BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-211C24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 122,559,497 - 122,683,790
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53
Upstream geneArhgap29, Abca4, EG668788, LOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117, LOC100043726, Bcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1, Pde5a
Downstream geneMyoz2, Synpo2, Sec24d, G430022H21Rik, Prss12, EG668804, Ndst3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-211C24.bB6Ng01-211C24.g
ACCGA029329GA029330
length9971,080
definitionB6Ng01-211C24.b B6Ng01-211C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,682,795 - 122,683,790)(122,559,497 - 122,560,564)
sequence
gaattcttcctcctctaagcttcacttctggctattctgaaccatgacca
gcacccctacattgagtgtccaaaggtgaaagggtggtggacggtttcct
tctcttactctcccttctgtaagattctgcttctcctccctttctcctat
caatctccatccacaccacactgatggagtcgcttctgacttgacagagg
gtggtggctttcttcatcctgaactacatccggagagctgcactgtgttg
ctgtagaccacagacattataactaagggaatgtgaagataggtaagcca
tcaccttaagattaagatgatgactgagcagacaggagatgctaaggcag
actggtagcatttcagagactaaagacatgagcattagcaagatgcccct
tctatgacttcctctggctagtcccaggctagctgtgagttcaactgaac
atgtttgtagatgacaacatcatctttcaatgtcaaaaggatgaactctt
ataggtagtctttgttaggaacacttgttatttagaatttcagctttccc
tctcagattcatccaattaatatagaagatgcttgggacttgctttacat
ttgcagagaatcgagaggcggagatagtaaacaagacatccaataggtca
attacatagtggtttagaaggtaaaaagtgccagggggagttgggacggt
aaggtggaggatggcttgcaactttacttttaggctacatttagaaggtg
aggctttggagagaacagaaggcaaagacaggaggatcaggggaaacatt
aggattccaggcacaggggtaccactgctaaggctctcaagagtaggaat
ttgcttgatacatgtttgagaatgataaggagtcagtatgctggaatggg
aaaaggcaaagatcaggtggctagaggtgagattagagggtaggtatagt
tagagggttgctgtaatggtgattgtttgtggaccctcaaaatacct
gaattcaaaggaacagtctgtgaacgtcttcctgcccaaacaaaacagca
ttcagtattagaagtagaaagtgagtcaaaaaacaaaacaaaacaaaaca
acaaacaaaaacaaacaaacaaaaaaaccaaataactgcattaggggagg
agcatctgttccagatgtgcagatctgttccagatgtgcagaaaggtttg
ggtttgggcagaattagaaggatttgatttattcattcccaccctttccc
cacatcctcccaaagagggtaatgtattttgtctgggtttctagcattaa
tttgcattaaaatggtttctctcttgcttttctctctgtttaaaattcaa
catggtcattttaatcctgtgtatgtatattgtattgtggctttgttctt
cctcagatatgaaaaggcaaagcaggctatactggcagtgttttgtattg
gtcaaggctagaccagggaattgtcacccaatactaaatgtattcttgtt
gtaatacttgtatttttttttcagaattttatcttatttttatttcatgt
catagagatgaaacctggaaggttgctctaacgcactggtgtgtaaatgg
tacagactgtcactaatagtaatcacaccagcctcacactcgcctatgca
gagtgtaggcgcactgcttagaggacattctacaagcctggcactgtgac
cgagcagctatgctgaaatgcagtcatatacatgtgttgcttctccacac
tcctctgacctaagtcactgagaatattcttaaagagttcattatatgtg
gagggtttgtctaacatagtgacaggcaagaagccgtatgtacattgaaa
atcattcggtttgctttaggtcgtggtttgtcttactctacatattaaca
taggaaaaagcactgtgatattttattgctgggtattttattccaaataa
ttttttatttttataaggaacccatttccatacatggaatgccttatctt
gtggctacagaaccacaaatcatagttttggtcctgaaatgtgataattg
ccctttctagtgtcccactcaagttggaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_122682795_122683790
seq2: B6Ng01-211C24.b_46_1042 (reverse)

seq1  AGGTATTTTAAGGGTTCACAAACATTCA-CACTACAGCAACCCTCTAACT  49
      ||||||||| ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTTTGAGGGTCCACAAACAATCACCATTACAGCAACCCTCTAACT  50

seq1  ATACCTACCCTCTAATCTCACCTCTAGCCACCTGATCTTTGCCTTTTCCC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTACCCTCTAATCTCACCTCTAGCCACCTGATCTTTGCCTTTTCCC  100

seq1  ATTCCAGCATACTGACTCCTTATCATTCTCAAACATGTATCAAGCAAATT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGCATACTGACTCCTTATCATTCTCAAACATGTATCAAGCAAATT  150

seq1  CCTACTCTTGAGAGCCTTAGCAGTGGTACCCCTGTGCCTGGAATCCTAAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCTTGAGAGCCTTAGCAGTGGTACCCCTGTGCCTGGAATCCTAAT  200

seq1  GTTTCCCCTGATCCTCCTGTCTTTGCCTTCTGTTCTCTCCAAAGCCTCAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCCTGATCCTCCTGTCTTTGCCTTCTGTTCTCTCCAAAGCCTCAC  250

seq1  CTTCTAAATGTAGCCTAAAAGTAAAGTTGCAAGCCATCCTCCACCTTACC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAAATGTAGCCTAAAAGTAAAGTTGCAAGCCATCCTCCACCTTACC  300

seq1  GTCCCAACTCCCCCTGGCACTTTTTACCTTCTAAACCACTATGTAATTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAACTCCCCCTGGCACTTTTTACCTTCTAAACCACTATGTAATTGA  350

seq1  CCTATTGGATGTCTTGTTTACTATCTCCGCCTCTCGATTCTCTGCAAATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGGATGTCTTGTTTACTATCTCCGCCTCTCGATTCTCTGCAAATG  400

seq1  TAAAGCAAGTCCCAAGCATCTTCTATATTAATTGGATGAATCTGAGAGGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCAAGTCCCAAGCATCTTCTATATTAATTGGATGAATCTGAGAGGG  450

seq1  AAAGCTGAAATTCTAAATAACAAGTGTTCCTAACAAAGACTACCTATAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAAATTCTAAATAACAAGTGTTCCTAACAAAGACTACCTATAAG  500

seq1  AGTTCATCCTTTTGACATTGAAAGATGATGTTGTCATCTACAAACATGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATCCTTTTGACATTGAAAGATGATGTTGTCATCTACAAACATGTT  550

seq1  CAGTTGAACTCACAGCTAGCCTGGGACTAGCCAGAGGAAGTCATAGAAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGAACTCACAGCTAGCCTGGGACTAGCCAGAGGAAGTCATAGAAGG  600

seq1  GGCATCTTGCTAATGCTCATGTCTTTAGTCTCTGAAATGCTACCAGTCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCTTGCTAATGCTCATGTCTTTAGTCTCTGAAATGCTACCAGTCTG  650

seq1  CCTTAGCATCTCCTGTCTGCTCAGTCATCATCTTAATCTTAAGGTGATGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCATCTCCTGTCTGCTCAGTCATCATCTTAATCTTAAGGTGATGG  700

seq1  CTTACCTATCTTCACATTCCCTTAGTTATAATGTCTGTGGTCTACAGCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTATCTTCACATTCCCTTAGTTATAATGTCTGTGGTCTACAGCAA  750

seq1  CACAGTGCAGCTCTCCGGATGTAGTTCAGGATGAAGAAAGCCACCACCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGCAGCTCTCCGGATGTAGTTCAGGATGAAGAAAGCCACCACCCT  800

seq1  CTGTCAAGTCAGAAGCGACTCCATCAGTGTGGTGTGGATGGAGATTGATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAAGTCAGAAGCGACTCCATCAGTGTGGTGTGGATGGAGATTGATA  850

seq1  GGAGAAAGGGAGGAGAAGCAGAATCTTACAGAAGGGAGAGTAAGAGAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAGGGAGGAGAAGCAGAATCTTACAGAAGGGAGAGTAAGAGAAGG  900

seq1  AAACCGTCCACCACCCTTTCACCTTTGGACACTCAATGTAGGGGTGCTGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCGTCCACCACCCTTTCACCTTTGGACACTCAATGTAGGGGTGCTGG  950

seq1  TCATGGTTCAGAATAGCCAGAAGTGAAGCTTAGAGGAGGAAGAATTC  996
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTTCAGAATAGCCAGAAGTGAAGCTTAGAGGAGGAAGAATTC  997

seq1: chr3_122559497_122560564
seq2: B6Ng01-211C24.g_68_1147

seq1  GAATTCAAAGGAACAGTCTGTGAACGTCTTCCTGCCCAAACAAAACAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGAACAGTCTGTGAACGTCTTCCTGCCCAAACAAAACAGCA  50

seq1  TTCAGTATTAGAAGTAGAAAGTGAGTCAAAAAACAAAACAAAACAAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTATTAGAAGTAGAAAGTGAGTCAAAAAACAAAACAAAACAAAACA  100

seq1  ACAAACAAAAACAAACAAACAAAAAAACCAAATAACTGCATTAGGGGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAAAACAAACAAACAAAAAAACCAAATAACTGCATTAGGGGAGG  150

seq1  AGCATCTGTTCCAGATGTGCAGATCTGTTCCAGATGTGCAGAAAGGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTGTTCCAGATGTGCAGATCTGTTCCAGATGTGCAGAAAGGTTTG  200

seq1  GGTTTGGGCAGAATTAGAAGGATTTGATTTATTCATTCCCACCCTTTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGGCAGAATTAGAAGGATTTGATTTATTCATTCCCACCCTTTCCC  250

seq1  CACATCCTCCCAAAGAGGGTAATGTATTTTGTCTGGGTTTCTAGCATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCTCCCAAAGAGGGTAATGTATTTTGTCTGGGTTTCTAGCATTAA  300

seq1  TTTGCATTAAAATGGTTTCTCTCTTGCTTTTCTCTCTGTTTAAAATTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTAAAATGGTTTCTCTCTTGCTTTTCTCTCTGTTTAAAATTCAA  350

seq1  CATGGTCATTTTAATCCTGTGTATGTATATTGTATTGTGGCTTTGTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCATTTTAATCCTGTGTATGTATATTGTATTGTGGCTTTGTTCTT  400

seq1  CCTCAGATATGAAAAGGCAAAGCAGGCTATACTGGCAGTGTTTTGTATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGATATGAAAAGGCAAAGCAGGCTATACTGGCAGTGTTTTGTATTG  450

seq1  GTCAAGGCTAGACCAGGGAATTGTCACCCAATACTAAATGTATTCTTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGCTAGACCAGGGAATTGTCACCCAATACTAAATGTATTCTTGTT  500

seq1  GTAATACTTGTATTTTTTTTTCAGAATTTTATCTTATTTTTATTTCATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATACTTGTATTTTTTTTTCAGAATTTTATCTTATTTTTATTTCATGT  550

seq1  CATAGAGATGAAACCTGGAAGGTTGCTCTAACGCACTGGTGTGTAAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAGATGAAACCTGGAAGGTTGCTCTAACGCACTGGTGTGTAAATGG  600

seq1  TACAGACTGTCACTAATAGTAATCACACCAGCCTCACACTCGCCTATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACTGTCACTAATAGTAATCACACCAGCCTCACACTCGCCTATGCA  650

seq1  GAGTGTAGGCGCACTGCTTAGAGGACATTCTACAAGCCTGGCACTGTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTAGGCGCACTGCTTAGAGGACATTCTACAAGCCTGGCACTGTGAC  700

seq1  CGAGCAGCTATGCTGAAATGCAGTCATATACATGTGTTGCTTCTCCACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCAGCTATGCTGAAATGCAGTCATATACATGTGTTGCTTCTCCACAC  750

seq1  TCCTCTGACCTAAGTCACTGAGAATATTCTTAAAGAGTTCATTATATGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGACCTAAGTCACTGAGAATATTCTTAAAGAGTTCATTATATGTG  800

seq1  GAGGGTTTGTCTAACATAGTGACAGGCAAGAAGCCGTATGTACATTGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTTGTCTAACATAGTGACAGGCAAGAAGCCGTATGTACATTGAAA  850

seq1  ATCATTCGGTTTGCTTTAGGTCGTGGTTTGTCTTACTCTACATATTAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCGGTTTGCTTTAGGTCGTGGTTTGTCTTACTCTACATATTAACA  900

seq1  TAGG-AAAAGCACTGTGATATTTTATTGCTGGGTATTTTATT-CAAATAA  948
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAGGAAAAAGCACTGTGATATTTTATTGCTGGGTATTTTATTCCAAATAA  950

seq1  TTTTT--ATTTTATAGGAAAACCA-TTCCATACATGGAATGC--TATC-T  992
      |||||   ||||||| | || ||| |||||||||||||||||  |||| |
seq2  TTTTTTATTTTTATAAGGAACCCATTTCCATACATGGAATGCCTTATCTT  1000

seq1  GTGG-TACAAGAACACAAATCATAGTTTTTGTTCTG-AATGTGAATATTG  1040
      |||| ||||  | |||||||||||||||| || ||| |||||||  ||||
seq2  GTGGCTACAGAACCACAAATCATAGTTTTGGTCCTGAAATGTGATAATTG  1050

seq1  -CCTTTCTAGTGT-CCACTCAAGTTGGAAT  1068
       |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTAGTGTCCCACTCAAGTTGGAAT  1080