BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206O09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 36,958,822 - 37,124,406
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTenr, LOC652987, Il2, Il21
Upstream geneAcad9, D3Ertd254e, Gpr103, Anxa5, 1810062G17Rik, LOC665709, Exosc9, Ccna2, Bbs7, Trpc3, 4932438A13Rik
Downstream geneCetn4, Bbs12, LOC100041328, Fgf2, LOC100040649, Nudt6, Spata5, LOC665778, Spry1, EG381438, LOC100038875, LOC100041338, EG626367, 4930556A17Rik, LOC665811, EG665821, LOC100041366, LOC100040785
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206O09.bB6Ng01-206O09.g
ACCGA026194GA026195
length1,2051,160
definitionB6Ng01-206O09.b B6Ng01-206O09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,958,822 - 36,960,038)(37,123,234 - 37,124,406)
sequence
gaattcctaaaattacaaaattgtccctaaatttccttctgagtccatta
aaattttttgttaatttaacaaagaattcatgaaagggagccacagtctt
tccaataacatctactgtccaacatgggactttcccaaattttcctgtaa
catggcaacccagatggaattttaaagctctgaggatagaataggtgagt
gtattctaagattctgaactcacacttctttccttcaccactgctattcc
ctcaattctgagaaaacctcggatcattgtgtgcctgcaagtccttgacc
aatatagaagggtgacagtgtgacaggacacagcagtgaggagttctttc
atcttgtatcttgctgagatcaatttaagtttatctaaaattttaccttg
atggaaaatcctgtggaaaattatccaactcttgtctaggaaaccaagat
caaaatgccccagctaacagcttctgttaaactgcttgcttgcttaaaac
ctctccttacagatgccaagcaagatatcaggatgtagggttgcctttta
aaatcccttatcctaaatacttgggacttcacttgggtactgaataactg
agtttagtcccagccagctggaataaagacttgcaattgtctataaatat
gtctgagtggccgtctctggtgcactcctattaacaccaacaattagacc
ttaaatgatatgatttgtaggtagttgataatcaagttggtgtcttaggg
ttttaccactgtgaacagacaccatgactaaggcaattcttataaggaca
acatttaattaggcctacctcacaggttcagaggatcagtccattatcaa
ggtgggaacatggcaacatccaggcaagcatggtgcaggaggagctggga
gttctacctcttcatatgaaggctgctagcagaatactgacttctaggca
gctagaatgagggtctcagagcccacacccacagtgattcacctacacaa
tagggccataccttctaattgtaccactccctgagcagaggcatacacca
aacatcacaggtgggtaaatgtacaccaagctgttgaaacttaattaagg
tttaactgttcttaacatgtggttctaagggactaatgctgctatacaag
tcaagaaatgctcttcagctcaacagaatttgatccatgagaaagtgacc
tgtga
gaattcctagaaagactaaaatggctccttcaaaaggtatgcaccttaaa
tgcatttctttcacttccatgttgtgtccgggtacctcctgtgcccagtg
actcataggctctcgttcccacagatgattcatcagcatctctcctagaa
cacataggacccgaagattcctgaggatccgagaagattcccgaggactg
aggagacgccggacactatagacgctcacgaatgcaggagtacatcttgc
ctcttgggattgcaagtggagaagtacgatacgttatgataagaacaact
cagaaaagctataggttaagatcctttcgcccattaactaagcagacatt
gtggttccctgcacagactccatgctgtcaacatggaaaatctcaactca
acaagagcccagcttcccgtgtcagggatttctggtgcttctcaagctgt
ggcttcatcttattgcccaactgtgacattctttgattggaaggggaaaa
ctaaagcttttagcaaaaatacagctagggaatttgtcgatctgcgagag
taagacctcttatgatcctaacggaatgatgtaagctggaaataataagc
ataagatgaaattgaaaattgaagtctttattctttaagaaaaactttgt
acttgaaagcatgtctgaagagtttactcattaccacaaacatctagcat
attgataactaacatctttatactctacaagagaggctttccagataggt
acagtttttcttctctattaggtctatcaaaatttaacctattatgaggg
tcacccctggctttcactgtttttctaaagaggcaagggtgtagtaagaa
gcaggcttaagttgccttcctcccatgtcaaggtccttttataagctaat
agtttaatcttgtgagatggcaatgaaagcctgtggaagtgcaaccctca
ctatcttctggaggccaagtagaattttcagtttgttagctctcactcag
gtggttatggtgtcctgtgatgaatctgctagctcagtctcagtctctct
cccacatcctttcttttcttcctctttggaacttctagaaagcatctaac
cagttcagcactttaggacacattgcatgcaactttgatacgttaattca
cgatctattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_36958822_36960038
seq2: B6Ng01-206O09.b_47_1251

seq1  GAATTCCTAAAATTACAAAATTGTCCCTAAATTTCCTTCTGAGTCCATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAAATTACAAAATTGTCCCTAAATTTCCTTCTGAGTCCATTA  50

seq1  AAATTTTTTGTTAATTTAACAAAGAATTCATGAAAGGGAGCCACAGTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTTTGTTAATTTAACAAAGAATTCATGAAAGGGAGCCACAGTCTT  100

seq1  TCCAATAACATCTACTGTCCAACATGGGACTTTCCCAAATTTTCCTGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATAACATCTACTGTCCAACATGGGACTTTCCCAAATTTTCCTGTAA  150

seq1  CATGGCAACCCAGATGGAATTTTAAAGCTCTGAGGATAGAATAGGTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAACCCAGATGGAATTTTAAAGCTCTGAGGATAGAATAGGTGAGT  200

seq1  GTATTCTAAGATTCTGAACTCACACTTCTTTCCTTCACCACTGCTATTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTAAGATTCTGAACTCACACTTCTTTCCTTCACCACTGCTATTCC  250

seq1  CTCAATTCTGAGAAAACCTCGGATCATTGTGTGCCTGCAAGTCCTTGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTCTGAGAAAACCTCGGATCATTGTGTGCCTGCAAGTCCTTGACC  300

seq1  AATATAGAAGGGTGACAGTGTGACAGGACACAGCAGTGAGGAGTTCTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGAAGGGTGACAGTGTGACAGGACACAGCAGTGAGGAGTTCTTTC  350

seq1  ATCTTGTATCTTGCTGAGATCAATTTAAGTTTATCTAAAATTTTACCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTATCTTGCTGAGATCAATTTAAGTTTATCTAAAATTTTACCTTG  400

seq1  ATGGAAAATCCTGTGGAAAATTATCCAACTCTTGTCTAGGAAACCAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAATCCTGTGGAAAATTATCCAACTCTTGTCTAGGAAACCAAGAT  450

seq1  CAAAATGCCCCAGCTAACAGCTTCTGTTAAACTGCTTGCTTGCTTAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGCCCCAGCTAACAGCTTCTGTTAAACTGCTTGCTTGCTTAAAAC  500

seq1  CTCTCCTTACAGATGCCAAGCAAGATATCAGGATGTAGGGTTGCCTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTTACAGATGCCAAGCAAGATATCAGGATGTAGGGTTGCCTTTTA  550

seq1  AAATCCCTTATCCTAAATACTTGGGACTTCACTTGGGTACTGAATAACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCTTATCCTAAATACTTGGGACTTCACTTGGGTACTGAATAACTG  600

seq1  AGTTTAGTCCCAGCCAGCTGGAATAAAGACTTGCAATTGTCTATAAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGTCCCAGCCAGCTGGAATAAAGACTTGCAATTGTCTATAAATAT  650

seq1  GTCTGAGTGGCCGTCTCTGGTGCACTCCTATTAACACCAACAATTAGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGTGGCCGTCTCTGGTGCACTCCTATTAACACCAACAATTAGACC  700

seq1  TTAAATGATATGATTTGTAGGTAGTTGATAATCAAGTTGGTGTCTTAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGATATGATTTGTAGGTAGTTGATAATCAAGTTGGTGTCTTAGGG  750

seq1  TTTTACCACTGTGAACAGACACCATGACTAAGGCAATTCTTATAAGGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCACTGTGAACAGACACCATGACTAAGGCAATTCTTATAAGGACA  800

seq1  ACATTTAATTAGGCCTACCTCACAGGTTCAGAGGATCAGTCCATTATCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAATTAGGCCTACCTCACAGGTTCAGAGGATCAGTCCATTATCAA  850

seq1  GGTGGGAACATGGCAACATCCAGGCAAGCATGGTGCAGGAGGAGCTGGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAACATGGCAACATCCAGGCAAGCATGGTGCAGGAGGAGCTGGGA  900

seq1  GTTCTACCTCTTCATATGAAGGCTGCTAGCAGAATACTGACTTCTAGGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTACCTCTTCATATGAAGGCTGCTAGCAGAATACTGACTTCTAGGCA  950

seq1  GCTAGAATGAGGGTCTCAGAGCCCACACCCACAGTGATTCACCTACACCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTAGAATGAGGGTCTCAGAGCCCACACCCACAGTGATTCACCTACA-CA  999

seq1  ATAGGGCCATACCTTCTAATTGTACCACTCCCTGAGCAGA-GCATACACA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  ATAGGGCCATACCTTCTAATTGTACCACTCCCTGAGCAGAGGCATACACC  1049

seq1  AAACATCACA-GTGGGTAAATGTACACACAAGGCTGTTGAAACTTTAAAT  1098
      |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| |
seq2  AAACATCACAGGTGGGTAAATGTACAC-CAA-GCTGTTGAAAC-TTAATT  1096

seq1  TAGGTTTAACTGTTTCTAACATGTTGGTTTCTAAGGGACTAAAATGCCTG  1148
       |||||||||||||  ||||||||  | ||||||||||||  |||| |||
seq2  AAGGTTTAACTGTTCTTAACATGT--GGTTCTAAGGGACT--AATG-CTG  1141

seq1  CTAATACAAAGTCAAAGAATGGTC-TCAGCTCACACAGGAATATTGATCC  1197
      || |||| |||||||  |||| || |||||||| ||| |||| |||||||
seq2  CT-ATAC-AAGTCAAGAAATGCTCTTCAGCTCA-ACA-GAAT-TTGATCC  1186

seq1  AAATGAGACAGTGA-CTGTGA  1217
        |||||| ||||| ||||||
seq2  --ATGAGAAAGTGACCTGTGA  1205

seq1: chr3_37123234_37124406
seq2: B6Ng01-206O09.g_68_1227 (reverse)

seq1  AAATAGATGGTTGGATTTAACTTATCAAAAGTGTGCATGCAATGTGT-CT  49
      |||||||| ||  || ||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||
seq2  AAATAGATCGT--GAATTAACGTATC-AAAGT-TGCATGCAATGTGTCCT  46

seq1  TAAGTGCTGAACTTGTTTGGATTGCTTTTTCTTAGAAGTTTCAAAGAGGA  99
       |||||||||||| ||| |   ||||||    |||||||| |||||||| 
seq2  AAAGTGCTGAACTGGTTAG--ATGCTTT---CTAGAAGTTCCAAAGAGG-  90

seq1  AAGAAAGGAAAGGATGTGGGAGAGGAGACTGAGGCTGGAGCTAGCAGATT  149
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||
seq2  AAGAAAAGAAAGGATGTGGGAGA-GAGACTGAGACT-GAGCTAGCAGATT  138

seq1  CATCACAGGACACCCATAACCACTTGAGGTGAGAGCT-ACAAACTTGAAA  198
      |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||
seq2  CATCACAGGACA-CCATAACCACCTGA-GTGAGAGCTAACAAAC-TGAAA  185

seq1  ATTCTACTTGG-CTCCAGAAGATAGTGAGGTTTGCACTTCCACAGGCTTT  247
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTCTACTTGGCCTCCAGAAGATAGTGAGGGTTGCACTTCCACAGGCTTT  235

seq1  CATTGCCATCTTCACAAGATTAAACTATTAGCTTAT-AAAGGAACTTGAC  296
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  CATTGCCATC-TCACAAGATTAAACTATTAGCTTATAAAAGGACCTTGAC  284

seq1  ATTGGGAGGAAGGCAACTTAAGCCTGCTTCTTACTACACCCTTGCCTCTT  346
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TGGGAGGAAGGCAACTTAAGCCTGCTTCTTACTACACCCTTGCCTCTT  333

seq1  TAGAAAAACAGTGAAAGCCAGGGGTGACCCTCATAATAGGTTAAATTTTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAACAGTGAAAGCCAGGGGTGACCCTCATAATAGGTTAAATTTTG  383

seq1  ATAGACCTAATAGAGAAGAAAAACTGTACCTATCTGGAAAGCCTCTCTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACCTAATAGAGAAGAAAAACTGTACCTATCTGGAAAGCCTCTCTTG  433

seq1  TAGAGTATAAAGATGTTAGTTATCAATATGCTAGATGTTTGTGGTAATGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTATAAAGATGTTAGTTATCAATATGCTAGATGTTTGTGGTAATGA  483

seq1  GTAAACTCTTCAGACATGCTTTCAAGTACAAAGTTTTTCTTAAAGAATAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACTCTTCAGACATGCTTTCAAGTACAAAGTTTTTCTTAAAGAATAA  533

seq1  AGACTTCAATTTTCAATTTCATCTTATGCTTATTATTTCCAGCTTACATC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCAATTTTCAATTTCATCTTATGCTTATTATTTCCAGCTTACATC  583

seq1  ATTCCGTTAGGATCATAAGAGGTCTTACTCTCGCAGATCGACAAATTCCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCGTTAGGATCATAAGAGGTCTTACTCTCGCAGATCGACAAATTCCC  633

seq1  TAGCTGTATTTTTGCTAAAAGCTTTAGTTTTCCCCTTCCAATCAAAGAAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTATTTTTGCTAAAAGCTTTAGTTTTCCCCTTCCAATCAAAGAAT  683

seq1  GTCACAGTTGGGCAATAAGATGAAGCCACAGCTTGAGAAGCACCAGAAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGTTGGGCAATAAGATGAAGCCACAGCTTGAGAAGCACCAGAAAT  733

seq1  CCCTGACACGGGAAGCTGGGCTCTTGTTGAGTTGAGATTTTCCATGTTGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGACACGGGAAGCTGGGCTCTTGTTGAGTTGAGATTTTCCATGTTGA  783

seq1  CAGCATGGAGTCTGTGCAGGGAACCACAATGTCTGCTTAGTTAATGGGCG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGGAGTCTGTGCAGGGAACCACAATGTCTGCTTAGTTAATGGGCG  833

seq1  AAAGGATCTTAACCTATAGCTTTTCTGAGTTGTTCTTATCATAACGTATC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATCTTAACCTATAGCTTTTCTGAGTTGTTCTTATCATAACGTATC  883

seq1  GTACTTCTCCACTTGCAATCCCAAGAGGCAAGATGTACTCCTGCATTCGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTCTCCACTTGCAATCCCAAGAGGCAAGATGTACTCCTGCATTCGT  933

seq1  GAGCGTCTATAGTGTCCGGCGTCTCCTCAGTCCTCGGGAATCTTCTCGGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGTCTATAGTGTCCGGCGTCTCCTCAGTCCTCGGGAATCTTCTCGGA  983

seq1  TCCTCAGGAATCTTCGGGTCCTATGTGTTCTAGGAGAGATGCTGATGAAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGGAATCTTCGGGTCCTATGTGTTCTAGGAGAGATGCTGATGAAT  1033

seq1  CATCTGTGGGAACGAGAGCCTATGAGTCACTGGGCACAGGAGGTACCCGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGGGAACGAGAGCCTATGAGTCACTGGGCACAGGAGGTACCCGG  1083

seq1  ACACAACATGGAAGTGAAAGAAATGCATTTAAGGTGCATACCTTTTGAAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACATGGAAGTGAAAGAAATGCATTTAAGGTGCATACCTTTTGAAG  1133

seq1  GAGCCATTTTAGTCTTTCTAGGAATTC  1173
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATTTTAGTCTTTCTAGGAATTC  1160