BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203N17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 81,568,305 - 81,668,191
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGria2, Glrb, EG626841, Pdgfc, LOC229443
Downstream geneLOC100041901, Ctso, Tdo2, Accn5, Gucy1b3, Gucy1a3, Mtap9, Npy2r, LOC100041940, EG633285
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203N17.bB6Ng01-203N17.g
ACCGA023959GA023960
length1,1261,183
definitionB6Ng01-203N17.b B6Ng01-203N17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,667,066 - 81,668,191)(81,568,305 - 81,569,482)
sequence
gaattcaaacaggtcagggagcaggagctgatgcagaggccatggaggga
tgttctttactggcttgcctctcctggcttgctcagcctgctctcttata
gaacccaagactaccagcccagagatggtcccacccacaaggggcctttc
ccccttgatcactaattgagaaaatgccttagagttggatctcatggagg
catttcctcaactgaagctcctttctctgtgataaccccagctgtgtcaa
gttgacacaaaactagccagtacagataagtttatagcagcaaatacatg
tgagaggagttagaactgttgtcttagataaaaccaggaggaagaacaga
agtggctcaacagggaggcatagagctcaattgtccttcaagtgacagcc
caactacagctattagttatagctagtccaactatagctattagttatag
ctaggtttccaagggaatggatgggtcccatacaaggcaactgacatagt
taataagttgtccaaagctatctgcttcagttatgttgcttctgatccta
agcagcaagagcaaggaaaatatcacagaagatgccctgacaactccctt
agaaggccttggaggaagaaagatttcaggttggtctgatctgtgaagcc
acatcttaggaggtgtggcttaacacggattgattaccagtgctcccaaa
ccttagtattgagtccttcccaattggtgaccagacttgagtatatcctt
caaatatagtgtcaccaaaccaggcttacctacacttcctacccagaaag
tcaatccctgtccctaaagagttttgcatagacagtataattcaaaatgc
acataaaccttaggatattttgtttcctattctaaggaggaatgaagtat
ccacccattggtcttcctgcttcttgattttcttttgttttgcaaattgt
atcttgggtctttctatgtttctgggctactatccacttatcagtgagtg
catatctaatgacttctttgtgatgggttacctccactaaggatgaaaat
actccagtacatccatttgtccaagaatttcaataaatcgttgttttaat
gctgagttagtactccaattgtgtaa
gaattcaccagagtaaatgtcagaatccggtttttagaaagctttgggaa
acagactgtaaagtcatggggcataggcaatttactcaactaaaatatag
cttgcttgatttttgctataagtttagagaaatgcatttaatttgggttg
tggtatattatctctttccaatcattctgtgagcagcatcttctttaaag
gcaggatccctaggggaaacattctcattgattcagtgttactgctcttg
tgtagcttgtagaataacactgtaatcctctgagaaagtcccctcattaa
acagatgactgagttttctgcttgcttacttacttctgcagcttcctgaa
gtttctgattattgatgtcactactaagataaaggttttagtttgtcata
ttcattttgctgttggctcattataatttcaaattataagtcaaaacctc
cacaccacactttgtgataaggcaaaggatgtctgctacatttatatttt
tcatttatattttaactagttctcttaacttatagaaaaatgaaaattcc
tttaaacataatgcataacttgattgtcctgatttcatcttgtataatgc
attaaaaacagccaaaatgattgctatgctagctaccagtgtcgttttgt
acctgcatttgtgtttgtattctaataattctgtgtgaacagtgtgacaa
gccttgtcatacattgggaagtgtcagtctttcttacatcattagtccat
agcactttggatgcatgctaatgcaccctgttagcacaaaacattgaaag
acaaaacagtatgctgctctcccccatctccatggtaaagacacaacatt
tcatgaggaaaatgtcaccagcatttcttacccggcagctattctcagca
agctcaaaaaagaagtggataaactgcttctttaaggaaaaaggatgtgt
ccgaagtatatggctcacactcagattcgggagccatccacctccccata
tttacaaaaaagtatagctctatacattttaaaggctgtgtctatctatc
tgcccttgtgctttcatatgcatgaagaaaaagactaagcccacaaatgt
catgcctgtgatatgactttgacaagtgaattaatgatctagaataatta
aggccttcctccttggaaaatgggtgccttatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_81667066_81668191
seq2: B6Ng01-203N17.b_43_1168 (reverse)

seq1  TTACACAA-TGGAGTACT-ACTCAGCAATTAAAAACAACGGATTTA-TGA  47
      |||||||| ||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||| |||
seq2  TTACACAATTGGAGTACTAACTCAGCA--TTAAAACAAC-GATTTATTGA  47

seq1  AATTCTTGGACAAATGGATGTACCTGGAGTA-TATCATCCTTAGT-GAGG  95
      |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||
seq2  AATTCTTGGACAAATGGATGTA-CTGGAGTATTTTCATCCTTAGTGGAGG  96

seq1  TAACCCAATCACAAAAGAAGTCATTAGATATGCACTCACTGATAAGTGGA  145
      |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCC-ATCAC-AAAGAAGTCATTAGATATGCACTCACTGATAAGTGGA  144

seq1  TAGTAGCCCAGAAACATAG-AAGACCCAAGATACAATTTGCAAAACAAAA  194
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGCCCAGAAACATAGAAAGACCCAAGATACAATTTGCAAAACAAAA  194

seq1  GAAAATCAAGAAGCAGGAAGACCAATGGGTGGATACTTCATTCCTCCTTA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCAAGAAGCAGGAAGACCAATGGGTGGATACTTCATTCCTCCTTA  244

seq1  GAATAGGAAACAAAATATCCTAAGGTTTATGTGCATTTTGAATTATACTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGGAAACAAAATATCCTAAGGTTTATGTGCATTTTGAATTATACTG  294

seq1  TCTATGCAAAACTCTTTAGGGACAGGGATTGACTTTCTGGGTAGGAAGTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCAAAACTCTTTAGGGACAGGGATTGACTTTCTGGGTAGGAAGTG  344

seq1  TAGGTAAGCCTGGTTTGGTGACACTATATTTGAAGGATATACTCAAGTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAAGCCTGGTTTGGTGACACTATATTTGAAGGATATACTCAAGTCT  394

seq1  GGTCACCAATTGGGAAGGACTCAATACTAAGGTTTGGGAGCACTGGTAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACCAATTGGGAAGGACTCAATACTAAGGTTTGGGAGCACTGGTAAT  444

seq1  CAATCCGTGTTAAGCCACACCTCCTAAGATGTGGCTTCACAGATCAGACC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCGTGTTAAGCCACACCTCCTAAGATGTGGCTTCACAGATCAGACC  494

seq1  AACCTGAAATCTTTCTTCCTCCAAGGCCTTCTAAGGGAGTTGTCAGGGCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGAAATCTTTCTTCCTCCAAGGCCTTCTAAGGGAGTTGTCAGGGCA  544

seq1  TCTTCTGTGATATTTTCCTTGCTCTTGCTGCTTAGGATCAGAAGCAACAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGTGATATTTTCCTTGCTCTTGCTGCTTAGGATCAGAAGCAACAT  594

seq1  AACTGAAGCAGATAGCTTTGGACAACTTATTAACTATGTCAGTTGCCTTG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAGCAGATAGCTTTGGACAACTTATTAACTATGTCAGTTGCCTTG  644

seq1  TATGGGACCCATCCATTCCCTTGGAAACCTAGCTATAACTAATAGCTATA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGACCCATCCATTCCCTTGGAAACCTAGCTATAACTAATAGCTATA  694

seq1  GTTGGACTAGCTATAACTAATAGCTGTAGTTGGGCTGTCACTTGAAGGAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGACTAGCTATAACTAATAGCTGTAGTTGGGCTGTCACTTGAAGGAC  744

seq1  AATTGAGCTCTATGCCTCCCTGTTGAGCCACTTCTGTTCTTCCTCCTGGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAGCTCTATGCCTCCCTGTTGAGCCACTTCTGTTCTTCCTCCTGGT  794

seq1  TTTATCTAAGACAACAGTTCTAACTCCTCTCACATGTATTTGCTGCTATA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTAAGACAACAGTTCTAACTCCTCTCACATGTATTTGCTGCTATA  844

seq1  AACTTATCTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGGGTTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATCTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGGGTTA  894

seq1  TCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAACT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAACT  944

seq1  CTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGT  994

seq1  GGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGA  1044

seq1  GCAAGCCAGGAGAGGCAAGCCAGTAAAGAACATCCCTCCATGGCCTCTGC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCAGGAGAGGCAAGCCAGTAAAGAACATCCCTCCATGGCCTCTGC  1094

seq1  ATCAGCTCCTGCTCCCTGACCTGTTTGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTCCTGCTCCCTGACCTGTTTGAATTC  1126

seq1: chr3_81568305_81569482
seq2: B6Ng01-203N17.g_65_1247

seq1  GAATTCACCAGAGTAAATGTCAGAATCCGGTTTTTAGAAAGCTTTGGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAGAGTAAATGTCAGAATCCGGTTTTTAGAAAGCTTTGGGAA  50

seq1  ACAGACTGTAAAGTCATGGGGCATAGGCAATTTACTCAACTAAAATATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTGTAAAGTCATGGGGCATAGGCAATTTACTCAACTAAAATATAG  100

seq1  CTTGCTTGATTTTTGCTATAAGTTTAGAGAAATGCATTTAATTTGGGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGATTTTTGCTATAAGTTTAGAGAAATGCATTTAATTTGGGTTG  150

seq1  TGGTATATTATCTCTTTCCAATCATTCTGTGAGCAGCATCTTCTTTAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATATTATCTCTTTCCAATCATTCTGTGAGCAGCATCTTCTTTAAAG  200

seq1  GCAGGATCCCTAGGGGAAACATTCTCATTGATTCAGTGTTACTGCTCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATCCCTAGGGGAAACATTCTCATTGATTCAGTGTTACTGCTCTTG  250

seq1  TGTAGCTTGTAGAATAACACTGTAATCCTCTGAGAAAGTCCCCTCATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTTGTAGAATAACACTGTAATCCTCTGAGAAAGTCCCCTCATTAA  300

seq1  ACAGATGACTGAGTTTTCTGCTTGCTTACTTACTTCTGCAGCTTCCTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGACTGAGTTTTCTGCTTGCTTACTTACTTCTGCAGCTTCCTGAA  350

seq1  GTTTCTGATTATTGATGTCACTACTAAGATAAAGGTTTTAGTTTGTCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGATTATTGATGTCACTACTAAGATAAAGGTTTTAGTTTGTCATA  400

seq1  TTCATTTTGCTGTTGGCTCATTATAATTTCAAATTATAAGTCAAAACCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTGCTGTTGGCTCATTATAATTTCAAATTATAAGTCAAAACCTC  450

seq1  CACACCACACTTTGTGATAAGGCAAAGGATGTCTGCTACATTTATATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCACACTTTGTGATAAGGCAAAGGATGTCTGCTACATTTATATTTT  500

seq1  TCATTTATATTTTAACTAGTTCTCTTAACTTATAGAAAAATGAAAATTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATATTTTAACTAGTTCTCTTAACTTATAGAAAAATGAAAATTCC  550

seq1  TTTAAACATAATGCATAACTTGATTGTCCTGATTTCATCTTGTATAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACATAATGCATAACTTGATTGTCCTGATTTCATCTTGTATAATGC  600

seq1  ATTAAAAACAGCCAAAATGATTGCTATGCTAGCTACCAGTGTCGTTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAACAGCCAAAATGATTGCTATGCTAGCTACCAGTGTCGTTTTGT  650

seq1  ACCTGCATTTGTGTTTGTATTCTAATAATTCTGTGTGAACAGTGTGACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCATTTGTGTTTGTATTCTAATAATTCTGTGTGAACAGTGTGACAA  700

seq1  GCCTTGTCATACATTGGGAAGTGTCAGTCTTTCTTACATCATTAGTCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTCATACATTGGGAAGTGTCAGTCTTTCTTACATCATTAGTCCAT  750

seq1  AGCACTTTGGATGCATGCTAATGCACCCTGTTAGCACAAAACATTGAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTTGGATGCATGCTAATGCACCCTGTTAGCACAAAACATTGAAAG  800

seq1  ACAAAACAGTATGCTGCTCTCCCCCATCTCCATGGTAAAGACACAACATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAGTATGCTGCTCTCCCCCATCTCCATGGTAAAGACACAACATT  850

seq1  TCATGAGGAAAATGTCACCAGCATTTCTTACCCGGCAGCTATTCTCAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGGAAAATGTCACCAGCATTTCTTACCCGGCAGCTATTCTCAGCA  900

seq1  AGCTCAAAAAAGAAGTGGATAAACTGCTTCTTTAAGGAAAAAGGATGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAAAAAGAAGTGGATAAACTGCTTCTTTAAGGAAAAAGGATGTGT  950

seq1  CCGAAGTATATGGCTCAACACTCAGATTCGGGAGCCATCCA-CTCCCCAT  999
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCGAAGTATATGGCTC-ACACTCAGATTCGGGAGCCATCCACCTCCCCAT  999

seq1  ATTTACAAAAAAATTATTAGCTCTAATACATTTTAAAGGCTGTGTTCTAT  1049
      |||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTTACAAAAAAGT--ATAGCTCT-ATACATTTTAAAGGCTGTG-TCTAT  1045

seq1  CTATTCTG-CCTTGTGCTTCCATATGCATGA--GAAAAGACTAAG-CCAC  1095
      ||| |||| |||||||||| |||||||||||   ||||||||||| ||||
seq2  CTA-TCTGCCCTTGTGCTTTCATATGCATGAAGAAAAAGACTAAGCCCAC  1094

seq1  AAATGTCATG-CTGTGATATGAC-TTGACAAATGAATTAATGATCTAGAA  1143
      |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCATGCCTGTGATATGACTTTGACAAGTGAATTAATGATCTAGAA  1144

seq1  TAATTAAAGGCTTCCTCCTT-GAAAATGGG---CTTATG  1178
      ||||||| | |||||||||| |||||||||   ||||||
seq2  TAATTAAGGCCTTCCTCCTTGGAAAATGGGTGCCTTATG  1183