BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196D02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 95,764,661 - 95,895,337
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042897, LOC100042898, EG668224, Plekho1, EG668222, Vps45, LOC100042908
Upstream geneRfx5, Pik4cb, Zfp687, Psmd4, Pip5k1a, Vps72, Tmod4, Scnm1, Lysmd1, Tnfaip8l2, LOC668436, Sema6c, Gabpb2, Mllt11, Cdc42se1, Gm128, Bnipl, Prune, 4930504E06Rik, Anxa9, Lass2, Setdb1, LOC100043294, 4930558C23Rik, LOC277589, LOC668448, LOC100043305, Arnt, Ctsk, Ctss, LOC100043312, Hormad1, Golph3l, EG668457, Ensa, Mcl1, Adamtsl4, Ecm1, Tars2, 4930535B03Rik, LOC100043327, Prpf3, Mrps21, LOC100042889, Gm129, BC028528, Aph1a, Car14, Anp32e
Downstream geneOtud7b, Mtmr11, Sf3b4, Sv2a, Bola1, Hist2h2ab, Hist2h2ac, Hist2h2be, Hist2h3c2, Hist2h2aa1, Hist2h3c1, LOC100043378, Hist2h4, Hist2h3b, Hist2h2bb, Fcgr1, Pafah1b1-ps1, Terc, BC107364, LOC668500, Hfe2, Txnip, Polr3gl, Ankrd34, 6330549D23Rik, Rbm8a, Pex11b, Itga10, Ankrd35, Pias3, Polr3c, Zfp364, Cd160, Pdzk1, Gpr89, Gja8, 9230114J08Rik, Gja5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196D02.bB6Ng01-196D02.g
ACCGA018397GA018398
length1,135958
definitionB6Ng01-196D02.b B6Ng01-196D02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,764,661 - 95,765,784)(95,894,392 - 95,895,337)
sequence
gaattcacctgcacatctaaaccctatctaaagtcctcaacttcccttgt
tattttcatgtcccatacgaacagtcctcgggaaagatagaacaagctaa
tcgctctttaaaaatcactcttgtgaaacgcaccaggacttcacctctat
tggatgaagctccgcacaccaactcctgtccacccctaccaacattggag
atcaagtccttctctcccctctggaccaacatccctcagccctttctcct
gaatggcaggccccctttaaagtaattcttgggacccccctcccccacag
ccgctaagcttgagggatcccctcactggattcaccaatctcacctcaaa
gccccttattcccccacctcagggtaacttcccttcttacatatcaaccc
caacaggaccctgctccctcagggtttggaggacaccaagatcagccacc
ttgtccccagaagaatgaggcctcactttggctgccctgcttgactctcc
tggagtggacaccgatgtttcctccttttcctcttgtctgcttctttcca
gggtaactcttacacacggagattcgaggttcaggaaaccttcacttaca
acaaacagttccttcaaatagggtcgggaaatcgtttcatagcagtttgt
cctgtgaagatcttgatttcagatgtcaagccttcagaaatttctggtgc
tttatgtctgtgctgtttggctgtagctgtccagggaagggcatgcccct
tctttgtgctcttgttccttctattttgagttatcgtccatcactattca
ccaagtcccccaggcgagctattttaaggccccttccccttggtgcccct
ctgtgttgtctgtgggtttaggaccccctcttcccttggcgcctctccgg
gttgtccttggggttgcctgcctgtaactctcttgggggcaggctgttac
ttagggattttttttttttccttgcttattcaagagaaaattcctaaagg
ggatgatcatttatgccctgttccattagaacagggggggaagtaagtaa
caaggctttagagcgcggtttctcagtctgtgggcggccaaccccctttg
ggggtcaaaggaccttttcctgggggcttgcatac
gaattcaattctcagctcccacatggtgatttaaaatggtttgtaacaca
gatccaggaggttcagacgccctcttctggcctgtgtaagcatttcatac
ttgtggttggtgcacctacatatatgcacacatacatacatacatacata
catacatgtaaaactataaatttttaaacagaaatagatgtcagcagcta
ccagttgtgttatcaacagaggatgctacaggccatgtgaaaagatgagt
tttctttcacttcacctcacccacagttcttcacttagacccaggtcttc
aaagatgttttataaaccccacagttaaattaaagaaatcaaaacactgg
acagatcgcagaaaagactgcaacccaaaacaaagacattcccagaattc
cctgcagcatttcatcaaggtttgttttgtttgtttgtttgttttggttt
tggtttttttgtttggtgtctgtttgtttttatatagtctccttttgcct
ttgtgggctttactgcttgagttcctcctgtgaataaagccataaagtat
ttgtcatttctgtggctgtattacttcacttcgcataatgccctgaagtg
ttaggccagtggctacatcctccctccttaaggctgaatagcaacaacta
taggtatatggagacaatgtgcacactctgccggtgcacactctgttctg
tgacttagagttgcattattaaataacctccacacatcagccatttctgt
aacattagctaaacggttgcatttgatggttagttgggaagcttagctct
gttctgtctcatgaatatgcagaaaaagaacaagggagaaagttcactct
ttaaaggtgcttgctacacaaacatgaaagtacccaagtttgctttccac
gttacaagggctggaacatgggtggagctcacgtaaaatccttagaaatt
ggggtgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_95764661_95765784
seq2: B6Ng01-196D02.b_35_1169

seq1  GAATTCACCTGCACATCTAAACCCTATCTAAAGTCCTCAACTTCCCTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTGCACATCTAAACCCTATCTAAAGTCCTCAACTTCCCTTGT  50

seq1  TATTTTCATGTCCCATACGAACAGTCCTCGGGAAAGATAGAACAAGCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCATGTCCCATACGAACAGTCCTCGGGAAAGATAGAACAAGCTAA  100

seq1  TCGCTCTTTAAAAATCACTCTTGTGAAACGCACCAGGACTTCACCTCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTCTTTAAAAATCACTCTTGTGAAACGCACCAGGACTTCACCTCTAT  150

seq1  TGGATGAAGCTCCGCACACCAACTCCTGTCCACCCCTACCAACATTGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAAGCTCCGCACACCAACTCCTGTCCACCCCTACCAACATTGGAG  200

seq1  ATCAAGTCCTTCTCTCCCCTCTGGACCAACATCCCTCAGCCCTTTCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGTCCTTCTCTCCCCTCTGGACCAACATCCCTCAGCCCTTTCTCCT  250

seq1  GAATGGCAGGCCCCCTTTAAAGTAATTCTTGGGACCCCCCTCCCCCACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCAGGCCCCCTTTAAAGTAATTCTTGGGACCCCCCTCCCCCACAG  300

seq1  CCGCTAAGCTTGAGGGATCCCCTCACTGGATTCACCAATCTCACCTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTAAGCTTGAGGGATCCCCTCACTGGATTCACCAATCTCACCTCAAA  350

seq1  GCCCCTTATTCCCCCACCTCAGGGTAACTTCCCTTCTTACATATCAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTATTCCCCCACCTCAGGGTAACTTCCCTTCTTACATATCAACCC  400

seq1  CAACAGGACCCTGCTCCCTCAGGGTTTGGAGGACACCAAGATCAGCCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGGACCCTGCTCCCTCAGGGTTTGGAGGACACCAAGATCAGCCACC  450

seq1  TTGTCCCCAGAAGAATGAGGCCTCACTTTGGCTGCCCTGCTTGACTCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCCAGAAGAATGAGGCCTCACTTTGGCTGCCCTGCTTGACTCTCC  500

seq1  TGGAGTGGACACCGATGTTTCCTCCTTTTCCTCTTGTCTGCTTCTTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTGGACACCGATGTTTCCTCCTTTTCCTCTTGTCTGCTTCTTTCCA  550

seq1  GGGTAACTCTTACACACGGAGATTCGAGGTTCAGGAAACCTTCACTTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAACTCTTACACACGGAGATTCGAGGTTCAGGAAACCTTCACTTACA  600

seq1  ACAAACAGTTCCTTCAAATAGGGTCGGGAAATCGTTTCATAGCAGTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAGTTCCTTCAAATAGGGTCGGGAAATCGTTTCATAGCAGTTTGT  650

seq1  CCTGTGAAGATCTTGATTTCAGATGTCAAGCCTTCAGAAATTTCTGGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAAGATCTTGATTTCAGATGTCAAGCCTTCAGAAATTTCTGGTGC  700

seq1  TTTATGTCTGTGCTGTTTGGCTGTAGCTGTCCAGGGAAGGGCATGCCCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTCTGTGCTGTTTGGCTGTAGCTGTCCAGGGAAGGGCATGCCCCT  750

seq1  TCTTTGTGCTCTTGTTCCTTCTATTTTGAGTTATCGTCCATCACTATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGCTCTTGTTCCTTCTATTTTGAGTTATCGTCCATCACTATTCA  800

seq1  CCAAGTCCCCCAGGCGAGCTATTTTAAGGCCCCTTCCCCTTGGTGCCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCCCCCAGGCGAGCTATTTTAAGGCCCCTTCCCCTTGGTGCCCCT  850

seq1  CTGTGTTGTCTGTGGGTTTAGGACCCCCTCTTCCCTTGGCGCCTCTCCGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTGTCTGTGGGTTTAGGACCCCCTCTTCCCTTGGCGCCTCTCCGG  900

seq1  GTTGTCCTT-GGGTTGCCTGCCTGTAACTCTCTTGGGGGCAGGCTGTTAC  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCCTTGGGGTTGCCTGCCTGTAACTCTCTTGGGGGCAGGCTGTTAC  950

seq1  TTAGGGA-TTTTTTTTTTTCCTTGC-TATTC-AGAGAAAATTCCTACAGG  996
      ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
seq2  TTAGGGATTTTTTTTTTTTCCTTGCTTATTCAAGAGAAAATTCCTAAAGG  1000

seq1  GGAGGAATCA-TTATG-CCTGTT-CATAAGAACA-GGGGGGAAGTAAGTA  1042
      ||| | |||| ||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GGATG-ATCATTTATGCCCTGTTCCATTAGAACAGGGGGGGAAGTAAGTA  1049

seq1  ACAAGGC-TTAGAGCAGCGG-TTCTCAGTCTGTGG--GGCGCAACCCCTT  1088
      ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||  |||  | ||||||
seq2  ACAAGGCTTTAGAGC-GCGGTTTCTCAGTCTGTGGGCGGCCAACCCCCTT  1098

seq1  TGGGGGTCAAAGGACCCTTTCACGGGGGC-TGCATAC  1124
      |||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||
seq2  TGGGGGTCAAAGGACCTTTTCCTGGGGGCTTGCATAC  1135

seq1: chr3_95894392_95895337
seq2: B6Ng01-196D02.g_66_1023 (reverse)

seq1  GTCACCCC-ATCTCT-AGGATTTTACGTGAGCTCCA-CCATG-TCCAGCC  46
      |||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  GTCACCCCAATTTCTAAGGATTTTACGTGAGCTCCACCCATGTTCCAGCC  50

seq1  TTTGT-ACGTGG-AAGCAAACTTGGGT--CTTCATGTTTGTGTAGCAAGC  92
       |||| |||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAACGTGGAAAGCAAACTTGGGTACTTTCATGTTTGTGTAGCAAGC  100

seq1  A-CTTTAAAGAGTGAACTTTCTCCCTTGTTCTTTTTCTGCATATTCATGA  141
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTAAAGAGTGAACTTTCTCCCTTGTTCTTTTTCTGCATATTCATGA  150

seq1  GACAGAACAGAGCTAAGCTTCCCAACTTACCATC-AATGCAACCGTTTAG  190
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GACAGAACAGAGCTAAGCTTCCCAACTAACCATCAAATGCAACCGTTTAG  200

seq1  CTAATGTTACAGAAATGGCTGATGTGTGGAGGTTA-TTAAT-ATGCAACT  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  CTAATGTTACAGAAATGGCTGATGTGTGGAGGTTATTTAATAATGCAACT  250

seq1  CTAAGTCACAGAACAGAGTGTGCACCGGCAGAGTGTGCACATTGTCTCCA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTCACAGAACAGAGTGTGCACCGGCAGAGTGTGCACATTGTCTCCA  300

seq1  TATACCTATAGTTGTTGCTATTCAGCCTTAAGGAGGGAGGATGTAGCCAC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCTATAGTTGTTGCTATTCAGCCTTAAGGAGGGAGGATGTAGCCAC  350

seq1  TGGCCTAACACTTCAGGGCATTATGCGAAGTGAAGTAATACAGCCACAGA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTAACACTTCAGGGCATTATGCGAAGTGAAGTAATACAGCCACAGA  400

seq1  AATGACAAATACTTTATGGCTTTATTCACAGGAGGAACTCAAGCAGTAAA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAAATACTTTATGGCTTTATTCACAGGAGGAACTCAAGCAGTAAA  450

seq1  GCCCACAAAGGCAAAAGGAGACTATATAAAAACAAACAGACACCAAACAA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACAAAGGCAAAAGGAGACTATATAAAAACAAACAGACACCAAACAA  500

seq1  AAAAACCAAAACCAAAACAAACAAACAAACAAAACAAACCTTGATGAAAT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCAAAACCAAAACAAACAAACAAACAAAACAAACCTTGATGAAAT  550

seq1  GCTGCAGGGAATTCTGGGAATGTCTTTGTTTTGGGTTGCAGTCTTTTCTG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGGGAATTCTGGGAATGTCTTTGTTTTGGGTTGCAGTCTTTTCTG  600

seq1  CGATCTGTCCAGTGTTTTGATTTCTTTAATTTAACTGTGGGGTTTATAAA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCTGTCCAGTGTTTTGATTTCTTTAATTTAACTGTGGGGTTTATAAA  650

seq1  ACATCTTTGAAGACCTGGGTCTAAGTGAAGAACTGTGGGTGAGGTGAAGT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTTGAAGACCTGGGTCTAAGTGAAGAACTGTGGGTGAGGTGAAGT  700

seq1  GAAAGAAAACTCATCTTTTCACATGGCCTGTAGCATCCTCTGTTGATAAC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAACTCATCTTTTCACATGGCCTGTAGCATCCTCTGTTGATAAC  750

seq1  ACAACTGGTAGCTGCTGACATCTATTTCTGTTTAAAAATTTATAGTTTTA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGGTAGCTGCTGACATCTATTTCTGTTTAAAAATTTATAGTTTTA  800

seq1  CATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGCATATATGTAGGTGCACC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGCATATATGTAGGTGCACC  850

seq1  AACCACAAGTATGAAATGCTTACACAGGCCAGAAGAGGGCGTCTGAACCT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAAGTATGAAATGCTTACACAGGCCAGAAGAGGGCGTCTGAACCT  900

seq1  CCTGGATCTGTGTTACAAACCATTTTAAATCACCATGTGGGAGCTGAGAA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATCTGTGTTACAAACCATTTTAAATCACCATGTGGGAGCTGAGAA  950

seq1  TTGAATTC  946
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  958