BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203L11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 149,118,661 - 149,262,899
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040354, Lphn2, LOC100040368, LOC668893, EG381483
Downstream geneLOC100040620, LOC100040633, LOC100040455, LOC100040463, LOC623554
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203L11.bB6Ng01-203L11.g
ACCGA023852GA023853
length1,2041,155
definitionB6Ng01-203L11.b B6Ng01-203L11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,118,661 - 149,119,863)(149,261,723 - 149,262,899)
sequence
gaattcctaggtcatccttagacacagagttcaaggtcagtggaggaaat
acgataaccggtttccaacaaggcaaacctaaaggccctaaactcacagg
gagaagactgctaggatctgtgaagggggcaagggaagaggaaggctgca
gaatgactgctaaagtttggcattagcagtagaccatgactctttcagac
atgaacgatggagaagatccaaagtgaaagcaaaggtggcctcttcatca
ttgcatgtttaccagcagcttcacgcctccacatggaggcgtgacgatct
cagatctcagatctcagatctcagatctcaggtccacagggaggcataac
attatcagatctcaggtccacatggaggcatgacaatctcagatctcagg
ttgataaatgtatgcagtaggtgctacgaccagggcataaattaagcaat
ttaataagcactatttctgttgaacatgctcagtggatttccattgctgt
agaatgccctttgaggtccccaggatgtcaccgaaaggcttgtgcaatct
tccctttcctgtaggggcttattgatatgtgatattcccaggattctgat
gtgaataaaatgtaaagcaacacatgatgtttttgtattattagtaaccg
aatgggctacgttgactcataattttttatggttccttccatttattaga
acaagtacccatcaagagtggaatagtatttaccagtctccagataccaa
gagcttacagtacttgctacatagtacatagttaataagtacaaccaata
tacagattaggctgagagaaccagagatacatttgtgtatatgggtgact
ttatagaacacttgaactaaattttagggtatggaacaggaactggggtt
tttacaaggcagtaaactaaatatttcaatatgacttggatcctctgtga
agtgttaaatcgggtgtctagcagatcttgtgtttggcagtaataattct
gagctctttctgcatgttgaactcagagccgtggtaagcgggaagataca
gtcagaagaagaaatggaaagtcattttcctcctacttaatttagcctca
ctcatgccaattacaggaaacaaattggcactattttcttcactttctaa
catacttagcttctcgttgggaatacacttcctctcttcaaggctggtct
cttg

gaattcacgtttacggacactcaagtcccacatgttatctgcataacaca
cctatgctgatcttctctatatggcttctggtgtctaacacaatgctgtt
atattgtcttgatcatggaatagtgattaggaaaataaatctatatgtca
gttcagatgtatttttgttttaactgttgataattaacctttggttgaat
tcattgcaaagaatccaatgacactgagagccaatcatacttaattttta
tttgttaaatataaacacattactgtttgttttagttttttaatttatct
ggctgtgagtgtttaacaagggaaatattgtcatagtataagcatctacc
ttctattaagatttttcctatcataaagcaagtatgtccaacatcagtca
cagaataaaatctaaggagtgactgagagctataagtctctttaagatga
aaccttcattggcatggccttcagatattcagtcaatgattaccactttc
tggcccagagacaaatttgcaaacttatgcaagcagacctgtttatcagt
catctcctctaaagctcagatccctcttcagcgaagcagaaatcattgta
taaaccattgttagagttgttactgagataaatagaattagccacacaaa
atatcttgtgagcctctgacccaaactgttctgggtaatgctgcttgtat
taattttggctcacgggtcattgctcacacctggatttcctcttcaaaag
ataccctggctctgcataccaggtacaccgttctctctcatccaactgat
aaagttccactgacctttggggctcaccaagacgctacactctcaggaat
cccaggatatgtcatcaagacacaggcagcacacagatttcatcccaagc
agtgatgtatgttaattgtcagagctgacggacatacatctatcttgaac
ccaagctcaactttgtagtgcactcactttgtagatatgactggccttga
cttacagagacacctctctgtctgtactgggattaaagtatgttctactc
tgtctggtctctatagctagaactgtctgagtgacattgtctgttgtggg
ctggcctcctccactcatcatagttttccatagaacgtgccacaggttaa
cctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_149118661_149119863
seq2: B6Ng01-203L11.b_42_1245

seq1  GAATTCCTAGGTCATCCTTAGACACAGAGTTCAAGGTCAGTGGAGGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGGTCATCCTTAGACACAGAGTTCAAGGTCAGTGGAGGAAAT  50

seq1  ACGATAACCGGTTTCCAACAAGGCAAACCTAAAGGCCCTAAACTCACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATAACCGGTTTCCAACAAGGCAAACCTAAAGGCCCTAAACTCACAGG  100

seq1  GAGAAGACTGCTAGGATCTGTGAAGGGGGCAAGGGAAGAGGAAGGCTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGACTGCTAGGATCTGTGAAGGGGGCAAGGGAAGAGGAAGGCTGCA  150

seq1  GAATGACTGCTAAAGTTTGGCATTAGCAGTAGACCATGACTCTTTCAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACTGCTAAAGTTTGGCATTAGCAGTAGACCATGACTCTTTCAGAC  200

seq1  ATGAACGATGGAGAAGATCCAAAGTGAAAGCAAAGGTGGCCTCTTCATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACGATGGAGAAGATCCAAAGTGAAAGCAAAGGTGGCCTCTTCATCA  250

seq1  TTGCATGTTTACCAGCAGCTTCACGCCTCCACATGGAGGCGTGACGATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGTTTACCAGCAGCTTCACGCCTCCACATGGAGGCGTGACGATCT  300

seq1  CAGATCTCAGATCTCAGATCTCAGATCTCAGGTCCACAGGGAGGCATAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTCAGATCTCAGATCTCAGATCTCAGGTCCACAGGGAGGCATAAC  350

seq1  ATTATCAGATCTCAGGTCCACATGGAGGCATGACAATCTCAGATCTCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCAGATCTCAGGTCCACATGGAGGCATGACAATCTCAGATCTCAGG  400

seq1  TTGATAAATGTATGCAGTAGGTGCTACGACCAGGGCATAAATTAAGCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAATGTATGCAGTAGGTGCTACGACCAGGGCATAAATTAAGCAAT  450

seq1  TTAATAAGCACTATTTCTGTTGAACATGCTCAGTGGATTTCCATTGCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAGCACTATTTCTGTTGAACATGCTCAGTGGATTTCCATTGCTGT  500

seq1  AGAATGCCCTTTGAGGTCCCCAGGATGTCACCGAAAGGCTTGTGCAATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCCCTTTGAGGTCCCCAGGATGTCACCGAAAGGCTTGTGCAATCT  550

seq1  TCCCTTTCCTGTAGGGGCTTATTGATATGTGATATTCCCAGGATTCTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTCCTGTAGGGGCTTATTGATATGTGATATTCCCAGGATTCTGAT  600

seq1  GTGAATAAAATGTAAAGCAACACATGATGTTTTTGTATTATTAGTAACCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATAAAATGTAAAGCAACACATGATGTTTTTGTATTATTAGTAACCG  650

seq1  AATGGGCTACGTTGACTCATAATTTTTTATGGTTCCTTCCATTTATTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCTACGTTGACTCATAATTTTTTATGGTTCCTTCCATTTATTAGA  700

seq1  ACAAGTACCCATCAAGAGTGGAATAGTATTTACCAGTCTCCAGATACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTACCCATCAAGAGTGGAATAGTATTTACCAGTCTCCAGATACCAA  750

seq1  GAGCTTACAGTACTTGCTACATAGTACATAGTTAATAAGTACAACCAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTACAGTACTTGCTACATAGTACATAGTTAATAAGTACAACCAATA  800

seq1  TACAGATTAGGCTGAGAGAACCAGAGATACATTTGTGTATATGGGTGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATTAGGCTGAGAGAACCAGAGATACATTTGTGTATATGGGTGACT  850

seq1  TTATAGAACACTTGAACTAAATTTTAGGGTATGGAACAGGAACTGGGGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAACACTTGAACTAAATTTTAGGGTATGGAACAGGAACTGGGGTT  900

seq1  TTTACAAGGCAGTAAACTAAATATTTCAATATGACTTGGATCCTCTGTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAAGGCAGTAAACTAAATATTTCAATATGACTTGGATCCTCTGTGA  950

seq1  AGTGTTAAATCGGGTGTCTAGCAGATCTTGTGTTTGGCAGTAATAATTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTAAATCGGGTGTCTAGCAGATCTTGTGTTTGGCAGTAATAATTCT  1000

seq1  GAGCTC-TTCTGCCATGTTGAACTCAAGAGGCCGTGGTAAGCGGG-AGAT  1048
      |||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||
seq2  GAGCTCTTTCTG-CATGTTGAACTC-AGA-GCCGTGGTAAGCGGGAAGAT  1047

seq1  ACAGTCAGAAGAAGAAATGGAAGGTCATTTTCCTCCTACCTAATTTAGCC  1098
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |
seq2  ACAGTCAGAAGAAGAAATGGAAAGTCATTTTCCTCCTACTTAATTTAG-C  1096

seq1  CTCACTCATGCCATTACCAG--AACAAATGGGCACTATTTTCTTTCCACT  1146
      ||||||||||||| |  |||  ||||||| ||||||||||||||  ||||
seq2  CTCACTCATGCCAATTACAGGAAACAAATTGGCACTATTTTCTT--CACT  1144

seq1  TCTAAACATACTTAGGCTTCTCCTTGGAGAT-CACTTTCCCTCTTCAAGG  1195
      |   |||||||||| ||||||| ||||  || ||||| | ||||||||||
seq2  TTCTAACATACTTA-GCTTCTCGTTGGGAATACACTTCCTCTCTTCAAGG  1193

seq1  CTG---TCTTG  1203
      |||   |||||
seq2  CTGGTCTCTTG  1204


seq1: chr3_149261723_149262899
seq2: B6Ng01-203L11.g_62_1216 (reverse)

seq1  TCAGGTTAACCTGTGGCCAGGTCTATGGAAAAATTTATTGATTGATGTAG  50
      |||||||||||||||||  | ||||||||||| | |  ||| ||  | ||
seq2  TCAGGTTAACCTGTGGCACGTTCTATGGAAAACTATGATGAGTGGAGGAG  50

seq1  GAAGCCCAGCCCACAACAGACAATGTCACCTCAGGACAGGTTTCTTAGGC  100
      |    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||   ||
seq2  G----CCAGCCCACAACAGACAATGTCA-CTCA-GACAG--TTCT--AGC  90

seq1  TATAAGAGAAAACAGACAGAGGTAGAACATACCTTTAATCCCAGTACAGA  150
      |||   ||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAT---AGAGACCAGACAGA-GTAGAACATA-CTTTAATCCCAGTACAGA  135

seq1  CAGAAGAAGGTTGTTCTCTGTAAGTTCAAGGCCAGTCATATCTACAAAGT  200
      ||||   ||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGA--GAGGT--GTCTCTGTAAG-TCAAGGCCAGTCATATCTACAAAGT  180

seq1  GAGTTGCCACTACAAAGTTGAGCTTGGGTTCAAGATAGATGTATGTCCGT  250
      ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGT--GCACTACAAAGTTGAGCTTGGGTTCAAGATAGATGTATGTCCGT  228

seq1  CAGCTCTGACAATTAACATACATCACTGCTTTGGATGAAATCTGTGTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGACAATTAACATACATCACTGCTTGGGATGAAATCTGTGTGCT  278

seq1  GCCTGTGTCTTGATGACATATCCTGGGATTCCTGAGAGTGTAGCGTCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGTCTTGATGACATATCCTGGGATTCCTGAGAGTGTAGCGTCTTG  328

seq1  GTGAGCCCCAAAGGTCAGTGGAACTTTATCAGTTGGATGAGAGAGAACGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCCCAAAGGTCAGTGGAACTTTATCAGTTGGATGAGAGAGAACGG  378

seq1  TGTACCTGGTATGCAGAGCCAGGGTATCTTTTGAAGAGGAAATCCAGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTGGTATGCAGAGCCAGGGTATCTTTTGAAGAGGAAATCCAGGTG  428

seq1  TGAGCAATGACCCGTGAGCCAAAATTAATACAAGCAGCATTACCCAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAATGACCCGTGAGCCAAAATTAATACAAGCAGCATTACCCAGAAC  478

seq1  AGTTTGGGTCAGAGGCTCACAAGATATTTTGTGTGGCTAATTCTATTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGGTCAGAGGCTCACAAGATATTTTGTGTGGCTAATTCTATTTAT  528

seq1  CTCAGTAACAACTCTAACAATGGTTTATACAATGATTTCTGCTTCGCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAACAACTCTAACAATGGTTTATACAATGATTTCTGCTTCGCTGA  578

seq1  AGAGGGATCTGAGCTTTAGAGGAGATGACTGATAAACAGGTCTGCTTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGATCTGAGCTTTAGAGGAGATGACTGATAAACAGGTCTGCTTGCA  628

seq1  TAAGTTTGCAAATTTGTCTCTGGGCCAGAAAGTGGTAATCATTGACTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTGCAAATTTGTCTCTGGGCCAGAAAGTGGTAATCATTGACTGAA  678

seq1  TATCTGAAGGCCATGCCAATGAAGGTTTCATCTTAAAGAGACTTATAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGAAGGCCATGCCAATGAAGGTTTCATCTTAAAGAGACTTATAGCT  728

seq1  CTCAGTCACTCCTTAGATTTTATTCTGTGACTGATGTTGGACATACTTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCACTCCTTAGATTTTATTCTGTGACTGATGTTGGACATACTTGC  778

seq1  TTTATGATAGGAAAAATCTTAATAGAAGGTAGATGCTTATACTATGACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGATAGGAAAAATCTTAATAGAAGGTAGATGCTTATACTATGACAA  828

seq1  TATTTCCCTTGTTAAACACTCACAGCCAGATAAATTAAAAAACTAAAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCCTTGTTAAACACTCACAGCCAGATAAATTAAAAAACTAAAACA  878

seq1  AACAGTAATGTGTTTATATTTAACAAATAAAAATTAAGTATGATTGGCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAATGTGTTTATATTTAACAAATAAAAATTAAGTATGATTGGCTC  928

seq1  TCAGTGTCATTGGATTCTTTGCAATGAATTCAACCAAAGGTTAATTATCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTCATTGGATTCTTTGCAATGAATTCAACCAAAGGTTAATTATCA  978

seq1  ACAGTTAAAACAAAAATACATCTGAACTGACATATAGATTTATTTTCCTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAAAACAAAAATACATCTGAACTGACATATAGATTTATTTTCCTA  1028

seq1  ATCACTATTCCATGATCAAGACAATATAACAGCATTGTGTTAGACACCAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTATTCCATGATCAAGACAATATAACAGCATTGTGTTAGACACCAG  1078

seq1  AAGCCATATAGAGAAGATCAGCATAGGTGTGTTATGCAGATAACATGTGG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATATAGAGAAGATCAGCATAGGTGTGTTATGCAGATAACATGTGG  1128

seq1  GACTTGAGTGTCCGTAAACGTGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAGTGTCCGTAAACGTGAATTC  1155


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |