BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202G10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 43,957,561 - 44,132,938
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC677788, LOC100039264
Downstream geneLOC676484, LOC100039296
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202G10.bB6Ng01-202G10.g
ACCGA022901GA022902
length1,0361,142
definitionB6Ng01-202G10.b B6Ng01-202G10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,131,900 - 44,132,938)(43,957,561 - 43,958,720)
sequence
gaattcttggatattataacttatgatatattaagaaagcaaaattataa
tatgtgaacattgtctaattaaatgtgacaccttattatttataaaagaa
cttaggtaattagcatggtggtatgctgtgatgtgatgtgatgtgatatg
atgtatgtgtcaaatacgtaggtgaaatcaagaattcatcttttatttta
aaagaaacaaatgagttctggtaacagtgtgtcactaagagaagtgatct
taaatatattcccatatggtactgcaggcaattcagacagtctgtgacct
ggccaacagtagttactcaattaatgaatggtgatagttactgtgtcatg
tacagtgttatagctttaaagcaatctgggccttgatttgtgctgattgc
cccgaatgccttctaatccacaaatgacagtgaattcctaattcaggcca
aaggactttcacctccatttgttctgcaaaccttgtatgtaactccagtg
ctcttggtgaacctccagtcacagtttgaacgcattattctctatatagg
ttaaggttggccatagttttgtagtcaatatcctaacaatatagtttatt
catgctgttatttttatataaatatttattggaaatactcagagtgctta
catagctattggcccatgacttataaaaatgagttgagaagaaaatgaga
gcaatcaggctggctttcaatacttataatctatgctgctaactaattga
tcaaaatccataacataggaaattaacttaaaggtcacaagacactcaga
agagtaaattacttttgtgctaggcatcactaaaggatatctccaggctc
agcaaaatatattatgcacaactgctttcaacctatttcttagaaaatta
taacacctaactcagaatggatagttataaatatgtaaaattttcaaatt
tctataattggaaaggtagtaggtacttaaagtcctacctgagttattag
aaaagacatttatatttaaaaacagtagtctatact

gaattcataaggtgttaattaagaaaagtctgctaaatctggctaagtgg
tttttaaataaacttaaaattaagtgtttataaatttaagaaactttcat
ttttggtgtttgtgtataatatataagacgatgaaattacaggtattatc
aaagagaaaccaaaacaagaagagatagacagtaagctcttcaggtaagt
gcagttgccctgaagcctgagaacttgagtactatcctttgaacttgtac
tgcagaaggggagacaaggcacacttcaagctgttctctgtcctggtgat
acataccatgacacacacttctagttacaggtactacttagaatgaacca
ttttttaaaatttaaagatatatctgacctgaaagatggctcagggatta
atggtatttgctggcaagcccccaagtctactttttgtttcttggaccaa
tatacgaagataaaaaaggatagtattgtcatatgtgtacacacatacag
atatgcacacttaaagtaaatctaaaaacaattaaaatatgaaatgtttc
atttagaggcataaatatacaataaatatgaagataatgtgtgcacatag
tcaactataaatagtgaacactgtgaactttagaaataataggacaataa
aattttggggaaaattttgaacatattgtttttttgttctgttgtctctt
agcctttgcatgtgagtgtctacctaaggagctttcagaacaaatatggg
ctttctgttcaggtcagctgactttaaaaaaattgtttatgaaaccaaat
aagaggagtgggccactcaaaaacatctccatcaagctggacaggctatc
tgtgctctggagtatacacttccatgaaattctggagcctggtcctgcac
acagcatgaagttccatttccattaaatgcagatatctttcttctattcc
ataagccatgagctttgaaaactcacccttcctatcttctgcatgcactt
ttgagctcattgatctcattttctagtatgagtggcatgtatcacagtca
catgagcatgcaccaagacgagtctgtagcctagattattgtcacagtca
tgggtgctcgaatctgtaacctgccatagctgcaatttatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_44131900_44132938
seq2: B6Ng01-202G10.b_47_1082 (reverse)

seq1  AGTATAAGACCTACTGTTTT--AATATAAATGTCCTTTTCT-ATAACTCA  47
      ||||| ||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  AGTAT-AGA-CTACTGTTTTTAAATATAAATGT-CTTTTCTAATAACTCA  47

seq1  GGGTAGGACTTTAAGTACCTACTACCTTTCCAATTATAGAAATTTTGAAA  97
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  -GGTAGGACTTTAAGTACCTACTACCTTTCCAATTATAGAAA-TTTGAAA  95

seq1  ATTTTACATATTTTATAACTATCCATTCTGAGTTAGGTGTTATAATTTTC  147
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACATA-TTTATAACTATCCATTCTGAGTTAGGTGTTATAATTTTC  144

seq1  TAAGAAATAGGTTGAAAGCAGTTGTGCATAATATATTTTGCTGAGCCTGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAATAGGTTGAAAGCAGTTGTGCATAATATATTTTGCTGAGCCTGG  194

seq1  AGATATCCTTTAGTGATGCCTAGCACAAAAGTAATTTACTCTTCTGAGTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATCCTTTAGTGATGCCTAGCACAAAAGTAATTTACTCTTCTGAGTG  244

seq1  TCTTGTGACCTTTAAGTTAATTTCCTATGTTATGGATTTTGATCAATTAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGACCTTTAAGTTAATTTCCTATGTTATGGATTTTGATCAATTAG  294

seq1  TTAGCAGCATAGATTATAAGTATTGAAAGCCAGCCTGATTGCTCTCATTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAGCATAGATTATAAGTATTGAAAGCCAGCCTGATTGCTCTCATTT  344

seq1  TCTTCTCAACTCATTTTTATAAGTCATGGGCCAATAGCTATGTAAGCACT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCAACTCATTTTTATAAGTCATGGGCCAATAGCTATGTAAGCACT  394

seq1  CTGAGTATTTCCAATAAATATTTATATAAAAATAACAGCATGAATAAACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTATTTCCAATAAATATTTATATAAAAATAACAGCATGAATAAACT  444

seq1  ATATTGTTAGGATATTGACTACAAAACTATGGCCAACCTTAACCTATATA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTTAGGATATTGACTACAAAACTATGGCCAACCTTAACCTATATA  494

seq1  GAGAATAATGCGTTCAAACTGTGACTGGAGGTTCACCAAGAGCACTGGAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATAATGCGTTCAAACTGTGACTGGAGGTTCACCAAGAGCACTGGAG  544

seq1  TTACATACAAGGTTTGCAGAACAAATGGAGGTGAAAGTCCTTTGGCCTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATACAAGGTTTGCAGAACAAATGGAGGTGAAAGTCCTTTGGCCTGA  594

seq1  ATTAGGAATTCACTGTCATTTGTGGATTAGAAGGCATTCGGGGCAATCAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAATTCACTGTCATTTGTGGATTAGAAGGCATTCGGGGCAATCAG  644

seq1  CACAAATCAAGGCCCAGATTGCTTTAAAGCTATAACACTGTACATGACAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATCAAGGCCCAGATTGCTTTAAAGCTATAACACTGTACATGACAC  694

seq1  AGTAACTATCACCATTCATTAATTGAGTAACTACTGTTGGCCAGGTCACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTATCACCATTCATTAATTGAGTAACTACTGTTGGCCAGGTCACA  744

seq1  GACTGTCTGAATTGCCTGCAGTACCATATGGGAATATATTTAAGATCACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCTGAATTGCCTGCAGTACCATATGGGAATATATTTAAGATCACT  794

seq1  TCTCTTAGTGACACACTGTTACCAGAACTCATTTGTTTCTTTTAAAATAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTAGTGACACACTGTTACCAGAACTCATTTGTTTCTTTTAAAATAA  844

seq1  AAGATGAATTCTTGATTTCACCTACGTATTTGACACATACATCATATCAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAATTCTTGATTTCACCTACGTATTTGACACATACATCATATCAC  894

seq1  ATCACATCACATCACAGCATACCACCATGCTAATTACCTAAGTTCTTTTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATCACATCACAGCATACCACCATGCTAATTACCTAAGTTCTTTTA  944

seq1  TAAATAATAAGGTGTCACATTTAATTAGACAATGTTCACATATTATAATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAATAAGGTGTCACATTTAATTAGACAATGTTCACATATTATAATT  994

seq1  TTGCTTTCTTAATATATCATAAGTTATAATATCCAAGAATTC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTCTTAATATATCATAAGTTATAATATCCAAGAATTC  1036


seq1: chr3_43957561_43958720
seq2: B6Ng01-202G10.g_64_1205

seq1  GAATTCATAAGGTGTTAATTAAGAAAAGTCTGCTAAATCTGGCTAAGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAGGTGTTAATTAAGAAAAGTCTGCTAAATCTGGCTAAGTGG  50

seq1  TTTTTAAATAAACTTAAAATTAAGTGTTTATAAATTTAAGAAACTTTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAATAAACTTAAAATTAAGTGTTTATAAATTTAAGAAACTTTCAT  100

seq1  TTTTGGTGTTTGTGTATAATATATAAGACGATGAAATTACAGGTATTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTGTTTGTGTATAATATATAAGACGATGAAATTACAGGTATTATC  150

seq1  AAAGAGAAACCAAAACAAGAAGAGATAGACAGTAAGCTCTTCAGGTAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAAACCAAAACAAGAAGAGATAGACAGTAAGCTCTTCAGGTAAGT  200

seq1  GCAGTTGCCCTGAAGCCTGAGAACTTGAGTACTATCCTTTGAACTTGTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTGCCCTGAAGCCTGAGAACTTGAGTACTATCCTTTGAACTTGTAC  250

seq1  TGCAGAAGGGGAGACAAGGCACACTTCAAGCTGTTCTCTGTCCTGGTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAAGGGGAGACAAGGCACACTTCAAGCTGTTCTCTGTCCTGGTGAT  300

seq1  ACATACCATGACACACACTTCTAGTTACAGGTACTACTTAGAATGAACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACCATGACACACACTTCTAGTTACAGGTACTACTTAGAATGAACCA  350

seq1  TTTTTTAAAATTTAAAGATATATCTGACCTGAAAGATGGCTCAGGGATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAAATTTAAAGATATATCTGACCTGAAAGATGGCTCAGGGATTA  400

seq1  ATGGTATTTGCTGGCAAGCCCCCAAGTCTACTTTTTGTTTCTTGGACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATTTGCTGGCAAGCCCCCAAGTCTACTTTTTGTTTCTTGGACCAA  450

seq1  TATACGAAGATAAAAAAGGATAGTATTGTCATATGTGTACACACATACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACGAAGATAAAAAAGGATAGTATTGTCATATGTGTACACACATACAG  500

seq1  ATATGCACACTTAAAGTAAATCTAAAAACAATTAAAATATGAAATGTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCACACTTAAAGTAAATCTAAAAACAATTAAAATATGAAATGTTTC  550

seq1  ATTTAGAGGCATAAATATACAATAAATATGAAGATAATGTGTGCACATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAGGCATAAATATACAATAAATATGAAGATAATGTGTGCACATAG  600

seq1  TCAACTATAAATAGTGAACACTGTGAACTTTAGAAATAATAGGACAATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTATAAATAGTGAACACTGTGAACTTTAGAAATAATAGGACAATAA  650

seq1  AATTTTGGGGAAAATTTTGAACATATTGTTTTTTTGTTCTGTTGTCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGGGGAAAATTTTGAACATATTGTTTTTTTGTTCTGTTGTCTCTT  700

seq1  AGCCTTTGCATGTGAGTGTCTACCTAAGGAGCTTTCAGAACAAATATGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTGCATGTGAGTGTCTACCTAAGGAGCTTTCAGAACAAATATGGG  750

seq1  CTTTCTGTTCAGGTCAGGCTGACTTTAAAAAAATTGTTTATGAAACCAAA  800
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTTCAGGTCA-GCTGACTTTAAAAAAATTGTTTATGAAACCAAA  799

seq1  TAAGAGGAGTGGGCCACTCAAAAACATCTCCATCAAGCTGGACAGGCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGAGTGGGCCACTCAAAAACATCTCCATCAAGCTGGACAGGCTAT  849

seq1  CTGTGCTCTGGAGTATACACTTCCATGAAATTCTGGAGCCTGGTCCTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTCTGGAGTATACACTTCCATGAAATTCTGGAGCCTGGTCCTGCA  899

seq1  CACAGCATGAAGTTCCATTTCCATTAAAATGCAGATATCTTTCTTCTATT  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCATGAAGTTCCATTTCCATT-AAATGCAGATATCTTTCTTCTATT  948

seq1  CCATAAAGCCATGAGCTTTGAAAACTCACCCTTCCTATCTTCTGCATGCA  1000
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAT-AAGCCATGAGCTTTGAAAACTCACCCTTCCTATCTTCTGCATGCA  997

seq1  CTTTTGAGCTCATTTGAATCTCATTTTCTAGGTAATGAGTTGCATGGTAT  1050
      ||||||||||||||   ||||||||||||||   |||||| |||| ||||
seq2  CTTTTGAGCTCATT--GATCTCATTTTCTAG--TATGAGTGGCAT-GTAT  1042

seq1  CACAGTCACATGAGCATTTGGCACCAAAAGAACGAGTCTGGAAGCCTAAG  1100
      |||||||||||||||||   |||||||    |||||||| | ||||| ||
seq2  CACAGTCACATGAGCAT---GCACCAA---GACGAGTCT-GTAGCCT-AG  1084

seq1  ATAAAGTGTCACAGTCAT-GGTGCTCAGATTCTGTAACTTTGCCATAGCT  1149
      ||  | |||||||||||| ||||||| || ||||||||  ||||||||||
seq2  AT-TATTGTCACAGTCATGGGTGCTC-GAATCTGTAAC-CTGCCATAGCT  1131

seq1  GCATATTATGG  1160
      |||  ||||||
seq2  GCAATTTATGG  1142


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |