BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208N10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 133,181,625 - 133,330,657
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE130014J05Rik
Upstream geneEG433653, LOC668857, Scye1, A630047E20Rik, LOC668858, Npnt, Gstcd, Ints12, 9130221D24Rik, Ppa2
Downstream geneEG620205, LOC100039168, LOC668862, LOC100039199, Cxxc4, Ppia-ps3_1390.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208N10.bB6Ng01-208N10.g
ACCGA027611GA027612
length1,205924
definitionB6Ng01-208N10.b B6Ng01-208N10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,329,468 - 133,330,657)(133,181,625 - 133,182,545)
sequence
gaattcatatgttattaacttcatctccaaaatcttatgctatgtagaaa
tggggtcttggagaagtcatctggtcatgagtcagaggttggacttcatg
catggattaaaccatccctggatttgttatcaagagatgggataactaac
atcagaacaggactggtacagaggtcagtttcagcatcaagagatgggat
aactaacatcagagcaggactggtacagaggtttcagcatctctcataaa
ctccctcaggacacagagttctgtggtatcccacaactccttagactctc
caccaacaagaagcccctccctcagatgcttgaatcctgcgtttagactt
ctgaagccccagaaccatgagctaaacacatcactattgtttacaaactt
actcagcctcactgctctctcttattacctaacccaaaagctgtaaagct
gtctggaagttcttgctctgacacctctttaaatctgtctttacccagcc
aggcatagaggaagccagtatggagcacacctctaatcccagcactcaag
aggcagaggcagatggatccctctaagtttgagaccagcctggtctacag
agtgagttccaagacagcaggaggtatataatgagaccctatcttgaaaa
caaaacaaaacaaaaactgtcttgaccgcctgctgattccttcatgtagc
atttatctccatcacaactgcatctgtcttcatctctcatgcagtctcct
taacacctacaaaggtaaagtgtctatcattcatacccttaaaacaacca
ttacactaaatctgcctttccgatatgactactatggctaaaacagctaa
tccaagagaggttgcttgctcagtgaagacagctctggccccaggtacaa
ctggacatgaggcttgctgttgggtttcctcttccattcccaggctctga
cttattttcagtgcatagggctcatttcttcactttgttgcagacagtgt
ttttcatcgattgtttggggtagatactaggtagaacaccactagcaaaa
ccttgtgccattagaaaggtaccatctaccccactgttgggaactcaatc
atttcaacagctgctattctacagcttcctttagactctgctcagttcaa
agaaactctctcatccctgaaggatgccatatcttaaccggaattgtata
acgtg
gaattcaaggccagcctggtctacagaacaagttccagaacagccagggc
tacacagagaaaccctgtcttgaaaaacagaagggggctgtggaggtacc
ggaaagggcagagaggagaaagaagaggatagagctttgcactggtttta
aaggttcatctgacatttcctttttcttcagacaaagaactctaggcatg
gtgattgtggttgtttaaatgaaaatccccctttaggcttacgctttgaa
tcttcagattgtggcactatttgggggaacatttagaaggtgtggccttg
ctagaggaagtgtggccctgtgggtgggctttgagaactgaaagccaact
gccagatcactctgcactttcttctgcagttaaggatgtgagctatcagt
tttctgttcctgcccctaggcctgctgcatgcagccttccctcccagcac
gaaggtctcttagcctaagttgcttttggtcactgcatcttaccatggca
acagaaaccaactaatgcagaggatttatcgatatagttacatacaggac
aataattctcctggagggctggagagatggctcagcagttaagagcactg
actgctcttctgaaggtcctgctttcaaatcccagcaaccatatggtgac
tcacaaccatctctaatgagatctgatgccctcttctggagtgtctgaag
acagctacagtgtacttacatataataaataataaataaatcttaaaaaa
aaaagtttcaagccaccctgtgccttggcacacagtccccagtccctcag
agagactgccatcttcactgttaaaaatgatgatgatgatggccgggcag
tggtggcgcacgcctgtaatcccagcccttgggaggtagaaggcaggcgg
attttcttgagttcgaggccagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_133329468_133330657
seq2: B6Ng01-208N10.b_51_1255 (reverse)

seq1  CACG-TATACAATTCTGGGTAAGTATGGGGCATCCTCTCCAGGGATGAG-  48
      |||| |||||||||| || |||| ||  ||||||  || |||||||||| 
seq2  CACGTTATACAATTCCGGTTAAG-ATATGGCATC--CTTCAGGGATGAGA  47

seq1  GAG-TTCTTTGAAACTGAGGCAGAGTCTAAAGGAGCTTGTAG-ATAGCAG  96
      ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||   ||||| |||||||
seq2  GAGTTTCTTTG-AACTGA-GCAGAGTCTAAAGGAAGCTGTAGAATAGCAG  95

seq1  CTGTTG-AATGATTGAGTTCCC-ACAGTGGGGTAGATGGTA-CTTTCTAA  143
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGTTGAAATGATTGAGTTCCCAACAGTGGGGTAGATGGTACCTTTCTAA  145

seq1  TGGCACA--GGTTTGCTAGT-GTG-TCTAC--TGTATCTACCCC-AACAA  186
      |||||||  | ||||||||| ||| |||||   ||||||||||| |||||
seq2  TGGCACAAGGTTTTGCTAGTGGTGTTCTACCTAGTATCTACCCCAAACAA  195

seq1  -CGATGGAAAACACTGTCTGCAAC-AAGTGA--GAATGAGCCCTATGCAC  232
       ||||| ||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||
seq2  TCGATGAAAAACACTGTCTGCAACAAAGTGAAGAAATGAGCCCTATGCAC  245

seq1  TGAAA--TAGTCAGAGCCTGGGAATGGAAGAGGAAACCCAACAGCAAGCC  280
      |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATAAGTCAGAGCCTGGGAATGGAAGAGGAAACCCAACAGCAAGCC  295

seq1  TCATGTCCAGTTGTACCTGGGGCCAGAGCTGTCTTCACTGAGCAAGCAAC  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCCAGTTGTACCTGGGGCCAGAGCTGTCTTCACTGAGCAAGCAAC  345

seq1  CTCTCTTGGATTAGCTGTTTTAGCCATAGTAGTCATATCGGAAAGGCAGA  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTGGATTAGCTGTTTTAGCCATAGTAGTCATATCGGAAAGGCAGA  395

seq1  TTTAGTGTAATGGTTGTTTTAAGGGTATGAATGATAGACACTTTACCTTT  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGTAATGGTTGTTTTAAGGGTATGAATGATAGACACTTTACCTTT  445

seq1  GTAGGTGTTAAGGAGACTGCATGAGAGATGAAGACAGATGCAGTTGTGAT  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTGTTAAGGAGACTGCATGAGAGATGAAGACAGATGCAGTTGTGAT  495

seq1  GGAGATAAATGCTACATGAAGGAATCAGCAGGCGGTCAAGACAGTTTTTG  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATAAATGCTACATGAAGGAATCAGCAGGCGGTCAAGACAGTTTTTG  545

seq1  TTTTGTTTTGTTTTCAAGATAGGGTCTCATTATATACCTCCTGCTGTCTT  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTGTTTTCAAGATAGGGTCTCATTATATACCTCCTGCTGTCTT  595

seq1  GGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTCAAACTTAGAGGGATCCATCT  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTCAAACTTAGAGGGATCCATCT  645

seq1  GCCTCTGCCTCTTGAGTGCTGGGATTAGAGGTGTGCTCCATACTGGCTTC  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTCTTGAGTGCTGGGATTAGAGGTGTGCTCCATACTGGCTTC  695

seq1  CTCTATGCCTGGCTGGGTAAAGACAGATTTAAAGAGGTGTCAGAGCAAGA  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGCCTGGCTGGGTAAAGACAGATTTAAAGAGGTGTCAGAGCAAGA  745

seq1  ACTTCCAGACAGCTTTACAGCTTTTGGGTTAGGTAATAAGAGAGAGCAGT  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAGACAGCTTTACAGCTTTTGGGTTAGGTAATAAGAGAGAGCAGT  795

seq1  GAGGCTGAGTAAGTTTGTAAACAATAGTGATGTGTTTAGCTCATGGTTCT  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGAGTAAGTTTGTAAACAATAGTGATGTGTTTAGCTCATGGTTCT  845

seq1  GGGGCTTCAGAAGTCTAAACGCAGGATTCAAGCATCTGAGGGAGGGGCTT  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTCAGAAGTCTAAACGCAGGATTCAAGCATCTGAGGGAGGGGCTT  895

seq1  CTTGTTGGTGGAGAGTCTAAGGAGTTGTGGGATACCACAGAACTCTGTGT  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGGTGGAGAGTCTAAGGAGTTGTGGGATACCACAGAACTCTGTGT  945

seq1  CCTGAGGGAGTTTATGAGAGATGCTGAAACCTCTGTACCAGTCCTGCTCT  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGGAGTTTATGAGAGATGCTGAAACCTCTGTACCAGTCCTGCTCT  995

seq1  GATGTTAGTTATCCCATCTCTTGATGCTGAAACTGACCTCTGTACCAGTC  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTAGTTATCCCATCTCTTGATGCTGAAACTGACCTCTGTACCAGTC  1045

seq1  CTGTTCTGATGTTAGTTATCCCATCTCTTGATAACAAATCCAGGGATGGT  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTGATGTTAGTTATCCCATCTCTTGATAACAAATCCAGGGATGGT  1095

seq1  TTAATCCATGCATGAAGTCCAACCTCTGACTCATGACCAGATGACTTCTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCATGCATGAAGTCCAACCTCTGACTCATGACCAGATGACTTCTC  1145

seq1  CAAGACCCCATTTCTACATAGCATAAGATTTTGGAGATGAAGTTAATAAC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCCCATTTCTACATAGCATAAGATTTTGGAGATGAAGTTAATAAC  1195

seq1  ATATGAATTC  1190
      ||||||||||
seq2  ATATGAATTC  1205

seq1: chr3_133181625_133182545
seq2: B6Ng01-208N10.g_67_990

seq1  GAATTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAACAAGTTCCAGAACAGCCAGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAACAAGTTCCAGAACAGCCAGGGC  50

seq1  TACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACAGAAGGGGGCTGTGGAGGTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACAGAAGGGGGCTGTGGAGGTACC  100

seq1  GGAAAGGGCAGAGAGGAGAAAGAAGAGGATAGAGCTTTGCACTGGTTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGCAGAGAGGAGAAAGAAGAGGATAGAGCTTTGCACTGGTTTTA  150

seq1  AAGGTTCATCTGACATTTCCTTTTTCTTCAGACAAAGAACTCTAGGCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTCATCTGACATTTCCTTTTTCTTCAGACAAAGAACTCTAGGCATG  200

seq1  GTGATTGTGGTTGTTTAAATGAAAATCCCCCTTTAGGCTTACGCTTTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTGTGGTTGTTTAAATGAAAATCCCCCTTTAGGCTTACGCTTTGAA  250

seq1  TCTTCAGATTGTGGCACTATTTGGGGGAACATTTAGAAGGTGTGGCCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGATTGTGGCACTATTTGGGGGAACATTTAGAAGGTGTGGCCTTG  300

seq1  CTAGAGGAAGTGTGGCCCTGTGGGTGGGCTTTGAGAACTGAAAGCCAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGAAGTGTGGCCCTGTGGGTGGGCTTTGAGAACTGAAAGCCAACT  350

seq1  GCCAGATCACTCTGCACTTTCTTCTGCAGTTAAGGATGTGAGCTATCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATCACTCTGCACTTTCTTCTGCAGTTAAGGATGTGAGCTATCAGT  400

seq1  TTTCTGTTCCTGCCCCTAGGCCTGCTGCATGCAGCCTTCCCTCCCAGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTCCTGCCCCTAGGCCTGCTGCATGCAGCCTTCCCTCCCAGCAC  450

seq1  GAAGGTCTCTTAGCCTAAGTTGCTTTTGGTCACTGCATCTTACCATGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCTCTTAGCCTAAGTTGCTTTTGGTCACTGCATCTTACCATGGCA  500

seq1  ACAGAAACCAACTAATGCAGAGGATTTATCGATATAGTTACATACAGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACCAACTAATGCAGAGGATTTATCGATATAGTTACATACAGGAC  550

seq1  AATAATTCTCCTGGAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTCTCCTGGAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTG  600

seq1  ACTGCTCTTCTGAAGGTCCTGCTTTCAAATCCCAGCAACCATATGGTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCTTCTGAAGGTCCTGCTTTCAAATCCCAGCAACCATATGGTGAC  650

seq1  TCACAACCATCTCTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACCATCTCTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAG  700

seq1  ACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAATAAATAAATCTTAAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAATAAATAAATCTTAAAAAA  750

seq1  AAAAGTTTCAAGCCACCCTGTGCCTTGGCACACAGTCCCCAGTCCCTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTCAAGCCACCCTGTGCCTTGGCACACAGTCCCCAGTCCCTCAG  800

seq1  AGAGACTGCCATCTTCACTGTTAAAAATGATGATGATGATGGCCGGGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTGCCATCTTCACTGTTAAAAATGATGATGATGATGGCCGGGCAG  850

seq1  TGGTGGCGCACGCCTGTAATCCCAGCACTTGGGAGGTAG-AGGCAGGCGG  899
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGTGGCGCACGCCTGTAATCCCAGCCCTTGGGAGGTAGAAGGCAGGCGG  900

seq1  ATTT--CTGAGTTCGAGGCCAGTC  921
      ||||   |||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTGAGTTCGAGGCCAGTC  924