BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220O09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 65,127,150 - 65,244,703
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnab1, Ssr3, EG433604
Upstream gene4930518C23Rik, EG667031, EG637053, LOC672951, EG639869, EG667060, EG667069, LOC100040918, 4933425M15Rik, LOC670110
Downstream geneEG667093, LOC100041083, 4931440P22Rik, Tiparp, LOC545530, LOC100040978, EG624866, Ccnl1, LOC625048, Veph1, Tpi-rs2, Ptx3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220O09.bB6Ng01-220O09.g
ACCGA036341GA036342
length1,187800
definitionB6Ng01-220O09.b B6Ng01-220O09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,127,150 - 65,128,345)(65,243,904 - 65,244,703)
sequence
gaattcctgaatcattaagtatgatgtctatactaattactgttcacctt
gttcatgttccttttcttgaggcttgtatagccattgtattagtcagggt
tctctagagtcacagaacttatggatagtctctagatagtaaaggaattt
attgatgacttacagtcggcagcccaattcccaacaatgattcagtcgca
gctgtgaatggaagtccaaggatctagcagttactcagtctcacacagca
agcaggcgaaggagcaagagctagactcccttcttccaatgtccttatat
tgtctccagcaaaaggtgtagcccagattaaacgtgtgtgccaccacacc
cttaatcccagatgaaaaggtgtagcccagattaaaggtgtgttccttaa
actcagagatctaatcttctggaatccatagccactgtggctcaagatct
ccttaccaagatccagataagaatctccaagcctcaagataagggtcact
ggtgagccttccaattctggattgtagttcattccaaatatagtcaagtt
gacaaccaggaatagccactacagccatcaagcaacgcagatgtctttat
ttcaaataacggtgataagaccgaagtccacttcacttatccccaccata
ttaaccaaagagcagattctgtaaatatttttcataggtcatggttttta
ctgttgctactatgcaaacaggaatctgaagacttgggaatctaagatat
tcgtgacaactcacaaaacaagagagcacagaaaacagcctcgattgtca
atcttttattggttcgaaaatacagaacctgggtactttactttccaaag
taaatgttttagaacaaaagtttaaacacctgatatatatatatatatat
atcatgtacctacactggtcagtgcatctggctctaactttcattattct
ttcatttcagaggcattatttcattatttcatgcctctaaagtgccccac
atggccccaaaatcataataaaagcaagaagaaaacctctgcaagccata
atgacaatgtggtgcgaagatttaaccacaagaacatttatgccatttga
ttatttattacccatacctaaaagaagagaaaagaactgaatgggttgtt
acggattattttactatcctctactatttcaacatgt
gaattctttttctcaaaatttctgtgactagcaataaatttaatgtctac
ctggaagagggactggaaaatggctcagtgggctctgagcacttgctacc
cttggagaggaccaagagtttgattcccagcatccaagttggtggcttac
aactgcctgtaactccagctcgaagggatctgacaccctcttgtagcctc
cagggacatagacagacagacatgcagacacacagacatacatacagaaa
gagagagagagagagagagagagagacagtcagaaagacagagataataa
ataaccactggaaaagtacccttctagaactcagaagagaactcaaaagc
tagtatctagtattactatcaccttatactactaagttaatagtatacta
ttactttaaactacatttatgatttaaacgctgatactacaactgtggct
tgggctcagcagtgtcagcattccatacatgcttctttgaaatacagggt
ctcaaagccgccctagatgtgctgcatactgaattacagtatccctggtt
cttcaccccaccttgtcactgtggagacaacactgctttataagtctata
acatatactttctgcttactgctttttatattttacaacatctttaaata
gtaagacaaaacttgaatgattttgtactatgaatataatatttccccat
atctatgttccatctgcatccttatttacttgatacatattttgaatcat
cattttttttgttgtttttttgtttgtttggttggttggttggttttttt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_65127150_65128345
seq2: B6Ng01-220O09.b_46_1232

seq1  GAATTCCTGAATCATTAAGTATGATGTCTATACTAATTACTGTTCACCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAATCATTAAGTATGATGTCTATACTAATTACTGTTCACCTT  50

seq1  GTTCATGTTCCTTTTCTTGAGGCTTGTATAGCCATTGTATTAGTCAGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTTCCTTTTCTTGAGGCTTGTATAGCCATTGTATTAGTCAGGGT  100

seq1  TCTCTAGAGTCACAGAACTTATGGATAGTCTCTAGATAGTAAAGGAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGAGTCACAGAACTTATGGATAGTCTCTAGATAGTAAAGGAATTT  150

seq1  ATTGATGACTTACAGTCGGCAGCCCAATTCCCAACAATGATTCAGTCGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGACTTACAGTCGGCAGCCCAATTCCCAACAATGATTCAGTCGCA  200

seq1  GCTGTGAATGGAAGTCCAAGGATCTAGCAGTTACTCAGTCTCACACAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGAATGGAAGTCCAAGGATCTAGCAGTTACTCAGTCTCACACAGCA  250

seq1  AGCAGGCGAAGGAGCAAGAGCTAGACTCCCTTCTTCCAATGTCCTTATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCGAAGGAGCAAGAGCTAGACTCCCTTCTTCCAATGTCCTTATAT  300

seq1  TGTCTCCAGCAAAAGGTGTAGCCCAGATTAAACGTGTGTGCCACCACACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCAGCAAAAGGTGTAGCCCAGATTAAACGTGTGTGCCACCACACC  350

seq1  CTTAATCCCAGATGAAAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATCCCAGATGAAAAGGTGTAGCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCTTAA  400

seq1  ACTCAGAGATCTAATCTTCTGGAATCCATAGCCACTGTGGCTCAAGATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAGATCTAATCTTCTGGAATCCATAGCCACTGTGGCTCAAGATCT  450

seq1  CCTTACCAAGATCCAGATAAGAATCTCCAAGCCTCAAGATAAGGGTCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACCAAGATCCAGATAAGAATCTCCAAGCCTCAAGATAAGGGTCACT  500

seq1  GGTGAGCCTTCCAATTCTGGATTGTAGTTCATTCCAAATATAGTCAAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGCCTTCCAATTCTGGATTGTAGTTCATTCCAAATATAGTCAAGTT  550

seq1  GACAACCAGGAATAGCCACTACAGCCATCAAGCAACGCAGATGTCTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACCAGGAATAGCCACTACAGCCATCAAGCAACGCAGATGTCTTTAT  600

seq1  TTCAAATAACGGTGATAAGACCGAAGTCCACTTCACTTATCCCCACCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATAACGGTGATAAGACCGAAGTCCACTTCACTTATCCCCACCATA  650

seq1  TTAACCAAAGAGCAGATTCTGTAAATATTTTTCATAGGTCATGGTTTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCAAAGAGCAGATTCTGTAAATATTTTTCATAGGTCATGGTTTTTA  700

seq1  CTGTTGCTACTATGCAAACAGGAATCTGAAGACTTGGGAATCTAAGATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTACTATGCAAACAGGAATCTGAAGACTTGGGAATCTAAGATAT  750

seq1  TCGTGACAACTCACAAAACAAGAGAGCACAGAAAACAGCCTCGATTGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGACAACTCACAAAACAAGAGAGCACAGAAAACAGCCTCGATTGTCA  800

seq1  ATCTTTTATTGGTTCGAAAATACAGAACCTGGGTACTTTACTTTCCAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTATTGGTTCGAAAATACAGAACCTGGGTACTTTACTTTCCAAAG  850

seq1  TAAATGTTTTAGAACAAAAGTTTAAACACCTGATATATATATATATATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTTTAGAACAAAAGTTTAAACACCTGATATATATATATATATAT  900

seq1  ATCATGTACCTACAACTGGTCAGTGCATCTGGCTCTAACTTTCATTATTC  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTACCTAC-ACTGGTCAGTGCATCTGGCTCTAACTTTCATTATTC  949

seq1  TTTCATTTCAGAGGCATTATTTCATTATTTCATGCCTCTAAAAGGTGCCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  TTTCATTTCAGAGGCATTATTTCATTATTTCATGCCTCTAAA--GTGCCC  997

seq1  CACCATGGCCCCAAAATCATAATAAAAGCAAGAAGAAAACCTCTGCAAGC  1050
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-CATGGCCCCAAAATCATAATAAAAGCAAGAAGAAAACCTCTGCAAGC  1046

seq1  CAT-ATGACAATGTTGTGCCAGAAAGATATAA-CACAAG-ACATTTATGC  1097
      ||| |||||||||| ||||    ||||| ||| |||||| ||||||||||
seq2  CATAATGACAATGTGGTGC---GAAGATTTAACCACAAGAACATTTATGC  1093

seq1  AATTTGAATTATTTATTAACCATACTAAAAAGAAGAAGAAAAGAAACAGA  1147
       ||||| ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||    |
seq2  CATTTG-ATTATTTATTACCCATACCTAAAAGAAG-AGAAAAGAACTGAA  1141

seq1  TAGGTTTGGTTACAGTATTATTTTAACTA--CTCATACTATTTCAACATG  1195
      | ||||  ||||| | |||||||| ||||  ||| |||||||||||||||
seq2  TGGGTT--GTTAC-GGATTATTTT-ACTATCCTC-TACTATTTCAACATG  1186

seq1  T  1196
      |
seq2  T  1187

seq1: chr3_65243904_65244703
seq2: B6Ng01-220O09.g_67_866 (reverse)

seq1  AAAAAAACCAACCAACCAACCAAACAAACAAAAAAACAACAAAAAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCAACCAACCAACCAAACAAACAAAAAAACAACAAAAAAAATG  50

seq1  ATGATTCAAAATATGTATCAAGTAAATAAGGATGCAGATGGAACATAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCAAAATATGTATCAAGTAAATAAGGATGCAGATGGAACATAGAT  100

seq1  ATGGGGAAATATTATATTCATAGTACAAAATCATTCAAGTTTTGTCTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGAAATATTATATTCATAGTACAAAATCATTCAAGTTTTGTCTTAC  150

seq1  TATTTAAAGATGTTGTAAAATATAAAAAGCAGTAAGCAGAAAGTATATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAAGATGTTGTAAAATATAAAAAGCAGTAAGCAGAAAGTATATGT  200

seq1  TATAGACTTATAAAGCAGTGTTGTCTCCACAGTGACAAGGTGGGGTGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACTTATAAAGCAGTGTTGTCTCCACAGTGACAAGGTGGGGTGAAG  250

seq1  AACCAGGGATACTGTAATTCAGTATGCAGCACATCTAGGGCGGCTTTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGGATACTGTAATTCAGTATGCAGCACATCTAGGGCGGCTTTGAG  300

seq1  ACCCTGTATTTCAAAGAAGCATGTATGGAATGCTGACACTGCTGAGCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTATTTCAAAGAAGCATGTATGGAATGCTGACACTGCTGAGCCCA  350

seq1  AGCCACAGTTGTAGTATCAGCGTTTAAATCATAAATGTAGTTTAAAGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAGTTGTAGTATCAGCGTTTAAATCATAAATGTAGTTTAAAGTAA  400

seq1  TAGTATACTATTAACTTAGTAGTATAAGGTGATAGTAATACTAGATACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATACTATTAACTTAGTAGTATAAGGTGATAGTAATACTAGATACTA  450

seq1  GCTTTTGAGTTCTCTTCTGAGTTCTAGAAGGGTACTTTTCCAGTGGTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGAGTTCTCTTCTGAGTTCTAGAAGGGTACTTTTCCAGTGGTTAT  500

seq1  TTATTATCTCTGTCTTTCTGACTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATCTCTGTCTTTCTGACTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  550

seq1  TTTCTGTATGTATGTCTGTGTGTCTGCATGTCTGTCTGTCTATGTCCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTATGTATGTCTGTGTGTCTGCATGTCTGTCTGTCTATGTCCCTG  600

seq1  GAGGCTACAAGAGGGTGTCAGATCCCTTCGAGCTGGAGTTACAGGCAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTACAAGAGGGTGTCAGATCCCTTCGAGCTGGAGTTACAGGCAGTT  650

seq1  GTAAGCCACCAACTTGGATGCTGGGAATCAAACTCTTGGTCCTCTCCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCCACCAACTTGGATGCTGGGAATCAAACTCTTGGTCCTCTCCAAG  700

seq1  GGTAGCAAGTGCTCAGAGCCCACTGAGCCATTTTCCAGTCCCTCTTCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCAAGTGCTCAGAGCCCACTGAGCCATTTTCCAGTCCCTCTTCCAG  750

seq1  GTAGACATTAAATTTATTGCTAGTCACAGAAATTTTGAGAAAAAGAATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACATTAAATTTATTGCTAGTCACAGAAATTTTGAGAAAAAGAATTC  800