BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200K20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 142,711,521 - 142,818,209
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGabarapl2-ps3, Pdlim5, Gbp5, Gbp6, Gbp3, Gbp1, Gbp2, EG621605, Ccbl2, Gtf2b, Pkn2, LOC100040053, LOC100039883
Downstream gene1700001N15Rik, EG668889, EG621809, LOC100039938, LOC100039952
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200K20.bB6Ng01-200K20.g
ACCGA021672GA021673
length8311,152
definitionB6Ng01-200K20.b B6Ng01-200K20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,817,380 - 142,818,209)(142,711,521 - 142,712,665)
sequence
gaattccccaaaggaaaatgtttggtagctctccaatgaccctggcttga
tgtgcattttccagtgtatagactataccagtgtaagacgttttcttcta
ttcttattgcttgcttagcacatatagacaccctaccatgtaattaccac
tgctctgggaactgcagctacagaaagaaacctcatgttgacacttcaat
cttcaaaagtccaagaaacaaatacaatggtagcttaattgaaagtagca
tatagaaaaccaggatgctaaattataacaataattctgaattcttccct
caagaccaactctcctttaaaaacaatattagaatgctgagaacagtcac
tgagtattgctgggaaagtcagtcttatatgtgtggagtggtagcactgg
tctgagacatgaagcagatgggaaggactttagggagaggggataaagaa
gagggcaaccacaggatgctgctctggtctcttctccacttttgttctta
tccatgccccttactccctctctgcaggactctggcatctcatctacatt
ttctcaggagttaagtcatagcaagacaagtgtttgtgagtttgacataa
acaggtgctaactagctaagctcagataagtggcttctcactttgttcct
ttcaaataaccaggaggaaagaactaagcatgtctctgatatggacatct
gtagcaaggatttatttagcagactatagttttccaatgtctgctctcct
tacccataggtatctctttcacaaaccacaaacatatacattctctctct
ctctctctctctctctctctctctctctctc
gaattctttcgacctatctcctggaaaaccaaccttccacaggcaaggaa
cagagttgctctctatttgtgtgggtgctgtcagtgaaagccgtgctttc
tttaagagcagttactcagctgttgaataaaattttatgctgggttaact
aataactttggaaaagtctgtcagtaaaaattgtatgatttaggttgatt
catgtaggctcatgttgaaaggttcagtgctatccattgcacccctttaa
agactatagtccatacttgattcatatttttttagcctttacccagcact
cttgtgttccacagtcctgttcatgacactgtgccatttttgaccatcac
atctccctgagcgtgtcttggcttctcataaccacaaagtgctcagttaa
aaaagaatcatgacagatttgatgaagtcataggaattttgtagaatgcc
cctcccttgaaatctgttttccccctgtccagtgtgagactaggcttcag
ggaatggagactccaggagtagagccccttcccaacacaaaaagcctcag
actgcctctataaggcaccgggggtagatgctacgtggctgtagtgacat
cctgggttacaggactaatgctgctgctggtcagggttctcagattgaag
tccttccttctcttcactgccttgattgtactctttagaagggagttctc
tctccacagcccatatttgagtaggatgctttcttcgtatgctggaaggc
agaactatgtacgcaaatgatttgaaagttttctctttagacctttgact
ctcattattctgtatggcttcagttgtactcaattagtattttgggatta
tgacccaatgctaatttatgttgttcatatcctttccttactctccccct
tcctcttcatttgccttccctttccttctcatccccttgtctcttccctc
ctctctccttttgtttcttcccctccttttcatcccttcctttttaattc
cttcaaaatttctggattttttcagaatatttaagtggaagtgagatgac
tctttttagatactttttacttatgtgtatggagtgtcttggctctatgg
tatgtattacatacctcggttgcttgtgaagttcagatgattgtcataca
ga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_142817380_142818209
seq2: B6Ng01-200K20.b_46_876 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGTATATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGTATATGT  50

seq1  TTGTGGTTTGTGAAAGAGATACCTAT-GGTAAGGAGAGCAGACATTGGAA  99
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTTTGTGAAAGAGATACCTATGGGTAAGGAGAGCAGACATTGGAA  100

seq1  AACTATAGTCTGCTAAATAAATCCTTGCTACAGATGTCCATATCAGAGAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATAGTCTGCTAAATAAATCCTTGCTACAGATGTCCATATCAGAGAC  150

seq1  ATGCTTAGTTCTTTCCTCCTGGTTATTTGAAAGGAACAAAGTGAGAAGCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAGTTCTTTCCTCCTGGTTATTTGAAAGGAACAAAGTGAGAAGCC  200

seq1  ACTTATCTGAGCTTAGCTAGTTAGCACCTGTTTATGTCAAACTCACAAAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCTGAGCTTAGCTAGTTAGCACCTGTTTATGTCAAACTCACAAAC  250

seq1  ACTTGTCTTGCTATGACTTAACTCCTGAGAAAATGTAGATGAGATGCCAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCTTGCTATGACTTAACTCCTGAGAAAATGTAGATGAGATGCCAG  300

seq1  AGTCCTGCAGAGAGGGAGTAAGGGGCATGGATAAGAACAAAAGTGGAGAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGCAGAGAGGGAGTAAGGGGCATGGATAAGAACAAAAGTGGAGAA  350

seq1  GAGACCAGAGCAGCATCCTGTGGTTGCCCTCTTCTTTATCCCCTCTCCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCAGAGCAGCATCCTGTGGTTGCCCTCTTCTTTATCCCCTCTCCCT  400

seq1  AAAGTCCTTCCCATCTGCTTCATGTCTCAGACCAGTGCTACCACTCCACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCTTCCCATCTGCTTCATGTCTCAGACCAGTGCTACCACTCCACA  450

seq1  CATATAAGACTGACTTTCCCAGCAATACTCAGTGACTGTTCTCAGCATTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAGACTGACTTTCCCAGCAATACTCAGTGACTGTTCTCAGCATTC  500

seq1  TAATATTGTTTTTAAAGGAGAGTTGGTCTTGAGGGAAGAATTCAGAATTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTGTTTTTAAAGGAGAGTTGGTCTTGAGGGAAGAATTCAGAATTA  550

seq1  TTGTTATAATTTAGCATCCTGGTTTTCTATATGCTACTTTCAATTAAGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATAATTTAGCATCCTGGTTTTCTATATGCTACTTTCAATTAAGCT  600

seq1  ACCATTGTATTTGTTTCTTGGACTTTTGAAGATTGAAGTGTCAACATGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGTATTTGTTTCTTGGACTTTTGAAGATTGAAGTGTCAACATGAG  650

seq1  GTTTCTTTCTGTAGCTGCAGTTCCCAGAGCAGTGGTAATTACATGGTAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTCTGTAGCTGCAGTTCCCAGAGCAGTGGTAATTACATGGTAGG  700

seq1  GTGTCTATATGTGCTAAGCAAGCAATAAGAATAGAAGAAAACGTCTTACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTATATGTGCTAAGCAAGCAATAAGAATAGAAGAAAACGTCTTACA  750

seq1  CTGGTATAGTCTATACACTGGAAAATGCACATCAAGCCAGGGTCATTGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTATAGTCTATACACTGGAAAATGCACATCAAGCCAGGGTCATTGGA  800

seq1  GAGCTACCAAACATTTTCCTTTGGGGAATTC  830
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACCAAACATTTTCCTTTGGGGAATTC  831

seq1: chr3_142711521_142712665
seq2: B6Ng01-200K20.g_67_1218

seq1  GAATTCTTTCGACCTATCTCCTGGAAAACCAACCTTCCACAGGCAAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCGACCTATCTCCTGGAAAACCAACCTTCCACAGGCAAGGAA  50

seq1  CAGAGTTGCTCTCTATTTGTGTGGGTGCTGTCAGTGAAAGCCGTGCTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTGCTCTCTATTTGTGTGGGTGCTGTCAGTGAAAGCCGTGCTTTC  100

seq1  TTTAAGAGCAGTTACTCAGCTGTTGAATAAAATTTTATGCTGGGTTAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAGCAGTTACTCAGCTGTTGAATAAAATTTTATGCTGGGTTAACT  150

seq1  AATAACTTTGGAAAAGTCTGTCAGTAAAAATTGTATGATTTAGGTTGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTTTGGAAAAGTCTGTCAGTAAAAATTGTATGATTTAGGTTGATT  200

seq1  CATGTAGGCTCATGTTGAAAGGTTCAGTGCTATCCATTGCACCCCTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGGCTCATGTTGAAAGGTTCAGTGCTATCCATTGCACCCCTTTAA  250

seq1  AGACTATAGTCCATACTTGATTCATATTTTTTTAGCCTTTACCCAGCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATAGTCCATACTTGATTCATATTTTTTTAGCCTTTACCCAGCACT  300

seq1  CTTGTGTTCCACAGTCCTGTTCATGACACTGTGCCATTTTTGACCATCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTTCCACAGTCCTGTTCATGACACTGTGCCATTTTTGACCATCAC  350

seq1  ATCTCCCTGAGCGTGTCTTGGCTTCTCATAACCACAAAGTGCTCAGTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCTGAGCGTGTCTTGGCTTCTCATAACCACAAAGTGCTCAGTTAA  400

seq1  AAAAGAATCATGACAGATTTGATGAAGTCATAGGAATTTTGTAGAATGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATCATGACAGATTTGATGAAGTCATAGGAATTTTGTAGAATGCC  450

seq1  CCTCCCTTGAAATCTGTTTTCCCCCTGTCCAGTGTGAGACTAGGCTTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTTGAAATCTGTTTTCCCCCTGTCCAGTGTGAGACTAGGCTTCAG  500

seq1  GGAATGGAGACTCCAGGAGTAGAGCCCCTTCCCAACACAAAAAGCCTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGAGACTCCAGGAGTAGAGCCCCTTCCCAACACAAAAAGCCTCAG  550

seq1  ACTGCCTCTATAAGGCACCGGGGGTAGATGCTACGTGGCTGTAGTGACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTCTATAAGGCACCGGGGGTAGATGCTACGTGGCTGTAGTGACAT  600

seq1  CCTGGGTTACAGGACTAATGCTGCTGCTGGTCAGGGTTCTCAGATTGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTACAGGACTAATGCTGCTGCTGGTCAGGGTTCTCAGATTGAAG  650

seq1  TCCTTCCTTCTCTTCACTGCCTTGATTGTACTCTTTAGAAGGGAGTTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTTCTCTTCACTGCCTTGATTGTACTCTTTAGAAGGGAGTTCTC  700

seq1  TCTCCACAGCCCATATTTGAGTAGGATGCTTTCTTCGTATGCTGGAAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACAGCCCATATTTGAGTAGGATGCTTTCTTCGTATGCTGGAAGGC  750

seq1  AGAACTATGTACGCAAATGATTTGAAAGTTTTCTCTTTAGACCTTTGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTATGTACGCAAATGATTTGAAAGTTTTCTCTTTAGACCTTTGACT  800

seq1  CTCATTATTCTGTATGGCTTCAGTTGTACTCAATTAGTATTTT-GGATTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCATTATTCTGTATGGCTTCAGTTGTACTCAATTAGTATTTTGGGATTA  850

seq1  TGACCCAATGCTAATTTATGTTGTTCATATCC-TTCCTTACTCTCCCCCT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGACCCAATGCTAATTTATGTTGTTCATATCCTTTCCTTACTCTCCCCCT  900

seq1  TCCCTCTTCATTTGCCTTCCC-TTCCTTCTCATCCCCTTGTCTCTTCCCT  947
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CCTCTTCATTTGCCTTCCCTTTCCTTCTCATCCCCTTGTCTCTTCCCT  949

seq1  CCCTCTCTCC-TTTGTTTCTTCCCTCCTTTTTCATCCTTTCTTTTTTATT  996
       ||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| ||| |||||| |
seq2  -CCTCTCTCCTTTTGTTTCTTCCCCTCCTTTTCATCCCTTCCTTTTTAAT  998

seq1  CCTTTCAAAATTTCTG--ATTTTTCAG-ATATTTAAGTGGAAGTGAGATG  1043
       | |||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAAAATTTCTGGATTTTTTCAGAATATTTAAGTGGAAGTGAGATG  1048

seq1  ACTCTTTTTAGATTACTTTTTTACTTTATGTGTAT-GAGTGTCTTGCCTC  1092
      |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||
seq2  ACTCTTTTTAGA-TAC-TTTTTAC-TTATGTGTATGGAGTGTCTTGGCTC  1095

seq1  TAT-GTATGTA-TACATACCTCGTGTGCTTGTGGAGGTCAGATG-TTGTC  1139
      ||| ||||||| |||||||||||  |||||||| || ||||||| |||||
seq2  TATGGTATGTATTACATACCTCGGTTGCTTGTGAAGTTCAGATGATTGTC  1145

seq1  AT-CAGA  1145
      || ||||
seq2  ATACAGA  1152