BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203L06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 72,732,908 - 72,837,380
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2010204N08Rik
Upstream geneLOC100041459
Downstream geneSlitrk3, Bche, LOC667425
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203L06.bB6Ng01-203L06.g
ACCGA023846GA023847
length1,0881,096
definitionB6Ng01-203L06.b B6Ng01-203L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,836,293 - 72,837,380)(72,732,908 - 72,734,002)
sequence
gaattcaaacaaatgattaagtttctttcaaatggtaccatgatcctcct
gatattaattacattttcaagagtactggcatcgtgaggtaaggtatacc
ttgcattcaaataatttccaggtgaagacacaggttcaatagctttcaat
agactttaactgaataatacagagaatactggaacggttttcacttagtc
ctgtttgtggtaatacagtaaatggggtacactctactggctcccacata
catctttgatttattcgatctgtttacatgttgcttttctgaaaaatttc
acatgctaagcaggaagcataacaaacaatgtttaaagcattctcaaaca
agagaatgctattaagaaaatgaatgttttcgtttagaactagcatggca
gaaccagacatgaatcccattagaagaatttgttctttaactgcagcccc
aggggatagacaaaatggcaatgaagagtgacctcatgtggataaatgaa
tgtcagataaccatgttggtgatataaacgtccccattccttccctttaa
agagggtatttaattttgatggtgttcttttcaatagtggccaacaccac
agtgttttatctatagtaaatcaagcattacagtttggtgtttccaagtt
tatttatttttcaaaatttaactatggtgtaaatagggaagaacccctca
ataatatatgtatgttcagacaccctctgaataaacttgtactggcttct
ttcttaatttaagaatagtaattttacagtcttgactctgaatgtcttta
tcgtagttgtccatgataccagatacctatacagatatcttcttggttag
ataaatcctttctcttccacaatatttcctctgcacttaatttttcttga
tcccagcaagacagctcaacccatgcctgagcacgaagcttctaacacca
aacaccatgcatgtacccctttacatgacattttgatccaaacttcctca
actaaaataatctatcatttgtatacacaatagaaaagtctggatattta
tttagagaaaagcttagtaaattccctgtactttaaga

gaattctaacttttctgaaaatttcttattcaatattttaaataattcaa
atatgttgaatatatagaaattattttcctagggaggttgttacagtaga
ctttaaaacatagaaagactacaatgcacaagtttcatcataaattgaat
ctaattccgttaataaaacttgtttgctcataatgaaataatttaaattt
agcaactaattccacaagttattcctcttaactttatagaaaacaggagg
gaaatttaagtacttctaagaagttgcctattccaaaaaataataacatg
agaaaaaaatgacaaaaatatatcaaataaaaaagaagtaacctataata
aataataactagatattttaaaaacttattttccattaaatgcttacatt
agaaactgaaaactcatataatatatagatcttcttttctatagtatctg
aaattgaaaaataaatagttatcagataaaagttaattaacttttcttat
tttatacttacataatacttagttcttttaaaattataataatgaagagc
cataaacaatttatatttttatgtatctaataggtaaaggaaaaagagaa
gaaattttaggtagaaattgctaggggagtagcaagggtatttgaagtga
ggcagtgtgtggaagatgctgtagaggaattttaatccagcaacatggat
gctttggcaagggatcatatccaatgaccttataggtgtatgtgacccag
tcagaatgcagacactccctggattacagtatgatttggctggagtatag
tcatgcaaatagtacacactttaaaccctataaatgagcataaatttata
gaaaggaagtgtttgcaagtgatatctaattgaggggcagacaaaattag
gaattagaggacgatttgacagaacaagtgagaaataggatacactcaac
tcatataagaacatcacaggcaaaagagctacttaagagcagcatgtgat
ttgtgtgtatggcattttggtcagacagttttaccggagacagacggcag
agaagaacaagtttagatgcagtgtcacagattgagccaagaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_72836293_72837380
seq2: B6Ng01-203L06.b_41_1128 (reverse)

seq1  TCTT-AAGTACA-GGAATTTACCTAAAGCTTTTCTCTAAAT-AATATCCA  47
      |||| ||||||| |||||||||   |||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTTAAAGTACAGGGAATTTAC--TAAGCTTTTCTCTAAATAAATATCCA  48

seq1  GACTTTTCTATTGTTGTATACAAATGATAGATTATTTTAGTTGAGGAAGT  97
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTTCTATTG-TGTATACAAATGATAGATTATTTTAGTTGAGGAAGT  97

seq1  TTGGATCAAAATGTCATGTAAAGGGGTACATGCATGGTGTTTGGTGTTAG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATCAAAATGTCATGTAAAGGGGTACATGCATGGTGTTTGGTGTTAG  147

seq1  AAGCTTCGTGCTCAGGCATGGGTTGAGCTGTCTTGCTGGGATCAAGAAAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCGTGCTCAGGCATGGGTTGAGCTGTCTTGCTGGGATCAAGAAAA  197

seq1  ATTAAGTGCAGAGGAAATATTGTGGAAGAGAAAGGATTTATCTAACCAAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTGCAGAGGAAATATTGTGGAAGAGAAAGGATTTATCTAACCAAG  247

seq1  AAGATATCTGTATAGGTATCTGGTATCATGGACAACTACGATAAAGACAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATCTGTATAGGTATCTGGTATCATGGACAACTACGATAAAGACAT  297

seq1  TCAGAGTCAAGACTGTAAAATTACTATTCTTAAATTAAGAAAGAAGCCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCAAGACTGTAAAATTACTATTCTTAAATTAAGAAAGAAGCCAG  347

seq1  TACAAGTTTATTCAGAGGGTGTCTGAACATACATATATTATTGAGGGGTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTTTATTCAGAGGGTGTCTGAACATACATATATTATTGAGGGGTT  397

seq1  CTTCCCTATTTACACCATAGTTAAATTTTGAAAAATAAATAAACTTGGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTATTTACACCATAGTTAAATTTTGAAAAATAAATAAACTTGGAA  447

seq1  ACACCAAACTGTAATGCTTGATTTACTATAGATAAAACACTGTGGTGTTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAACTGTAATGCTTGATTTACTATAGATAAAACACTGTGGTGTTG  497

seq1  GCCACTATTGAAAAGAACACCATCAAAATTAAATACCCTCTTTAAAGGGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTATTGAAAAGAACACCATCAAAATTAAATACCCTCTTTAAAGGGA  547

seq1  AGGAATGGGGACGTTTATATCACCAACATGGTTATCTGACATTCATTTAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGGGGACGTTTATATCACCAACATGGTTATCTGACATTCATTTAT  597

seq1  CCACATGAGGTCACTCTTCATTGCCATTTTGTCTATCCCCTGGGGCTGCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGAGGTCACTCTTCATTGCCATTTTGTCTATCCCCTGGGGCTGCA  647

seq1  GTTAAAGAACAAATTCTTCTAATGGGATTCATGTCTGGTTCTGCCATGCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGAACAAATTCTTCTAATGGGATTCATGTCTGGTTCTGCCATGCT  697

seq1  AGTTCTAAACGAAAACATTCATTTTCTTAATAGCATTCTCTTGTTTGAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTAAACGAAAACATTCATTTTCTTAATAGCATTCTCTTGTTTGAGA  747

seq1  ATGCTTTAAACATTGTTTGTTATGCTTCCTGCTTAGCATGTGAAATTTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTAAACATTGTTTGTTATGCTTCCTGCTTAGCATGTGAAATTTTT  797

seq1  CAGAAAAGCAACATGTAAACAGATCGAATAAATCAAAGATGTATGTGGGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAGCAACATGTAAACAGATCGAATAAATCAAAGATGTATGTGGGA  847

seq1  GCCAGTAGAGTGTACCCCATTTACTGTATTACCACAAACAGGACTAAGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTAGAGTGTACCCCATTTACTGTATTACCACAAACAGGACTAAGTG  897

seq1  AAAACCGTTCCAGTATTCTCTGTATTATTCAGTTAAAGTCTATTGAAAGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCGTTCCAGTATTCTCTGTATTATTCAGTTAAAGTCTATTGAAAGC  947

seq1  TATTGAACCTGTGTCTTCACCTGGAAATTATTTGAATGCAAGGTATACCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAACCTGTGTCTTCACCTGGAAATTATTTGAATGCAAGGTATACCT  997

seq1  TACCTCACGATGCCAGTACTCTTGAAAATGTAATTAATATCAGGAGGATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCACGATGCCAGTACTCTTGAAAATGTAATTAATATCAGGAGGATC  1047

seq1  ATGGTACCATTTGAAAGAAACTTAATCATTTGTTTGAATTC  1088
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTACCATTTGAAAGAAACTTAATCATTTGTTTGAATTC  1088


seq1: chr3_72732908_72734002
seq2: B6Ng01-203L06.g_60_1155

seq1  GAATTCTAACTTTTCTGAAAATTTCTTATTCAATATTTTAAATAATTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACTTTTCTGAAAATTTCTTATTCAATATTTTAAATAATTCAA  50

seq1  ATATGTTGAATATATAGAAATTATTTTCCTAGGGAGGTTGTTACAGTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTGAATATATAGAAATTATTTTCCTAGGGAGGTTGTTACAGTAGA  100

seq1  CTTTAAAACATAGAAAGACTACAATGCACAAGTTTCATCATAAATTGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAACATAGAAAGACTACAATGCACAAGTTTCATCATAAATTGAAT  150

seq1  CTAATTCCGTTAATAAAACTTGTTTGCTCATAATGAAATAATTTAAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCCGTTAATAAAACTTGTTTGCTCATAATGAAATAATTTAAATTT  200

seq1  AGCAACTAATTCCACAAGTTATTCCTCTTAACTTTATAGAAAACAGGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTAATTCCACAAGTTATTCCTCTTAACTTTATAGAAAACAGGAGG  250

seq1  GAAATTTAAGTACTTCTAAGAAGTTGCCTATTCCAAAAAATAATAACATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTAAGTACTTCTAAGAAGTTGCCTATTCCAAAAAATAATAACATG  300

seq1  AGAAAAAAATGACAAAAATATATCAAATAAAAAAGAAGTAACCTATAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAAATGACAAAAATATATCAAATAAAAAAGAAGTAACCTATAATA  350

seq1  AATAATAACTAGATATTTTAAAAACTTATTTTCCATTAAATGCTTACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAACTAGATATTTTAAAAACTTATTTTCCATTAAATGCTTACATT  400

seq1  AGAAACTGAAAACTCATATAATATATAGATCTTCTTTTCTATAGTATCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTGAAAACTCATATAATATATAGATCTTCTTTTCTATAGTATCTG  450

seq1  AAATTGAAAAATAAATAGTTATCAGATAAAAGTTAATTAACTTTTCTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAAAAATAAATAGTTATCAGATAAAAGTTAATTAACTTTTCTTAT  500

seq1  TTTATACTTACATAATACTTAGTTCTTTTAAAATTATAATAATGAAGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACTTACATAATACTTAGTTCTTTTAAAATTATAATAATGAAGAGC  550

seq1  CATAAACAATTTATATTTTTATGTATCTAATAGGTAAAGGAAAAAGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACAATTTATATTTTTATGTATCTAATAGGTAAAGGAAAAAGAGAA  600

seq1  GAAATTTTAGGTAGAAATTGCTAGGGGAGTAGCAAGGGTATTTGAAGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTTAGGTAGAAATTGCTAGGGGAGTAGCAAGGGTATTTGAAGTGA  650

seq1  GGCAGTGTGTGGAAGATGCTGTAGAGGAATTTTAATCCAGCAACATGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGTGTGGAAGATGCTGTAGAGGAATTTTAATCCAGCAACATGGAT  700

seq1  GCTTTGGCAAGGGATCATATCCAATGACCTTATAGGTGTATGTGACCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGCAAGGGATCATATCCAATGACCTTATAGGTGTATGTGACCCAG  750

seq1  TCAGAATGCAGACACTCCCTGGATTACAGTATGATTTGGCTGGAGTATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATGCAGACACTCCCTGGATTACAGTATGATTTGGCTGGAGTATAG  800

seq1  TCATGCAAATAGTACACACTTTAAACCCTATAAATGAGCATAAATTTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCAAATAGTACACACTTTAAACCCTATAAATGAGCATAAATTTATA  850

seq1  G-AAGGAAGTGTTTGCAAGTGATATCTAATTGAGGGGCAGACAAAATTAG  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAGTGTTTGCAAGTGATATCTAATTGAGGGGCAGACAAAATTAG  900

seq1  GAATTAGAGGACGATTTGACAGAACAAGTGAGAAATAGGATACACTCAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAGAGGACGATTTGACAGAACAAGTGAGAAATAGGATACACTCAAC  950

seq1  TCATATAAGAACATCACAGGCAAAAGAGGCTACTTAAGAGCAGCATGTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAAGAACATCACAGGCAAAAGA-GCTACTTAAGAGCAGCATGTGA  999

seq1  TTTGTGTGTATGGCATTTTGGTCAGGACAGTTTTA-CGGAGACAGGACGC  1048
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||   ||
seq2  TTTGTGTGTATGGCATTTTGGTCA-GACAGTTTTACCGGAGACAGACGGC  1048

seq1  AGAG-AGAACAAG-TTAGATGCAGGTGTCAACAGAATGAGCC-AGAAAAA  1095
      |||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||
seq2  AGAGAAGAACAAGTTTAGATGCA-GTGTC-ACAGATTGAGCCAAGAAAAA  1096


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |