BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198P24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 79,466,287 - 79,654,856
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRxfp1, Tmem144
Upstream geneLOC383883, LOC100041748, LOC100041716, LOC100041725, LOC100041766, Rapgef2, LOC100041741, LOC100041793, LOC667613, Ppid, Etfdh, 4930579G24Rik
Downstream gene1110032E23Rik, EG626797, Gria2, Glrb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198P24.bB6Ng01-198P24.g
ACCGA020447GA020448
length1,101734
definitionB6Ng01-198P24.b B6Ng01-198P24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,466,287 - 79,467,373)(79,654,124 - 79,654,856)
sequence
gaattctctgtcatgatgaactataacctggaattgtaagctagaataaa
tgctttgtccactaagttgctcgttgtcagggtgctttatcacagtataa
gtgagaaatggacatctattttcttcccctgaggtctaatgtactcgttg
cagatatttaaatactatgtgacatgtcttcaagtagctttgtgctagct
ctacatatttaactctgtccatcactacaaaacattgccaccttctccca
gtaactctggacctaaaccatagacacctaccgggagaaacccaaatgat
tttatttttctgtatagatgtttaaaagtcaatgccaatggttattcctg
agaacatacatataagtgagactacatagattgagcaggttatatttatg
agtgggttatatatttatatttaacaagatctatctatctatctatctat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatccatccatcc
atccatccatccatctatctatctatctacatctggctggcttggggatc
actatgtagatcaggctagcctcaaactcttagagatatgcctttgcctc
tggagtactaggattaaaggtactgatttgtttgtttgtttgtttgtttt
attcttgagattagaattacatcacttctcccttccctttccttcctcat
accccttcttgcttttcccctaatccatattctcttttttcacggattgt
tttcatatatgtatatatgtatattgcatatatatacatatatatatagt
ttcattacatatagatattttcactacctatttatcatctatctgtctat
tattctatccacccaagttttcacataaaggatttcatttggtttgtaag
gaaaggtcaacataactttaaaaaaagatagtactaacaaaaacatgtta
aatttatttgcaggaaataaaagtcaaattttataaattatggataacgg
gtgtcttcaaagtccctacaacatgagaaatggcaccacaaataaattca
tagacaaaaataaatttggctaggatttactcgctacccaaataacacat
c
gaattccctcctgagaatggcctccagccacaatccgcaggggcttataa
gggcaaacctacaggtcgctgtgctttcccatgatgctttgttaatttcc
caagaactacaattcccagcattccaggaagttaccctcggtgggcaggt
gggaccttataggttaatttggggcattactaacctttattgttaaacat
tttgtgtggaaattaccccctacaaagggcagaaacatttatttcaactt
taacccagcaccatcaatattcaataatttcctaatcccaaattgctttt
gaaaatgttaataaatttaagctcttcttgaaaagaatacattgaagatg
atagaattgattgttgtttttttattagtggctttaaataaccccgctcc
caacacatcaataaggtgacaaggtcatattagcaaactaccagttcaaa
gtgagggagagaaggcctcagtggtggtggtagggggcatcacatcccct
gccttcaaggcagatgctgaagagccaggttctggggaagtaggtggtgg
cagagccacatgcaagaccccacaggtcttgtctcccgctttagttgtcc
tgcccaaggtacttatatggaacatatcaaggaacactcagaataccctc
acatgaccaatactctgacccattcaaggaaggagtgcacatctctgctt
acttcctttcacttcatagctattggccacctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_79466287_79467373
seq2: B6Ng01-198P24.b_51_1151

seq1  GAATTCTCTGTCATGATGAACTATAACCTGGAATTGTAAGCTAGAATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTCATGATGAACTATAACCTGGAATTGTAAGCTAGAATAAA  50

seq1  TGCTTTGTCCACTAAGTTGCTCGTTGTCAGGGTGCTTTATCACAGTATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTCCACTAAGTTGCTCGTTGTCAGGGTGCTTTATCACAGTATAA  100

seq1  GTGAGAAATGGACATCTATTTTCTTCCCCTGAGGTCTAATGTACTCGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAATGGACATCTATTTTCTTCCCCTGAGGTCTAATGTACTCGTTG  150

seq1  CAGATATTTAAATACTATGTGACATGTCTTCAAGTAGCTTTGTGCTAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATTTAAATACTATGTGACATGTCTTCAAGTAGCTTTGTGCTAGCT  200

seq1  CTACATATTTAACTCTGTCCATCACTACAAAACATTGCCACCTTCTCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATATTTAACTCTGTCCATCACTACAAAACATTGCCACCTTCTCCCA  250

seq1  GTAACTCTGGACCTAAACCATAGACACCTACCGGGAGAAACCCAAATGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCTGGACCTAAACCATAGACACCTACCGGGAGAAACCCAAATGAT  300

seq1  TTTATTTTTCTGTATAGATGTTTAAAAGTCAATGCCAATGGTTATTCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTCTGTATAGATGTTTAAAAGTCAATGCCAATGGTTATTCCTG  350

seq1  AGAACATACATATAAGTGAGACTACATAGATTGAGCAGGTTATATTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATACATATAAGTGAGACTACATAGATTGAGCAGGTTATATTTATG  400

seq1  AGTGGGTTATATATTTATATTTAACAAGATCTATCTATCTATCTATCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTTATATATTTATATTTAACAAGATCTATCTATCTATCTATCTAT  450

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCCATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCCATCC  500

seq1  ATCCATCCATCCATCTATCTATCTATCTACATCTGGCTGGCTTGGGGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCCATCCATCTATCTATCTATCTACATCTGGCTGGCTTGGGGATC  550

seq1  ACTATGTAGATCAGGCTAGCCTCAAACTCTTAGAGATATGCCTTTGCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTAGATCAGGCTAGCCTCAAACTCTTAGAGATATGCCTTTGCCTC  600

seq1  TGGAGTACTAGGATTAAAGGTACTGATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTACTAGGATTAAAGGTACTGATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTT  650

seq1  ATTCTTGAGATTAGAATTACATCACTTCTCCCTTCCCTTTCCTTCCTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGAGATTAGAATTACATCACTTCTCCCTTCCCTTTCCTTCCTCAT  700

seq1  ACCCCTTCTTGCTTTTCCCCTAATCCATATTCTCTTTTTTCACGGATTG-  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACCCCTTCTTGCTTTTCCCCTAATCCATATTCTCTTTTTTCACGGATTGT  750

seq1  TTTCATATATGTATATATGTATATTGCATATATATACATATATATATAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATATATGTATATATGTATATTGCATATATATACATATATATATAGT  800

seq1  TTCATTACATATAGATATTTTCACTACCTATTTATCATCTATCTGTCTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTACATATAGATATTTTCACTACCTATTTATCATCTATCTGTCTAT  850

seq1  TA-TCTATCCACCCAAG-TTTCACATAAAGGA-TTCATTTGGTTTGTAAG  896
      || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TATTCTATCCACCCAAGTTTTCACATAAAGGATTTCATTTGGTTTGTAAG  900

seq1  G-AAGGTCAACATAACCTT-AAAAAAGATAGTACTTAC-AAAACA-GTTA  942
      | |||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||||| ||||
seq2  GAAAGGTCAACATAACTTTAAAAAAAGATAGTACTAACAAAAACATGTTA  950

seq1  AATT--ATTGCAGGAAATAAAAGTCAAATTTCTTAAATTATGGAT-ACGG  989
      ||||   ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||
seq2  AATTTATTTGCAGGAAATAAAAGTCAAATTTTATAAATTATGGATAACGG  1000

seq1  TTGCCTTCAAAGTCCCTACAACAT-AAAAATGG-AACACAAATTAAATTC  1037
       || |||||||||||||||||||| | |||||| | |||||| |||||||
seq2  GTGTCTTCAAAGTCCCTACAACATGAGAAATGGCACCACAAA-TAAATTC  1049

seq1  ATAGACAAAAATAAA-TTGGCTAGGAATTATTTGCTA-CCAAATAAAACA  1085
      ||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||| |||
seq2  ATAGACAAAAATAAATTTGGCTAGGATTTACTCGCTACCCAAATAACACA  1099

seq1  TC  1087
      ||
seq2  TC  1101

seq1: chr3_79654124_79654856
seq2: B6Ng01-198P24.g_64_797 (reverse)

seq1  GGAGGTGGCCAAATGCTCTGAAGTG-AAGGAAGTATGCAGAGATGTGCAC  49
      ||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGAGGTGGCCAATAGCTATGAAGTGAAAGGAAGTAAGCAGAGATGTGCAC  50

seq1  TCCTTCCTTG-ATGGGTCAGAGTGTTGGTCATGTGAGGGTTTTCTGAGTG  98
      |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCCTTCCTTGAATGGGTCAGAGTATTGGTCATGTGAGGGTATTCTGAGTG  100

seq1  TTCCTTGATTTGTTCCATATAAGTACCTTGGGCAGGACAACTAAAGCGGG  148
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGATATGTTCCATATAAGTACCTTGGGCAGGACAACTAAAGCGGG  150

seq1  AGACAAGACCTGTGGGGTCTCTGCATGTGGCTCTGCCACCACCTACTTCC  198
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGACCTGTGGGGTCT-TGCATGTGGCTCTGCCACCACCTACTTCC  199

seq1  CCAGAACCTGGCTCTTCAGCATCTGCCTTGAAGGCAGGGGATGTGATGCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACCTGGCTCTTCAGCATCTGCCTTGAAGGCAGGGGATGTGATGCC  249

seq1  CCCTACCACCACCACTGAGGCCTTCTCTCCCTCACTTTGAACTGGTAGTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCACCACCACTGAGGCCTTCTCTCCCTCACTTTGAACTGGTAGTT  299

seq1  TGCTAATATGACCTTGTCACCTTATTGATGTGTTGGGAGCGGGGTTATTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAATATGACCTTGTCACCTTATTGATGTGTTGGGAGCGGGGTTATTT  349

seq1  AAAGCCACTAATAAAAAAACAACAATCAATTCTATCATCTTCAATGTATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCACTAATAAAAAAACAACAATCAATTCTATCATCTTCAATGTATT  399

seq1  CTTTTCAAGAAGAGCTTAAATTTATTAACATTTTCAAAAGCAATTTGGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAAGAAGAGCTTAAATTTATTAACATTTTCAAAAGCAATTTGGGA  449

seq1  TTAGGAAATTATTGAATATTGATGGTGCTGGGTTAAAGTTGAAATAAATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAATTATTGAATATTGATGGTGCTGGGTTAAAGTTGAAATAAATG  499

seq1  TTTCTGCCCTTTGTAGGGGGTAATTTCCACACAAAATGTTTAACAATAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCCCTTTGTAGGGGGTAATTTCCACACAAAATGTTTAACAATAAA  549

seq1  GGTTAGTAATGCCCCAAATTAACCTATAAGGTCCCACCTGCCCACCGAGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGTAATGCCCCAAATTAACCTATAAGGTCCCACCTGCCCACCGAGG  599

seq1  GTAACTTCCTGGAATGCTGGGAATTGTAGTTCTTGGGAAATTAACAAAGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTCCTGGAATGCTGGGAATTGTAGTTCTTGGGAAATTAACAAAGC  649

seq1  ATCATGGGAAAGCACAGCGACCTGTAGGTTTGCCCTTATAAGCCCCTGCG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGGAAAGCACAGCGACCTGTAGGTTTGCCCTTATAAGCCCCTGCG  699

seq1  GATTGTGGCTGGAGGCCATTCTCAGGAGGGAATTC  733
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTGGCTGGAGGCCATTCTCAGGAGGGAATTC  734