BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-211K24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 22,030,242 - 22,118,021
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbl1xr1
Upstream geneLOC100040325, 7530428D23Rik, LOC100039465, LOC100040353, LOC545506
Downstream geneLOC675593, LOC100040378, LOC623751
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-211K24.bB6Ng01-211K24.g
ACCGA029682GA029683
length9841,084
definitionB6Ng01-211K24.b B6Ng01-211K24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,030,242 - 22,031,095)(22,116,956 - 22,118,021)
sequence
gaattctttgtacatgttatttttacttgtggttggtttagagtattcag
agactcaacagcctaagtatgatattggttttggagcagtaggaagcagt
catcgagatatttattaaaggaactgcacagtgggtagccctgttattgt
ctagccatatcttagccagcagcatagcacagataaacacagcacagcac
agcacagcaagtactcttgccagtaaagagcagtttcaaaaatccatcct
atggtaggtaattaagaagcaaaggcaaggtaccagtatctcttcctttg
taggacttcctattcccttttgctaaccgtttatcccacccatctgtcta
caaatgtactattagtcaaggttctctacagcagtggtcctcaaccttcc
taatactgtgatcatgtggcgacgcccaacctacttcataacagtagttt
tgctgctgctatgaatttgtaaatatctgatatgatggatataggatccc
tatgaaagtattgctagatctccaaggagttgagactcaacagcttgaga
ctcactgctttagaggaacggagcttatagattgggtatgtatgtatgta
tgtatgtatgcatgtgttagtcatttgtgtgtctgttaagcgaatttatt
agaatgacttacagactgtggtctagctagtccaacaatggctgtgtatc
aatgaatggtctaagaatccagtagtggatgtctcagctgggtttccaaa
gaagttccaaagaagtagggtctaatgccagtgaaggaatggacttgtca
gtgcaagcaagcaggcagagagaataagcttcctttcttccatgtcattt
atagaggctgacaggtaaaagtggggcccagattaaaggtagagcagccc
acctcaagatctagattaaggaagggtgttatcttcccacctcaaacatc
aagattagaagtaggccttctgtttcaaaggatt

gaattccaatactgagcccaacttggactttgtagtaagattccgtctca
aaagaaggacactccatggaactttgattttacacacgtacatgcaaagg
acacccacaacaaaaccatgtttaataaaatcttgattgtcttctcaatc
ttcaatgattatatgcctttttaataaaaggctgagtctttggaccatca
ttttgcactcttgctcttctgtatctgcttggagaaaatgaaaacagact
cctgtctacaaactcctaaatggttccctcttgaaatggaagttcaacaa
ctcatcttcatgcactttgaactgactccaagacacactgtgcaccacgg
gcagactgatgtatctgttctactcatgtgttttatgtgtatcaatctat
aataagtcaataaaggagtgtctatggagtagctggactctgatgtaaaa
aacaatgtggctagggaaagtcaaagttttaggatatagacttgagagat
ggctcagcatgtaaaaatcctttgctctacatgccagtatccacataaaa
agctgaatgcagtggctgcatctgtattcccagccatcctaggaggagac
tgaatgcagacaagagaattggaagctcaaggcccagataagtatgaagt
attatgcaaacactgtgacaggagcaatggggaccccatctgggatggct
acagtgggttgtcaacctgaccatatgtacaatgaactataatccaggaa
tgaagggcacacttgtgatttggatctcgaaacagtaagacacaccttta
atctgggccacacctgctgggggcctatataaggacaaaggaaggaaagg
ttcattctttgactgctttgcctttgtagcatatccattcctttcactgg
cattagaccctacttcttcaggattcctgcatacatataagaccagctga
gctacccagccctgtgggcctgagcaactacgagatcttgggcttttcta
ttcacagatggccttgtttgattagttggactatagccctgtaagtcatt
cgatctctcttcaattctctcaatctcttctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_22030242_22031095
seq2: B6Ng01-211K24.b_46_900

seq1  GAATTCTTTGTACATGTTATTTTTACTTGTGGTTGGTTTAGAGTATTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTACATGTTATTTTTACTTGTGGTTGGTTTAGAGTATTCAG  50

seq1  AGACTCAACAGCCTAAGTATGATATTGGTTTTGGAGCAGTAGGAAGCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAACAGCCTAAGTATGATATTGGTTTTGGAGCAGTAGGAAGCAGT  100

seq1  CATCGAGATATTTATTAAAGGAACTGCACAGTGGGTAGCCCTGTTATTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGAGATATTTATTAAAGGAACTGCACAGTGGGTAGCCCTGTTATTGT  150

seq1  CTAGCCATATCTTAGCCAGCAGCATAGCACAGATAAACACAGCACAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCATATCTTAGCCAGCAGCATAGCACAGATAAACACAGCACAGCAC  200

seq1  AGCACAGCAAGTACTCTTGCCAGTAAAGAGCAGTTTCAAAAATCCATCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGCAAGTACTCTTGCCAGTAAAGAGCAGTTTCAAAAATCCATCCT  250

seq1  ATGGTAGGTAATTAAGAAGCAAAGGCAAGGTACCAGTATCTCTTCCTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGGTAATTAAGAAGCAAAGGCAAGGTACCAGTATCTCTTCCTTTG  300

seq1  TAGGACTTCCTATTCCCTTTTGCTAACCGTTTATCCCACCCATCTGTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTTCCTATTCCCTTTTGCTAACCGTTTATCCCACCCATCTGTCTA  350

seq1  CAAATGTACTATTAGTCAAGGTTCTCTACAGCAGTGGTCCTCAACCTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTACTATTAGTCAAGGTTCTCTACAGCAGTGGTCCTCAACCTTCC  400

seq1  TAATACTGTGATCATGTGGCGACGCCCAACCTACTTCATAACAGTAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTGTGATCATGTGGCGACGCCCAACCTACTTCATAACAGTAGTTT  450

seq1  TGCTGCTGCTATGAATTTGTAAATATCTGATATGATGGATATAGGATCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGCTATGAATTTGTAAATATCTGATATGATGGATATAGGATCCC  500

seq1  TATGAAAGTATTGCTAGATCTCCAAGGAGTTGAGACTCAACAGCTTGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAGTATTGCTAGATCTCCAAGGAGTTGAGACTCAACAGCTTGAGA  550

seq1  CTCACTGCTTTAGAGGAACGGAGCTTATAGATTGGGTATGTATGTATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGCTTTAGAGGAACGGAGCTTATAGATTGGGTATGTATGTATGTA  600

seq1  TGTATGTATGCATGTGTTAGTCATTTGTGTGTCTGTTAAGCGAATTTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGCATGTGTTAGTCATTTGTGTGTCTGTTAAGCGAATTTATT  650

seq1  AGAATGACTTACAGACTGTGGTCTAGCTAGTCCAACAATGGCTGTGTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGACTTACAGACTGTGGTCTAGCTAGTCCAACAATGGCTGTGTATC  700

seq1  AATGAATGGTCTAAGAATCCAGTAGTGGATGTCTCAGCTGGGTTTCCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGGTCTAAGAATCCAGTAGTGGATGTCTCAGCTGGGTTTCCAAA  750

seq1  GAAGTTCCAAAGAAGTAGGGTCTAATGCCAGTGAAGGAATGGACTTGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCCAAAGAAGTAGGGTCTAATGCCAGTGAAGGAATGGACTTGTCA  800

seq1  GTGCAAGCAAGCAGGCAGAGAGAATAAGCTTCC-TTCTTCCATGTCATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGCAAGCAAGCAGGCAGAGAGAATAAGCTTCCTTTCTTCCATGTCATTT  850

seq1  ATAGA  854
      |||||
seq2  ATAGA  855


seq1: chr3_22116956_22118021
seq2: B6Ng01-211K24.g_68_1151 (reverse)

seq1  -------------GAGAGAATGAGAGAGAATTGGAATGACTTACA-GGCT  36
                   ||||||||   |||||  | |||||||||||| ||||
seq2  GAGAGAAGAGATTGAGAGAATTGAAGAGAGATCGAATGACTTACAGGGCT  50

seq1  ATAGTCCAACTAATCCAACAAGGCCATCTGTGAATAG-AAAGCCCAAGAT  85
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATAGTCCAACTAATCAAACAAGGCCATCTGTGAATAGAAAAGCCCAAGAT  100

seq1  CTCGTAGTTGCTCAGGCCCACAAGGCTGGGTAGCTCAGCTGGTCTTATAT  135
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTAGTTGCTCAGGCCCACAGGGCTGGGTAGCTCAGCTGGTCTTATAT  150

seq1  GTATGCAGGAATCCTGAAGAAGTAGGGTCTAATGCCAGTG-AAGGAATGG  184
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTATGCAGGAATCCTGAAGAAGTAGGGTCTAATGCCAGTGAAAGGAATGG  200

seq1  ATATGCTACAAAGGC-AAGCAGTCAAAGAATGAACC-TTCCTTCCTTTGT  232
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATATGCTACAAAGGCAAAGCAGTCAAAGAATGAACCTTTCCTTCCTTTGT  250

seq1  CCTTATATAGGCCCCCAGCAGGTGTGGCCCAGATTAAAGGTGTGTCTTAC  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATATAGGCCCCCAGCAGGTGTGGCCCAGATTAAAGGTGTGTCTTAC  300

seq1  TGTTTCGAGATCCAAATCACAAGTGTGCCCTTCATTCCTGGATTATAGTT  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCGAGATCCAAATCACAAGTGTGCCCTTCATTCCTGGATTATAGTT  350

seq1  CATTGTACATATGGTCAGGTTGACAACCCACTGTAGCCATCCCAGATGGG  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTACATATGGTCAGGTTGACAACCCACTGTAGCCATCCCAGATGGG  400

seq1  GTCCCCATTGCTCCTGTCACAGTGTTTGCATAATACTTCATACTTATCTG  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCATTGCTCCTGTCACAGTGTTTGCATAATACTTCATACTTATCTG  450

seq1  GGCCTTGAGCTTCCAATTCTCTTGTCTGCATTCAGTCTCCTCCTAGGATG  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGAGCTTCCAATTCTCTTGTCTGCATTCAGTCTCCTCCTAGGATG  500

seq1  GCTGGGAATACAGATGCAGCCACTGCATTCAGCTTTTTATGTGGATACTG  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGAATACAGATGCAGCCACTGCATTCAGCTTTTTATGTGGATACTG  550

seq1  GCATGTAGAGCAAAGGATTTTTACATGCTGAGCCATCTCTCAAGTCTATA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTAGAGCAAAGGATTTTTACATGCTGAGCCATCTCTCAAGTCTATA  600

seq1  TCCTAAAACTTTGACTTTCCCTAGCCACATTGTTTTTTACATCAGAGTCC  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAACTTTGACTTTCCCTAGCCACATTGTTTTTTACATCAGAGTCC  650

seq1  AGCTACTCCATAGACACTCCTTTATTGACTTATTATAGATTGATACACAT  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTCCATAGACACTCCTTTATTGACTTATTATAGATTGATACACAT  700

seq1  AAAACACATGAGTAGAACAGATACATCAGTCTGCCCGTGGTGCACAGTGT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACATGAGTAGAACAGATACATCAGTCTGCCCGTGGTGCACAGTGT  750

seq1  GTCTTGGAGTCAGTTCAAAGTGCATGAAGATGAGTTGTTGAACTTCCATT  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGAGTCAGTTCAAAGTGCATGAAGATGAGTTGTTGAACTTCCATT  800

seq1  TCAAGAGGGAACCATTTAGGAGTTTGTAGACAGGAGTCTGTTTTCATTTT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGGGAACCATTTAGGAGTTTGTAGACAGGAGTCTGTTTTCATTTT  850

seq1  CTCCAAGCAGATACAGAAGAGCAAGAGTGCAAAATGATGGTCCAAAGACT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGCAGATACAGAAGAGCAAGAGTGCAAAATGATGGTCCAAAGACT  900

seq1  CAGCCTTTTATTAAAAAGGCATATAATCATTGAAGATTGAGAAGACAATC  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTTTATTAAAAAGGCATATAATCATTGAAGATTGAGAAGACAATC  950

seq1  AAGATTTTATTAAACATGGTTTTGTTGTGGGTGTCCTTTGCATGTACGTG  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTTATTAAACATGGTTTTGTTGTGGGTGTCCTTTGCATGTACGTG  1000

seq1  TGTAAAATCAAAGTTCCATGGAGTGTCCTTCTTTTGAGACGGAATCTTAC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATCAAAGTTCCATGGAGTGTCCTTCTTTTGAGACGGAATCTTAC  1050

seq1  TACAAAGTCCAAGTTGGGCTCAGTATTGGAATTC  1066
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGTCCAAGTTGGGCTCAGTATTGGAATTC  1084


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |