BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202B05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 155,102,414 - 155,266,111
singlet/doubletdoublet
Overlap geneScp2-ps1
Upstream geneLOC100040810, LOC100040829, Tyw3, Cryz, BC007180, Tnni3k, Fpgt, Lrrc44, EG383956
Downstream geneEG668902, LOC624519, LOC100040901, 4930570G19Rik, Negr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202B05.bB6Ng01-202B05.g
ACCGA022669GA022670
length1,1671,167
definitionB6Ng01-202B05.b B6Ng01-202B05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,264,960 - 155,266,111)(155,102,414 - 155,103,579)
sequence
gaattcttttatttctgaccattgtaaataccaccagttactgaaaagga
catagccacattaaaaacttaaaataattaaagacttaaacataaggttt
ctacctaaagttgctacctaagtttattagttttcagatcctaaagaaag
gggcagataaatacacataaaggtaaaaatagaaatatttactataaact
aagcaagactagtggcttgcgatgaagagtacattgtgatcaatcattct
tcatatctacagatacattcataggatactagtaaagtgtttatttcctc
ttctgtgaaagtaaataactaacctgttagatctctgcacagcacagcat
gagattccgtgaggaagtaaagattcagcaaaatgacagcagatgatctc
atatgtacatgaaagtctgtgtgcatattcatatgtacatgaaagtcttt
tgtgcacattcatatgtacatgaaagtgtgtgtggcatgatcatatgtac
atgaaagtctgtgtgtgcacattcatatgtacatgaaagtgtgtgtggca
tgatcatatgtacatgaaagtctgtgtgtgcacattcatatgtacatgaa
agtctgtgtgtgcatgttcatatgttcaagaaagtctgtgtgtgcatgtt
catatgttcatgaaagtctgtgtgtacatgctcatgttcacccctgaaat
aaaaatctgcaaactattgacatcatttctgccacccctggacaactgga
gtactgtgatagaggccatcttatctactaaataatttttataccattat
attttatgtgcaacatttattttcctgtatcttttagaagtcattctgac
aatgaggtgtagagtggtctagagatgaccgggccataaacatgaaaact
gtactgaaattcttaactaatttgtttgagttaattttatatccatctac
tgcactgaagttgtttatcaggtttaggagttctctggtggaatttttaa
gatcgctgatatatactatcatatcatctgcaaatagtgagattttttac
ttcttcttttcagtttgaatcatctggatcttttgtttgtcaatggctct
gggctagggacttcaaggtactatattgaaatagttaagggagaaaggta
gcagcctatcctagtcc

gaattcaggcttctgtatcatagtgtgtttacagacattgaaagtattgt
agacaaccagagaacaaggtttcagcatcttgcactggctagttcacaag
gtagatataaatgcttgtatgtaaaccatctgaggcacctgcttgagtag
cccaaagcagacgatctggaaataacaggccaatgaacaacaatccagca
gcaatgagagaatgaacaagtgtagcaccccaggcaggtggttatagaca
agtgaagctcatatatgatactcatgcaaccatttagggagatggggtca
gaaccctgaccatgtgtatgtgttccataaattctggcaatgatgctgag
taaaagtgacaattcccacttctctactaagatacttatcttcttccatc
ttattgctctgtccctgtgaccttgattgcacttattcttaatagtgtat
ctaggatttggagaaacagtaccacgcatgtattgacctgaaccccacaa
acagtcaattctagtgtataaagtcattgaggtttctgagtttgtctgtt
cccattatataagctagatcatcctgaaagttgttgagattctatttgca
tttgggaagttttgttgcatagttgattctcttactcaaaattacttgcg
cagagacagaggtattcacagatgtggagggattttaaaatttagagtga
tgtgcttgtcccattattatggaaggcatgtttggggacactgatgctca
aactttagtatatgtatttattaactagagatcttgttaaaatgctggtt
ctgacttaacccatgatgaacactcagtgatttgtactccctctcaaggt
tactaccaagcgtataatgtaacactgaaacaaagtctgcggttgtacag
ggaaagtctatgtcgcttaaccttgcaaatgtttgaggagaaaatattga
actggtagttatgataaatatgaaacagtgagtcatgggttgggttcctg
tgagtgggactatccatgtgatctccttgtggtagtgataactcctgtct
tccattgtttaatataatgagtgataaggcaaataggccaaaacattggg
cgtaatccttgatgctccagtgaatctctgggagcgaggattcctgtcag
cctccaagcctttcata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_155264960_155266111
seq2: B6Ng01-202B05.b_56_1212 (reverse)

seq1  GGACTAGATAAGGCTGCCTACTTTCTCCC-TAACTA-TTCAATATAGTA-  47
      |||||||   |||||||   ||||||||| |||||| |||||||||||| 
seq2  GGACTAGGATAGGCTGCTACCTTTCTCCCTTAACTATTTCAATATAGTAC  50

seq1  CTTGAAGT-CCTAG-CCAGAGCAATTTGAC-AACAAAAGATCAAGATGAT  94
      |||||||| ||||| ||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||
seq2  CTTGAAGTCCCTAGCCCAGAGCCA-TTGACAAACAAAAGATCCAGATGAT  99

seq1  ACAAATTGGAAAAGAAGAAGT-AAAAATCTCACTATTTGCAGATGATATG  143
       |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACT-GAAAAGAAGAAGTAAAAAATCTCACTATTTGCAGATGATATG  148

seq1  ATAGTATATATCAGCGATCTTAAAAATTCCACCAGAGAACTCCTAAACCT  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATATATCAGCGATCTTAAAAATTCCACCAGAGAACTCCTAAACCT  198

seq1  GATAAACAACTTCAGTGCAGTAGATGGATATAAAATTAACTCAAACAAAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAACAACTTCAGTGCAGTAGATGGATATAAAATTAACTCAAACAAAT  248

seq1  TAGTTAAGAATTTCAGTACAGTTTTCATGTTTATGGCCCGGTCATCTCTA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAGAATTTCAGTACAGTTTTCATGTTTATGGCCCGGTCATCTCTA  298

seq1  GACCACTCTACACCTCATTGTCAGAATGACTTCTAAAAGATACAGGAAAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTCTACACCTCATTGTCAGAATGACTTCTAAAAGATACAGGAAAA  348

seq1  TAAATGTTGCACATAAAATATAATGGTATAAAAATTATTTAGTAGATAAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTGCACATAAAATATAATGGTATAAAAATTATTTAGTAGATAAG  398

seq1  ATGGCCTCTATCACAGTACTCCAGTTGTCCAGGGGTGGCAGAAATGATGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTCTATCACAGTACTCCAGTTGTCCAGGGGTGGCAGAAATGATGT  448

seq1  CAATAGTTTGCAGATTTTTATTTCAGGGGTGAACATGAGCATGTACACAC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGTTTGCAGATTTTTATTTCAGGGGTGAACATGAGCATGTACACAC  498

seq1  AGACTTTCATGAACATATGAACATGCACACACAGACTTTCTTGAACATAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTCATGAACATATGAACATGCACACACAGACTTTCTTGAACATAT  548

seq1  GAACATGCACACACAGACTTTCATGTACATATGAATGTGCACACACAGAC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGCACACACAGACTTTCATGTACATATGAATGTGCACACACAGAC  598

seq1  TTTCATGTACATATGATCATGCCACACACACTTTCATGTACATATGAATG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGTACATATGATCATGCCACACACACTTTCATGTACATATGAATG  648

seq1  TGCACACACAGACTTTCATGTACATATGATCATGCCACACACACTTTCAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACAGACTTTCATGTACATATGATCATGCCACACACACTTTCAT  698

seq1  GTACATATGAATGTGCACAAAAGACTTTCATGTACATATGAATATGCACA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATATGAATGTGCACAAAAGACTTTCATGTACATATGAATATGCACA  748

seq1  CAGACTTTCATGTACATATGAGATCATCTGCTGTCATTTTGCTGAATCTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTTCATGTACATATGAGATCATCTGCTGTCATTTTGCTGAATCTT  798

seq1  TACTTCCTCACGGAATCTCATGCTGTGCTGTGCAGAGATCTAACAGGTTA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCTCACGGAATCTCATGCTGTGCTGTGCAGAGATCTAACAGGTTA  848

seq1  GTTATTTACTTTCACAGAAGAGGAAATAAACACTTTACTAGTATCCTATG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTACTTTCACAGAAGAGGAAATAAACACTTTACTAGTATCCTATG  898

seq1  AATGTATCTGTAGATATGAAGAATGATTGATCACAATGTACTCTTCATCG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATCTGTAGATATGAAGAATGATTGATCACAATGTACTCTTCATCG  948

seq1  CAAGCCACTAGTCTTGCTTAGTTTATAGTAAATATTTCTATTTTTACCTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCACTAGTCTTGCTTAGTTTATAGTAAATATTTCTATTTTTACCTT  998

seq1  TATGTGTATTTATCTGCCCCTTTCTTTAGGATCTGAAAACTAATAAACTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTATTTATCTGCCCCTTTCTTTAGGATCTGAAAACTAATAAACTT  1048

seq1  AGGTAGCAACTTTAGGTAGAAACCTTATGTTTAAGTCTTTAATTATTTTA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGCAACTTTAGGTAGAAACCTTATGTTTAAGTCTTTAATTATTTTA  1098

seq1  AGTTTTTAATGTGGCTATGTCCTTTTCAGTAACTGGTGGTATTTACAATG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTAATGTGGCTATGTCCTTTTCAGTAACTGGTGGTATTTACAATG  1148

seq1  GTCAGAAAT  1152
      |||||||||
seq2  GTCAGAAAT  1157


seq1: chr3_155102414_155103579
seq2: B6Ng01-202B05.g_67_1233

seq1  GAATTCAGGCTTCTGTATCATAGTGTGTTTACAGACATTGAAAGTATTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCTTCTGTATCATAGTGTGTTTACAGACATTGAAAGTATTGT  50

seq1  AGACAACCAGAGAACAAGGTTTCAGCATCTTGCACTGGCTAGTTCACAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACCAGAGAACAAGGTTTCAGCATCTTGCACTGGCTAGTTCACAAG  100

seq1  GTAGATATAAATGCTTGTATGTAAACCATCTGAGGCACCTGCTTGAGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATATAAATGCTTGTATGTAAACCATCTGAGGCACCTGCTTGAGTAG  150

seq1  CCCAAAGCAGACGATCTGGAAATAACAGGCCAATGAACAACAATCCAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGCAGACGATCTGGAAATAACAGGCCAATGAACAACAATCCAGCA  200

seq1  GCAATGAGAGAATGAACAAGTGTAGCACCCCAGGCAGGTGGTTATAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGAGAGAATGAACAAGTGTAGCACCCCAGGCAGGTGGTTATAGACA  250

seq1  AGTGAAGCTCATATATGATACTCATGCAACCATTTAGGGAGATGGGGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGCTCATATATGATACTCATGCAACCATTTAGGGAGATGGGGTCA  300

seq1  GAACCCTGACCATGTGTATGTGTTCCATAAATTCTGGCAATGATGCTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTGACCATGTGTATGTGTTCCATAAATTCTGGCAATGATGCTGAG  350

seq1  TAAAAGTGACAATTCCCACTTCTCTACTAAGATACTTATCTTCTTCCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTGACAATTCCCACTTCTCTACTAAGATACTTATCTTCTTCCATC  400

seq1  TTATTGCTCTGTCCCTGTGACCTTGATTGCACTTATTCTTAATAGTGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCTCTGTCCCTGTGACCTTGATTGCACTTATTCTTAATAGTGTAT  450

seq1  CTAGGATTTGGAGAAACAGTACCACGCATGTATTGACCTGAACCCCACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGATTTGGAGAAACAGTACCACGCATGTATTGACCTGAACCCCACAA  500

seq1  ACAGTCAATTCTAGTGTATAAAGTCATTGAGGTTTCTGAGTTTGTCTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCAATTCTAGTGTATAAAGTCATTGAGGTTTCTGAGTTTGTCTGTT  550

seq1  CCCATTATATAAGCTAGATCATCCTGAAAGTTGTTGAGATTCTATTTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTATATAAGCTAGATCATCCTGAAAGTTGTTGAGATTCTATTTGCA  600

seq1  TTTGGGAAGTTTTGTTGCATAGTTGATTCTCTTACTCAAAATTACTTGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAAGTTTTGTTGCATAGTTGATTCTCTTACTCAAAATTACTTGCG  650

seq1  CAGAGACAGAGGTATTCACAGATGTGGAGGGATTTTAAAATTTAGAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACAGAGGTATTCACAGATGTGGAGGGATTTTAAAATTTAGAGTGA  700

seq1  TGTGCTTGTCCCATTATTATGGAAGGCATGTTTGGGGACACTGATGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGTCCCATTATTATGGAAGGCATGTTTGGGGACACTGATGCTCA  750

seq1  AACTTTAGTATATGTATTTATTAACTAGAGATCTTGTTAAAATGCTGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAGTATATGTATTTATTAACTAGAGATCTTGTTAAAATGCTGGTT  800

seq1  CTGACTTAACCCATGATGAACACTCAGTGATTTGTACTCCCTCTCAAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTAACCCATGATGAACACTCAGTGATTTGTACTCCCTCTCAAGGT  850

seq1  TACTACCAAGCGTATAATGTAACACTGAAACAAAGTCTGCGGTTGTACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACCAAGCGTATAATGTAACACTGAAACAAAGTCTGCGGTTGTACAG  900

seq1  GGAAAGTCTATGTCGCTTAACCTTGCAAATGTTTGAGGAGAAAAATATTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGAAAGTCTATGTCGCTTAACCTTGCAAATGTTTGAGGAG-AAAATATTG  949

seq1  AACTGGTAGTTATGATAAAATATGAAACAGTGAGTCATGGGTT-GGTTCC  999
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACTGGTAGTTATGAT-AAATATGAAACAGTGAGTCATGGGTTGGGTTCC  998

seq1  TGTGAGGTTGGACTATCCATGTTGATCTCCTTGTGGTAGTGATAACTTCC  1049
      ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTGA-GTGGGACTATCCATG-TGATCTCCTTGTGGTAGTGATAAC-TCC  1045

seq1  TGTCCTTCCATTGTTTAATATATTGAGTGAT-AGGCAATTAGG-CAAAAC  1097
      ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||
seq2  TGT-CTTCCATTGTTTAATATAATGAGTGATAAGGCAAATAGGCCAAAAC  1094

seq1  ATT-GGCGTAGTCCCTGATGCTCCAGTGA---TCTTGGAGCAGAGGATTC  1143
      ||| |||||| ||| ||||||||||||||   ||| ||||| ||||||||
seq2  ATTGGGCGTAATCCTTGATGCTCCAGTGAATCTCTGGGAGC-GAGGATTC  1143

seq1  CTGTCAG-CTCCCAGGCTTTCATA  1166
      ||||||| |||| || ||||||||
seq2  CTGTCAGCCTCCAAGCCTTTCATA  1167


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |