BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203B04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 122,178,539 - 122,392,941
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1
Upstream geneSlc44a3, A730020M07Rik, 4930432M17Rik, F3, Abcd3, LOC100043298, Arhgap29, Abca4, EG668788, LOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117, LOC100043726
Downstream genePde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53, Myoz2, Synpo2, Sec24d, G430022H21Rik, Prss12, EG668804, Ndst3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203B04.bB6Ng01-203B04.g
ACCGA023391GA023392
length1,1301,074
definitionB6Ng01-203B04.b B6Ng01-203B04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,391,823 - 122,392,941)(122,178,539 - 122,179,612)
sequence
gaattctctgctgtgtttacatttggtcatttcaggtttgatgctggagt
ctttaatgcatttggagtggattcttgtacagggtgatggatgagccaaa
cttcatcctgcatgtgcacatctgcttgggggagcactcaaggaagcatt
atttcttatacgtttctgtttgaaatatttaggttcaaatagccatttag
ccccaaaccttttcctttccagcaccaacaaacactgggttttgtctata
tgtgtgtgcactgctgtgcgtgagagtgcatgttgcatgctccggcactt
gtgtggaggtcagaggacaaccttaggtgtcaagcttcatcttgcactga
gtttgggacaggctggcatgtttgctgctctatgtgccagggtaatcagc
ttgagaaaaagcttctacagattctgctgtctctaagtcccgcttgacag
aggagcacggagactggagatgtgctctaccgtgcctggtttttatgtgg
gtctaaggatttgaacccaggtcatcatgtttttgtggccagctttctca
gccactgagctatctctctagttcctaaagttttgtgatttattcataca
ctgcaataatataattcaatttattcaatagtagaattagtagataagtg
ttataaaagtgttatttgaggttttgtgttgttttggtgtattcgtttgg
gcttgagaagaaatactgggaattctgatttgtggtatgctttcttacac
taccaccatgccctcctaccgataggtcatcactaggtatgagacttgtg
caagccaccaaggccacacatacaacctggaaactttcctgggattcctt
aatttcatgggaaagaactatgaaggaaacaaatgttttagtattatata
gagatgagggacgctttcgaatgttaagttttgggaacttgataacacta
tttagaaagtcaagaaattaccaacatcccagatgtataaaaagatttca
gcatttttctgctgaagtagggcagacatggaatgtcttgctgcgtatgt
ctacaggctatatgtagtctatttacatggaggagtttaggaattcttct
tggaagactctcatttatctttaaaataaa
gaattctcagcagaaattctggcccttgggaacatcacacactaggaaat
gaggtagagagatgtgggtgaccgccatggcctttctagatgcactcccc
agatgtgtggctgccaagaggttgctgagatcagacttgtacatattaca
catttactgtgatacacaaggccctcccaccagaggagcacaagggcttg
tctttttcacaggggaaagctacttcacagccataaggggtctcaacact
gcttgcctggctcctcctcttaccagtcacagccctgctaagccaaccgg
tgtccatggcaaccagacaagtgttttgcaggtccagtcatgatcactag
gctattttgctcacttcctttctactggctattgaaagcctttctgaatc
ttagactggtgacctgactcagcaggtaaaggtacctgccatgaaacctg
ctgacctgagtttgattccccagaacccacagggtgaaggagacaataga
ttcccacatggaagcttggacatgcgcgcatgcatacacacagacacttt
atctattaagttacttttttaaaaagtggataaccaatcagtggggactt
ctaggtcccctaagtgtttgggaattgagtataagctctaacctatttct
ccagtgagcacattatcacccagtggttcgtatggatcatagaagccata
cttcacctcccagttaagagctcctaatacagactgattttcagtgctgt
tttggcagaatgcagattaatcactgtctcattcagatgataatagccag
gttgtttctgactgacaaaagaccatttttctactgaagtgtttttcatt
caggtagctaaactttattgcgaagggattaattccactgtttctgtcag
ggttggaatgagtgtggtctccctcggtgcctgcctgccctgtgcctaag
caatcctcactgtgactggtggattcctgctgttgcatgcttaagggaag
gcagaagaatagtttctccgggaatacagaacaggcagtataaattaaga
aacagcatgatggtggtgtggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_122391823_122392941
seq2: B6Ng01-203B04.b_44_1173 (reverse)

seq1  TTTATTTT-AAGATAA---TGAGTC-TCCAAGGAG-ATTCCTAAACTCCT  44
      |||||||| |||||||    ||||| |||||| || ||||||||||||||
seq2  TTTATTTTAAAGATAAATGAGAGTCTTCCAAGAAGAATTCCTAAACTCCT  50

seq1  -CATGTAAATAGACTACATATAGCCTGTAGACATACGCAGC-AGACATTC  92
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCATGTAAATAGACTACATATAGCCTGTAGACATACGCAGCAAGACATTC  100

seq1  CATGTCTGCCCTACTTCAGCAG-AAAATGCTGAATTCTTTTAATACATCT  141
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  CATGTCTGCCCTACTTCAGCAGAAAAATGCTGAAATCTTTTTATACATCT  150

seq1  GGGATGTTGGTAATTTCTTGACTTTCTAAATAGTGTTATCAAGTTCCC-A  190
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGGATGTTGGTAATTTCTTGACTTTCTAAATAGTGTTATCAAGTTCCCAA  200

seq1  AACTTAACATTCG-AAGCGTCCCTCATCTCTATATAATACTAAAACATTT  239
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAACATTCGAAAGCGTCCCTCATCTCTATATAATACTAAAACATTT  250

seq1  GTTTCCTTCATAGTTCTTTCCCATGAAATTAAGGAATCCCAGGAAAGTTT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTTCATAGTTCTTTCCCATGAAATTAAGGAATCCCAGGAAAGTTT  300

seq1  CCAGGTTGTATGTGTGGCCTTGGTGGCTTGCACAAGTCTCATACCTAGTG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTGTATGTGTGGCCTTGGTGGCTTGCACAAGTCTCATACCTAGTG  350

seq1  ATGACCTATCGGTAGGAGGGCATGGTGGTAGTGTAAGAAAGCATACCACA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTATCGGTAGGAGGGCATGGTGGTAGTGTAAGAAAGCATACCACA  400

seq1  AATCAGAATTCCCAGTATTTCTTCTCAAGCCCAAACGAATACACCAAAAC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAATTCCCAGTATTTCTTCTCAAGCCCAAACGAATACACCAAAAC  450

seq1  AACACAAAACCTCAAATAACACTTTTATAACACTTATCTACTAATTCTAC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAAACCTCAAATAACACTTTTATAACACTTATCTACTAATTCTAC  500

seq1  TATTGAATAAATTGAATTATATTATTGCAGTGTATGAATAAATCACAAAA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAATAAATTGAATTATATTATTGCAGTGTATGAATAAATCACAAAA  550

seq1  CTTTAGGAACTAGAGAGATAGCTCAGTGGCTGAGAAAGCTGGCCACAAAA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGAACTAGAGAGATAGCTCAGTGGCTGAGAAAGCTGGCCACAAAA  600

seq1  ACATGATGACCTGGGTTCAAATCCTTAGACCCACATAAAAACCAGGCACG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATGACCTGGGTTCAAATCCTTAGACCCACATAAAAACCAGGCACG  650

seq1  GTAGAGCACATCTCCAGTCTCCGTGCTCCTCTGTCAAGCGGGACTTAGAG  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGCACATCTCCAGTCTCCGTGCTCCTCTGTCAAGCGGGACTTAGAG  700

seq1  ACAGCAGAATCTGTAGAAGCTTTTTCTCAAGCTGATTACCCTGGCACATA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGAATCTGTAGAAGCTTTTTCTCAAGCTGATTACCCTGGCACATA  750

seq1  GAGCAGCAAACATGCCAGCCTGTCCCAAACTCAGTGCAAGATGAAGCTTG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCAAACATGCCAGCCTGTCCCAAACTCAGTGCAAGATGAAGCTTG  800

seq1  ACACCTAAGGTTGTCCTCTGACCTCCACACAAGTGCCGGAGCATGCAACA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTAAGGTTGTCCTCTGACCTCCACACAAGTGCCGGAGCATGCAACA  850

seq1  TGCACTCTCACGCACAGCAGTGCACACACATATAGACAAAACCCAGTGTT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCTCACGCACAGCAGTGCACACACATATAGACAAAACCCAGTGTT  900

seq1  TGTTGGTGCTGGAAAGGAAAAGGTTTGGGGCTAAATGGCTATTTGAACCT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGTGCTGGAAAGGAAAAGGTTTGGGGCTAAATGGCTATTTGAACCT  950

seq1  AAATATTTCAAACAGAAACGTATAAGAAATAATGCTTCCTTGAGTGCTCC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTCAAACAGAAACGTATAAGAAATAATGCTTCCTTGAGTGCTCC  1000

seq1  CCCAAGCAGATGTGCACATGCAGGATGAAGTTTGGCTCATCCATCACCCT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCAGATGTGCACATGCAGGATGAAGTTTGGCTCATCCATCACCCT  1050

seq1  GTACAAGAATCCACTCCAAATGCATTAAAGACTCCAGCATCAAACCTGAA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAGAATCCACTCCAAATGCATTAAAGACTCCAGCATCAAACCTGAA  1100

seq1  ATGACCAAATGTAAACACAGCAGAGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCAAATGTAAACACAGCAGAGAATTC  1130

seq1: chr3_122178539_122179612
seq2: B6Ng01-203B04.g_66_1139

seq1  GAATTCTCAGCAGAAATTCTGGCCCTTGGGAACATCACACACTAGGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCAGAAATTCTGGCCCTTGGGAACATCACACACTAGGAAAT  50

seq1  GAGGTAGAGAGATGTGGGTGACCGCCATGGCCTTTCTAGATGCACTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGAGAGATGTGGGTGACCGCCATGGCCTTTCTAGATGCACTCCCC  100

seq1  AGATGTGTGGCTGCCAAGAGGTTGCTGAGATCAGACTTGTACATATTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGTGGCTGCCAAGAGGTTGCTGAGATCAGACTTGTACATATTACA  150

seq1  CATTTACTGTGATACACAAGGCCCTCCCACCAGAGGAGCACAAGGGCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTGTGATACACAAGGCCCTCCCACCAGAGGAGCACAAGGGCTTG  200

seq1  TCTTTTTCACAGGGGAAAGCTACTTCACAGCCATAAGGGGTCTCAACACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTCACAGGGGAAAGCTACTTCACAGCCATAAGGGGTCTCAACACT  250

seq1  GCTTGCCTGGCTCCTCCTCTTACCAGTCACAGCCCTGCTAAGCCAACCGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCTGGCTCCTCCTCTTACCAGTCACAGCCCTGCTAAGCCAACCGG  300

seq1  TGTCCATGGCAACCAGACAAGTGTTTTGCAGGTCCAGTCATGATCACTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATGGCAACCAGACAAGTGTTTTGCAGGTCCAGTCATGATCACTAG  350

seq1  GCTATTTTGCTCACTTCCTTTCTACTGGCTATTGAAAGCCTTTCTGAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTGCTCACTTCCTTTCTACTGGCTATTGAAAGCCTTTCTGAATC  400

seq1  TTAGACTGGTGACCTGACTCAGCAGGTAAAGGTACCTGCCATGAAACCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTGGTGACCTGACTCAGCAGGTAAAGGTACCTGCCATGAAACCTG  450

seq1  CTGACCTGAGTTTGATTCCCCAGAACCCACAGGGTGAAGGAGACAATAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTGAGTTTGATTCCCCAGAACCCACAGGGTGAAGGAGACAATAGA  500

seq1  TTCCCACATGGAAGCTTGGACATGCGCGCATGCATACACACAGACACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACATGGAAGCTTGGACATGCGCGCATGCATACACACAGACACTTT  550

seq1  ATCTATTAAGTTACTTTTTTAAAAAGTGGATAACCAATCAGTGGGGACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATTAAGTTACTTTTTTAAAAAGTGGATAACCAATCAGTGGGGACTT  600

seq1  CTAGGTCCCCTAAGTGTTTGGGAATTGAGTATAAGCTCTAACCTATTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCCCCTAAGTGTTTGGGAATTGAGTATAAGCTCTAACCTATTTCT  650

seq1  CCAGTGAGCACATTATCACCCAGTGGTTCGTATGGATCATAGAAGCCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGCACATTATCACCCAGTGGTTCGTATGGATCATAGAAGCCATA  700

seq1  CTTCACCTCCCAGTTAAGAGCTCCTAATACAGACTGATTTTCAGTGCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCTCCCAGTTAAGAGCTCCTAATACAGACTGATTTTCAGTGCTGT  750

seq1  TTTGGCAGAATGCAGGATTAATCACTGTCTCATTCAGATGATAATAGCCA  800
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCAGAATGCA-GATTAATCACTGTCTCATTCAGATGATAATAGCCA  799

seq1  GGTTGTTTCTGACTGACAAAAGACCATTTTTCTACTGAAGTGTTTTTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTTCTGACTGACAAAAGACCATTTTTCTACTGAAGTGTTTTTCAT  849

seq1  TCAGGTAGCTAAACTTTATTGCGAAGGGATTAATTCCACTGTTTTCTGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCAGGTAGCTAAACTTTATTGCGAAGGGATTAATTCCACTG-TTTCTGTC  898

seq1  AGGGTTGGAATGAGTGTGGTCTCCCTCGGTGCCTGCCTGCCCTGTGCCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGGAATGAGTGTGGTCTCCCTCGGTGCCTGCCTGCCCTGTGCCTA  948

seq1  AGCAATCCTCACTGTGACTGGTGGATTCCTGCTGTTGCAGGCTT-AGGGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| 
seq2  AGCAATCCTCACTGTGACTGGTGGATTCCTGCTGTTGCATGCTTAAGGGA  998

seq1  AGGCAG-AGAATAGTTTCTCCGGGGAATACAG-ACAGGCAGTATAAATTA  1047
      |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAAGAATAGTTTCTCC-GGGAATACAGAACAGGCAGTATAAATTA  1047

seq1  --GAACAGCATGGATGGTGGTGGTGGTGG  1074
         |||||||| ||||||||| |||||||
seq2  AGAAACAGCAT-GATGGTGGT-GTGGTGG  1074