaaggctcctgcttttcagattttcaccactatacagtcat
cctccaggatccatctgcttcattatggaggccagacttgtgagttatgt
ggtgtgatgattgggtgactaatgccatgcccttcaggcctagaagtggc
accaatgcctgctgagacatgataattttagttccttatcttatgcttag
aggcttctacttagcttttctccatatgctagctcctgacaatattaata
ataccaactactataccaactactagacgtggtatatacctatataccaa
tacacatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacgtgtgtgtgtatgtgtgtgtatatatatatacaatatatatatat
gtacatatgtatatgtacatataatatacatttatgtgtttggagaattg
tatttagtaatgtttcctcatttcctgtaacaaaaattcctgaacaaagg
caagtgagggtttctctgcctcctacatgaagtggtattccattggagta
caaggacttggtaagcagaagcctggaaattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_152856195_152857388
seq2: B6Ng01-190M06.b_42_1219 (reverse)

seq1  TACCCGCCCGCC-TTTCTC-TGTGACAAATGTTTGAGAACACAATCTAAG  48
      |||||||||||| |||||| |||||| |||||   ||| | |||||| ||
seq2  TACCCGCCCGCCTTTTCTCTTGTGAC-AATGT---AGATC-CAATCTTAG  45

seq1  GAGAAGGAATCTATTTGATTCATGGTCTCAGCCCAGAGTTAGCTTGTTCC  98
      ||| | | |||  || ||||||| || |||| |||||  |||||   | |
seq2  GAGGAAG-ATCATTTGGATTCAT-GTTTCAGGCCAGAAGTAGCT--GTAC  91

seq1  ATTGCCTGTGGGCCTGTATTAAGGCAGAGCACCACTGTAGACGGGTATAA  148
      ||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AT--GCTGTGGGCCTGTATTAA-GCAGAGCACCACTGTAGAC-GGTATAA  137

seq1  TAGGACACAGCTACTTAATACCCGCTAGGAGAAAAAAAAAGAGAGAGAGA  198
      || ||||||||||||  |||||||||||  |  |||||||||||||||||
seq2  TA-GACACAGCTACT--ATACCCGCTAGAGG--AAAAAAAGAGAGAGAGA  182

seq1  AAGCCAGG-AAGGGCCTTCCACACTACAGCAAGAGGTCATGAACTCCCTG  247
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGGAAAGGGCCTT-CACACTACAGCAAGAGGTCATGAACTCCCTG  231

seq1  GGGTTGGCCTTTTAGCCGATGCATAACAAAGAAGAATCATTAGGAAATAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGCCTTTTAGCCGATGCATAACAAAGAAGAATCATTAGGAAATAA  281

seq1  TGGAAGATTTCAGCAGAAATTGAGAAGAGATGCATGGGAATATTGATTTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGATTTCAGCAGAAATTGAGAAGAGATGCATGGGAATATTGATTTT  331

seq1  TGGTTTTCCAACTAGCTCTCTCTTCTTCCTTTATCCTTCTTCCCCACTGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTCCAACTAGCTCTCTCTTCTTCCTTTATCCTTCTTCCCCACTGA  381

seq1  AGTAATTTATGAATTTTCTCAGGACCCAATGACTCACTCACGGGAAGACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTTATGAATTTTCTCAGGACCCAATGACTCACTCACGGGAAGACA  431

seq1  GAAGTAACTCATTTACAACACAGAATTTATTTTCTCGGATGAAAGAGGCG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAACTCATTTACAACACAGAATTTATTTTCTCGGATGAAAGAGGCG  481

seq1  ACTCCTCTATTAGATTTTCTCTAGACAACAGGTGTCCTAGTGTGCTTTCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCTATTAGATTTTCTCTAGACAACAGGTGTCCTAGTGTGCTTTCT  531

seq1  CTCGCTGTGATAAACACCATGACCAGAAACAATTTGGGGAAGAGAGGATT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCTGTGATAAACACCATGACCAGAAACAATTTGGGGAAGAGAGGATT  581

seq1  CATTTGTCTTACACATATGGAAGACGGTCCATCACTGAGTGAAGTCAGGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTCTTACACATATGGAAGACGGTCCATCACTGAGTGAAGTCAGGG  631

seq1  CATGAACTCAAGTCACAAACATGAAGGTAGGGATTGAAGCAGAGTACATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACTCAAGTCACAAACATGAAGGTAGGGATTGAAGCAGAGTACATG  681

seq1  GAAGGATGCTACTTCCTAGTTTGTCTCCCTGGCCTTCTCAGCCTTACTTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATGCTACTTCCTAGTTTGTCTCCCTGGCCTTCTCAGCCTTACTTT  731

seq1  CTTATGCACTTAGGACCTCATGTTCAGGGATGCCCAGATGGGGCCCCACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGCACTTAGGACCTCATGTTCAGGGATGCCCAGATGGGGCCCCACA  781

seq1  TCAACCCTTAATGTGGAGAAACTGTCTCAGTTGATGTTCCTCTTTCCCAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCCTTAATGTGGAGAAACTGTCTCAGTTGATGTTCCTCTTTCCCAA  831

seq1  ATGACTCCGGATTGTGTCACTGACAGACAACTAGCCAGCACAACAGGTGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCCGGATTGTGTCACTGACAGACAACTAGCCAGCACAACAGGTGA  881

seq1  AAGTTGGGACAGAGATACATTATGAGTTTTGCTTCTTTAGCTCTTTTAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGGACAGAGATACATTATGAGTTTTGCTTCTTTAGCTCTTTTAAA  931

seq1  GACAGGGATTGGATGCACATAGCTGTCATTTACATTAGAAAAGTTTCACT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGATTGGATGCACATAGCTGTCATTTACATTAGAAAAGTTTCACT  981

seq1  GGAGCTCTGCAGACGAGTATACACGAGACCTCCTCCGTAAGAAAGGGATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCTGCAGACGAGTATACACGAGACCTCCTCCGTAAGAAAGGGATC  1031

seq1  ATCAGAATAATTCACAGTCGTGCTAACTCCTAAAGCTGAGCGTGAATGCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAATAATTCACAGTCGTGCTAACTCCTAAAGCTGAGCGTGAATGCA  1081

seq1  CATGGAGAGCAGTAAGATTAATGGGTCTACAGACGAAAGTGATAAAAAGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGAGCAGTAAGATTAATGGGTCTACAGACGAAAGTGATAAAAAGA  1131

seq1  TGCATATCTGCACCTGCTTGTGTCCACCTTTAATGTTGTTTGAATTC  1194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATCTGCACCTGCTTGTGTCCACCTTTAATGTTGTTTGAATTC  1178

seq1: chr3_152707872_152708993
seq2: B6Ng01-190M06.g_64_1195

seq1  GAATTCCATCCACAGTGGTTTATCTGGGTTATCTCCCGGTGAGTCTGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCACAGTGGTTTATCTGGGTTATCTCCCGGTGAGTCTGTAG  50

seq1  GCTGCTCCCTTCACTCTTAGCCTTCTCTCCCGTACCAGAGTGACCTACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCCCTTCACTCTTAGCCTTCTCTCCCGTACCAGAGTGACCTACCT  100

seq1  GTGAACCAGAGCTGAGAGTCTATTCCACATCACAAGTGGGTCATGAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACCAGAGCTGAGAGTCTATTCCACATCACAAGTGGGTCATGAGTGA  150

seq1  TCTCCCATGGGGCCCAAGGTGTTGAAGAGTGACTGGTAAAGGATTCATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCATGGGGCCCAAGGTGTTGAAGAGTGACTGGTAAAGGATTCATGC  200

seq1  TGATGCAAAAGAGTAGCTGGGAAGCCACGGGCCTTCCGGCTTCTTGAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCAAAAGAGTAGCTGGGAAGCCACGGGCCTTCCGGCTTCTTGAACC  250

seq1  ACTTCTAATTTAAGGTGGATTGCTGCTGAGCCCATCCAGTTTTATGAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAATTTAAGGTGGATTGCTGCTGAGCCCATCCAGTTTTATGAGCT  300

seq1  GGGGAGTCTGAGGGAGCCCAGGTCATGGTGAGCAGTTCACACCATGTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTCTGAGGGAGCCCAGGTCATGGTGAGCAGTTCACACCATGTGGT  350

seq1  CACTTGTTGCCCCGTGGGCTGTCTCCTTCACAAAGCCCTAGGCAAGACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTTGCCCCGTGGGCTGTCTCCTTCACAAAGCCCTAGGCAAGACTG  400

seq1  CAAGCATATCTTTCCAAGTTAGTGCAGCTATTTCTGATCCTCTTTCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATATCTTTCCAAGTTAGTGCAGCTATTTCTGATCCTCTTTCCTGA  450

seq1  TAGCGATGGAAGAGAATTCATTTGCCAGATCAATAGCTGTACAGCCTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGATGGAAGAGAATTCATTTGCCAGATCAATAGCTGTACAGCCTACA  500

seq1  TGTGAGTTTGTGCTAATCTGCACTGCCATAGATAACGTATCTAGCACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTTTGTGCTAATCTGCACTGCCATAGATAACGTATCTAGCACAGC  550

seq1  AGCTGCAGTCAAGGCTCCTGCTTTTCAGATTTTCACCACTATACAGTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGTCAAGGCTCCTGCTTTTCAGATTTTCACCACTATACAGTCAT  600

seq1  CCTCCAGGATCCATCTGCTTCATTATGGAGGCCAGACTTGTGAGTTATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGGATCCATCTGCTTCATTATGGAGGCCAGACTTGTGAGTTATGT  650

seq1  GGTGTGATGATTGGGTGACTAATGCCATGCCCTTCAGGCCTAGAAGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGATGATTGGGTGACTAATGCCATGCCCTTCAGGCCTAGAAGTGGC  700

seq1  ACCAATGCCTGCTGAGACATGATAATTTTAGTTCCTTATCTTATGCTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATGCCTGCTGAGACATGATAATTTTAGTTCCTTATCTTATGCTTAG  750

seq1  AGGCTTCTACTTAGCTTTTCTCCATATGCTAGCTCCTGACAATATTAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCTACTTAGCTTTTCTCCATATGCTAGCTCCTGACAATATTAATA  800

seq1  ATACCAACTACTATACCAACTACTAGACGTGGTATATACCTATATACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAACTACTATACCAACTACTAGACGTGGTATATACCTATATACCAA  850

seq1  TACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  900

seq1  CACACGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATATATATATAC-ATATATATATAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CACACGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATATATATATACAATATATATATAT  950

seq1  GTACATATGTATATGTACATAT-ATATACATTTATGTGTTTGGAG-ATTG  997
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTACATATGTATATGTACATATAATATACATTTATGTGTTTGGAGAATTG  1000

seq1  TA-TTAGTTATGTTT-CTCATTT-CTGTAAC-AAAATTCCTG-ACAAAGG  1042
      || ||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||
seq2  TATTTAGTAATGTTTCCTCATTTCCTGTAACAAAAATTCCTGAACAAAGG  1050

seq1  CAAGTTAAGGGTTTTCTCTGGCTCCTACATG-AGT-GTAATCCATTGTGG  1090
      ||||| |  || |||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||  |
seq2  CAAGTGA--GGGTTTCTCTGCCTCCTACATGAAGTGGTATTCCATTGGAG  1098

seq1  TACAAAGGACTTGG-CAGCAGAAGCCTG--AATTG  1122
      ||| ||||||||||  ||||||||||||  |||||
seq2  TAC-AAGGACTTGGTAAGCAGAAGCCTGGAAATTG  1132