BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198D12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 150,321,379 - 150,479,296
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040620, LOC100040633, LOC100040455, LOC100040463, LOC623554
Downstream geneEltd1, Ifi44, H28, Ptgfr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198D12.bB6Ng01-198D12.g
ACCGA019872GA019873
length1,1541,101
definitionB6Ng01-198D12.b B6Ng01-198D12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(150,478,140 - 150,479,296)(150,321,379 - 150,322,474)
sequence
gaattcagagtatctggtttcaaatttcctttaccacaaaataatcttaa
ttatgtttggggatggtaagtatgcattcttgctttataaagatataagc
aaccttgcttttaatttgctattatgattaactatctagtttaaccagaa
cctttctagttttattgaaatgagactagaattcaacattttgcctatgt
aagataagtatattcttaagcattttccagttaatttacaataatgggaa
atgtttgaaaaagtgcagagtactacttaagtattttcaacagtataaaa
tacagattaggaaattgcctttgaagtgtcttgtaatggtggaattagtt
caggaagagtactctgctattagctgcaatggtttttaacctcaatagtc
tgttactctaataaagggctatgtaggtcaacattacaaatgcatttaaa
gaacaagtttcacaaatatataactaatgccagtggtgttaaagtctgct
gcatatttgaatttccttggcctgggcacaataatgagaccctgttattc
tctcagtcttgagtattgagaggtccattggtaattctaacaacagtgtc
tcctgtcaacatgcttaaggaattcatgttccattatctacagacaggga
agagaggaactttgagatgactagacaatgtgctacttcagtacatacaa
acacctgtgcctttcaccaccccactaatgtagcattcaggctgggcata
tcactcagttggtagaatgctttttcatacacatgcaaagcctgcagttc
agcgctcagcactgcacacaatgggcagtgtggtgcacaactctactccc
agcacttggcaggctgaggcaatgggatcagaagttcaatgtttctacac
tgtgagttaaaagctcgactgggctatgctaaaccctgcctcacaaaagg
cataataaaaataaatatataaacgtatttgcaacacatacaaacaactt
gattcgttctagagatgctataacatggtttgttgggtctcctgtccaat
aacacatggtttgccatgctgaaggtcagtacacgtggccagttataatt
ctgaacacaacaggtaaaacctgcagattagacattcaccattttaaacc
tatt

gaattcaggctataacttcacagttatgtgaagcaaaagtgggtggatgc
agaagaagatagagatgattacacaaatatggcttgactttttaacaaac
tgctttaacatcttacagaaaaaaataagagaaaaagaagataatttcaa
aaccacaaagagggcaggtgaaaatactcagtgagtaatgagcctgaagc
acaaacatagatatttgaatatggatccttagaaattccatagtgctgga
ctaggcagtgtgcatgtacaaagccaatttacctatgacaagaggggaga
tggagacaggcaaatcctcagaaatgtatgcccagctagcctgttgtgta
cagagtggcaatcaagagactctgtggcaaagaaggcatattgtaattac
tgttatttgatgtcctctgacatccaaagggaatgttgcacatgaatgtt
gcattcatacacacacacacacacacacacacacacacagagagagagag
agagagggagagagagagagagagagagtaataaaccagtcttatttagt
tgacccatgtaagattgtaaagcaataattacaaagttcatattactgtc
aaggactcacagacgtttaccaatatagatttatttgctagagctcaaaa
actaaaattaacatatcatgacaataccatagtaacagtttctcattttc
ataatatgatctgttagatgttcatgaattacacaactgaaattatgatt
gtctatgtatgtcttgtactgcagaacactatacacacaaactaaataac
tatacaatggaagtctgaagcttaccttcatgttatggtagaccctgaag
tctcttcatctttttcccactttcccacacttttggagagaggatattat
ggtaaatgatgtaagctacgtccttaatagtataattaaaattgggttga
tgtatttattttagttttgatgcacaatgttgatcctgaaccttcactgt
aggtggttagcttgcctgccactgcttggtacaaacagccccaagtttag
aacatttcaggcaaggttgtattatgcctgtgagttggtttaattatttt
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_150478140_150479296
seq2: B6Ng01-198D12.b_46_1199 (reverse)

seq1  AATA-GTTTAAAATGTTGATGTTTATAATCCTGCAGTTTTTACCCTTGTT  49
      |||| |||||||||| |||  | | |||| |||||| |||||||  ||||
seq2  AATAGGTTTAAAATGGTGA-ATGTCTAAT-CTGCAGGTTTTACC--TGTT  46

seq1  GTGTTCAG-ATTAT-ACTTGCCACCGTGTAACTGAACCTCAGCATGGGCA  97
      |||||||| ||||| ||| |||| ||||| ||||| | ||||||| ||||
seq2  GTGTTCAGAATTATAACTGGCCA-CGTGT-ACTGACCTTCAGCAT-GGCA  93

seq1  AACCATGTGT--ATGGACAGGAGA-CCAACAAACCATGTATAAGCATCTC  144
      ||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||
seq2  AACCATGTGTTATTGGACAGGAGACCCAACAAACCATGTTATAGCATCTC  143

seq1  TAGAACGAATCAAGTTGTTTGTATGTGTTTGCAATAACGTTTATATATTT  194
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||
seq2  TAGAACGAATCAAGTTGTTTGTATGTG-TTGCAAATACGTTTATATATTT  192

seq1  ATTTTTATTTATGCCTTTTGTGAGGCAGGGTTTAGCATAGCCCAGTCGAG  244
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTA-TTATGCCTTTTGTGAGGCAGGGTTTAGCATAGCCCAGTCGAG  241

seq1  CTTTTAACTCACAGTGTAGAAACATTGAACTTCTGATCCCATTGCCTCAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAACTCACAGTGTAGAAACATTGAACTTCTGATCCCATTGCCTCAG  291

seq1  CCTGCCAAGTGCTGGGAGTAGAGTTGTGCACCACACTGCCCATTGTGTGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCAAGTGCTGGGAGTAGAGTTGTGCACCACACTGCCCATTGTGTGC  341

seq1  AGTGCTGAGCGCTGAACTGCAGGCTTTGCATGTGTATGAAAAAGCATTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGAGCGCTGAACTGCAGGCTTTGCATGTGTATGAAAAAGCATTCT  391

seq1  ACCAACTGAGTGATATGCCCAGCCTGAATGCTACATTAGTGGGGTGGTGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTGAGTGATATGCCCAGCCTGAATGCTACATTAGTGGGGTGGTGA  441

seq1  AAGGCACAGGTGTTTGTATGTACTGAAGTAGCACATTGTCTAGTCATCTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACAGGTGTTTGTATGTACTGAAGTAGCACATTGTCTAGTCATCTC  491

seq1  AAAGTTCCTCTCTTCCCTGTCTGTAGATAATGGAACATGAATTCCTTAAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCCTCTCTTCCCTGTCTGTAGATAATGGAACATGAATTCCTTAAG  541

seq1  CATGTTGACAGGAGACACTGTTGTTAGAATTACCAATGGACCTCTCAATA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGACAGGAGACACTGTTGTTAGAATTACCAATGGACCTCTCAATA  591

seq1  CTCAAGACTGAGAGAATAACAGGGTCTCATTATTGTGCCCAGGCCAAGGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGACTGAGAGAATAACAGGGTCTCATTATTGTGCCCAGGCCAAGGA  641

seq1  AATTCAAATATGCAGCAGACTTTAACACCACTGGCATTAGTTATATATTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAATATGCAGCAGACTTTAACACCACTGGCATTAGTTATATATTT  691

seq1  GTGAAACTTGTTCTTTAAATGCATTTGTAATGTTGACCTACATAGCCCTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAACTTGTTCTTTAAATGCATTTGTAATGTTGACCTACATAGCCCTT  741

seq1  TATTAGAGTAACAGACTATTGAGGTTAAAAACCATTGCAGCTAATAGCAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAGTAACAGACTATTGAGGTTAAAAACCATTGCAGCTAATAGCAG  791

seq1  AGTACTCTTCCTGAACTAATTCCACCATTACAAGACACTTCAAAGGCAAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTCTTCCTGAACTAATTCCACCATTACAAGACACTTCAAAGGCAAT  841

seq1  TTCCTAATCTGTATTTTATACTGTTGAAAATACTTAAGTAGTACTCTGCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAATCTGTATTTTATACTGTTGAAAATACTTAAGTAGTACTCTGCA  891

seq1  CTTTTTCAAACATTTCCCATTATTGTAAATTAACTGGAAAATGCTTAAGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCAAACATTTCCCATTATTGTAAATTAACTGGAAAATGCTTAAGA  941

seq1  ATATACTTATCTTACATAGGCAAAATGTTGAATTCTAGTCTCATTTCAAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTTATCTTACATAGGCAAAATGTTGAATTCTAGTCTCATTTCAAT  991

seq1  AAAACTAGAAAGGTTCTGGTTAAACTAGATAGTTAATCATAATAGCAAAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAGAAAGGTTCTGGTTAAACTAGATAGTTAATCATAATAGCAAAT  1041

seq1  TAAAAGCAAGGTTGCTTATATCTTTATAAAGCAAGAATGCATACTTACCA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCAAGGTTGCTTATATCTTTATAAAGCAAGAATGCATACTTACCA  1091

seq1  TCCCCAAACATAATTAAGATTATTTTGTGGTAAAGGAAATTTGAAACCAG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAACATAATTAAGATTATTTTGTGGTAAAGGAAATTTGAAACCAG  1141

seq1  ATACTCTGAATTC  1157
      |||||||||||||
seq2  ATACTCTGAATTC  1154


seq1: chr3_150321379_150322474
seq2: B6Ng01-198D12.g_61_1161

seq1  GAATTCAGGCTATAACTTCACAGTTATGTGAAGCAAAAGTGGGTGGATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCTATAACTTCACAGTTATGTGAAGCAAAAGTGGGTGGATGC  50

seq1  AGAAGAAGATAGAGATGATTACACAAATATGGCTTGACTTTTTAACAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAGATAGAGATGATTACACAAATATGGCTTGACTTTTTAACAAAC  100

seq1  TGCTTTAACATCTTACAGAAAAAAATAAGAGAAAAAGAAGATAATTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAACATCTTACAGAAAAAAATAAGAGAAAAAGAAGATAATTTCAA  150

seq1  AACCACAAAGAGGGCAGGTGAAAATACTCAGTGAGTAATGAGCCTGAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAAAGAGGGCAGGTGAAAATACTCAGTGAGTAATGAGCCTGAAGC  200

seq1  ACAAACATAGATATTTGAATATGGATCCTTAGAAATTCCATAGTGCTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACATAGATATTTGAATATGGATCCTTAGAAATTCCATAGTGCTGGA  250

seq1  CTAGGCAGTGTGCATGTACAAAGCCAATTTACCTATGACAAGAGGGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCAGTGTGCATGTACAAAGCCAATTTACCTATGACAAGAGGGGAGA  300

seq1  TGGAGACAGGCAAATCCTCAGAAATGTATGCCCAGCTAGCCTGTTGTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACAGGCAAATCCTCAGAAATGTATGCCCAGCTAGCCTGTTGTGTA  350

seq1  CAGAGTGGCAATCAAGAGACTCTGTGGCAAAGAAGGCATATTGTAATTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGGCAATCAAGAGACTCTGTGGCAAAGAAGGCATATTGTAATTAC  400

seq1  TGTTATTTGATGTCCTCTGACATCCAAAGGGAATGTTGCACATGAATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTTGATGTCCTCTGACATCCAAAGGGAATGTTGCACATGAATGTT  450

seq1  GCATTCATACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCATACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAG  500

seq1  AGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTAATAAACCAGTCTTATTTAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTAATAAACCAGTCTTATTTAGT  550

seq1  TGACCCATGTAAGATTGTAAAGCAATAATTACAAAGTTCATATTACTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCATGTAAGATTGTAAAGCAATAATTACAAAGTTCATATTACTGTC  600

seq1  AAGGACTCACAGACGTTTACCAATATAGATTTATTTGCTAGAGCTCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTCACAGACGTTTACCAATATAGATTTATTTGCTAGAGCTCAAAA  650

seq1  ACTAAAATTAACATATCATGACAATACCATAGTAACAGTTTCTCATTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAATTAACATATCATGACAATACCATAGTAACAGTTTCTCATTTTC  700

seq1  ATAATATGATCTGTTAGATGTTCATGAATTACACAACTGAAATTATGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATGATCTGTTAGATGTTCATGAATTACACAACTGAAATTATGATT  750

seq1  GTCTATGTATGTCTTGTACTGCAGAACACTATACACACAAACTAAATAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGTATGTCTTGTACTGCAGAACACTATACACACAAACTAAATAAC  800

seq1  TATACAATGGAAGTCTGAAGCTTACCTTCATGTTATGGTAGACCCTGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAATGGAAGTCTGAAGCTTACCTTCATGTTATGGTAGACCCTGAAG  850

seq1  TCTCTTCATCTTTTTCCCACTTTCCCACACTTTTGGAGAGAGGATATTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCATCTTTTTCCCACTTTCCCACACTTTTGGAGAGAGGATATTAT  900

seq1  GGTAAATGATGTAAGCTACGTCCTTAATAGTATAATTAAAATTGGGTTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATGATGTAAGCTACGTCCTTAATAGTATAATTAAAATTGGGTTGA  950

seq1  TGTA-TTATTTTAGTTTTTGATGCACAATGTTGAT-CTGAAACTTCACTG  998
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  TGTATTTATTTTAG-TTTTGATGCACAATGTTGATCCTGAACCTTCACTG  999

seq1  TAGGGTGGTAGCTTG-CTG-CACTGGTTGTACCAAACAGCCCCAGTTTTA  1046
      ||||  | ||||||| ||| ||||| |||   ||||||||||||  ||||
seq2  TAGGTGGTTAGCTTGCCTGCCACTGCTTGGTACAAACAGCCCCAAGTTTA  1049

seq1  G-ACATTCCA-GCCAGGTTGTATTATGCCTGTGAGTTGTTTTATTTATTT  1094
      | ||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  GAACATTTCAGGCAAGGTTGTATTATGCCTGTGAGTTGGTTTAATTATTT  1099

seq1  TT  1096
      ||
seq2  TT  1101


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |