BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-211A11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 24,374,412 - 24,542,761
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG635702
Upstream geneLOC100039548, EG665189
Downstream geneLOC100039592, Nlgn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-211A11.bB6Ng01-211A11.g
ACCGA029213GA029214
length1,1271,128
definitionB6Ng01-211A11.b B6Ng01-211A11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,374,412 - 24,375,538)(24,541,647 - 24,542,761)
sequence
gaattctgttttgagcctacttgactgtggtcatatttcttttcccattg
ttttggtctgagatgttatagatgcctcatatacatgtgaaagggcttgg
ggcattgcccttatgtgactgatagccacaaatctctatgctgatatgtg
acagatgcctggtgccaggaacaggcaatttcctaccttaccttgtccct
tcagagtttctggggcttcaagcatttagcttgaccttaccagggttcct
ctcacagtccacagccctccagtagatattttgtattacttatttaagat
agctagatagtaatacatgcctgtactcctaatattttggaggtaaaggt
gagtaggtaagacgttatgattatcttgcctttatagggagtttgatgct
actctggatataatgagaccctgtgttaacaacaacaaaaaaaatcaaga
aaacacacacacaaacacacacgcaagtattaaatccacaaaaagtctct
gctattttgagttaatatgcaagaaatattatagatttaattctttcttg
caaaatataaaatagtttggcttactgaaggaaggagagattgttgcaag
agagatacatgagttttgtagctttatggatattttaaaatgggagcaca
aagagttgtgaatgcctgaagtcacaaccttgaggaagagtgaaggggag
cctagactatacagaatctgcctgtgcgtgtcaataaaaaaaatcaaaca
ataatcatagattatttaccttaattcttctatttatattgctttagtac
taaagtgcagagacattgaactaaaagaagtagaaagatttttgagtgat
cttaactattaatttagaccagccactgaagcctgttttcagaatgattc
catactacgtattaaatacaagtttgttttgaagaaaattagagggggtt
gctaccttgaaacttggcttcacagtgatccattatcctgattgactatg
cattttgaggttatatttatccatatctttctttgctttagaagattgtt
ctaaaagagtcaaggatagacagcttatgtttgagcctacttggctttgt
ttattacctgtcaatgggggttcagta

gaattcctaacagatggtggatacaagtctgatcttgtttggaaatagtc
attataggtacaggtacaggtaaaatgagttaaaatagattagacactct
agtatttgtaataaagtcatttgaaatatggagatccagagagattccat
gtggtagaattagatgatatactggtacatctacacattaatttaggctg
tggactgttgtcagacagagtagagaatactcaggaagaatcaactttat
cagtattttgctaccagatgtcttgtcttcaggactgcaaacttagaact
gattttttaatgcctccatttaatggttattagttaggatagctccaggg
aacaaatattatgagctgctaataaacaaaagggaatccttattaggcca
gattaaagaaaagcctggccttgaaaagtgtataaggcataagaaatgaa
ggtctctttcattccacgatgatacctttataaaaccagtaggcaaccct
attgtgacttcaacaaggaaggtcggaggaaggctgaaggcagaggtgaa
ccgggtgtcaaaatgtctctgattctcaacatccttctctcatcagtacg
cctatctaaactcatccaacgtccctatttgagttccaaaactcacatct
acacttgcgacttggaaggaaggaaattgtacccacatgctctaccatta
agcaaacttttcagaacctcatgttacagtttacattcttatcatccaga
ccagcatgagacccaggtttgactgggtatggtttgagattgaggctcat
ttacagtcaatctgtattttacctgctctgaatttgtattcctgataaat
aacaagagagatagtgataggaagtggtttcagaccaacaaaatttatag
gggaaataaatccatgtgggaaaaataatcctttgtataatacaaacttt
ttttatttgttatttgtttacatttcaaatgttattgggccttcctccaa
caaatcccctatcgcatcccggccttcctactgttttctatgaggtgctt
cgccccacactatacacccaggtactgcttccactgcccttagatacctg
aacttggtacatccagtcttccacagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_24374412_24375538
seq2: B6Ng01-211A11.b_49_1175

seq1  GAATTCTGTTTTGAGCCTACTTGACTGTGGTCATATTTCTTTTCCCATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTTTGAGCCTACTTGACTGTGGTCATATTTCTTTTCCCATTG  50

seq1  TTTTGGTCTGAGATGTTATAGATGCCTCATATACATGTGAAAGGGCTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTCTGAGATGTTATAGATGCCTCATATACATGTGAAAGGGCTTGG  100

seq1  GGCATTGCCCTTATGTGACTGATAGCCACAAATCTCTATGCTGATATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGCCCTTATGTGACTGATAGCCACAAATCTCTATGCTGATATGTG  150

seq1  ACAGATGCCTGGTGCCAGGAACAGGCAATTTCCTACCTTACCTTGTCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGCCTGGTGCCAGGAACAGGCAATTTCCTACCTTACCTTGTCCCT  200

seq1  TCAGAGTTTCTGGGGCTTCAAGCATTTAGCTTGACCTTACCAGGGTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTTTCTGGGGCTTCAAGCATTTAGCTTGACCTTACCAGGGTTCCT  250

seq1  CTCACAGTCCACAGCCCTCCAGTAGATATTTTGTATTACTTATTTAAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTCCACAGCCCTCCAGTAGATATTTTGTATTACTTATTTAAGAT  300

seq1  AGCTAGATAGTAATACATGCCTGTACTCCTAATATTTTGGAGGTAAAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGATAGTAATACATGCCTGTACTCCTAATATTTTGGAGGTAAAGGT  350

seq1  GAGTAGGTAAGACGTTATGATTATCTTGCCTTTATAGGGAGTTTGATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGGTAAGACGTTATGATTATCTTGCCTTTATAGGGAGTTTGATGCT  400

seq1  ACTCTGGATATAATGAGACCCTGTGTTAACAACAACAAAAAAAATCAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGATATAATGAGACCCTGTGTTAACAACAACAAAAAAAATCAAGA  450

seq1  AAACACACACACAAACACACACGCAAGTATTAAATCCACAAAAAGTCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACACACACAAACACACACGCAAGTATTAAATCCACAAAAAGTCTCT  500

seq1  GCTATTTTGAGTTAATATGCAAGAAATATTATAGATTTAATTCTTTCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTGAGTTAATATGCAAGAAATATTATAGATTTAATTCTTTCTTG  550

seq1  CAAAATATAAAATAGTTTGGCTTACTGAAGGAAGGAGAGATTGTTGCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATAAAATAGTTTGGCTTACTGAAGGAAGGAGAGATTGTTGCAAG  600

seq1  AGAGATACATGAGTTTTGTAGCTTTATGGATATTTTAAAATGGGAGCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATACATGAGTTTTGTAGCTTTATGGATATTTTAAAATGGGAGCACA  650

seq1  AAGAGTTGTGAATGCCTGAAGTCACAACCTTGAGGAAGAGTGAAGGGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTGTGAATGCCTGAAGTCACAACCTTGAGGAAGAGTGAAGGGGAG  700

seq1  CCTAGACTATACAGAATCTGCCTGTGCGTGTCAATAAAAAAAATCAAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGACTATACAGAATCTGCCTGTGCGTGTCAATAAAAAAAATCAAACA  750

seq1  ATAATCATAGATTATTTACCTTAATTCTTCTATTTATATTGCTTTAGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCATAGATTATTTACCTTAATTCTTCTATTTATATTGCTTTAGTAC  800

seq1  TAAAGTGCAGAGACATTGAACTAAAAGAAGTAGAAAGATTTTTGAGTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGCAGAGACATTGAACTAAAAGAAGTAGAAAGATTTTTGAGTGAT  850

seq1  CTTAACTATTAATTTAGACCAGCCACTGAAGCCTGTTTTCAGAATGATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTATTAATTTAGACCAGCCACTGAAGCCTGTTTTCAGAATGATTC  900

seq1  CATACTACGTATTAAATACAAAGTTTGTTTTGAAGAAAATTAGAGGGGGT  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTACGTATTAAATAC-AAGTTTGTTTTGAAGAAAATTAGAGGGGGT  949

seq1  TGCTACCTTGAAACTTGGGCTTCACAGTGATCCATTATCCTGATTGACTA  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCTTGAAACTT-GGCTTCACAGTGATCCATTATCCTGATTGACTA  998

seq1  TGCATTTTGAAGTTATA-TTATCCATATCTTTCTTTGCTTTAG-AGATTG  1048
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCATTTTGAGGTTATATTTATCCATATCTTTCTTTGCTTTAGAAGATTG  1048

seq1  TTCTAAAAGAGTCAGGAATTAGGACAGC-TATGTTTGAGCCCTACTTGTC  1097
      |||||||||||||| | ||   |||||| |||||||||| |||||||| |
seq2  TTCTAAAAGAGTCAAGGAT--AGACAGCTTATGTTTGAG-CCTACTTGGC  1095

seq1  -TTGTTTATTAACTGTCAGTGGGGG-TCAGTA  1127
       |||||||||| |||||| |||||| ||||||
seq2  TTTGTTTATTACCTGTCAATGGGGGTTCAGTA  1127


seq1: chr3_24541647_24542761
seq2: B6Ng01-211A11.g_65_1192 (reverse)

seq1  TCCTGTGG-AGACTGGATGT-CCCAGTTCAGGTAATTCT-AGGGCAGT-G  46
      |||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||| |||||||| |
seq2  TCCTGTGGAAGACTGGATGTACCAAGTTCAGGTA--TCTAAGGGCAGTGG  48

seq1  AAGCAGTA-CTGGGTGTATAGTGT-GGGCG-AGCACCCTCATAG-AAACA  92
      |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||
seq2  AAGCAGTACCTGGGTGTATAGTGTGGGGCGAAGCA-CCTCATAGAAAACA  97

seq1  GTAGGA--GGCGGGATGCGATAGGGGATTTG-TGGAGGAAGG-CCAATAA  138
      ||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  GTAGGAAGGCCGGGATGCGATAGGGGATTTGTTGGAGGAAGGCCCAATAA  147

seq1  CATTTGAAATGTAAACAAATAACAAAT-AAAAAAGTTTGTATTATACAAA  187
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAAATGTAAACAAATAACAAATAAAAAAAGTTTGTATTATACAAA  197

seq1  -GATTATTTTT-CCACATGGATTTATTT-CCCTATAAATTTGTTTGGTCT  234
       |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||
seq2  GGATTATTTTTCCCACATGGATTTATTTCCCCTATAAATTTTGTTGGTCT  247

seq1  GAAACCACTTCCTATCACTATCTCTCTTGTTATTTATCAGGAATACAAAT  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCACTTCCTATCACTATCTCTCTTGTTATTTATCAGGAATACAAAT  297

seq1  TCAGAGCAGGTAAAATACAGATTGACTGTAAATGAGCCTCAATCTCAAAC  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCAGGTAAAATACAGATTGACTGTAAATGAGCCTCAATCTCAAAC  347

seq1  CATACCCAGTCAAACCTGGGTCTCATGCTGGTCTGGATGATAAGAATGTA  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCCAGTCAAACCTGGGTCTCATGCTGGTCTGGATGATAAGAATGTA  397

seq1  AACTGTAACATGAGGTTCTGAAAAGTTTGCTTAATGGTAGAGCATGTGGG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTAACATGAGGTTCTGAAAAGTTTGCTTAATGGTAGAGCATGTGGG  447

seq1  TACAATTTCCTTCCTTCCAAGTCGCAAGTGTAGATGTGAGTTTTGGAACT  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTTCCTTCCTTCCAAGTCGCAAGTGTAGATGTGAGTTTTGGAACT  497

seq1  CAAATAGGGACGTTGGATGAGTTTAGATAGGCGTACTGATGAGAGAAGGA  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGGGACGTTGGATGAGTTTAGATAGGCGTACTGATGAGAGAAGGA  547

seq1  TGTTGAGAATCAGAGACATTTTGACACCCGGTTCACCTCTGCCTTCAGCC  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGAATCAGAGACATTTTGACACCCGGTTCACCTCTGCCTTCAGCC  597

seq1  TTCCTCCGACCTTCCTTGTTGAAGTCACAATAGGGTTGCCTACTGGTTTT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCGACCTTCCTTGTTGAAGTCACAATAGGGTTGCCTACTGGTTTT  647

seq1  ATAAAGGTATCATCGTGGAATGAAAGAGACCTTCATTTCTTATGCCTTAT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGTATCATCGTGGAATGAAAGAGACCTTCATTTCTTATGCCTTAT  697

seq1  ACACTTTTCAAGGCCAGGCTTTTCTTTAATCTGGCCTAATAAGGATTCCC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTTCAAGGCCAGGCTTTTCTTTAATCTGGCCTAATAAGGATTCCC  747

seq1  TTTTGTTTATTAGCAGCTCATAATATTTGTTCCCTGGAGCTATCCTAACT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTATTAGCAGCTCATAATATTTGTTCCCTGGAGCTATCCTAACT  797

seq1  AATAACCATTAAATGGAGGCATTAAAAAATCAGTTCTAAGTTTGCAGTCC  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACCATTAAATGGAGGCATTAAAAAATCAGTTCTAAGTTTGCAGTCC  847

seq1  TGAAGACAAGACATCTGGTAGCAAAATACTGATAAAGTTGATTCTTCCTG  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACAAGACATCTGGTAGCAAAATACTGATAAAGTTGATTCTTCCTG  897

seq1  AGTATTCTCTACTCTGTCTGACAACAGTCCACAGCCTAAATTAATGTGTA  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTCTCTACTCTGTCTGACAACAGTCCACAGCCTAAATTAATGTGTA  947

seq1  GATGTACCAGTATATCATCTAATTCTACCACATGGAATCTCTCTGGATCT  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTACCAGTATATCATCTAATTCTACCACATGGAATCTCTCTGGATCT  997

seq1  CCATATTTCAAATGACTTTATTACAAATACTAGAGTGTCTAATCTATTTT  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTTCAAATGACTTTATTACAAATACTAGAGTGTCTAATCTATTTT  1047

seq1  AACTCATTTTACCTGTACCTGTACCTATAATGACTATTTCCAAACAAGAT  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATTTTACCTGTACCTGTACCTATAATGACTATTTCCAAACAAGAT  1097

seq1  CAGACTTGTATCCACCATCTGTTAGGAATTC  1115
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTGTATCCACCATCTGTTAGGAATTC  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |