BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219B13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 144,868,053 - 145,002,977
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol24a1
Upstream geneLOC545572, Hs2st1, Sep15, LOC435761, Sh3glb1, LOC668890, Clca1, Clca2, Clca4, EG622139, AI747448, Clca6, Clca3, Clca5, Odf2l
Downstream gene2410019A14Rik, Cyr61, Ddah1, LOC100040331, Bcl10, 2410004B18Rik, Syde2, Wdr63, Mcoln3, Mcoln2, Edg7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219B13.bB6Ng01-219B13.g
ACCGA035041GA035042
length1,2021,164
definitionB6Ng01-219B13.b B6Ng01-219B13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,001,781 - 145,002,977)(144,868,053 - 144,869,216)
sequence
gaattccattgtgtctcagtccccctctaagagccaagcaccaagaaagc
cagcagcaagcgtccctcatggtcttcacaattcactagcatactgtggg
acagccacactctaaaatctactgtgacaagcacagaaacgcaaaggcac
tgtggctgagttcactctgtacttaaaaatggatttaaaaatatatattc
tcagcgggagaggaggaagcctgtcccaatgtcacttcttatgcaaagga
cgtcaaaacagccgtgcttaattgacaacttcattaagaatttcagcaat
gtcactccaggacctttctacacaatcttggttttcttatgagcaacaca
gagtaatgacacctgggtcatgtgactattatgtggagaagatggacagt
atacaggaatagcttctacagtggaaactgcagctgtaggccaatgctac
tgagcatttcattaattagcacatgtaaaatattaagtatcctacaggct
gcagtccatcataatacagtttggcaaaaagtccaggctcagccagctct
gatgaaaatgagataattgtgttctcaagtgtttgctggctgatttactg
ataatttttttcccccagaaatgaatcttaggatcacagccacactctaa
gtaaaatgaatcaattactttccttggcacatctggtattctcagggttg
aaatgaaagattattgttcctcaagccactatgaatgttcactcctcttt
ttctagtctttataaagggtatgcgtatgtgtgtgagcatgtctctctct
atgtgtgtgtgtgaacgtgtgcacacagaggccagaggctaaccgtgggg
ccattcctcaggagccatctaccttacttttagttatgagtctctcactg
agagccaggtttgccaagtagaccctgacccaagggcagtgaagcccaag
gatccttctgtctcttatgtgcgtgctaggaatcaaagtgaggtctttgt
ggcaagtgctttaccattggaatgcctctcgtcatatcttccagtcttta
actaaatcaggactccccagctaggtagtactatacccttcagagcatac
catggtggagtaacagaaccagattagctggagcagctggaagatttcaa
ttcagtaggtgacacgggtggtggtgtcactgaaggtctgacaaacgtgg
gc
gaattcacttttaaaggagcactactcattttatttttccttgagcactt
gcccttgttagcccattgtccacatagccagactactgagaatggttgag
tactgtgtccagtgatggtgttctggaaagtctgtggatagggatcagag
ctcagctctttctgaccatggccttcctgccactcctcatgaagaacact
gccctgctggtcctgaggttatcttaaaccatgtacggtgcttggttcag
ctggctcagctgcagagatgttcctggttcagttctgtttgaactgtcat
tttattgacacatgtgtgcatgtttatgaagggtcagtatagtaattcaa
tatgtgtatgatgtgagaaattagcatttttatttcctcaaacacagcta
atttatgtgtgggaaactctgggtccttctggttgttttgttcctagatt
gttggagactctggttaccttcctgtgctgtggagcaccagaagaaaccc
tctcttttcagtgccctttggaaaatatttgcttcctcccttcctcccct
cctcacccaactgcttttctcggaatttattgatcacagtggactccctt
tatgaggttgatatttcagtttctacaaatgtagaggaacacatatttat
cttttacatcaggtaacagagttacagtttcatcaacattgacacaattt
agagagattcatttttatgaatgagtttatattttatgaatgagcttaga
ttttatgaatgattcatattttatgttccaccacatacttcacattttct
ttatccagttctcccactgatggacagcttggtcaagtccttctcttgac
tgctatgaattaaataggtgtctcattcacattaactcattttctctata
ttgttcttcataatggccacatttataatgttcatatcaatggtgtgata
ttactatcaattcctatcatggtgggctttctctaattctttgccacaat
gaacttttgtgatttgatatagttattcctattctgggaatgacaatggc
aatcttattcttggctttagcttttaaggttcctgctgctcatgtcttaa
gtgtttgaatgacccaacagcattgatgttcttctttgtacacgtcattt
agatccgattctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_145001781_145002977
seq2: B6Ng01-219B13.b_46_1247 (reverse)

seq1  GCCCA-GTTTGTCAGA-CATCAGTGACAACA-CACCGTTGTCA-CTACTG  46
      ||||| |||||||||| | ||||||||| || ||||  ||||| ||||||
seq2  GCCCACGTTTGTCAGACCTTCAGTGACACCACCACCCGTGTCACCTACTG  50

seq1  AAT--GAATCTTCCCAACTGCT-CAGCT-ATCTGGTTCTGTTAACTCA-C  91
      |||   |||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||   || |
seq2  AATTGAAATCTT-CCAGCTGCTCCAGCTAATCTGGTTCTGTTACTCCACC  99

seq1  ATGGTATTGCTCTGAAGGGTAATAGTACTA-CTAGCTGGGGAGTCTTGAT  140
      |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  ATGGTA-TGCTCTGAAGGGT-ATAGTACTACCTAGCTGGGGAGTCCTGAT  147

seq1  TTAGTTTTAAAGACTGGAAGATATGGACGAGA-GCATTCCAATGGTAAAG  189
      ||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTAG--TTAAAGACTGGAAGATAT-GACGAGAGGCATTCCAATGGTAAAG  194

seq1  CACTTGCCACAAAGACCTCACTTTGATTCCTAGCACGCACATAAGAGACA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCCACAAAGACCTCACTTTGATTCCTAGCACGCACATAAGAGACA  244

seq1  GAAGGATCCTTGGGCTTCACTGCCCTTGGGTCAGGGTCTACTTGGCAAAC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATCCTTGGGCTTCACTGCCCTTGGGTCAGGGTCTACTTGGCAAAC  294

seq1  CTGGCTCTCAGTGAGAGACTCATAACTAAAAGTAAGGTAGATGGCTCCTG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCTCAGTGAGAGACTCATAACTAAAAGTAAGGTAGATGGCTCCTG  344

seq1  AGGAATGGCCCCACGGTTAGCCTCTGGCCTCTGTGTGCACACGTTCACAC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGGCCCCACGGTTAGCCTCTGGCCTCTGTGTGCACACGTTCACAC  394

seq1  ACACACATAGAGAGAGACATGCTCACACACATACGCATACCCTTTATAAA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATAGAGAGAGACATGCTCACACACATACGCATACCCTTTATAAA  444

seq1  GACTAGAAAAAGAGGAGTGAACATTCATAGTGGCTTGAGGAACAATAATC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGAAAAAGAGGAGTGAACATTCATAGTGGCTTGAGGAACAATAATC  494

seq1  TTTCATTTCAACCCTGAGAATACCAGATGTGCCAAGGAAAGTAATTGATT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTCAACCCTGAGAATACCAGATGTGCCAAGGAAAGTAATTGATT  544

seq1  CATTTTACTTAGAGTGTGGCTGTGATCCTAAGATTCATTTCTGGGGGAAA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTACTTAGAGTGTGGCTGTGATCCTAAGATTCATTTCTGGGGGAAA  594

seq1  AAAATTATCAGTAAATCAGCCAGCAAACACTTGAGAACACAATTATCTCA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATCAGTAAATCAGCCAGCAAACACTTGAGAACACAATTATCTCA  644

seq1  TTTTCATCAGAGCTGGCTGAGCCTGGACTTTTTGCCAAACTGTATTATGA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATCAGAGCTGGCTGAGCCTGGACTTTTTGCCAAACTGTATTATGA  694

seq1  TGGACTGCAGCCTGTAGGATACTTAATATTTTACATGTGCTAATTAATGA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGCAGCCTGTAGGATACTTAATATTTTACATGTGCTAATTAATGA  744

seq1  AATGCTCAGTAGCATTGGCCTACAGCTGCAGTTTCCACTGTAGAAGCTAT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTCAGTAGCATTGGCCTACAGCTGCAGTTTCCACTGTAGAAGCTAT  794

seq1  TCCTGTATACTGTCCATCTTCTCCACATAATAGTCACATGACCCAGGTGT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTATACTGTCCATCTTCTCCACATAATAGTCACATGACCCAGGTGT  844

seq1  CATTACTCTGTGTTGCTCATAAGAAAACCAAGATTGTGTAGAAAGGTCCT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTCTGTGTTGCTCATAAGAAAACCAAGATTGTGTAGAAAGGTCCT  894

seq1  GGAGTGACATTGCTGAAATTCTTAATGAAGTTGTCAATTAAGCACGGCTG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGACATTGCTGAAATTCTTAATGAAGTTGTCAATTAAGCACGGCTG  944

seq1  TTTTGACGTCCTTTGCATAAGAAGTGACATTGGGACAGGCTTCCTCCTCT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGACGTCCTTTGCATAAGAAGTGACATTGGGACAGGCTTCCTCCTCT  994

seq1  CCCGCTGAGAATATATATTTTTAAATCCATTTTTAAGTACAGAGTGAACT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCTGAGAATATATATTTTTAAATCCATTTTTAAGTACAGAGTGAACT  1044

seq1  CAGCCACAGTGCCTTTGCGTTTCTGTGCTTGTCACAGTAGATTTTAGAGT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACAGTGCCTTTGCGTTTCTGTGCTTGTCACAGTAGATTTTAGAGT  1094

seq1  GTGGCTGTCCCACAGTATGCTAGTGAATTGTGAAGACCATGAGGGACGCT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGTCCCACAGTATGCTAGTGAATTGTGAAGACCATGAGGGACGCT  1144

seq1  TGCTGCTGGCTTTCTTGGTGCTTGGCTCTTAGAGGGGGACTGAGACACAA  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGGCTTTCTTGGTGCTTGGCTCTTAGAGGGGGACTGAGACACAA  1194

seq1  TGGAATTC  1197
      ||||||||
seq2  TGGAATTC  1202

seq1: chr3_144868053_144869216
seq2: B6Ng01-219B13.g_65_1228

seq1  GAATTCACTTTTAAAGGAGCACTACTCATTTTATTTTTCCTTGAGCACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTTAAAGGAGCACTACTCATTTTATTTTTCCTTGAGCACTT  50

seq1  GCCCTTGTTAGCCCATTGTCCACATAGCCAGACTACTGAGAATGGTTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGTTAGCCCATTGTCCACATAGCCAGACTACTGAGAATGGTTGAG  100

seq1  TACTGTGTCCAGTGATGGTGTTCTGGAAAGTCTGTGGATAGGGATCAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTCCAGTGATGGTGTTCTGGAAAGTCTGTGGATAGGGATCAGAG  150

seq1  CTCAGCTCTTTCTGACCATGGCCTTCCTGCCACTCCTCATGAAGAACACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTCTTTCTGACCATGGCCTTCCTGCCACTCCTCATGAAGAACACT  200

seq1  GCCCTGCTGGTCCTGAGGTTATCTTAAACCATGTACGGTGCTTGGTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCTGGTCCTGAGGTTATCTTAAACCATGTACGGTGCTTGGTTCAG  250

seq1  CTGGCTCAGCTGCAGAGATGTTCCTGGTTCAGTTCTGTTTGAACTGTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCAGCTGCAGAGATGTTCCTGGTTCAGTTCTGTTTGAACTGTCAT  300

seq1  TTTATTGACACATGTGTGCATGTTTATGAAGGGTCAGTATAGTAATTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGACACATGTGTGCATGTTTATGAAGGGTCAGTATAGTAATTCAA  350

seq1  TATGTGTATGATGTGAGAAATTAGCATTTTTATTTCCTCAAACACAGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTATGATGTGAGAAATTAGCATTTTTATTTCCTCAAACACAGCTA  400

seq1  ATTTATGTGTGGGAAACTCTGGGTCCTTCTGGTTGTTTTGTTCCTAGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGTGTGGGAAACTCTGGGTCCTTCTGGTTGTTTTGTTCCTAGATT  450

seq1  GTTGGAGACTCTGGTTACCTTCCTGTGCTGTGGAGCACCAGAAGAAACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGACTCTGGTTACCTTCCTGTGCTGTGGAGCACCAGAAGAAACCC  500

seq1  TCTCTTTTCAGTGCCCTTTGGAAAATATTTGCTTCCTCCCTTCCTCCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTCAGTGCCCTTTGGAAAATATTTGCTTCCTCCCTTCCTCCCCT  550

seq1  CCTCACCCAACTGCTTTTCTCGGAATTTATTGATCACAGTGGACTCCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCCAACTGCTTTTCTCGGAATTTATTGATCACAGTGGACTCCCTT  600

seq1  TATGAGGTTGATATTTCAGTTTCTACAAATGTAGAGGAACACATATTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGTTGATATTTCAGTTTCTACAAATGTAGAGGAACACATATTTAT  650

seq1  CTTTTACATCAGGTAACAGAGTTACAGTTTCATCAACATTGACACAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACATCAGGTAACAGAGTTACAGTTTCATCAACATTGACACAATTT  700

seq1  AGAGAGATTCATTTTTATGAATGAGTTTATATTTTATGAATGAGCTTAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGATTCATTTTTATGAATGAGTTTATATTTTATGAATGAGCTTAGA  750

seq1  TTTTATGAATGATTCATATTTTATGTTCCACCACATACTTCACATTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGAATGATTCATATTTTATGTTCCACCACATACTTCACATTTTCT  800

seq1  TTATCCAGTTCTCCCACTGATGGACAGCTTGGTCAAGTCCTTCTCTTGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCAGTTCTCCCACTGATGGACAGCTTGGTCAAGTCCTTCTCTTGAC  850

seq1  TGCTATGAATTAAATAGGTGTCTCATTCACATTAACTCATTTTCTCTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGAATTAAATAGGTGTCTCATTCACATTAACTCATTTTCTCTATA  900

seq1  TTGTTCTTCATAATGGCCACA-TTATAATGTTCATATCAATGGTGTGATA  949
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTCATAATGGCCACATTTATAATGTTCATATCAATGGTGTGATA  950

seq1  TTACTATCAATTCCTATCAATGGTGGGCTTTCTCCTAATCTTTGCCAC-A  998
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||| |
seq2  TTACTATCAATTCCTATC-ATGGTGGGCTTTCTCTAATTCTTTGCCACAA  999

seq1  TGAACTTTTGTGATTTTGATAATAGTTATT-CTA-TCT-GGAATGACAAT  1045
      ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||
seq2  TGAACTTTTGTGA-TTTGAT-ATAGTTATTCCTATTCTGGGAATGACAAT  1047

seq1  GGC-ATCTTATTC-TGGC-TTAGCTTT--AAGTTCCTGGCTGGCTCATGG  1090
      ||| ||||||||| |||| ||||||||  | |||||| ||| |||||| |
seq2  GGCAATCTTATTCTTGGCTTTAGCTTTTAAGGTTCCT-GCT-GCTCAT-G  1094

seq1  TCCTAAGTGTTTGATGGACTCACCAGCCATTTGTATGTCTTCTTTGTACA  1140
      || |||||||||||  ||| || ||| ||||  | | |||||||||||||
seq2  TCTTAAGTGTTTGAATGACCCAACAG-CATTGATGT-TCTTCTTTGTACA  1142

seq1  CTGTCCATTTAGATCCTATTCTGA  1164
      | || ||||||||||| |||||||
seq2  C-GT-CATTTAGATCCGATTCTGA  1164