BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219B10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 72,306,541 - 72,492,840
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667385, LOC100041459
Downstream gene2010204N08Rik, Slitrk3, Bche
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219B10.bB6Ng01-219B10.g
ACCGA035035GA035036
length1,107775
definitionB6Ng01-219B10.b B6Ng01-219B10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,306,541 - 72,307,633)(72,492,073 - 72,492,840)
sequence
gaattcctaaaattatatcaatatttcttgatttttttatagtaagactg
ctattaggtccttttctcgtagtcaaaaccgaaatgagaatgctgccaat
ctcccatgtgtcacaatttaattgcttctaggtagtaaccagacttaatg
ctactcagaacacattccaagcggttgtaaaaccattaaacaaagatcat
taaagggggactaatttttattgttgatgctagggcagaagataaaatat
tgactggatttatctatacaaaacttcactaatattttagttatgaattt
taaccgtcagtgaacctgctgatctgagacaggtgatgaatgtttagcca
gataattactcctaatggatatgtatgtaaacattcactgttgtaaactt
attagatttatgatttgactttatgtatgaacttgtgatgaattttttta
ccatgtgatcatgttttctaaaatatgtttaagtgctgaggataaaggga
gcatataagaacttttcccttatcccccttttcattcattgcatcccccc
tttttttcttagagagctttcagaggaaactttttacaacttagaaataa
actctaaaatcatatttctttctttctctttttaaattacttttactttt
tggagtccagttacccactccttgctcaccctcccacagctcaacatacc
tttccccttctccccacccccagacaagagaatgtccctttccaaagtgt
ccctttttcttcctgcaacttcctgctgagatagaatgaaggctatttta
cctaatcccttgatgttttaggaggaggtgctaagtgccagagattgcag
tttctggcctcacaggcatgaagaaagcaggtcagctacattatcaaagt
aaattagacttagataagtaaacttttaattattatgcagcaaccctaaa
tatggcataagacaaaagtcttattcgcatatctcataagacaaaactct
tctctctgctgctcaagaagaacttacagatcaaaaccaccagagttagc
cacttcagcaggtaacaaagaggcaaaggagagtggaagggggggaagga
gggaaaa

gaattccagcagcctcacaaagcagctccaggtgcctgacatagcaggtt
atccatggatcctttctcctcacatttatatccatggactgtacccttcg
ctcgggtctggagagcaaagtaaagataaaaatgaccagttcacacctga
gaactgtttctgtaacatccagccagcacaattgctttttaaacatgtca
cgggagaatgtgtttctgtcccaggaatgagatcagtgactgttggctag
tataggcaagccacattgtcattctccagctcaataagatgaccaacatc
agtgagcaactttagaagttgtatgtctatatctctactccttttctgaa
tgagatcatttcccataagttagttcttaataactactgttgctgatgtt
gatgttgatgttgctgatgttgatgatgatgttgatgttgatgttgatgt
tgctgatgttgatgatgatgatgctgatgctgatgatgagagttgtattt
ggtgtatttctgggaaaagaatagttaactgtagttttcttaaagtacca
tcctctggaatgtatcacttataatctagatattttaatatacctatttc
ttatattcactcacttcccctttatttttgaagtgcagtccaagctcttt
ccccactgcttctgaggactgtctttatctgtcctgaccacctctaccta
tggtgggtcatctgcttgttcatgtttaattaaatgcttaatgggtagta
gatttttttagtaaagatttccatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_72306541_72307633
seq2: B6Ng01-219B10.b_64_1153

seq1  TCAATATTTCTTGATTTTTTTATAGTAAGACTGCTATTAGGTCCTTTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATTTCTTGATTTTTTTATAGTAAGACTGCTATTAGGTCCTTTTCT  50

seq1  CGTAGTCAAAACCGAAATGAGAATGCTGCCAATCTCCCATGTGTCACAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGTCAAAACCGAAATGAGAATGCTGCCAATCTCCCATGTGTCACAAT  100

seq1  TTAATTGCTTCTAGGTAGTAACCAGACTTAATGCTACTCAGAACACATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGCTTCTAGGTAGTAACCAGACTTAATGCTACTCAGAACACATTC  150

seq1  CAAGCGGTTGTAAAACCATTAAACAAAGATCATTAAAGGGGGACTAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCGGTTGTAAAACCATTAAACAAAGATCATTAAAGGGGGACTAATTT  200

seq1  TTATTGTTGATGCTAGGGCAGAAGATAAAATATTGACTGGATTTATCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTTGATGCTAGGGCAGAAGATAAAATATTGACTGGATTTATCTAT  250

seq1  ACAAAACTTCACTAATATTTTAGTTATGAATTTTAACCGTCAGTGAACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACTTCACTAATATTTTAGTTATGAATTTTAACCGTCAGTGAACCT  300

seq1  GCTGATCTGAGACAGGTGATGAATGTTTAGCCAGATAATTACTCCTAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATCTGAGACAGGTGATGAATGTTTAGCCAGATAATTACTCCTAATG  350

seq1  GATATGTATGTAAACATTCACTGTTGTAAACTTATTAGATTTATGATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTATGTAAACATTCACTGTTGTAAACTTATTAGATTTATGATTTG  400

seq1  ACTTTATGTATGAACTTGTGATGAATTTTTTTACCATGTGATCATGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATGTATGAACTTGTGATGAATTTTTTTACCATGTGATCATGTTTT  450

seq1  CTAAAATATGTTTAAGTGCTGAGGATAAAGGGAGCATATAAGAACTTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATATGTTTAAGTGCTGAGGATAAAGGGAGCATATAAGAACTTTTC  500

seq1  CCTTATCCCCCTTTTCATTCATTGCATCCCCCCTTTTTTTCTTAGAGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCCCCCTTTTCATTCATTGCATCCCCCCTTTTTTTCTTAGAGAGC  550

seq1  TTTCAGAGGAAACTTTTTACAACTTAGAAATAAACTCTAAAATCATATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAGGAAACTTTTTACAACTTAGAAATAAACTCTAAAATCATATTT  600

seq1  CTTTCTTTCTCTTTTTAAATTACTTTTACTTTTTGGAGTCCAGTTACCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTCTCTTTTTAAATTACTTTTACTTTTTGGAGTCCAGTTACCCA  650

seq1  CTCCTTGCTCACCCTCCCACAGCTCAACATACCTTTCCCCTTCTCCCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGCTCACCCTCCCACAGCTCAACATACCTTTCCCCTTCTCCCCAC  700

seq1  CCCCAGACAAGAGAATGTCCCTTTCCAAAGTGTCCCTTTTTCTTCCTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGACAAGAGAATGTCCCTTTCCAAAGTGTCCCTTTTTCTTCCTGCA  750

seq1  ACTTCCTGCTGAGATAGAATGAAGGCTATTTTACCTAATCCCTTGATGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGCTGAGATAGAATGAAGGCTATTTTACCTAATCCCTTGATGTT  800

seq1  TTAGGAGGAGGTGCTAAGTGCCAGAGATTGCAGTTTCTGGCCTCACAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGGAGGTGCTAAGTGCCAGAGATTGCAGTTTCTGGCCTCACAGGC  850

seq1  ATGAAGAAGGCAGGTCAGCTACATTATCAAAGTAAATTAGACTTAGATAA  900
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAAGCAGGTCAGCTACATTATCAAAGTAAATTAGACTTAGATAA  900

seq1  GTAAACTTTTAATTATTATGCAGCAACCCTAAATATGGCATAAGACAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACTTTTAATTATTATGCAGCAACCCTAAATATGGCATAAGACAAAA  950

seq1  GTCTTATTCGCATATCTCATAAGACAAAACTCTTCCTCCTCTGCTGGCTC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||
seq2  GTCTTATTCGCATATCTCATAAGACAAAACTCTTC--TCTCTGCT-GCTC  997

seq1  AAGAAGAACCTACAAGAATCAAAACCCACCAGAGTTAG-CAC-TCAGCAG  1048
      ||||||||| ||||   ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||
seq2  AAGAAGAACTTACA--GATCAAAA-CCACCAGAGTTAGCCACTTCAGCAG  1044

seq1  GGTACAAAGAAGGCAAAGGAGAGTGGA--GGGGGGAAGGAGGGAAGA  1093
      |  |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |
seq2  GTAACAAAG-AGGCAAAGGAGAGTGGAAGGGGGGGAAGGAGGGAAAA  1090


seq1: chr3_72492073_72492840
seq2: B6Ng01-219B10.g_68_842 (reverse)

seq1  AATGGAAATACTCTACT-AAAAAATCTACTACCCA-TAAGCA-TTAATT-  46
      ||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| 
seq2  AATGGAAAT-CTTTACTAAAAAAATCTACTACCCATTAAGCATTTAATTA  49

seq1  AACATGAACAAGCAGATGA-CCACCATAGGTAGAGGTGGTCAGGACAGAT  95
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAACAAGCAGATGACCCACCATAGGTAGAGGTGGTCAGGACAGAT  99

seq1  -AAGACAGTCCTCAGAAGCAGTGGGG-AAGAGCTTGGACTGCACTTCAAA  143
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAGTCCTCAGAAGCAGTGGGGAAAGAGCTTGGACTGCACTTCAAA  149

seq1  AAT-AAGGGGAAGTGAGTGAATATAAGAAATAGGTATATTAAAATATCTA  192
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGGGGAAGTGAGTGAATATAAGAAATAGGTATATTAAAATATCTA  199

seq1  GATTATAAGTGATACATTCCAGAGGATGGTACTTTAAGAAAACTACAGTT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATAAGTGATACATTCCAGAGGATGGTACTTTAAGAAAACTACAGTT  249

seq1  AACTATTCTTTTCCCAGAAATACACCAAATACAACTCTCATCATCAGCAT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTCTTTTCCCAGAAATACACCAAATACAACTCTCATCATCAGCAT  299

seq1  CAGCATCATCATCATCAACATCAGCAACATCAACATCAACATCAACATCA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCATCATCATCAACATCAGCAACATCAACATCAACATCAACATCA  349

seq1  TCATCAACATCAGCAACATCAACATCAACATCAGCAACAGTAGTTATTAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAACATCAGCAACATCAACATCAACATCAGCAACAGTAGTTATTAA  399

seq1  GAACTAACTTATGGGAAATGATCTCATTCAGAAAAGGAGTAGAGATATAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAACTTATGGGAAATGATCTCATTCAGAAAAGGAGTAGAGATATAG  449

seq1  ACATACAACTTCTAAAGTTGCTCACTGATGTTGGTCATCTTATTGAGCTG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAACTTCTAAAGTTGCTCACTGATGTTGGTCATCTTATTGAGCTG  499

seq1  GAGAATGACAATGTGGCTTGCCTATACTAGCCAACAGTCACTGATCTCAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGACAATGTGGCTTGCCTATACTAGCCAACAGTCACTGATCTCAT  549

seq1  TCCTGGGACAGAAACACATTCTCCCGTGACATGTTTAAAAAGCAATTGTG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGACAGAAACACATTCTCCCGTGACATGTTTAAAAAGCAATTGTG  599

seq1  CTGGCTGGATGTTACAGAAACAGTTCTCAGGTGTGAACTGGTCATTTTTA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGGATGTTACAGAAACAGTTCTCAGGTGTGAACTGGTCATTTTTA  649

seq1  TCTTTACTTTGCTCTCCAGACCCGAGCGAAGGGTACAGTCCATGGATATA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACTTTGCTCTCCAGACCCGAGCGAAGGGTACAGTCCATGGATATA  699

seq1  AATGTGAGGAGAAAGGATCCATGGATAACCTGCTATGTCAGGCACCTGGA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGAGGAGAAAGGATCCATGGATAACCTGCTATGTCAGGCACCTGGA  749

seq1  GCTGCTTTGTGAGGCTGCTGGAATTC  768
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTTGTGAGGCTGCTGGAATTC  775


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |