BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214C09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 63,234,743 - 63,350,072
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4631416L12Rik, Dhx36, Gpr149, LOC676984, LOC666967, Mme
Downstream genePlch1, LOC100040836, E130311K13Rik, Slc33a1, Gmps, LOC670032, EG56544, 4930518C23Rik, LOC380739, EG637004, EG667031, EG637053, LOC672951, EG639869, EG667060, EG667069
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214C09.bB6Ng01-214C09.g
ACCGA031476GA031477
length1,1431,128
definitionB6Ng01-214C09.b B6Ng01-214C09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,348,929 - 63,350,072)(63,234,743 - 63,235,863)
sequence
gaattctttgggataatgcatgtttccatcataaaactcctcctaatatt
ccctgacctctaagcaggtgtctttacagaagtctcatatcttagttgtg
atatagattgtcagctttttagaatataaagattattctggatgatgcta
taattctgttcacctgtgagtttctcttgaacttatctcatgatatgcac
tgtttcttagacagttaacagaaaagttccatgtcgtccctgtcaggttc
agataagatgagtaagccagagggagcaggacatgtcagacatggaaaga
attcggcagcctagcaacaagatgtcacaaggtagtgtgatctgtgtcag
tatgattgcactggaaaaggcattattccagaaatgtgacagcaaaatat
agataagcacagagtgaactaaattcctgtgatggcataaaataagggct
gttatagatttctgaatatggcataatgaaaatgactatacatttgcctt
cctgtgcataaaacaaagtgtgtctgcacacaggtttttatgaaatggaa
tgaagtttatttgctgtatgtcactctttggcttctttttgagttgatta
ctttaagtagtagctagacccctcttgtattgttattaacacaggaggag
ggtctgagtttgttcttgtgaatttctggggacttcatgcattctatttt
gcctaaggagtctatttggcacatgggtgtgccttataccctcaacagat
caagacaaaggtattatcaactggagacatttgggactctgggacatatc
atttgcaaatcacttgtgagtggctcagtgcctggctatctggttgtcag
tgtgctaatatctaaatgagcatctgttcgttaatggccacctgtgacaa
tgatatgttctaggctggtccattaacagataaatcacttcaatgtgctg
caaatatactgttgtattccttccatgagccagattatcttctgttttcc
acacacccacagcatctgaagcccttctagcagagccatgcatgactgag
tctacaacaatagtcacaggttcttgtttgcttttcccccactgactcac
aatagcaataaagcacaagtgtcatcagcctttatgctctgtg
gaattcatagctaggagtctctgatttctagcttaaaaaacaaaagagga
gtagccaagtgcagaacctcacagctgtgattgggtccaacttattgttt
ttattaattaaaggatatatggacgttaaagtcatgcacagatgtcagca
agcgctgagttcgaagctattgccttaacaattaaaattggttttccaca
gtgggtttgaatccatcccttttgttaaatgttacccccaagaaaagaga
aatctataatccttgaatgctgaaaatcatgtcaggaactttatctgtca
taatcttttttcctgtgggtttagttttatcatttgttttgaggtgggtt
ctaactatgtagcccaagctggccttgaagtcctcctacctcagtttttt
gagagatggattacaggtgtggagaacaactggttactgtgtttgctgag
caaagtctgcccacgggccatggaaactggatatcatgctctcatcttga
caggaaaactgaagattagagaaattgtagaatgagtccaaagacattca
gtatgtaagtgttggaaaagcactcagcgttcattaagtgagatctttct
atagagaagaaaaaggttgtatcagcttcctctctgtggtccttagaaaa
agcccacgattgcttaaagactatattatcaaacaacttcagtctgccta
cttttaatttacattgtatgaaatattatttcagacatgtgtgaggagcc
tatctttccaagcatagtttcctgtctttttatctccttatatccactcg
ggaatttaatccacaagttctatctccctcatggtgcctgcctctaccaa
gagaggaaaagatgcctgccttgttctctatcatatcaccaaagcttgca
acactaaagtgttcagccagtgtttgctgaatgaataaccgaattagtga
tttcttcatcttactgaccagtttccttcacaacttcctcaggttgacat
tttcttcttatttcagattctagaatataatttggtataattgctagtcg
agcatagctcttgtaatacaaataacctcaagggctagagagagatgggt
ctggtggtgagagaaattggctcttgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_63348929_63350072
seq2: B6Ng01-214C09.b_46_1188 (reverse)

seq1  CACAGAAAGCATAAAAGCTGATGACCACTGTGCTTTATGGCTA-TGTGAG  49
      |||||  |||||||| |||||||||   |||||||||| |||| ||||||
seq2  CACAG--AGCATAAAGGCTGATGACACTTGTGCTTTATTGCTATTGTGAG  48

seq1  TCAGT-GGGGAAAGCCAAACAAGAA-CTGTGACTA-TGTTGTAGACTCAG  96
      ||||| |||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCAGTGGGGGAAAAGCAAACAAGAACCTGTGACTATTGTTGTAGACTCAG  98

seq1  TCATGCATGGCTCTGGCTAGAAGGGCTTCAGATGCTGTGGGTGGTGTGGA  146
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCATGCATGGCTCT-GCTAGAAGGGCTTCAGATGCTGTGGGT-GTGTGGA  146

seq1  AAACAGAAGATAATCTGGCTCATGGAAGGAATACAACAGTATATTTGCAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAGATAATCTGGCTCATGGAAGGAATACAACAGTATATTTGCAG  196

seq1  CACATTGAAGTGATTTATCTGTTAATGGACCAGCCTAGAACATATCATTG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGAAGTGATTTATCTGTTAATGGACCAGCCTAGAACATATCATTG  246

seq1  TCACAGGTGGCCATTAACGAACAGATGCTCATTTAGATATTAGCACACTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTGGCCATTAACGAACAGATGCTCATTTAGATATTAGCACACTG  296

seq1  ACAACCAGATAGCCAGGCACCTGAGCCACTCACAAGTGATTTGCAAATGA  346
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCAGATAGCCAGGCA-CTGAGCCACTCACAAGTGATTTGCAAATGA  345

seq1  TATGTCCCAGAGTCCCAAATGTCTCCAGTTGATAATACCTTTGTCTTGAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCCCAGAGTCCCAAATGTCTCCAGTTGATAATACCTTTGTCTTGAT  395

seq1  CTGTTGAGGGTATAAGGCACACCCATGTGCCAAATAGACTCCTTAGGCAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAGGGTATAAGGCACACCCATGTGCCAAATAGACTCCTTAGGCAA  445

seq1  AATAGAATGCATGAAGTCCCCAGAAATTCACAAGAACAAACTCAGACCCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAATGCATGAAGTCCCCAGAAATTCACAAGAACAAACTCAGACCCT  495

seq1  CCTCCTGTGTTAATAACAATACAAGAGGGGTCTAGCTACTACTTAAAGTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGTGTTAATAACAATACAAGAGGGGTCTAGCTACTACTTAAAGTA  545

seq1  ATCAACTCAAAAAGAAGCCAAAGAGTGACATACAGCAAATAAACTTCATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTCAAAAAGAAGCCAAAGAGTGACATACAGCAAATAAACTTCATT  595

seq1  CCATTTCATAAAAACCTGTGTGCAGACACACTTTGTTTTATGCACAGGAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCATAAAAACCTGTGTGCAGACACACTTTGTTTTATGCACAGGAA  645

seq1  GGCAAATGTATAGTCATTTTCATTATGCCATATTCAGAAATCTATAACAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATGTATAGTCATTTTCATTATGCCATATTCAGAAATCTATAACAG  695

seq1  CCCTTATTTTATGCCATCACAGGAATTTAGTTCACTCTGTGCTTATCTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTATTTTATGCCATCACAGGAATTTAGTTCACTCTGTGCTTATCTAT  745

seq1  ATTTTGCTGTCACATTTCTGGAATAATGCCTTTTCCAGTGCAATCATACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCTGTCACATTTCTGGAATAATGCCTTTTCCAGTGCAATCATACT  795

seq1  GACACAGATCACACTACCTTGTGACATCTTGTTGCTAGGCTGCCGAATTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGATCACACTACCTTGTGACATCTTGTTGCTAGGCTGCCGAATTC  845

seq1  TTTCCATGTCTGACATGTCCTGCTCCCTCTGGCTTACTCATCTTATCTGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATGTCTGACATGTCCTGCTCCCTCTGGCTTACTCATCTTATCTGA  895

seq1  ACCTGACAGGGACGACATGGAACTTTTCTGTTAACTGTCTAAGAAACAGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGACAGGGACGACATGGAACTTTTCTGTTAACTGTCTAAGAAACAGT  945

seq1  GCATATCATGAGATAAGTTCAAGAGAAACTCACAGGTGAACAGAATTATA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATCATGAGATAAGTTCAAGAGAAACTCACAGGTGAACAGAATTATA  995

seq1  GCATCATCCAGAATAATCTTTATATTCTAAAAAGCTGACAATCTATATCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCATCCAGAATAATCTTTATATTCTAAAAAGCTGACAATCTATATCA  1045

seq1  CAACTAAGATATGAGACTTCTGTAAAGACACCTGCTTAGAGGTCAGGGAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAAGATATGAGACTTCTGTAAAGACACCTGCTTAGAGGTCAGGGAA  1095

seq1  TATTAGGAGGAGTTTTATGATGGAAACATGCATTATCCCAAAGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGAGGAGTTTTATGATGGAAACATGCATTATCCCAAAGAATTC  1143

seq1: chr3_63234743_63235863
seq2: B6Ng01-214C09.g_65_1192

seq1  GAATTCATAGCTAGGAGTCTCTGATTTCTAGCTTAAAAAACAAAAGAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCTAGGAGTCTCTGATTTCTAGCTTAAAAAACAAAAGAGGA  50

seq1  GTAGCCAAGTGCAGAACCTCACAGCTGTGATTGGGTCCAACTTATTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCAAGTGCAGAACCTCACAGCTGTGATTGGGTCCAACTTATTGTTT  100

seq1  TTATTAATTAAAGGATATATGGACGTTAAAGTCATGCACAGATGTCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAATTAAAGGATATATGGACGTTAAAGTCATGCACAGATGTCAGCA  150

seq1  AGCGCTGAGTTCGAAGCTATTGCCTTAACAATTAAAATTGGTTTTCCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCTGAGTTCGAAGCTATTGCCTTAACAATTAAAATTGGTTTTCCACA  200

seq1  GTGGGTTTGAATCCATCCCTTTTGTTAAATGTTACCCCCAAGAAAAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTTTGAATCCATCCCTTTTGTTAAATGTTACCCCCAAGAAAAGAGA  250

seq1  AATCTATAATCCTTGAATGCTGAAAATCATGTCAGGAACTTTATCTGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATAATCCTTGAATGCTGAAAATCATGTCAGGAACTTTATCTGTCA  300

seq1  TAATCTTTTTTCCTGTGGGTTTAGTTTTATCATTTGTTTTGAGGTGGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTTTTTCCTGTGGGTTTAGTTTTATCATTTGTTTTGAGGTGGGTT  350

seq1  CTAACTATGTAGCCCAAGCTGGCCTTGAAGTCCTCCTACCTCAGTTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTATGTAGCCCAAGCTGGCCTTGAAGTCCTCCTACCTCAGTTTTTT  400

seq1  GAGAGATGGATTACAGGTGTGGAGAACAACTGGTTACTGTGTTTGCTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGGATTACAGGTGTGGAGAACAACTGGTTACTGTGTTTGCTGAG  450

seq1  CAAAGTCTGCCCACGGGCCATGGAAACTGGATATCATGCTCTCATCTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTGCCCACGGGCCATGGAAACTGGATATCATGCTCTCATCTTGA  500

seq1  CAGGAAAACTGAAGATTAGAGAAATTGTAGAATGAGTCCAAAGACATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAACTGAAGATTAGAGAAATTGTAGAATGAGTCCAAAGACATTCA  550

seq1  GTATGTAAGTGTTGGAAAAGCACTCAGCGTTCATTAAGTGAGATCTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTAAGTGTTGGAAAAGCACTCAGCGTTCATTAAGTGAGATCTTTCT  600

seq1  ATAGAGAAGAAAAAGGTTGTATCAGCTTCCTCTCTGTGGTCCTTAGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAAGAAAAAGGTTGTATCAGCTTCCTCTCTGTGGTCCTTAGAAAA  650

seq1  AGCCCACGATTGCTTAAAGACTATATTATCAAACAACTTCAGTCTGCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACGATTGCTTAAAGACTATATTATCAAACAACTTCAGTCTGCCTA  700

seq1  CTTTTAATTTACATTGTATGAAATATTATTTCAGACATGTGTGAGGAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAATTTACATTGTATGAAATATTATTTCAGACATGTGTGAGGAGCC  750

seq1  TATCTTTCCAAGCATAGTTTCCTGTCTTTTTATCTCCTTATATCCACTCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTCCAAGCATAGTTTCCTGTCTTTTTATCTCCTTATATCCACTCG  800

seq1  GGAATTTAATCCACAAGTTCTATCTCCCTCATGGTGCCTGCCTCTACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTAATCCACAAGTTCTATCTCCCTCATGGTGCCTGCCTCTACCAA  850

seq1  GAGAGGAAAAGATGCCTGCCTTGTTCTCTATCATATCACCAAAGCTTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAAAAGATGCCTGCCTTGTTCTCTATCATATCACCAAAGCTTGCA  900

seq1  ACACTAAAGTGTTCAGCCAGTGTTTGCTGAATGAATAACCGAATTAGTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAAGTGTTCAGCCAGTGTTTGCTGAATGAATAACCGAATTAGTGA  950

seq1  TTTCTTCATTCTTACTGACCAGTTTCCTTCACAACTTCCTCAGGTTGACA  1000
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCA-TCTTACTGACCAGTTTCCTTCACAACTTCCTCAGGTTGACA  999

seq1  TTTTCTTCTTATTTCAGATTCTAG-ATAT-ATTTGGTATAATTGCTAGTC  1048
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCTTATTTCAGATTCTAGAATATAATTTGGTATAATTGCTAGTC  1049

seq1  GAGCATAGCTC-TGTAATAC-AATAA-CTCAGGGGCT--AGAGAGATGGG  1093
      ||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||  |||||||||||
seq2  GAGCATAGCTCTTGTAATACAAATAACCTCAAGGGCTAGAGAGAGATGGG  1099

seq1  TCTGTGGTTGAGAG-CATTTGCTCTTGCA  1121
      ||||  | ||||||  ||| |||||||||
seq2  TCTGGTGGTGAGAGAAATTGGCTCTTGCA  1128