BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194L24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 155,093,256 - 155,165,494
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040810, LOC100040829, Tyw3, Cryz, BC007180, Tnni3k, Fpgt, Lrrc44, EG383956
Downstream geneScp2-ps1, EG668902, LOC624519, LOC100040901
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194L24.bB6Ng01-194L24.g
ACCGA017360GA017361
length1,1191,081
definitionB6Ng01-194L24.b B6Ng01-194L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,164,366 - 155,165,494)(155,093,256 - 155,094,337)
sequence
gaattcagcgagaactgcacactgtttatctcagtgaaagtcaggcaaag
tttcactacccttcttcctgcctggaggactcccattgctgagtaaataa
ctatggcagatcctcctaggaaaggaggaactattcatcctcctagaaaa
tgccctcctataaccacatgcagctacattttaaagagttcttaagactt
atctaagggcaatgctgtacactggtgttgtctcttgaatgtgcgaaggt
ctctataaccttctaaaagtgtaagtggctacattttacaggaggaaggt
ggttaaagtgcttaatgcatgaatctataaaagaaacagtgttgatattc
acatggaaaaaaaatgtcatgatcttaattgttaggaaagcttgaaatgg
ggatatgtctaatggcatgggacttgtccttctcacaaatatcctctcaa
acgactgatacttcttagacttgtttaagattgtttggatatatgtgctg
atttcttggtttcagaattaatttatcaattccatcagtcctgtttgtca
tggtactctggacatgaatgtatttctgacccatggagagcagtggtcag
gcacttcagagaaggtggatgagggagctttagcacacaggatcccacac
tgatggctcctgtgtcctcagtctgtaaaagggatgtgacaatcccatca
taatgagattgagatcctctatgtgaggcactgtccattcctcacacaaa
ctgaaggtggttaaaggcagagtagttgacaattgacccttactctacta
actccctaggtcagagactgtacttccctaacactgagtacgtcagagag
tagtcttcccccttactttagcttccattattgctttcccaatgatgtaa
tatgtacactgagaacttttccccgaacacttaagtgcaagagtggaaac
atggagtgttagactgctttgcctctgtccatgatatcagaggacaaacc
atgagccaatgtttctgggctactgctcttattagagaaacccagatgga
tcccacccgggatttctcacctcataaatattttcatatttggtgagaat
agtcccactcacttcaaat

gaattccatccatctgaccctcttgatcatccttgtccccagcagtgtat
cctgccaatgtgaagacacaaatgcagttcacattaagatcacacgccta
gtaaattgttagtttctgtgaagaataattagttcagttttcttagtgta
ttgaagaaaaatcttgacattttaagtaggtgtgaaaggaatatgttata
gaaaactacaattaacctcatactagaaagtgacttcatgtgatcagtgc
acacttccaacaatgctcttcagacagattgcctcccttgataatgtcac
aggctgtgtgattaacatggcagttggcagagcgctgtggaaggaggcaa
gcatcagacacaatggatgtgcttctgcttaaggtgtgtttctgttctgt
ttgccagatgtggtctctggtttcttctccctttgccagtggaaattact
aatggtttttattttatctgggcttattcagtcacagggtttactcaatc
cttcgaggtacaggaagcaacctttgcttttggggatcaactgatgtagg
gataaagaaacttagggtctaccctgaagttctgccaacactggttaaat
agggaacctctttttgtctttcctctggtcacatgcagctacgagcataa
ctaggacagtcacagaaggatcaaaccagctgaaagaattcaagacacat
gaagatgctaaaagtaatctcacttttctagtttctctgcaatgacatca
aaaatttttgttgcagtagtcactggtacacaccatattcagaaaacaaa
acgaaaggaacaaaaccttaagagggtccttgcccttccaacctcaatca
aaattcatttgaatacagttttagaattattgattgactgtcaaaattat
acctgcactcatgacttttctttacactatagaccaatgaacgtccaatg
agaagcaacttaagggggatgcagtggggcccagttgctcatggtgaggg
gaggtgtggcacagcagggtgaggcagcaagtcacttgtgtcaatgggta
gaaggagaaggagcaggagtagtgctcagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_155164366_155165494
seq2: B6Ng01-194L24.b_50_1168 (reverse)

seq1  ATTTGAAGTGAGTGGGAAATTATCTCA-CAAATATGAAAATTATTTATGA  49
      |||||||||||||||| | |  ||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  ATTTGAAGTGAGTGGG-ACTATTCTCACCAAATATGAAAA-TATTTATGA  48

seq1  AGGTTGAGGAAAATCCCGGGTGGGATTCCACCCGGGGTTCTCTTAATAGA  99
        | ||||  ||||||||||||||| |||| | ||| ||||| |||||  
seq2  --GGTGAG--AAATCCCGGGTGGGA-TCCATCTGGGTTTCTC-TAATAAG  92

seq1  ACCAGTAGGCCAGAAACATTTGCTCATGGTTTGTCCTCTTGATTATCATG  149
      | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  AGCAGTAGCCCAGAAACATTGGCTCATGGTTTGTCCTC-TGA-TATCATG  140

seq1  GACAGAGGCAAAGCAGTCTAACACCTCCATGTTTCCACTCTTGCACTTAA  199
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGGCAAAGCAGTCTAACA-CTCCATGTTTCCACTCTTGCACTTAA  189

seq1  GTGTTCGGGGAAAAGTTCTCAGTGTACATATTACATCATTGGGAAAGCAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCGGGGAAAAGTTCTCAGTGTACATATTACATCATTGGGAAAGCAA  239

seq1  TAATGGAAGCTAAAGTAAGGGGGAAGACTACTCTCTGACGTACTCAGTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGAAGCTAAAGTAAGGGGGAAGACTACTCTCTGACGTACTCAGTGT  289

seq1  TAGGGAAGTACAGTCTCTGACCTAGGGAGTTAGTAGAGTAAGGGTCAATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAGTACAGTCTCTGACCTAGGGAGTTAGTAGAGTAAGGGTCAATT  339

seq1  GTCAACTACTCTGCCTTTAACCACCTTCAGTTTGTGTGAGGAATGGACAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACTACTCTGCCTTTAACCACCTTCAGTTTGTGTGAGGAATGGACAG  389

seq1  TGCCTCACATAGAGGATCTCAATCTCATTATGATGGGATTGTCACATCCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCACATAGAGGATCTCAATCTCATTATGATGGGATTGTCACATCCC  439

seq1  TTTTACAGACTGAGGACACAGGAGCCATCAGTGTGGGATCCTGTGTGCTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACAGACTGAGGACACAGGAGCCATCAGTGTGGGATCCTGTGTGCTA  489

seq1  AAGCTCCCTCATCCACCTTCTCTGAAGTGCCTGACCACTGCTCTCCATGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCCCTCATCCACCTTCTCTGAAGTGCCTGACCACTGCTCTCCATGG  539

seq1  GTCAGAAATACATTCATGTCCAGAGTACCATGACAAACAGGACTGATGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAATACATTCATGTCCAGAGTACCATGACAAACAGGACTGATGGA  589

seq1  ATTGATAAATTAATTCTGAAACCAAGAAATCAGCACATATATCCAAACAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATAAATTAATTCTGAAACCAAGAAATCAGCACATATATCCAAACAA  639

seq1  TCTTAAACAAGTCTAAGAAGTATCAGTCGTTTGAGAGGATATTTGTGAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAACAAGTCTAAGAAGTATCAGTCGTTTGAGAGGATATTTGTGAGA  689

seq1  AGGACAAGTCCCATGCCATTAGACATATCCCCATTTCAAGCTTTCCTAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAGTCCCATGCCATTAGACATATCCCCATTTCAAGCTTTCCTAAC  739

seq1  AATTAAGATCATGACATTTTTTTTCCATGTGAATATCAACACTGTTTCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGATCATGACATTTTTTTTCCATGTGAATATCAACACTGTTTCTT  789

seq1  TTATAGATTCATGCATTAAGCACTTTAACCACCTTCCTCCTGTAAAATGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGATTCATGCATTAAGCACTTTAACCACCTTCCTCCTGTAAAATGT  839

seq1  AGCCACTTACACTTTTAGAAGGTTATAGAGACCTTCGCACATTCAAGAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTTACACTTTTAGAAGGTTATAGAGACCTTCGCACATTCAAGAGA  889

seq1  CAACACCAGTGTACAGCATTGCCCTTAGATAAGTCTTAAGAACTCTTTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCAGTGTACAGCATTGCCCTTAGATAAGTCTTAAGAACTCTTTAA  939

seq1  AATGTAGCTGCATGTGGTTATAGGAGGGCATTTTCTAGGAGGATGAATAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGCTGCATGTGGTTATAGGAGGGCATTTTCTAGGAGGATGAATAG  989

seq1  TTCCTCCTTTCCTAGGAGGATCTGCCATAGTTATTTACTCAGCAATGGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCTTTCCTAGGAGGATCTGCCATAGTTATTTACTCAGCAATGGGA  1039

seq1  GTCCTCCAGGCAGGAAGAAGGGTAGTGAAACTTTGCCTGACTTTCACTGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCAGGCAGGAAGAAGGGTAGTGAAACTTTGCCTGACTTTCACTGA  1089

seq1  GATAAACAGTGTGCAGTTCTCGCTGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAACAGTGTGCAGTTCTCGCTGAATTC  1119


seq1: chr3_155093256_155094337
seq2: B6Ng01-194L24.g_63_1143

seq1  GAATTCCATCCATCTGACCCTCTTGATCATCCTTGTCCCCAGCAGTGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCATCTGACCCTCTTGATCATCCTTGTCCCCAGCAGTGTAT  50

seq1  CCTGCCAATGTGAAGACACAAATGCAGTTCACATTAAGATCACACGCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCAATGTGAAGACACAAATGCAGTTCACATTAAGATCACACGCCTA  100

seq1  GTAAATTGTTAGTTTCTGTGAAGAATAATTAGTTCAGTTTTCTTAGTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTGTTAGTTTCTGTGAAGAATAATTAGTTCAGTTTTCTTAGTGTA  150

seq1  TTGAAGAAAAATCTTGACATTTTAAGTAGGTGTGAAAGGAATATGTTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAAAAATCTTGACATTTTAAGTAGGTGTGAAAGGAATATGTTATA  200

seq1  GAAAACTACAATTAACCTCATACTAGAAAGTGACTTCATGTGATCAGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTACAATTAACCTCATACTAGAAAGTGACTTCATGTGATCAGTGC  250

seq1  ACACTTCCAACAATGCTCTTCAGACAGATTGCCTCCCTTGATAATGTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCCAACAATGCTCTTCAGACAGATTGCCTCCCTTGATAATGTCAC  300

seq1  AGGCTGTGTGATTAACATGGCAGTTGGCAGAGCGCTGTGGAAGGAGGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTGTGATTAACATGGCAGTTGGCAGAGCGCTGTGGAAGGAGGCAA  350

seq1  GCATCAGACACAATGGATGTGCTTCTGCTTAAGGTGTGTTTCTGTTCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGACACAATGGATGTGCTTCTGCTTAAGGTGTGTTTCTGTTCTGT  400

seq1  TTGCCAGATGTGGTCTCTGGTTTCTTCTCCCTTTGCCAGTGGAAATTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGATGTGGTCTCTGGTTTCTTCTCCCTTTGCCAGTGGAAATTACT  450

seq1  AATGGTTTTTATTTTATCTGGGCTTATTCAGTCACAGGGTTTACTCAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTTTTATTTTATCTGGGCTTATTCAGTCACAGGGTTTACTCAATC  500

seq1  CTTCGAGGTACAGGAAGCAACCTTTGCTTTTGGGGATCAACTGATGTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGAGGTACAGGAAGCAACCTTTGCTTTTGGGGATCAACTGATGTAGG  550

seq1  GATAAAGAAACTTAGGGTCTACCCTGAAGTTCTGCCAACACTGGTTAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGAAACTTAGGGTCTACCCTGAAGTTCTGCCAACACTGGTTAAAT  600

seq1  AGGGAACCTCTTTTTGTCTTTCCTCTGGTCACATGCAGCTACGAGCATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACCTCTTTTTGTCTTTCCTCTGGTCACATGCAGCTACGAGCATAA  650

seq1  CTAGGACAGTCACAGAAGGATCAAACCAGCTGAAAGAATTCAAGACACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACAGTCACAGAAGGATCAAACCAGCTGAAAGAATTCAAGACACAT  700

seq1  GAAGATGCTAAAAGTAATCTCACTTTTCTAGTTTCTCTGCAATGACATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGCTAAAAGTAATCTCACTTTTCTAGTTTCTCTGCAATGACATCA  750

seq1  AAAATTTTTGTTGCAGTAGTCACTGGTACACACCATATTCAGAAAACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTTGTTGCAGTAGTCACTGGTACACACCATATTCAGAAAACAAA  800

seq1  ACG-AAGGAACAAAACCTTAAGAGGGTCCTTGCCCTTCCAACCTCAATCA  849
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAAGGAACAAAACCTTAAGAGGGTCCTTGCCCTTCCAACCTCAATCA  850

seq1  AAATTCATTTGAATACAGTTTTAGAATTATTGATTGACTGTCAAAATTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCATTTGAATACAGTTTTAGAATTATTGATTGACTGTCAAAATTAT  900

seq1  ACCTGCACTCATGACTTTTCTTTACACTATAGACCAAATGAACGTCCAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACCTGCACTCATGACTTTTCTTTACACTATAGACC-AATGAACGTCCAAT  949

seq1  GAGAAGCAACTTAAGGGGGATGCAGTGGGGCCCAGTTGCTCATGGTGA-G  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAGAAGCAACTTAAGGGGGATGCAGTGGGGCCCAGTTGCTCATGGTGAGG  999

seq1  GGAGGTGTGGCAACAGCAGGGTGAGGCAGCAAGTCACCTTGTGTCCATGG  1048
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  GGAGGTGTGGC-ACAGCAGGGTGAGGCAGCAAGTCA-CTTGTGTCAATGG  1047

seq1  GTAGAAGGAGAGAGAGCAAGAGTAGTGCTCAGCT  1082
      |||||||||||  ||||| |||||||||||||||
seq2  GTAGAAGGAGAAGGAGCAGGAGTAGTGCTCAGCT  1081


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |