BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201D14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 40,771,155 - 40,902,666
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLarp2, Pgrmc2
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik
Downstream geneEG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201D14.bB6Ng01-201D14.g
ACCGA022061GA022062
length1,1261,117
definitionB6Ng01-201D14.b B6Ng01-201D14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,771,155 - 40,772,299)(40,901,531 - 40,902,666)
sequence
gaattcttttggtatttctacagataatccattcaaattcagactgaatc
tttaaaattcagagtggttttagaattgcagagctgaacattatcatgaa
atgattttgtttttgttttttttttcttcaagctaataagcacaaatggg
taccactccacttagatgatgtgagaccagacagccaggaaagacctggg
tcccggaacagctctagatgtcaacctgaagcaaataaaccaacgcacag
taataggaaaagtgatacacgaagtaagtgtcatttcaacagggacatga
attcaaacaaacgtagctttagtgcttaccattggaactgtgtagagtaa
actgcaggcacatctctttgattctacaaatctttagaggacatgtctaa
agagtaggctgaatgttaacacaatgtaactgtctataatcttgttggtg
tcttttatcttcttggtctttccagacagagtttctttatgcaggtctgg
ctgtcctggaatcccctctgtagatcaggtcagcctgcctctgcttcctg
agtactggaattcaaagtgtgtgccaccatcccctggcttaatatcttat
tttatatattgagacaggacctcactatttaaatcactatctagccaggc
acatattatgtggtcctcctgcctcagcctcccaagtgccatcactctag
tctttttttaaagctttctgtctccccatctactttggcattacacattg
ctttagtttggttgctccttaatttccatcatgtcttaacagctcctctg
ctttgacttcctcgatattgatttttttaaatagataattggctggtgat
ggtgattatgatttttcatgacagggtctctctctgtagcaatctctgtc
taggactcactgtgtattctaggtggaccttgaactcagagattggcctg
ctctgcctcataaattttggaattaaaggcaagatataaggtcatttaaa
cagatattctttactttgggtatgtttggtcatgctttcttatgactagt
ttatgacaagtttagtagaactatttttctttttaggacagggtcttttc
ctataaccagagatctaccagcctct
gaattcacttcctagcacccaagctgggcagttcataaccacctgtaact
ccagctccaggggacccaacaccctcctctggcttctgaggacccctgca
aacacatgcatatagtcacaactacacacacacataatttaaaataaaac
atttttaaaaagatgttgaagtaagatgcctagggaagatgccagaatta
aaacattcatgagtctcatgcccaagctaatattatttatcccaccattt
ttatataattagtattactataattatcctggtttacaacctaatagata
gttagatgaattgttctatgtgcaggctttgctttctgctcaatagctct
gagttaaattagagaaataacagttaatgtggccactgaggaaaatgtaa
aatatcttactgaattgttaaatgagctgagaaatctcttatgctcaata
tttctgtttggtgaagttggatcctaaacaagtctgagtcctaaagcgta
tctgaggtgggggagaagctccagagaagtgttctgtcaagtaaaaaatg
gccaccaactgtttacaattctcatttgattatctttctataggaaaaca
ataaaaatggttatgaagaattgaaataaaactgttgttgcgtgcaaagg
aaatggcatgttctatagaattactgtgttgtttacaactaagtaagaaa
gcattccagacaaggctgagacccaccccttatactaatgattaaagaga
ttcagagatgacccagggccaaacaaggtttttccagtagatgccctcag
cactctgcctcccagtatctatagcagccctgaacaaagatatttctgcc
atctagggcttccatgtttaccaggtctacatctctgtattcttgtcagt
cctcctagatgtacacatgggtttggtttcagaccctgggacaagggaac
tggatgcgtattttacatatcacagcagaccaaggcctcagaccagacca
gcatccctctgttcctactggcatactctaccccaacccaggggctcccc
agaggctctccctaatataaatcagacactttgcttttttctcctctcct
tctcttctctctctctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_40771155_40772299
seq2: B6Ng01-201D14.b_42_1167

seq1  GAATTCTTTTGGTATTTCTACAGATAATCCATTCAAATTCAGACTGAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGGTATTTCTACAGATAATCCATTCAAATTCAGACTGAATC  50

seq1  TTTAAAATTCAGAGTGGTTTTAGAATTGCAGAGCTGAACATTATCATGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATTCAGAGTGGTTTTAGAATTGCAGAGCTGAACATTATCATGAA  100

seq1  ATGATTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTCTTCAAGCTAATAAGCACAAATGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTCTTCAAGCTAATAAGCACAAATGGG  150

seq1  TACCACTCCACTTAGATGATGTGAGACCAGACAGCCAGGAAAGACCTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACTCCACTTAGATGATGTGAGACCAGACAGCCAGGAAAGACCTGGG  200

seq1  TCCCGGAACAGCTCTAGATGTCAACCTGAAGCAAATAAACCAACGCACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGGAACAGCTCTAGATGTCAACCTGAAGCAAATAAACCAACGCACAG  250

seq1  TAATAGGAAAAGTGATACACGAAGTAAGTGTCATTTCAACAGGGACATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGGAAAAGTGATACACGAAGTAAGTGTCATTTCAACAGGGACATGA  300

seq1  ATTCAAACAAACGTAGCTTTAGTGCTTACCATTGGAACTGTGTAGAGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAACAAACGTAGCTTTAGTGCTTACCATTGGAACTGTGTAGAGTAA  350

seq1  ACTGCAGGCACATCTCTTTGATTCTACAAATCTTTAGAGGACATGTCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGGCACATCTCTTTGATTCTACAAATCTTTAGAGGACATGTCTAA  400

seq1  AGAGTAGGCTGAATGTTAACACAATGTAACTGTCTATAATCTTGTTGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAGGCTGAATGTTAACACAATGTAACTGTCTATAATCTTGTTGGTG  450

seq1  TCTTTTATCTTCTTGGTCTTTCCAGACAGAGTTTCTTTATGCAGGTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTATCTTCTTGGTCTTTCCAGACAGAGTTTCTTTATGCAGGTCTGG  500

seq1  CTGTCCTGGAATCCCCTCTGTAGATCAGGTCAGCCTGCCTCTGCTTCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGGAATCCCCTCTGTAGATCAGGTCAGCCTGCCTCTGCTTCCTG  550

seq1  AGTACTGGAATTCAAAGTGTGTGCCACCATCCCCTGGCTTAATATCTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGGAATTCAAAGTGTGTGCCACCATCCCCTGGCTTAATATCTTAT  600

seq1  TTTATATATTGAGACAGGACCTCACTATTTAAATCACTATCTAGCCAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATATTGAGACAGGACCTCACTATTTAAATCACTATCTAGCCAGGC  650

seq1  ACATATTATGTGGTCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTGCCATCACTCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTATGTGGTCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTGCCATCACTCTAG  700

seq1  TCTTTTTTTAAAGCTTTCTGTCTCCCCATCTACTTTGGCATTACACATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTTAAAGCTTTCTGTCTCCCCATCTACTTTGGCATTACACATTG  750

seq1  CTTTAGTTTGGTTGCTCCTTAATTTCCATCATGTCTTAACAGCTCCTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTTTGGTTGCTCCTTAATTTCCATCATGTCTTAACAGCTCCTCTG  800

seq1  CTTTGACTTCCTCGATATTGATTTTTTTAAATAGATAATTGGCTGGTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACTTCCTCGATATTGATTTTTTTAAATAGATAATTGGCTGGTGAT  850

seq1  GGTGATTATGATTTTTCATGACAGGGTCTCTCTCTGTAGCAATCTCTGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTATGATTTTTCATGACAGGGTCTCTCTCTGTAGCAATCTCTGTC  900

seq1  TAGGACTCACTGTGTAATTCTAGGTGGACCTTGAACTCAGAGATTGGCCT  950
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTCACTGTGT-ATTCTAGGTGGACCTTGAACTCAGAGATTGGCCT  949

seq1  GCCTCTGCCTTCAATAAAATTTTGGAATTAAAGGCAAGATAATAAGGTCA  1000
      | ||||||| |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  G-CTCTGCC-TCA--TAAATTTTGGAATTAAAGGCAAGAT-ATAAGGTCA  994

seq1  TTTTAAACAGATATTCTTTACTTTGGGTTATGTTTTGGGTCATGCTTTCT  1050
       |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||
seq2  -TTTAAACAGATATTCTTTACTTTGGG-TATGTTT--GGTCATGCTTTCT  1040

seq1  TATGACTAGTTTTTAATGACAAATTTTTAGTAGAACTATTTTTCTTTTTT  1100
      ||||||||||||   |||||||   |||||||||||||||||||||||| 
seq2  TATGACTAGTTT---ATGACAA--GTTTAGTAGAACTATTTTTCTTTTT-  1084

seq1  TAAAGACAGGGTCTTTCTATATAAACCAGAGATCTACCAGCCTCT  1145
        | ||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  --AGGACAGGGTCTTTTCCTAT-AACCAGAGATCTACCAGCCTCT  1126

seq1: chr3_40901531_40902666
seq2: B6Ng01-201D14.g_62_1178 (reverse)

seq1  AAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAA  50
                       ||||||||||| |||||  ||||| |||| |||
seq2  ----------------AAGAGAGAGAGA-AGAGAAGGAGAG-GAGAAAAA  32

seq1  AGCAAAGTGTCTGAATTATATAGGGAAGAGCCTCTGGGGAGCCCCTGGGT  100
      |||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGTGTCTGATTTATATTAGGGAGAGCCTCTGGGGAGCCCCTGGGT  82

seq1  TGGGGGTAGAGTATGCCAGGTAGGAACAGAGGGATGCTGGTCTGGTCTTG  150
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  T-GGGGTAGAGTATGCCA-GTAGGAACAGAGGGATGCTGGTCTGGTC-TG  129

seq1  AGGCC-TGGTCTGCTGTGATATGTAAAATACGCATCCCAGTCCCTTGTCC  199
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  AGGCCTTGGTCTGCTGTGATATGTAAAATACGCATCCAGTTCCCTTGTCC  179

seq1  CAGGGTCTGAAACCAAA-CCATGTGTACATCTAGGAGGACTGACAAGAAT  248
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCTGAAACCAAACCCATGTGTACATCTAGGAGGACTGACAAGAAT  229

seq1  ACAGAGATGTAGACCTGGTAAACATGGAAGCCCTAGATGGCAGAAATATC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGATGTAGACCTGGTAAACATGGAAGCCCTAGATGGCAGAAATATC  279

seq1  TTTGTTCAGGGCTGCTATAGATACTGGGAGGCAGAGTGCTGAGGGCATCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCAGGGCTGCTATAGATACTGGGAGGCAGAGTGCTGAGGGCATCT  329

seq1  ACTGGAAAAACCTTGTTTGGCCCTGGGTCATCTCTGAATCTCTTTAATCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAAACCTTGTTTGGCCCTGGGTCATCTCTGAATCTCTTTAATCA  379

seq1  TTAGTATAAGGGGTGGGTCTCAGCCTTGTCTGGAATGCTTTCTTACTTAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATAAGGGGTGGGTCTCAGCCTTGTCTGGAATGCTTTCTTACTTAG  429

seq1  TTGTAAACAACACAGTAATTCTATAGAACATGCCATTTCCTTTGCACGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAACAACACAGTAATTCTATAGAACATGCCATTTCCTTTGCACGCA  479

seq1  ACAACAGTTTTATTTCAATTCTTCATAACCATTTTTATTGTTTTCCTATA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGTTTTATTTCAATTCTTCATAACCATTTTTATTGTTTTCCTATA  529

seq1  GAAAGATAATCAAATGAGAATTGTAAACAGTTGGTGGCCATTTTTTACTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATAATCAAATGAGAATTGTAAACAGTTGGTGGCCATTTTTTACTT  579

seq1  GACAGAACACTTCTCTGGAGCTTCTCCCCCACCTCAGATACGCTTTAGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAACACTTCTCTGGAGCTTCTCCCCCACCTCAGATACGCTTTAGGA  629

seq1  CTCAGACTTGTTTAGGATCCAACTTCACCAAACAGAAATATTGAGCATAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACTTGTTTAGGATCCAACTTCACCAAACAGAAATATTGAGCATAA  679

seq1  GAGATTTCTCAGCTCATTTAACAATTCAGTAAGATATTTTACATTTTCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTCTCAGCTCATTTAACAATTCAGTAAGATATTTTACATTTTCCT  729

seq1  CAGTGGCCACATTAACTGTTATTTCTCTAATTTAACTCAGAGCTATTGAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCCACATTAACTGTTATTTCTCTAATTTAACTCAGAGCTATTGAG  779

seq1  CAGAAAGCAAAGCCTGCACATAGAACAATTCATCTAACTATCTATTAGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCAAAGCCTGCACATAGAACAATTCATCTAACTATCTATTAGGT  829

seq1  TGTAAACCAGGATAATTATAGTAATACTAATTATATAAAAATGGTGGGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAACCAGGATAATTATAGTAATACTAATTATATAAAAATGGTGGGAT  879

seq1  AAATAATATTAGCTTGGGCATGAGACTCATGAATGTTTTAATTCTGGCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATATTAGCTTGGGCATGAGACTCATGAATGTTTTAATTCTGGCAT  929

seq1  CTTCCCTAGGCATCTTACTTCAACATCTTTTTAAAAATGTTTTATTTTAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTAGGCATCTTACTTCAACATCTTTTTAAAAATGTTTTATTTTAA  979

seq1  ATTATGTGTGTGTGTAGTTGTGACTATATGCATGTGTTTGCAGGGGTCCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTGTGTGTGTAGTTGTGACTATATGCATGTGTTTGCAGGGGTCCT  1029

seq1  CAGAAGCCAGAGGAGGGTGTTGGGTCCCCTGGAGCTGGAGTTACAGGTGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCAGAGGAGGGTGTTGGGTCCCCTGGAGCTGGAGTTACAGGTGG  1079

seq1  TTATGAACTGCCCAGCTTGGGTGCTAGGAAGTGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAACTGCCCAGCTTGGGTGCTAGGAAGTGAATTC  1117