BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209A22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 62,238,254 - 62,365,258
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4631416L12Rik, Dhx36, Gpr149
Upstream geneLOC666891, LOC669910, LOC676965
Downstream geneLOC676984, LOC666967, Mme
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209A22.bB6Ng01-209A22.g
ACCGA027774GA027775
length1,1381,156
definitionB6Ng01-209A22.b B6Ng01-209A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,238,254 - 62,239,379)(62,364,105 - 62,365,258)
sequence
gaattctttggttttagatctctgacctcagcagtgttgacatggggcct
gtgcctctttgctatggggtggttccatgatggagtgttaagtagtatct
ttgctggttctccattgtgtactaatagcacttcctctcactatgataac
aaaaccatctctaggtgtggcctaatgcctccctaggtaagagctacttt
ggaacaacaccagaccttaaaccagctttgctttctggcttgatacagca
gtaatagtaatattgtattataagcatggtaagtgtggtggtttgaatag
gtttggcccccacagactcatgtgtttgaatgcttggctcttggcactat
taggaggtgtggtcttgctagaggaagtatatcactttgagatttctatg
ctcaagctccacccagtgtggaatcagagcctcctcctggatacctttgg
atcaggatatagaactcttggctccttcagcaccaagactgtctgtaggg
tgccaagcttcccactatgatgataatggacagaacctgtgaaattgtaa
gccagccccaagtaaatgtttgcctttataagagttgtcttagggccaga
cagtggtggcaaatgcctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggt
ggatttctgagttcgaggccagcctgttctacagagtgagttccaggaca
gccagggatacacagagaaaccctgtctcaaaaaaccaaaaaaaaaaaaa
aaaagagttgggtcatggtatcccttcacagcaacaaattcctaagataa
tatgtttaccagatagtaatagattaatatgtactaacatatgataactg
ttacattcccataataacacaatcagtgtgctcctgactatatccacatg
tacagcctcatggagtttgggtacaattggatcctatatgaaatgcataa
actgaatctaagaccttaattggttaaactctcaaagtttctaaggcaat
tgactatcttacacttattataccttgttttatgcccaatctttcccctt
agttctacttgactctgaagagcagaatctctgttccctggagccatctt
ccagtatagctgcctgtatgaacagccaaatacaaaat

gaattcattggcaccatttgtccaattaagcctggtagaattaatatgtt
ttctatgctctttattttgtgtcctagttctttttttctctttttaaata
ttttttattaggtattttcctcatttacatttccaatgctatcccaaaag
tcccccataccctcccacccactcccactttttggccctggtgttcccct
gtactggggcatataaagtttgcaagaccaataggcctctctttccagtg
atggccaactaggccatcttttgatacatatgcagctagagacaagagct
ccgggctactggttagttcatattgttgttccacctatagggttgcagat
ccctttagctccttgggtactttctctagctcctcgattgggggccctgt
gatccatccaatagctgactgtgagcatccacttctgtgtttgctaggcc
ccagcctagtctcacaagaggaagctatatcagggtcctttcagcaaaat
cttgctagtgtatgcaatggtgtcagcatttggaggctgattatgggatg
gatccctggatatggcagcctctagatggtgcatccttttgtctttagga
atggcactttagaatgagagatgggaagaatacagtcatgaagccaatga
agatgttatagttatctctttgctatttctgtgacatgaaagctaaacga
tgcctaaggtaaaaccactgatgtattttggccatgcataggtgtaattt
aatgtgatggcataaatgtagatgtaagtcgtataggcacatgcctgttg
taagctaggctttgacattttcttactcatcttgttttcttccctgttta
tgctaagtgactgataatagtcaaaacccttgtgctaaacggcatcgatt
ctgtggtagagaaaaactgatcaccaagaatttaacttaacaatttattc
tttgattactcatcatgtaggtcagtgcatataatcatctctatgaaaga
tgctacagatttaagtcttgttccagaaagagcagcattaacactgacaa
tttgcaacttaagtagaaacctcaccctttcataacataactttatccta
tgcaattaataagccaaggttaatgcaaattaaattgtaccgaaaccgaa
actatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_62238254_62239379
seq2: B6Ng01-209A22.b_46_1183

seq1  GAATTCTTTGGTTTTAGATCTCTGACCTCAGCAGTGTTGACATGGGGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGTTTTAGATCTCTGACCTCAGCAGTGTTGACATGGGGCCT  50

seq1  GTGCCTCTTTGCTATGGGGTGGTTCCATGATGGAGTGTTAAGTAGTATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTCTTTGCTATGGGGTGGTTCCATGATGGAGTGTTAAGTAGTATCT  100

seq1  TTGCTGGTTCTCCATTGTGTACTAATAGCACTTCCTCTCACTATGATAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGTTCTCCATTGTGTACTAATAGCACTTCCTCTCACTATGATAAC  150

seq1  AAAACCATCTCTAGGTGTGGCCTAATGCCTCCCTAGGTAAGAGCTACTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCATCTCTAGGTGTGGCCTAATGCCTCCCTAGGTAAGAGCTACTTT  200

seq1  GGAACAACACCAGACCTTAAACCAGCTTTGCTTTCTGGCTTGATACAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAACACCAGACCTTAAACCAGCTTTGCTTTCTGGCTTGATACAGCA  250

seq1  GTAATAGTAATATTGTATTATAAGCATGGTAAGTGTGGTGGTTTGAATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGTAATATTGTATTATAAGCATGGTAAGTGTGGTGGTTTGAATAG  300

seq1  GTTTGGCCCCCACAGACTCATGTGTTTGAATGCTTGGCTCTTGGCACTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGCCCCCACAGACTCATGTGTTTGAATGCTTGGCTCTTGGCACTAT  350

seq1  TAGGAGGTGTGGTCTTGCTAGAGGAAGTATATCACTTTGAGATTTCTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGTGTGGTCTTGCTAGAGGAAGTATATCACTTTGAGATTTCTATG  400

seq1  CTCAAGCTCCACCCAGTGTGGAATCAGAGCCTCCTCCTGGATACCTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGCTCCACCCAGTGTGGAATCAGAGCCTCCTCCTGGATACCTTTGG  450

seq1  ATCAGGATATAGAACTCTTGGCTCCTTCAGCACCAAGACTGTCTGTAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGATATAGAACTCTTGGCTCCTTCAGCACCAAGACTGTCTGTAGGG  500

seq1  TGCCAAGCTTCCCACTATGATGATAATGGACAGAACCTGTGAAATTGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGCTTCCCACTATGATGATAATGGACAGAACCTGTGAAATTGTAA  550

seq1  GCCAGCCCCAAGTAAATGTTTGCCTTTATAAGAGTTGTCTTAGGGCCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCCCAAGTAAATGTTTGCCTTTATAAGAGTTGTCTTAGGGCCAGA  600

seq1  CAGTGGTGGCAAATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTGGCAAATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGT  650

seq1  GGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGTTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGTTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACA  700

seq1  GCCAGGGATACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGATACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAA  750

seq1  AAAAGAGTTGGGTCATGGTATCCCTTCACAGCAACAAATTCCTAAGATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGTTGGGTCATGGTATCCCTTCACAGCAACAAATTCCTAAGATAA  800

seq1  TATG-TTACCAGATAGTAATAGATTAATATGTACTAACATATGATAACTG  849
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTACCAGATAGTAATAGATTAATATGTACTAACATATGATAACTG  850

seq1  TTACATTCCCATAATAACACAATCAGTGTGCTCCTGACTATATCCACATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTCCCATAATAACACAATCAGTGTGCTCCTGACTATATCCACATG  900

seq1  TACAGCCTCATGGAGTTT-GGTACAATT-GATCCTATATGAAATGCATAA  947
      |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCCTCATGGAGTTTGGGTACAATTGGATCCTATATGAAATGCATAA  950

seq1  ACTGAATCTAAGACCTTAATTGGTTAAAACTCTCAAAGTTTCTAAGGCAA  997
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATCTAAGACCTTAATTGGTT-AAACTCTCAAAGTTTCTAAGGCAA  999

seq1  TTGACTATCTTACACTTATTTAATACCTTG-TTTATGCCCAATCTTTTCC  1046
      ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TTGACTATCTTACACTTATT--ATACCTTGTTTTATGCCCAATCTTTCCC  1047

seq1  CTTAGTTCTACTTGACTCTG-AGAGCAGAATCTCTG-TCCCT-GAG-CAT  1092
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||
seq2  CTTAGTTCTACTTGACTCTGAAGAGCAGAATCTCTGTTCCCTGGAGCCAT  1097

seq1  C-TCCAG--TAGCTG-CTGTATG-ACAGC--AATACAAAAT  1126
      | |||||  |||||| ||||||| |||||  ||||||||||
seq2  CTTCCAGTATAGCTGCCTGTATGAACAGCCAAATACAAAAT  1138


seq1: chr3_62364105_62365258
seq2: B6Ng01-209A22.g_65_1220 (reverse)

seq1  AATAGTTTCTGTTTCGGTACAATTTTATATCCATTAACTTTGGTTTATTA  50
      ||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||| |||| ||||||
seq2  AATAGTTTCGGTTTCGGTACAATTTAATTTGCATTAACCTTGGCTTATTA  50

seq1  A-TGCATATGATAAAG-TATG-TATG-AAGGGTGAGGTTTCTACTTAAGT  96
      | |||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTGCATAGGATAAAGTTATGTTATGAAAGGGTGAGGTTTCTACTTAAG-  99

seq1  TTGCAAA-TGTCAGTGTTAATGCTGCTCTTTCTGGAACAAGACTTTAATT  145
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  TTGCAAATTGTCAGTGTTAATGCTGCTCTTTCTGGAACAAGAC-TTAAAT  148

seq1  CTGTTAGCATTCTTTCATAGAGATGATTATATGCACTGACCTACATGATG  195
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTG-TAGCA-TCTTTCATAGAGATGATTATATGCACTGACCTACATGATG  196

seq1  AGTAATCAAAGAATAAATTGTTAAGTTAAATTCTTGGTGATCAGTTTTTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCAAAGAATAAATTGTTAAGTTAAATTCTTGGTGATCAGTTTTTC  246

seq1  TCTACCACAGAATCGATGCCGTTTAGCACAA-GGTTTTGACTATTATCAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTACCACAGAATCGATGCCGTTTAGCACAAGGGTTTTGACTATTATCAG  296

seq1  TCACTTAGCATAAACAGGGAAGAAAACAAGATGAGTAAGAAAATGTCAAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTAGCATAAACAGGGAAGAAAACAAGATGAGTAAGAAAATGTCAAA  346

seq1  GCCTAGCTTACAACAGGCATGTGCCTATACGACTTACATCTACATTTATG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGCTTACAACAGGCATGTGCCTATACGACTTACATCTACATTTATG  396

seq1  CCATCACATTAAATTACACCTATGCATGGCCAAAATACATCAGTGGTTTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACATTAAATTACACCTATGCATGGCCAAAATACATCAGTGGTTTT  446

seq1  ACCTTAGGCATCGTTTAGCTTTCATGTCACAGAAATAGCAAAGAGATAAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAGGCATCGTTTAGCTTTCATGTCACAGAAATAGCAAAGAGATAAC  496

seq1  TATAACATCTTCATTGGCTTCATGACTGTATTCTTCCCATCTCTCATTCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACATCTTCATTGGCTTCATGACTGTATTCTTCCCATCTCTCATTCT  546

seq1  AAAGTGCCATTCCTAAAGACAAAAGGATGCACCATCTAGAGGCTGCCATA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCCATTCCTAAAGACAAAAGGATGCACCATCTAGAGGCTGCCATA  596

seq1  TCCAGGGATCCATCCCATAATCAGCCTCCAAATGCTGACACCATTGCATA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGATCCATCCCATAATCAGCCTCCAAATGCTGACACCATTGCATA  646

seq1  CACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCTGATATAGCTTCCTCTTGTGAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCTGATATAGCTTCCTCTTGTGAG  696

seq1  ACTAGGCTGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGCTGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAT  746

seq1  TGGATGGATCACAGGGCCCCCAATCGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGATCACAGGGCCCCCAATCGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGG  796

seq1  AGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACC  846

seq1  AGTAGCCCGGAGCTCTTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCCCGGAGCTCTTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCT  896

seq1  AGTTGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCTATTGGTCTTGCAAACTTTATAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCTATTGGTCTTGCAAACTTTATAT  946

seq1  GCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAAAGTGGGAGTGGGTGGGAGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAAAGTGGGAGTGGGTGGGAGG  996

seq1  GTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAGGAAAATACC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAGGAAAATACC  1046

seq1  TAATAAAAAATATTTAAAAAGAGAAAAAAAGAACTAGGACACAAAATAAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAAAATATTTAAAAAGAGAAAAAAAGAACTAGGACACAAAATAAA  1096

seq1  GAGCATAGAAAACATATTAATTCTACCAGGCTTAATTGGACAAATGGTGC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATAGAAAACATATTAATTCTACCAGGCTTAATTGGACAAATGGTGC  1146

seq1  CAATGAATTC  1154
      ||||||||||
seq2  CAATGAATTC  1156


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |