BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221E19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 126,160,552 - 126,303,161
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCamk2d
Upstream geneNdst4, Ugt8a, Arsj
Downstream geneAnk2, LOC100043749, LOC100043361, LOC100043364, Larp7, 4930422G04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221E19.bB6Ng01-221E19.g
ACCGA036629GA036630
length1,186855
definitionB6Ng01-221E19.b B6Ng01-221E19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,301,974 - 126,303,161)(126,160,552 - 126,161,406)
sequence
gaattccatccgagtgaatacatagactgaaacctaaagtatatcgtaaa
aggagaatccgaaaatccatttgtcagagccgaggacaaaggcaacgaac
gatacccagacgtctttaagtggcatgtcttaaaagatgtattcagtgag
gaaaactaagtctaatggaatttcctctcattacttaaaataaaccaggt
cactgagatggggctgcattatgggattctgttctttttgattccagctt
catttcatcacaccatgaattcccttggaaatccgtaggcaccttagtca
ctgtaactccggcatttcagtatatggacttttgtttgattctaatcacc
atcatcaccatcaccatcatcaccatcatcaccatcatcatcatgtgggc
acactgctcccagttgtttttgttttttgtttatttttttttaaacttat
gtcaagagctctcaggatgaagtatctttgtggctataagctaaaggtgt
aaaatatattgcatgatctgatggaaagtttcatgcagaaaacccagaaa
aggcctagcctacacatatcaaagccaagctaacttcctagattacagta
aaaatctcttcctacttccccaaaccactgaagttaaatatacctcgctg
tattaagttcagctgtaactacaactgtaacatacattcaactgaaccat
gacccattttttttttttgtctcagaagtgaaaggggaattatgacagtt
atgagacttgcattttttccatttcaagatccttctgaacagatttcagc
aaggcccctcatgacatttatttgctttgcaacatatttatctataccat
tgcttaggagacagcattttaataactcgctgataacaattatatttttc
acctacttttcaaggaaacaaagcaagaggcttttggcaaggaaaatggt
aatatgtaatatgatacctaagtccaaattcaattataactacatgctat
aactacttagagacaccaccattcacacaacaatacaacatttaacatat
ataaattaatgtggtttaaaataccctaccccctagcagaggctttttgt
gcgttgaataattttggcagcatacctctgtccaagtaggattttcaaac
atctttctaccactgagacgtccccctgggaaacca

gaattccaggccagcctgaggtaaagagtgagacattgtttcaataagta
aaggtcatagtgacatatattcagttttaattcatagaaccccacataaa
tttagaactaaagaatatgagaatctatgatgttagtgtcagatcttatg
tgaaactgtcccatgtggcattgaagtcagaagggtgacaccagaggact
taagtgtctgtgggaaccactaaagcataaaataataaagaaaatataat
aatgtacagtaccttagctcttcaaaatggtggacatgttataagggtaa
caataattcacacattttcttagcattcagactaaatgtaagtacctatc
agaatttagaggaagaacaaagaccaaagtgtggacactttgccccttct
tagaattgggaaaaaaacacccatggaaggagttacagaaacaaagtttg
gagctgtgacaaaaggatggaccatctagagactgccatatccagggatc
catcccataatcagcctccaaacactgacaccattgcatacactagcaag
attttatcgaaaggacccagatgtagctgtctcttgtgagactatgccag
ggcctagcaaacacagaagtggatgctcacagtcagctaatggatggatc
acagggcccccaatggaggagctagagaaagaacccaaggagctaaaggg
atctgcaaccctataggtggaacaacattatgaactaaccagtaccccgg
agctcttgactctagctgcatatgtatcaaaagatggcctagttggccat
cactggaaagagaggcccattggacacgcaaactttatatgcctcagtac
agggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_126301974_126303161
seq2: B6Ng01-221E19.b_49_1234 (reverse)

seq1  TGGTTT-CCAGGGGGGCGTTCTCAGTGGTGAGAAGATGTATGAAAATCCC  49
      |||||| |||||||| || ||||||||||   ||||||| ||||||| ||
seq2  TGGTTTCCCAGGGGGACG-TCTCAGTGGTAGAAAGATGTTTGAAAAT-CC  48

seq1  TAC-TGGACAAGAGTATGCTGCCAAAATTA-TCAACAC-CAAAAAGCTTT  96
      ||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||  |
seq2  TACTTGGACAGAGGTATGCTGCCAAAATTATTCAACGCACAAAAAGC-CT  97

seq1  CTGCTAGGGG--TGGGTATTTTAAACCACATTTATTTATATATGTT-AAT  143
      ||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  CTGCTAGGGGGTAGGGTATTTTAAACCACATTAATTTATATATGTTAAAT  147

seq1  GTTGTATTTGTTGTGTGAATGGTTGGTGTCTTCTAAGTAGTTATAGCATG  193
      |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTTGTA-TTGTTGTGTGAATGG-TGGTGTC-TCTAAGTAGTTATAGCATG  194

seq1  TAGTTATAATTGAATTTTGGACTTAGGTATCATATTACATATTACCATTT  243
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAGTTATAATTGAA-TTTGGACTTAGGTATCATATTACATATTACCA-TT  242

seq1  TTCCTTGCCAAAAGCCTCTTGCTTTGTTTCCTTTGAAAAGTAGGTGAAAA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGCCAAAAGCCTCTTGCTTTGTTTCC-TTGAAAAGTAGGTGAAAA  291

seq1  ATATAATTGTTATCAGCGAGTTATTAAAATGCTGTCTCCTAAGCAATGGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATTGTTATCAGCGAGTTATTAAAATGCTGTCTCCTAAGCAATGGT  341

seq1  ATAGATAAATATGTTGCAAAGCAAATAAATGTCATGAGGGGCCTTGCTGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAAATATGTTGCAAAGCAAATAAATGTCATGAGGGGCCTTGCTGA  391

seq1  AATCTGTTCAGAAGGATCTTGAAATGGAAAAAATGCAAGTCTCATAACTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTTCAGAAGGATCTTGAAATGGAAAAAATGCAAGTCTCATAACTG  441

seq1  TCATAATTCCCCTTTCACTTCTGAGACAAAAAAAAAAAATGGGTCATGGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATTCCCCTTTCACTTCTGAGACAAAAAAAAAAAATGGGTCATGGT  491

seq1  TCAGTTGAATGTATGTTACAGTTGTAGTTACAGCTGAACTTAATACAGCG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGAATGTATGTTACAGTTGTAGTTACAGCTGAACTTAATACAGCG  541

seq1  AGGTATATTTAACTTCAGTGGTTTGGGGAAGTAGGAAGAGATTTTTACTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATATTTAACTTCAGTGGTTTGGGGAAGTAGGAAGAGATTTTTACTG  591

seq1  TAATCTAGGAAGTTAGCTTGGCTTTGATATGTGTAGGCTAGGCCTTTTCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTAGGAAGTTAGCTTGGCTTTGATATGTGTAGGCTAGGCCTTTTCT  641

seq1  GGGTTTTCTGCATGAAACTTTCCATCAGATCATGCAATATATTTTACACC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTCTGCATGAAACTTTCCATCAGATCATGCAATATATTTTACACC  691

seq1  TTTAGCTTATAGCCACAAAGATACTTCATCCTGAGAGCTCTTGACATAAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTTATAGCCACAAAGATACTTCATCCTGAGAGCTCTTGACATAAG  741

seq1  TTTAAAAAAAAATAAACAAAAAACAAAAACAACTGGGAGCAGTGTGCCCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAAAAATAAACAAAAAACAAAAACAACTGGGAGCAGTGTGCCCA  791

seq1  CATGATGATGATGGTGATGATGGTGATGATGGTGATGGTGATGATGGTGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGATGATGGTGATGATGGTGATGATGGTGATGGTGATGATGGTGA  841

seq1  TTAGAATCAAACAAAAGTCCATATACTGAAATGCCGGAGTTACAGTGACT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATCAAACAAAAGTCCATATACTGAAATGCCGGAGTTACAGTGACT  891

seq1  AAGGTGCCTACGGATTTCCAAGGGAATTCATGGTGTGATGAAATGAAGCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGCCTACGGATTTCCAAGGGAATTCATGGTGTGATGAAATGAAGCT  941

seq1  GGAATCAAAAAGAACAGAATCCCATAATGCAGCCCCATCTCAGTGACCTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCAAAAAGAACAGAATCCCATAATGCAGCCCCATCTCAGTGACCTG  991

seq1  GTTTATTTTAAGTAATGAGAGGAAATTCCATTAGACTTAGTTTTCCTCAC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTTAAGTAATGAGAGGAAATTCCATTAGACTTAGTTTTCCTCAC  1041

seq1  TGAATACATCTTTTAAGACATGCCACTTAAAGACGTCTGGGTATCGTTCG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACATCTTTTAAGACATGCCACTTAAAGACGTCTGGGTATCGTTCG  1091

seq1  TTGCCTTTGTCCTCGGCTCTGACAAATGGATTTTCGGATTCTCCTTTTAC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTTGTCCTCGGCTCTGACAAATGGATTTTCGGATTCTCCTTTTAC  1141

seq1  GATATACTTTAGGTTTCAGTCTATGTATTCACTCGGATGGAATTC  1188
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATACTTTAGGTTTCAGTCTATGTATTCACTCGGATGGAATTC  1186


seq1: chr3_126160552_126161406
seq2: B6Ng01-221E19.g_66_920

seq1  GAATTCCAGGCCAGCCTGAGGTAAAGAGTGAGACATTGTTTCAATAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGCCTGAGGTAAAGAGTGAGACATTGTTTCAATAAGTA  50

seq1  AAGGTCATAGTGACATATATTCAGTTTTAATTCATAGAACCCCACATAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCATAGTGACATATATTCAGTTTTAATTCATAGAACCCCACATAAA  100

seq1  TTTAGAACTAAAGAATATGAGAATCTATGATGTTAGTGTCAGATCTTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAACTAAAGAATATGAGAATCTATGATGTTAGTGTCAGATCTTATG  150

seq1  TGAAACTGTCCCATGTGGCATTGAAGTCAGAAGGGTGACACCAGAGGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTGTCCCATGTGGCATTGAAGTCAGAAGGGTGACACCAGAGGACT  200

seq1  TAAGTGTCTGTGGGAACCACTAAAGCATAAAATAATAAAGAAAATATAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTCTGTGGGAACCACTAAAGCATAAAATAATAAAGAAAATATAAT  250

seq1  AATGTACAGTACCTTAGCTCTTCAAAATGGTGGACATGTTATAAGGGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTACAGTACCTTAGCTCTTCAAAATGGTGGACATGTTATAAGGGTAA  300

seq1  CAATAATTCACACATTTTCTTAGCATTCAGACTAAATGTAAGTACCTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATTCACACATTTTCTTAGCATTCAGACTAAATGTAAGTACCTATC  350

seq1  AGAATTTAGAGGAAGAACAAAGACCAAAGTGTGGACACTTTGCCCCTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTAGAGGAAGAACAAAGACCAAAGTGTGGACACTTTGCCCCTTCT  400

seq1  TAGAATTGGGAAAAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAAACAAAGTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTGGGAAAAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAAACAAAGTTTG  450

seq1  GAGCTGTGACAAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCATATCCAGGGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTGACAAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCATATCCAGGGATC  500

seq1  CATCCCATAATCAGCCTCCAAACACTGACACCATTGCATACACTAGCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCATAATCAGCCTCCAAACACTGACACCATTGCATACACTAGCAAG  550

seq1  ATTTTATCGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATCGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCAG  600

seq1  GGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATC  650

seq1  ACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGAACCCAAGGAGCTAAAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGAACCCAAGGAGCTAAAGGG  700

seq1  ATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGG  750

seq1  AGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTTGGCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTTGGCCAT  800

seq1  CACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCTCAGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCTCAGTAC  850

seq1  AGGGG  855
      |||||
seq2  AGGGG  855


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |