BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204O01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,319,883 - 117,477,930
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4833424O15Rik, EG668759
Upstream geneSass6, Hiat1, Slc35a3, Agl, LOC100043710, LOC100043250, Frrs1, Palmd, EG668749, 1700061I17Rik, LOC674908, D3Bwg0562e
Downstream geneSnx7, LOC100043260, Dpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204O01.bB6Ng01-204O01.g
ACCGA024702GA024703
length1,1411,066
definitionB6Ng01-204O01.b B6Ng01-204O01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,476,790 - 117,477,930)(117,319,883 - 117,320,944)
sequence
gaattccaaatcatcagaagcacttcacattaaaatattaccatttatgc
atccaataatttaataattcactagttccataaatatccctccactaatg
ggtcctaaattttttcatcagtgctgctgcaaacaataatggttaatgaa
gcagtcttgaacagctccagcaaagccaaacatctaatgaggacacaaac
atctagcaagatgtaatgaatgagactcaattaatgtgataatttgtctc
aaagtttgccttttaaagtgtcaagaatggggtggcttaagacaacaatc
atataacatttggagtgcagaagtgcagggcatgagatcaaagtacatgg
agagacatgccctcgcttatgattctgatgatgatctagtttgtgatgtc
cattatcccttagcttataggtgcatctctccagcacacgaccttccttc
tatgtgtctccacaccatccttcctctctaaatctccctgtttctaaatt
tcctgataatgagggcagtgataattctggatgaaagtctgtttttaatg
accatacatcagcttgatcgtttgctgaaataaattcatcctgaagcatt
agaagttggaacttcaacatatttttgtttagaagcacacattttggcct
gtaatgatacatcattacttgatgaatgttttgggctcagtgagggcact
aaaagtaacctggagcatcggtttcacactaagtgaatggggaagttcta
gtaaaggagccacagagtaagaaccaaggaccaagaggaaagaagcaagc
agtagagggcagaaacattacatgcaaaggctctgtagtggggggaatcc
tgatggtcagaaagaaaaggaaaaatgaataaagcaacaacaaccacaaa
acaagcaagcaaacaataacaacacaagccatagtgatgaattggagaac
aggaacccaaaataaactattgctcttgccagactttgttcaggaatttt
cacaattgccaaaacttaacttaaagatactatgtctacaatgactcaat
cagaatccgtttttattagttcacatcagcagtaaaataaaggtatggca
cagaacagttctcttcagtctctggatctacaaccctttgg

gaattctttctcccttattgctttggaagtagcctctctttcttgtctgc
ctcacgagaattgggactatcctaccactcacttattttctcaaatcttt
ctctgatttatcactttgtctgccactcaattagacagcattgtttggga
ttaaaggtatatactaaaggcaagactgtattccagctagagggattaaa
ggtatgtattccaaccagaagaattaaaggtgtatggcatggctacattc
cagctggatcatatctatggatgtaaatcccttgccaaagcagccatatt
cctggattagaatttctctataattggctatgagggatacagcaagagtg
gagtcagtagagaggtgatcccagaacagctgggtcatttatccacaagt
catcacagatgaagttagtgactcaatgacaccattctcggaatgcccta
ctagcacatattttctaaatcatgcaaaaaaagctcagcatatgaagtcc
tttacaactcaattattttgcttgagaccatcaaattgtatcctaatctc
ttctttgatcatcaatgtatcactatatctttaacagagaagattgctga
tctaactacagcctaaatatagtcatatctgattacagttctgggtaggt
atgcttgagaacatgagtgcagaggacacagaagtcagaaaaggatgtca
gagccttcagatggagattgttgtgagctacctaacatgaatgatgggaa
ctgaatttaaatctattgaaagagcaatatatgtccttaactattcagtc
atttctctggccccttaatttgttatttgggctgcttcttttgaacttat
ctctcaagttcaagataaaggttcttataaattgtaagagcaaccaaaga
atcccggcctggctttcagaaagatgataacaagggtacgtattcataga
gcagccaggatataaaatgtgtacctcccatggaaagaggaaaaatgaca
tgcgtgctttttacctaatctctacccatttcccccaaattagtttgaag
atatccctccatactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_117476790_117477930
seq2: B6Ng01-204O01.b_43_1183 (reverse)

seq1  CCAAAGGGTGTGT-GATTCAGAGACTGAGAACCACTGTTCTGTGCCATAC  49
      ||||||||| ||| ||| ||||||||||  |  |||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGGT-TGTAGATCCAGAGACTGAAGAGAACTGTTCTGTGCCATAC  49

seq1  C--TATTTTACTGCTGATGTGAACTAAT-AAAACCGATTCTGATTGAGTC  96
      |  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| 
seq2  CTTTATTTTACTGCTGATGTGAACTAATAAAAACGGATTCTGATTGAGT-  98

seq1  CTTTGTAGACATAGTATCTTT-AGTTAAGTTTTGGCAATTGTGAAAATTC  145
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTAGACATAGTATCTTTAAGTTAAGTTTTGGCAATTGTGAAAATTC  148

seq1  CTGAACAAAGTCTGGCAAGAGCAAATAGTTTATTTTGGGTTCCTGTTCTC  195
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAAAGTCTGGCAAGAGC-AATAGTTTATTTTGGGTTCCTGTTCTC  197

seq1  CAATTCATCACTATGGCTTGTTGTTGTTATTGTTTGCTTGCTTGTTTTTG  245
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAATTCATCACTATGGCTTG-TGTTGTTATTGTTTGCTTGCTTG-TTTTG  245

seq1  TGGTTGTTGTTGCTTTATTCATTTTTCCTTTTCTTTCTGACCATCAGGAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTTGTTGCTTTATTCATTTTTCCTTTTCTTTCTGACCATCAGGAT  295

seq1  TCCCCCCACTACAGAGCCTTTGCATGTAATGTTTCTGCCCTCTACTGCTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCACTACAGAGCCTTTGCATGTAATGTTTCTGCCCTCTACTGCTT  345

seq1  GCTTCTTTCCTCTTGGTCCTTGGTTCTTACTCTGTGGCTCCTTTACTAGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTTCCTCTTGGTCCTTGGTTCTTACTCTGTGGCTCCTTTACTAGA  395

seq1  ACTTCCCCATTCACTTAGTGTGAAACCGATGCTCCAGGTTACTTTTAGTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCCATTCACTTAGTGTGAAACCGATGCTCCAGGTTACTTTTAGTG  445

seq1  CCCTCACTGAGCCCAAAACATTCATCAAGTAATGATGTATCATTACAGGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCACTGAGCCCAAAACATTCATCAAGTAATGATGTATCATTACAGGC  495

seq1  CAAAATGTGTGCTTCTAAACAAAAATATGTTGAAGTTCCAACTTCTAATG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTGTGCTTCTAAACAAAAATATGTTGAAGTTCCAACTTCTAATG  545

seq1  CTTCAGGATGAATTTATTTCAGCAAACGATCAAGCTGATGTATGGTCATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGATGAATTTATTTCAGCAAACGATCAAGCTGATGTATGGTCATT  595

seq1  AAAAACAGACTTTCATCCAGAATTATCACTGCCCTCATTATCAGGAAATT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGACTTTCATCCAGAATTATCACTGCCCTCATTATCAGGAAATT  645

seq1  TAGAAACAGGGAGATTTAGAGAGGAAGGATGGTGTGGAGACACATAGAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACAGGGAGATTTAGAGAGGAAGGATGGTGTGGAGACACATAGAAG  695

seq1  GAAGGTCGTGTGCTGGAGAGATGCACCTATAAGCTAAGGGATAATGGACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCGTGTGCTGGAGAGATGCACCTATAAGCTAAGGGATAATGGACA  745

seq1  TCACAAACTAGATCATCATCAGAATCATAAGCGAGGGCATGTCTCTCCAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAACTAGATCATCATCAGAATCATAAGCGAGGGCATGTCTCTCCAT  795

seq1  GTACTTTGATCTCATGCCCTGCACTTCTGCACTCCAAATGTTATATGATT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTGATCTCATGCCCTGCACTTCTGCACTCCAAATGTTATATGATT  845

seq1  GTTGTCTTAAGCCACCCCATTCTTGACACTTTAAAAGGCAAACTTTGAGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTTAAGCCACCCCATTCTTGACACTTTAAAAGGCAAACTTTGAGA  895

seq1  CAAATTATCACATTAATTGAGTCTCATTCATTACATCTTGCTAGATGTTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTATCACATTAATTGAGTCTCATTCATTACATCTTGCTAGATGTTT  945

seq1  GTGTCCTCATTAGATGTTTGGCTTTGCTGGAGCTGTTCAAGACTGCTTCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTCATTAGATGTTTGGCTTTGCTGGAGCTGTTCAAGACTGCTTCA  995

seq1  TTAACCATTATTGTTTGCAGCAGCACTGATGAAAAAATTTAGGACCCATT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCATTATTGTTTGCAGCAGCACTGATGAAAAAATTTAGGACCCATT  1045

seq1  AGTGGAGGGATATTTATGGAACTAGTGAATTATTAAATTATTGGATGCAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGGGATATTTATGGAACTAGTGAATTATTAAATTATTGGATGCAT  1095

seq1  AAATGGTAATATTTTAATGTGAAGTGCTTCTGATGATTTGGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTAATATTTTAATGTGAAGTGCTTCTGATGATTTGGAATTC  1141


seq1: chr3_117319883_117320944
seq2: B6Ng01-204O01.g_64_1129

seq1  GAATTCTTTCTCCCTTATTGCTTTGGAAGTAGCCTCTCTTTCTTGTCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTCCCTTATTGCTTTGGAAGTAGCCTCTCTTTCTTGTCTGC  50

seq1  CTCACGAGAATTGGGACTATCCTACCACTCACTTATTTTCTCAAATCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACGAGAATTGGGACTATCCTACCACTCACTTATTTTCTCAAATCTTT  100

seq1  CTCTGATTTATCACTTTGTCTGCCACTCAATTAGACAGCATTGTTTGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATTTATCACTTTGTCTGCCACTCAATTAGACAGCATTGTTTGGGA  150

seq1  TTAAAGGTATATACTAAAGGCAAGACTGTATTCCAGCTAGAGGGATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGTATATACTAAAGGCAAGACTGTATTCCAGCTAGAGGGATTAAA  200

seq1  GGTATGTATTCCAACCAGAAGAATTAAAGGTGTATGGCATGGCTACATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTATTCCAACCAGAAGAATTAAAGGTGTATGGCATGGCTACATTC  250

seq1  CAGCTGGATCATATCTATGGATGTAAATCCCTTGCCAAAGCAGCCATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGATCATATCTATGGATGTAAATCCCTTGCCAAAGCAGCCATATT  300

seq1  CCTGGATTAGAATTTCTCTATAATTGGCTATGAGGGATACAGCAAGAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATTAGAATTTCTCTATAATTGGCTATGAGGGATACAGCAAGAGTG  350

seq1  GAGTCAGTAGAGAGGTGATCCCAGAACAGCTGGGTCATTTATCCACAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGTAGAGAGGTGATCCCAGAACAGCTGGGTCATTTATCCACAAGT  400

seq1  CATCACAGATGAAGTTAGTGACTCAATGACACCATTCTCGGAATGCCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACAGATGAAGTTAGTGACTCAATGACACCATTCTCGGAATGCCCTA  450

seq1  CTAGCACATATTTTCTAAATCATGCAAAAAAAGCTCAGCATATGAAGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACATATTTTCTAAATCATGCAAAAAAAGCTCAGCATATGAAGTCC  500

seq1  TTTACAACTCAATTATTTTGCTTGAGACCATCAAATTGTATCCTAATCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAACTCAATTATTTTGCTTGAGACCATCAAATTGTATCCTAATCTC  550

seq1  TTCTTTGATCATCAATGTATCACTATATCTTTAACAGAGAAGATTGCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGATCATCAATGTATCACTATATCTTTAACAGAGAAGATTGCTGA  600

seq1  TCTAACTACAGCCTAAATATAGTCATATCTGATTACAGTTCTGGGTAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTACAGCCTAAATATAGTCATATCTGATTACAGTTCTGGGTAGGT  650

seq1  ATGCTTGAGAACATGAGTGCAGAGGACACAGAAGTCAGAAAAGGATGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGAGAACATGAGTGCAGAGGACACAGAAGTCAGAAAAGGATGTCA  700

seq1  GAGCCTTCAGATGGAGATTGTTGTGAGCTACCTAACATGAATGATGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTCAGATGGAGATTGTTGTGAGCTACCTAACATGAATGATGGGAA  750

seq1  CTGAATTTAAATCTATTGAAAGAGCAATATATGTCCTTAACTATTCAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTTAAATCTATTGAAAGAGCAATATATGTCCTTAACTATTCAGTC  800

seq1  ATTTCTCTGGCCCCTTAATTTGTTATTTGGGCTGCTTC-TTTGAACTTAT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTTCTCTGGCCCCTTAATTTGTTATTTGGGCTGCTTCTTTTGAACTTAT  850

seq1  CTCTCAAGTTCAAGAT-AAGGTTCTTATAAATTGTAAGAGCAACCAAAGA  898
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAAGTTCAAGATAAAGGTTCTTATAAATTGTAAGAGCAACCAAAGA  900

seq1  ATCCCGGCCTGGCTTTCAGAAAGATGATAACAA-GGTACGTATTCATAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATCCCGGCCTGGCTTTCAGAAAGATGATAACAAGGGTACGTATTCATAGA  950

seq1  GCAGCCAGGATATAAAATGGTGTACCT-CCATGGAAAGAGGAAAAATGAC  996
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAGGATATAAAAT-GTGTACCTCCCATGGAAAGAGGAAAAATGAC  999

seq1  ATTGTGTGCTTTTTACCTAATCTCTACCCATT--CCCCAATTAGGTTTTG  1044
      | || |||||||||||||||||||||||||||  |||||| |  ||||  
seq2  A-TGCGTGCTTTTTACCTAATCTCTACCCATTTCCCCCAAATTAGTTTGA  1048

seq1  AGATATCCCTCCATACTG  1062
      ||||||||||||||||||
seq2  AGATATCCCTCCATACTG  1066


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |