BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218M08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 83,562,675 - 83,734,570
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSfrp2, LOC633522, Tlr2, D930015E06Rik
Upstream geneEG633285, Lrat, Fgg, Fga, Fgb, Plrg1, EG627094, Dchs2, 1700028M03Rik, LOC100042007, LOC100042091
Downstream geneMnd1, Trim2, EG624713, 6330505N24Rik, Arfip1, EG667788, EG627369, Tigd4, Tmem154, LOC624889
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218M08.bB6Ng01-218M08.g
ACCGA034812GA034813
length1,1691,094
definitionB6Ng01-218M08.b B6Ng01-218M08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,562,675 - 83,563,855)(83,733,478 - 83,734,570)
sequence
gaattccttgtgtatttattataatttagggtgttcgtatacatttttac
tttccattgaatcagtactctgcacaagtgtgtggagaggtgtgacattc
tcgggtgtatacacagtaagtgctaactggaccaggcaatgaccacacgc
gttcttcagttcttcatggggaaactcaaaacaactcagagcttttaagg
cagatgcattcctgtgtgcaagcagtttataaagtgggcaaagaaccatc
tccctttggcaggttaagctggtcttacatgaagacaagaaactgacctc
tgaagacagtttgtaggtttctctgactttccataaaacttaacctatca
ccactcaaatgggaccaacagttggccggtcttcgctttgtttttgcttt
ttctgggtgacacatattccttcctccccgtggagatcttccctccttat
ctgtttgtaactaaaaaagttccttgtccgcagaaagctgtaacaccttc
aactttaagccaaatgcagaagggaagaagttttacttttatctgccaat
actaagctaaaacaaaacaaaacaaaaacaaaaactcttgaaaatgggaa
cattattaaattaacactacagaccatgatgggagtcttttgattggata
gatggaattaaaccccaaggaacctgatcagtgccctttacaaggcacat
taggctgcatcttcattgagtatgggagcatcctgtggtgacaatgacat
cctatggcaatcactgccatgtggacactataaattccctcaactatcat
gggaatgaatatgctacagagtaacaccactctccaaaatgttcaaaaag
aaaataatgtgttgatgtgacctgattttgaagctgggtacaaggaaact
tatcctttctcccttattttccccttttcacgccccagcccagtaccatc
tcccctgactaggacagaaccctgcagaaatcagagttttaacttactac
caccatgcagaaaggactccgacatgtccttgtatctgcttgcaaggaga
tctatcaaggaaaacacagccatctgtcatctctagcttacccagaaata
tgacagcggttcctgagtccctgtgataatgcattacctacacctcaagc
accgatcagctccggttct
ttgcccttaccaggtaggaggacattttcagacattgaatacactgactt
gctagctgcagaaacacttggccttagcactgttttctggtgtctgtgtg
ttctaggttggctcttattttccttctctgggcatgaagcatatgcaaca
gggcttgtttgtttgtttgtttgtttgtttttaattacatggtgctatcg
gattagtttagcctgtgcatcattttaatgtgatggattagattcataca
caagaagaaagaccaactgaatcacaactatgaaaacaaaacaaaataca
actaataatctaagaattaatttctaaatctcttagaatcccttagcatt
cctttttagtgctttataaggaaaaaggtacattttaaaaatgttcttaa
tgtgcactcagtttggtagtacacacctttaatcccagcacttggaaggc
agatctctgcaagttcaaggccagcctggtctatatatacatagtgagtt
ctaggacaaccaaggctctgtggagagagatcttgtctgaaaaaaagcaa
gcaaacaaacaaaaagttttcacatgtcttgattggaataatcaccagat
tcctgtgatgctcggatggctcgcattgcctgtaactgcagtccaagggg
cttcaatggcttcagctcatcttcgtaggcactcgcacatacgtggtgca
tggacatacaagaggacaaacatagatgcacatgaataaaagtaatattt
taaaaagcttaaagctatttttatgtaaaaagggggagtttgacattgta
atttagctgacttgctgtggaagcgtattgtcttttgttaagatgcgtgg
agctgggctagtgcgggctggactccgtctgcctttgcgatttggagcag
ctctttcatcccatcttgaccttcataacaaagtttaatattcactaagg
tttataaatagattgcctggtgtttatgtggactaaaataatccagtgcc
ctggcatagagaacacttagtaggctgctgctgctgcttgctgttacaga
atttaatgctgaagattggcaagggattgttcactgattacatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_83562675_83563855
seq2: B6Ng01-218M08.b_45_1213

seq1  GAATTCCTTGTGTATTTATTATAATTTAGGGTGTTCGTATACATTTTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTGTATTTATTATAATTTAGGGTGTTCGTATACATTTTTAC  50

seq1  TTTCCATTGAATCAGTACTCTGCACAAGTGTGTGGAGAGGTGTGACATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATTGAATCAGTACTCTGCACAAGTGTGTGGAGAGGTGTGACATTC  100

seq1  TCGGGTGTATACACAGTAAGTGCTAACTGGACCAGGCAATGACCACACGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGTGTATACACAGTAAGTGCTAACTGGACCAGGCAATGACCACACGC  150

seq1  GTTCTTCAGTTCTTCATGGGGAAACTCAAAACAACTCAGAGCTTTTAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCAGTTCTTCATGGGGAAACTCAAAACAACTCAGAGCTTTTAAGG  200

seq1  CAGATGCATTCCTGTGTGCAAGCAGTTTATAAAGTGGGCAAAGAACCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCATTCCTGTGTGCAAGCAGTTTATAAAGTGGGCAAAGAACCATC  250

seq1  TCCCTTTGGCAGGTTAAGCTGGTCTTACATGAAGACAAGAAACTGACCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGGCAGGTTAAGCTGGTCTTACATGAAGACAAGAAACTGACCTC  300

seq1  TGAAGACAGTTTGTAGGTTTCTCTGACTTTCCATAAAACTTAACCTATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACAGTTTGTAGGTTTCTCTGACTTTCCATAAAACTTAACCTATCA  350

seq1  CCACTCAAATGGGACCAACAGTTGGCCGGTCTTCGCTTTGTTTTTGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCAAATGGGACCAACAGTTGGCCGGTCTTCGCTTTGTTTTTGCTTT  400

seq1  TTCTGGGTGACACATATTCCTTCCTCCCCGTGGAGATCTTCCCTCCTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGTGACACATATTCCTTCCTCCCCGTGGAGATCTTCCCTCCTTAT  450

seq1  CTGTTTGTAACTAAAAAAGTTCCTTGTCCGCAGAAAGCTGTAACACCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGTAACTAAAAAAGTTCCTTGTCCGCAGAAAGCTGTAACACCTTC  500

seq1  AACTTTAAGCCAAATGCAGAAGGGAAGAAGTTTTACTTTTATCTGCCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAAGCCAAATGCAGAAGGGAAGAAGTTTTACTTTTATCTGCCAAT  550

seq1  ACTAAGCTAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAAACTCTTGAAAATGGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCTAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAAACTCTTGAAAATGGGAA  600

seq1  CATTATTAAATTAACACTACAGACCATGATGGGAGTCTTTTGATTGGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTAAATTAACACTACAGACCATGATGGGAGTCTTTTGATTGGATA  650

seq1  GATGGAATTAAACCCCAAGGAACCTGATCAGTGCCCTTTACAAGGCACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAATTAAACCCCAAGGAACCTGATCAGTGCCCTTTACAAGGCACAT  700

seq1  TAGGCTGCATCTTCATTGAGTATGGGAGCATCCTGTGGTGACAATGACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGCATCTTCATTGAGTATGGGAGCATCCTGTGGTGACAATGACAT  750

seq1  CCTATGGCAATCACTGCCATGTGGACACTATAAATTCCCTCAACTATCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGGCAATCACTGCCATGTGGACACTATAAATTCCCTCAACTATCAT  800

seq1  GGGAATGAATATGCTACAGAGTAACACCACTCTCCAAAATGTTCAAAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGAATATGCTACAGAGTAACACCACTCTCCAAAATGTTCAAAAAG  850

seq1  AAAATAATGTGTTGATGTGACCTGATTTTGAAGCTGGGTACAAGGAAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATGTGTTGATGTGACCTGATTTTGAAGCTGGGTACAAGGAAACT  900

seq1  TATCCTTTCTCCCTTATTTTCCCCTTTTCACGCCCCAGCCCAGTACCATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTTCTCCCTTATTTTCCCCTTTTCACGCCCCAGCCCAGTACCATC  950

seq1  TCCCCTGACTAGGACAAGAACCTGCAGAAATCAGAGGTTTTAACTTACTA  1000
      ||||||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCCCCTGACTAGGACAGAACCCTGCAGAAATCAGA-GTTTTAACTTACTA  999

seq1  CCACCATGCAGAAAGGACTCCGACATGTCCTTGGTATCTGCTTGCAAAGA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  CCACCATGCAGAAAGGACTCCGACATGTCCTT-GTATCTGCTTGCAAGGA  1048

seq1  AGAATCTATCAAAAGAAAACCACAGGCCATTCTGTTCATCTTCAGCTTTA  1100
         |||||||  ||| ||| |||| |||| |||| ||||||  |||||  
seq2  --GATCTATC--AAGGAAAACACA-GCCA-TCTG-TCATCTCTAGCTT--  1089

seq1  ACCCAGAAATATGACAGCGGGTTCCTGAGCCCCTGTGGATAATGCATTA-  1149
      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| 
seq2  ACCCAGAAATATGACAGC-GGTTCCTGAGTCCCTGT-GATAATGCATTAC  1137

seq1  CTACACTCAAAGCACGATTCAGCTCGGGTTCT  1181
      ||||||   ||||||   ||||||| ||||||
seq2  CTACACCTCAAGCACCGATCAGCTCCGGTTCT  1169

seq1: chr3_83733478_83734570
seq2: B6Ng01-218M08.g_86_1179 (reverse)

seq1  AATGTAAACAGTGAACAAAACCCTGCCAATCTTCAGCATTAAA-TCTGTA  49
      ||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATGTAATCAGTGAACAATCCCTTGCCAATCTTCAGCATTAAATTCTGTA  50

seq1  ACAGC-AGCAGCAGCAGCAGCCTACTAAGTGTTCTTCTATGCCA-GGCAC  97
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  ACAGCAAGCAGCAGCAGCAGCCTACTAAGTGTTC-TCTATGCCAGGGCAC  99

seq1  TGGATTA-TTTAGTCCACATAAACACCAGGCAATCTATTTTATAAACCTT  146
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGATTATTTTAGTCCACATAAACACCAGGCAATCTA-TTTATAAACCTT  148

seq1  AGTGAATATTTAAACTTTGTTATGAAGGTCAAAGATGGGATGAAAGAGCT  196
      |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATA-TTAAACTTTGTTATGAAGGTC-AAGATGGGATGAAAGAGCT  196

seq1  GCTCCAAATCGCAAAGGCAGACGGAGTCCAGCCCGCACTAG-CCAGCTCC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCTCCAAATCGCAAAGGCAGACGGAGTCCAGCCCGCACTAGCCCAGCTCC  246

seq1  ACGCATCTTAACAAAAGACAATACGCTTCCACAGCAAGTCAGCTAAATTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATCTTAACAAAAGACAATACGCTTCCACAGCAAGTCAGCTAAATTA  296

seq1  CAATGTCAAACTCCCCCTTTTTACATAAAAATAGCTTTAAGCTTTTTAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCAAACTCCCCCTTTTTACATAAAAATAGCTTTAAGCTTTTTAAA  346

seq1  ATATTACTTTTATTCATGTGCATCTATGTTTGTCCTCTTGTATGTCCATG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACTTTTATTCATGTGCATCTATGTTTGTCCTCTTGTATGTCCATG  396

seq1  CACCACGTATGTGCGAGTGCCTACGAAGATGAGCTGAAGCCATTGAAGCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACGTATGTGCGAGTGCCTACGAAGATGAGCTGAAGCCATTGAAGCC  446

seq1  CCTTGGACTGCAGTTACAGGCAATGCGAGCCATCCGAGCATCACAGGAAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGACTGCAGTTACAGGCAATGCGAGCCATCCGAGCATCACAGGAAT  496

seq1  CTGGTGATTATTCCAATCAAGACATGTGAAAACTTTTTGTTTGTTTGCTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGATTATTCCAATCAAGACATGTGAAAACTTTTTGTTTGTTTGCTT  546

seq1  GCTTTTTTTCAGACAAGATCTCTCTCCACAGAGCCTTGGTTGTCCTAGAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTTTCAGACAAGATCTCTCTCCACAGAGCCTTGGTTGTCCTAGAA  596

seq1  CTCACTATGTATATATAGACCAGGCTGGCCTTGAACTTGCAGAGATCTGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTATGTATATATAGACCAGGCTGGCCTTGAACTTGCAGAGATCTGC  646

seq1  CTTCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTACTACCAAACTGAGTGCACATT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTACTACCAAACTGAGTGCACATT  696

seq1  AAGAACATTTTTAAAATGTACCTTTTTCCTTATAAAGCACTAAAAAGGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACATTTTTAAAATGTACCTTTTTCCTTATAAAGCACTAAAAAGGAA  746

seq1  TGCTAAGGGATTCTAAGAGATTTAGAAATTAATTCTTAGATTATTAGTTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGGGATTCTAAGAGATTTAGAAATTAATTCTTAGATTATTAGTTG  796

seq1  TATTTTGTTTTGTTTTCATAGTTGTGATTCAGTTGGTCTTTCTTCTTGTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTTTTGTTTTCATAGTTGTGATTCAGTTGGTCTTTCTTCTTGTG  846

seq1  TATGAATCTAATCCATCACATTAAAATGATGCACAGGCTAAACTAATCCG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATCTAATCCATCACATTAAAATGATGCACAGGCTAAACTAATCCG  896

seq1  ATAGCACCATGTAATTAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAGCCCTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACCATGTAATTAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAGCCCTG  946

seq1  TTGCATATGCTTCATGCCCAGAGAAGGAAAATAAGAGCCAACCTAGAACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATATGCTTCATGCCCAGAGAAGGAAAATAAGAGCCAACCTAGAACA  996

seq1  CACAGACACCAGAAAACAGTGCTAAGGCCAAGTGTTTCTGCAGCTAGCAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACACCAGAAAACAGTGCTAAGGCCAAGTGTTTCTGCAGCTAGCAA  1046

seq1  GTCAGTGTATTCAATGTCTGAAAATGTCCTCCTACCTGGTAAGGGCAA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGTATTCAATGTCTGAAAATGTCCTCCTACCTGGTAAGGGCAA  1094