BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213A10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 138,741,455 - 138,876,576
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG229879, B930007M17Rik
Upstream geneMttp, Rg9mtd2, 4930579F01Rik, Adh7, Adh1, Adh6a, LOC639769, Adh4, Adh5, Metap1, EG383925, EG668879, Eif4e, EG545570, LOC668881, LOC668882, Ppia-ps3_1437.1, Tspan5, LOC620771, Rap1gds1
Downstream geneLOC100039840, LOC229883
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213A10.bB6Ng01-213A10.g
ACCGA030670GA030671
length1,1231,196
definitionB6Ng01-213A10.b B6Ng01-213A10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,875,510 - 138,876,576)(138,741,455 - 138,742,662)
sequence
gaattccagaagtctgcccctgagatttccactgctggactttggctttg
ctttatgcatattgtgactgtgccctcgttctgccctcttggaataaaaa
atatttaactgagtctcactttacagcagaccacagttgagacactgaac
ttttaaagagagttgagggttttgcagagactttgcatttttaaagagaa
taatttttaaagtgtttgaatctgtaaagactgtgaaagttagcaagttt
ataaaacatcttatattgtgatattgatattaatgcattatcatgggaga
gaacatgaagggaaagcttgtggcttaacattgatgtgtttgtgtgcagt
atcttcagaatatacatatttctgatcatgaatagggtcattttattttg
gtcatagacctgcaatgttatgcaaaaacagaaaacaaatgcgacacagc
aacattgtgactttatagcacaaaaacactcaccccactgctgcctacgt
atcctacatatcgtgaccatttgtacaattttcagacaccaaaattcatt
caagagtcccattctgctattcttgtggacccactgaaacacatacaacc
acgttttataccacatagcagatacagaataatgtcttagtcagggtttt
actgctgtaaacagacaccgtgatgaaggcaactcttataaggacaacat
tggggttggcttacaggttcagagattcagtccagtataatcaagtgggg
aacatggcagcatccaggcaagcatggtacgagaggagctgagagttcta
catcttcatctgcaggcctctaagagaagactgacttctaggcagctagg
aagaggatcttaaagcccacacccacagtgacacacctactcctataagg
ccacacttcataatagtgccactccctgggacaaccatatacaaccatca
aaaatcatgaaaaacacacaggaagtcaacagcaagtgcatttacattct
attatttaaattatgaaaaataaaggatttaaagagaaagatatgggggg
aaggaaataaaatacaagggaatggccactttattatggagaacaagaaa
atatgcatttttgtctgaatttt
gaattctgggatagagccaagcatgggagattcacccaggaagatgggac
aagatggacacatggtacctgagcccagtcccctggcagaatgtagaata
aaataaatgggataatttaagttatgatctagctatatggccaatgcgtt
tgtaaatatattttgagtctgagttttatctctgggagcatgggactgag
aggaaataccaggcctaaacttctccagttattcaataactaaatagaac
aaccagtctatattattttattttaagaaaaagtttctctactggcttga
gtgtcggactgtgttcgctctttgtgttcctagatgtccctgctttcaaa
caaggtaaacgacaagaacaattgcttacaatactcgtcatgaacacaaa
caacgaccaggaagatgtttcttaagtcaagaggtcctctcagaagtcag
ttcgatccccccactgcaagataggcagtggcaagatttgagtaggccta
ttagaaagcgaagaggaggtttgtaatgtacaacttagaggtttacggat
tcctccatgaagtgtgtgtgtccatacctaacctgttcatttggataaca
agttcttttggaaattgacatggcttgagaaatggtttttatttgagagg
aagagcagtgaggaaaatatctgtgagaaagataaaacttcactaagtaa
tgccttttggaaggcgattaaaatcccttaaaggagacatactgggaggg
acctgcacagaggatagacgggaagagagaggatgtctttcttccaatcg
tagggagccaattgcctcttccccacgatgcttgggatattgtttgaagg
gatctcactggaggaatcaactgaacttaaccacaataaaaatgaatgat
ctcacagggatgcgttctacctcaaccattttcttgtttcaagtccccat
tagggaaattaggctcctccggattgaactactggactgtttgaacctta
tttaggccctgttcattgttccctattactgttacttgagcatacattct
aggtcttggtggaagcttaagttctttcatattctgtcaactcaaactaa
tgtgttatgattcaaacaaaaatatggacctgcattgggaactgaggtga
gaagacttagaagtcttacctgcctgagttgagcgctcccctatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_138875510_138876576
seq2: B6Ng01-213A10.b_101_1173 (reverse)

seq1  AAAAATCAGACAAAAATGCATA-TTTCTTG-TCTCAATAATAAAGT-GCC  47
      |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| |||
seq2  AAAATTCAGACAAAAATGCATATTTTCTTGTTCTCCATAATAAAGTGGCC  50

seq1  ATTTCC-TGTATTTTATTTCCTT-CCCCCATATCTTTCTCTTTTAAATCT  95
      ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||
seq2  ATTCCCTTGTATTTTATTTCCTTCCCCCCATATCTTTCTCTTTAAATCCT  100

seq1  TTA-TTTTCATAATTTAAATAATAGAATGTAAATGCACTTGCTGTTGACT  144
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTCATAATTTAAATAATAGAATGTAAATGCACTTGCTGTTGACT  150

seq1  TCCTGTGTGTTTTTCATGATTTTTGATGGTTGTATATGGTTGTCCCAGGG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTGTTTTTCATGATTTTTGATGGTTGTATATGGTTGTCCCAGGG  200

seq1  AGTGGCACTATTATGAAGTGTGGCCTTATAGGAGTAGGTGTGTCACTGTG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCACTATTATGAAGTGTGGCCTTATAGGAGTAGGTGTGTCACTGTG  250

seq1  GGTGTGGGCTTTAAGATCCTCTTCCTAGCTGCCTAGAAGTCAGTCTTCTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGGGCTTTAAGATCCTCTTCCTAGCTGCCTAGAAGTCAGTCTTCTC  300

seq1  TTAGAGGCCTGCAGATGAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCTCGTACCAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGCCTGCAGATGAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCTCGTACCAT  350

seq1  GCTTGCCTGGATGCTGCCATGTTCCCCACTTGATTATACTGGACTGAATC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCTGGATGCTGCCATGTTCCCCACTTGATTATACTGGACTGAATC  400

seq1  TCTGAACCTGTAAGCCAACCCCAATGTTGTCCTTATAAGAGTTGCCTTCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACCTGTAAGCCAACCCCAATGTTGTCCTTATAAGAGTTGCCTTCA  450

seq1  TCACGGTGTCTGTTTACAGCAGTAAAACCCTGACTAAGACATTATTCTGT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGTGTCTGTTTACAGCAGTAAAACCCTGACTAAGACATTATTCTGT  500

seq1  ATCTGCTATGTGGTATAAAACGTGGTTGTATGTGTTTCAGTGGGTCCACA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTATGTGGTATAAAACGTGGTTGTATGTGTTTCAGTGGGTCCACA  550

seq1  AGAATAGCAGAATGGGACTCTTGAATGAATTTTGGTGTCTGAAAATTGTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGCAGAATGGGACTCTTGAATGAATTTTGGTGTCTGAAAATTGTA  600

seq1  CAAATGGTCACGATATGTAGGATACGTAGGCAGCAGTGGGGTGAGTGTTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGTCACGATATGTAGGATACGTAGGCAGCAGTGGGGTGAGTGTTT  650

seq1  TTGTGCTATAAAGTCACAATGTTGCTGTGTCGCATTTGTTTTCTGTTTTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTATAAAGTCACAATGTTGCTGTGTCGCATTTGTTTTCTGTTTTT  700

seq1  GCATAACATTGCAGGTCTATGACCAAAATAAAATGACCCTATTCATGATC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAACATTGCAGGTCTATGACCAAAATAAAATGACCCTATTCATGATC  750

seq1  AGAAATATGTATATTCTGAAGATACTGCACACAAACACATCAATGTTAAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATGTATATTCTGAAGATACTGCACACAAACACATCAATGTTAAG  800

seq1  CCACAAGCTTTCCCTTCATGTTCTCTCCCATGATAATGCATTAATATCAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGCTTTCCCTTCATGTTCTCTCCCATGATAATGCATTAATATCAA  850

seq1  TATCACAATATAAGATGTTTTATAAACTTGCTAACTTTCACAGTCTTTAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAATATAAGATGTTTTATAAACTTGCTAACTTTCACAGTCTTTAC  900

seq1  AGATTCAAACACTTTAAAAATTATTCTCTTTAAAAATGCAAAGTCTCTGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCAAACACTTTAAAAATTATTCTCTTTAAAAATGCAAAGTCTCTGC  950

seq1  AAAACCCTCAACTCTCTTTAAAAGTTCAGTGTCTCAACTGTGGTCTGCTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCTCAACTCTCTTTAAAAGTTCAGTGTCTCAACTGTGGTCTGCTG  1000

seq1  TAAAGTGAGACTCAGTTAAATATTTTTTATTCCAAGAGGGCAGAACGAGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGAGACTCAGTTAAATATTTTTTATTCCAAGAGGGCAGAACGAGG  1050

seq1  GCACAGTCACAATATGCATAAAG  1067
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTCACAATATGCATAAAG  1073

seq1: chr3_138741455_138742662
seq2: B6Ng01-213A10.g_66_1261

seq1  GAATTCTGGGATAGAGCCAAGCATGGGAGATTCACCCAGGAAGATGGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGATAGAGCCAAGCATGGGAGATTCACCCAGGAAGATGGGAC  50

seq1  AAGATGGACACATGGTACCTGAGCCCAGTCCCCTGGCAGAATGTAGAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGACACATGGTACCTGAGCCCAGTCCCCTGGCAGAATGTAGAATA  100

seq1  AAATAAATGGGATAATTTAAGTTATGATCTAGCTATATGGCCAATGCGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATGGGATAATTTAAGTTATGATCTAGCTATATGGCCAATGCGTT  150

seq1  TGTAAATATATTTTGAGTCTGAGTTTTATCTCTGGGAGCATGGGACTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATATATTTTGAGTCTGAGTTTTATCTCTGGGAGCATGGGACTGAG  200

seq1  AGGAAATACCAGGCCTAAACTTCTCCAGTTATTCAATAACTAAATAGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATACCAGGCCTAAACTTCTCCAGTTATTCAATAACTAAATAGAAC  250

seq1  AACCAGTCTATATTATTTTATTTTAAGAAAAAGTTTCTCTACTGGCTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGTCTATATTATTTTATTTTAAGAAAAAGTTTCTCTACTGGCTTGA  300

seq1  GTGTCGGACTGTGTTCGCTCTTTGTGTTCCTAGATGTCCCTGCTTTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCGGACTGTGTTCGCTCTTTGTGTTCCTAGATGTCCCTGCTTTCAAA  350

seq1  CAAGGTAAACGACAAGAACAATTGCTTACAATACTCGTCATGAACACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTAAACGACAAGAACAATTGCTTACAATACTCGTCATGAACACAAA  400

seq1  CAACGACCAGGAAGATGTTTCTTAAGTCAAGAGGTCCTCTCAGAAGTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGACCAGGAAGATGTTTCTTAAGTCAAGAGGTCCTCTCAGAAGTCAG  450

seq1  TTCGATCCCCCCACTGCAAGATAGGCAGTGGCAAGATTTGAGTAGGCCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGATCCCCCCACTGCAAGATAGGCAGTGGCAAGATTTGAGTAGGCCTA  500

seq1  TTAGAAAGCGAAGAGGAGGTTTGTAATGTACAACTTAGAGGTTTACGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAAGCGAAGAGGAGGTTTGTAATGTACAACTTAGAGGTTTACGGAT  550

seq1  TCCTCCATGAAGTGTGTGTGTCCATACCTAACCTGTTCATTTGGATAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCATGAAGTGTGTGTGTCCATACCTAACCTGTTCATTTGGATAACA  600

seq1  AGTTCTTTTGGAAATTGACATGGCTTGAGAAATGGTTTTTATTTGAGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTTGGAAATTGACATGGCTTGAGAAATGGTTTTTATTTGAGAGG  650

seq1  AAGAGCAGTGAGGAAAATATCTGTGAGAAAGATAAAACTTCACTAAGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAGTGAGGAAAATATCTGTGAGAAAGATAAAACTTCACTAAGTAA  700

seq1  TGCCTTTTGGAAGGCGATTAAAATCCCTTAAAGGAGACATACTGGGAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTGGAAGGCGATTAAAATCCCTTAAAGGAGACATACTGGGAGGG  750

seq1  ACCTGCACAGAGGATAGACGGGAAGAGAGAGGATGTCTTTCTTCCAATCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCACAGAGGATAGACGGGAAGAGAGAGGATGTCTTTCTTCCAATCG  800

seq1  TAGGGAGCCAATTGCCTCTTCCCCACGATGCTTGGGATATTGTTTGAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGCCAATTGCCTCTTCCCCACGATGCTTGGGATATTGTTTGAAGG  850

seq1  GATCTCACTGGAGGAATCAACTGAACTTAACCACAATAAAAATGAATGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCACTGGAGGAATCAACTGAACTTAACCACAATAAAAATGAATGAT  900

seq1  CTCACAGGGATGCGTTCTACCTCAACCATTT--CTGTTTCAAAGTCCCCA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||
seq2  CTCACAGGGATGCGTTCTACCTCAACCATTTTCTTGTTTC-AAGTCCCCA  949

seq1  TTAGGGAAATTAGGCTCCTCCGGATTGAACTACTGGACTGTTTGAACCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGAAATTAGGCTCCTCCGGATTGAACTACTGGACTGTTTGAACCTT  999

seq1  ATTTTAGGCCCTGTTCATTGTTCCCTA-TACTGTTTACTTGAGCATTAAC  1047
      | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||
seq2  A-TTTAGGCCCTGTTCATTGTTCCCTATTACTG-TTACTTGAGCAT--AC  1045

seq1  AATTTTCTAAGTCCT-GTGGAAGCTAAAGTTTCCTTTCATATTCTGTCAA  1096
      |   ||||| ||| | ||||||||| |||||  |||||||||||||||||
seq2  A---TTCTAGGTCTTGGTGGAAGCTTAAGTT--CTTTCATATTCTGTCAA  1090

seq1  CTCAAACTAATGTGTATAGATTTCAAAAAAAAAAAATTATGGACCTGCAT  1146
      ||||||||||||||| ||   |||||| |||||    |||||||||||||
seq2  CTCAAACTAATGTGT-TATGATTCAAACAAAAA----TATGGACCTGCAT  1135

seq1  TGTGAGACCTGAGGTGAGAAAGACTTAAGAAGTC-TACCTGGCTGAG-TG  1194
        || || |||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||| ||
seq2  --TGGGAACTGAGGTGAG-AAGACTT-AGAAGTCTTACCTGCCTGAGTTG  1181

seq1  AGCG-TCCCCTATGA  1208
      |||| ||||||||||
seq2  AGCGCTCCCCTATGA  1196