BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223M18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 113,758,601 - 113,869,196
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol11a1
Upstream geneUtp14B-ps, EG433643, OTTMUSG00000022462, LOC668723, Amy2-2, Amy2-1, LOC100043684, LOC100043686, LOC100043688, LOC100043207, Amy1, Rnpc3
Downstream geneLOC100043220, Olfm3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223M18.bB6Ng01-223M18.g
ACCGA038439GA038440
length1,1461,141
definitionB6Ng01-223M18.b B6Ng01-223M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,758,601 - 113,759,756)(113,868,059 - 113,869,196)
sequence
gaattctaaagatccagatgttgcttatagagttacggaggaagcacaaa
tcagcgccccaacaaagcagctatttccaggtaggttaattttatctttg
ctcctattgctattactgctgttattaataaaacttttattctttatttg
cttaatagtgtttctattgtgctacataatatcaagttacagtatgaagt
ataaattttcataaacaaaaaacaaagaagttgcaatcaccaatgacatg
atgaaaatatccaactgctacactgatttaatctggtaacagaaataggc
ttatggttagaaattaaacaattcattatttcttcaatagaatatgggaa
gtcagtattttatgactatcccatattcatggggttaagattggagggaa
cttcaaacaactaatgattgataattttacagtcttgtagtttaggaaaa
actcagtggatattgtcctaacatcactctatttactttcaaagaaacat
ttttttttttttttttagtaaaggttcgttttgaatgttttacacattat
tcttacgtgaagtttaatacagtatggtaatttgcatattaatatcccct
ctaaatatttgaatggttgtttcccagttagtgtaactgttttgggtggc
ttaaggaagtatggccttgttggagtaggtgtggccttgtaggtgtgcta
ctgggagaaggctttgaggcttcaaaagcccacaccagaactagtttcac
tctttctacttccaccttacggatcagatgtgaagtttaaatactgttcc
agtgccgtatctgtctgaccccatgctaccaggcataacgatcacggact
aagtgtctgaaactataaacaactaactgcttttttgttgtaagtgtttc
ttcatagcagtaaaatgataactgagacatacagctagccattttacaca
tgctcagaattctggtattagagattttgtaggactttacctggaaattt
ttcatatgatattgatgaatttctggaacattttttttctatgagagaca
attgatcatagtataaaatcttttggaattaataatatgtagaaagatca
atgattgcagaattgagatcctgatatccaatgtctacgtagcagc

gaattcccctacatgagtgggctgtgtgcaggcctgtggaacattttctt
gagaagagattcatgtgcataggttcagccatgggaaggagagtgtcacc
tctgagcctctgctactgaaggtgtaataaagcgaggggagcaagttggg
aggagtaggtaagctgcacttcctgtggcctctgcatcagctccctcttc
cagtacctgccttatgttcctgccctgacatgctctgatgatggactttg
attcttaagtgtaagtcatcaaattttcaaaaaaaattttcccacctata
tatttgtgtgattatagaatttaatcaatatttgcattacagaatgaaat
aaaattcagttttgcaaatacaggtaggtggtcttactaagactacagta
aatataagagaattgtaaccattgtatatatgtatatgcatataaacata
aatatctttgatttattttgcacattcacatagatgtgtatgtgtgcttg
ttatatgtgtgttgtacatacatataaacatgtgaaggacaaagtaagat
gttaggatgtgttgtatttgtgctctattcagatatgcatagggaattga
cagagtaagacatcctattactctttgatttacttcactgagtaatgatt
gctcattcctgaacccaaacctagcctaccttacagctgctcctgcatca
cacatgcgatcagggatctcaactttggtctgcatgctaaagaagcaagt
gtccttgcttgttaaggcatttccccaatctttttactatatatttgtat
tatgataaaagtttccttggttactattttagataaaccaacaggtgcat
attaaagctatttctacttaaattcacagtaaaacaacgaccatgacaaa
gatgtgctccagctaaatgttactatagtaacatgtccaggtaaatggat
tagggatgatactccctcaccacagtgtaaggaactcacattttcgcctt
tgtcacctttgctgcctttggcctgtttcacaattcacccctgcgatgga
aaagatgcatgttaaagctaaatttccagttaacataccttgccaatcca
tcattatcattaagctctaacagtttttacccgtgtaatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_113758601_113759756
seq2: B6Ng01-223M18.b_50_1195

seq1  GAATTCTAAAGATCCAGATGTTGCTTATAGAGTTACGGAGGAAGCACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAGATCCAGATGTTGCTTATAGAGTTACGGAGGAAGCACAAA  50

seq1  TCAGCGCCCCAACAAAGCAGCTATTTCCAGGTAGGTTAATTTTATCTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCGCCCCAACAAAGCAGCTATTTCCAGGTAGGTTAATTTTATCTTTG  100

seq1  CTCCTATTGCTATTACTGCTGTTATTAATAAAACTTTTATTCTTTATTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATTGCTATTACTGCTGTTATTAATAAAACTTTTATTCTTTATTTG  150

seq1  CTTAATAGTGTTTCTATTGTGCTACATAATATCAAGTTACAGTATGAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATAGTGTTTCTATTGTGCTACATAATATCAAGTTACAGTATGAAGT  200

seq1  ATAAATTTTCATAAACAAAAAACAAAGAAGTTGCAATCACCAATGACATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTTCATAAACAAAAAACAAAGAAGTTGCAATCACCAATGACATG  250

seq1  ATGAAAATATCCAACTGCTACACTGATTTAATCTGGTAACAGAAATAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATATCCAACTGCTACACTGATTTAATCTGGTAACAGAAATAGGC  300

seq1  TTATGGTTAGAAATTAAACAATTCATTATTTCTTCAATAGAATATGGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTTAGAAATTAAACAATTCATTATTTCTTCAATAGAATATGGGAA  350

seq1  GTCAGTATTTTATGACTATCCCATATTCATGGGGTTAAGATTGGAGGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTATTTTATGACTATCCCATATTCATGGGGTTAAGATTGGAGGGAA  400

seq1  CTTCAAACAACTAATGATTGATAATTTTACAGTCTTGTAGTTTAGGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACAACTAATGATTGATAATTTTACAGTCTTGTAGTTTAGGAAAA  450

seq1  ACTCAGTGGATATTGTCCTAACATCACTCTATTTACTTTCAAAGAAACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTGGATATTGTCCTAACATCACTCTATTTACTTTCAAAGAAACAT  500

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTAGTAAAGGTTCGTTTTGAATGTTTTACACATTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTAGTAAAGGTTCGTTTTGAATGTTTTACACATTAT  550

seq1  TCTTACGTGAAGTTTAATACAGTATGGTAATTTGCATATTAATATCCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACGTGAAGTTTAATACAGTATGGTAATTTGCATATTAATATCCCCT  600

seq1  CTAAATATTTGAATGGTTGTTTCCCAGTTAGTGTAACTGTTTTGGGTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATATTTGAATGGTTGTTTCCCAGTTAGTGTAACTGTTTTGGGTGGC  650

seq1  TTAAGGAAGTATGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTGGCCTTGTAGGTGTGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAAGTATGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTGGCCTTGTAGGTGTGCTA  700

seq1  CTGGGAGAAGGCTTTGAGGCTTCAAAAGCCCACACCAGAACTAGTTTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGAAGGCTTTGAGGCTTCAAAAGCCCACACCAGAACTAGTTTCAC  750

seq1  TCTTTCTACTTCCACCTTACGGATCAGATGTGAAGTTTAAATACTGTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTACTTCCACCTTACGGATCAGATGTGAAGTTTAAATACTGTTCC  800

seq1  AGTGCCGTATCTGTCTGACCCCATGCTACCAGGCATAACGATCACGGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCGTATCTGTCTGACCCCATGCTACCAGGCATAACGATCACGGACT  850

seq1  AAGTGTCTGAAACTATAAACAACTAACTGC-TTTTTGTTGTAAGTGTTTC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCTGAAACTATAAACAACTAACTGCTTTTTTGTTGTAAGTGTTTC  900

seq1  TTCATAGCAGTAAAATGATAACTGAGACATACAGCTAGCCATTTTAACAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTCATAGCAGTAAAATGATAACTGAGACATACAGCTAGCCATTTT-ACAC  949

seq1  ATGCTCAGAATTCTGGTATTAGAGATTTTGTAAGACTTTACCTGGAAATT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGCTCAGAATTCTGGTATTAGAGATTTTGTAGGACTTTACCTGGAAATT  999

seq1  TTTCATATGATATTGATGAATTTCTGGGAACA-TTTTTTTCTATGAGAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTCATATGATATTGATGAATTTCT-GGAACATTTTTTTTCTATGAGAGA  1048

seq1  CAATTTGATCCAATAGTATAAAAATCTTTT-GAAATAATAATAATGTAGA  1097
      ||| ||||||  ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||| 
seq2  CAA-TTGATC--ATAGTAT-AAAATCTTTTGGAATTAATAAT-ATGTAG-  1092

seq1  AAAAGATCATTGATTGCAGAAATGAGAATTCCTGATATCACAATGTCTAC  1147
       |||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||
seq2  -AAAGATCAATGATTGCAGAATTGAGA--TCCTGATATC-CAATGTCTAC  1138

seq1  GTAGGCAGC  1156
      ||| |||||
seq2  GTA-GCAGC  1146


seq1: chr3_113868059_113869196
seq2: B6Ng01-223M18.g_67_1207 (reverse)

seq1  GTATT--AAGGGTAAAAA-TGTTAGAGTTTAATGATAATGATGGAATTGC  47
      |||||  | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||
seq2  GTATTACACGGGTAAAAACTGTTAGAGCTTAATGATAATGATGGATTGGC  50

seq1  A--GTATGGTAACTGGGAATTTAGCTTTAACATGCATCTTTT-CAACGCA  94
      |  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||
seq2  AAGGTATGTTAACTGGAAATTTAGCTTTAACATGCATCTTTTCCATCGCA  100

seq1  GGGTGAAATTGGTGAACCAGGCCAAAAGGGCAGCAAAGGTGACAAAGGCG  144
      |||   |||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAATT-GTGAAACAGGCCAAA--GGCAGCAAAGGTGACAAAGGCG  147

seq1  AAAATGTGAGTTCCTTACACTGTGGTGAGGGAGTATCATCCCTAATCCAT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGAGTTCCTTACACTGTGGTGAGGGAGTATCATCCCTAATCCAT  197

seq1  TTACCTGGACATGTTACTATAGTAACATTTAGCTGGAGCACATCTTTGTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGGACATGTTACTATAGTAACATTTAGCTGGAGCACATCTTTGTC  247

seq1  ATGGTCGTTGTTTTACTGTGAATTTAAGTAGAAATAGCTTTAATATGCAC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCGTTGTTTTACTGTGAATTTAAGTAGAAATAGCTTTAATATGCAC  297

seq1  CTGTTGGTTTATCTAAAATAGTAACCAAGGAAACTTTTATCATAATACAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGTTTATCTAAAATAGTAACCAAGGAAACTTTTATCATAATACAA  347

seq1  ATATATAGTAAAAAGATTGGGGAAATGCCTTAACAAGCAAGGACACTTGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAGTAAAAAGATTGGGGAAATGCCTTAACAAGCAAGGACACTTGC  397

seq1  TTCTTTAGCATGCAGACCAAAGTTGAGATCCCTGATCGCATGTGTGATGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAGCATGCAGACCAAAGTTGAGATCCCTGATCGCATGTGTGATGC  447

seq1  AGGAGCAGCTGTAAGGTAGGCTAGGTTTGGGTTCAGGAATGAGCAATCAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAGCTGTAAGGTAGGCTAGGTTTGGGTTCAGGAATGAGCAATCAT  497

seq1  TACTCAGTGAAGTAAATCAAAGAGTAATAGGATGTCTTACTCTGTCAATT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGTGAAGTAAATCAAAGAGTAATAGGATGTCTTACTCTGTCAATT  547

seq1  CCCTATGCATATCTGAATAGAGCACAAATACAACACATCCTAACATCTTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATGCATATCTGAATAGAGCACAAATACAACACATCCTAACATCTTA  597

seq1  CTTTGTCCTTCACATGTTTATATGTATGTACAACACACATATAACAAGCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCCTTCACATGTTTATATGTATGTACAACACACATATAACAAGCA  647

seq1  CACATACACATCTATGTGAATGTGCAAAATAAATCAAAGATATTTATGTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACACATCTATGTGAATGTGCAAAATAAATCAAAGATATTTATGTT  697

seq1  TATATGCATATACATATATACAATGGTTACAATTCTCTTATATTTACTGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCATATACATATATACAATGGTTACAATTCTCTTATATTTACTGT  747

seq1  AGTCTTAGTAAGACCACCTACCTGTATTTGCAAAACTGAATTTTATTTCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTAGTAAGACCACCTACCTGTATTTGCAAAACTGAATTTTATTTCA  797

seq1  TTCTGTAATGCAAATATTGATTAAATTCTATAATCACACAAATATATAGG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTAATGCAAATATTGATTAAATTCTATAATCACACAAATATATAGG  847

seq1  TGGGAAAATTTTTTTTGAAAATTTGATGACTTACACTTAAGAATCAAAGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAATTTTTTTTGAAAATTTGATGACTTACACTTAAGAATCAAAGT  897

seq1  CCATCATCAGAGCATGTCAGGGCAGGAACATAAGGCAGGTACTGGAAGAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATCAGAGCATGTCAGGGCAGGAACATAAGGCAGGTACTGGAAGAG  947

seq1  GGAGCTGATGCAGAGGCCACAGGAAGTGCAGCTTACCTACTCCTCCCAAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGATGCAGAGGCCACAGGAAGTGCAGCTTACCTACTCCTCCCAAC  997

seq1  TTGCTCCCCTCGCTTTATTACACCTTCAGTAGCAGAGGCTCAGAGGTGAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCCCTCGCTTTATTACACCTTCAGTAGCAGAGGCTCAGAGGTGAC  1047

seq1  ACTCTCCTTCCCATGGCTGAACCTATGCACATGAATCTCTTCTCAAGAAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCTTCCCATGGCTGAACCTATGCACATGAATCTCTTCTCAAGAAA  1097

seq1  ATGTTCCACAGGCCTGCACACAGCCCACTCATGTAGGGGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCACAGGCCTGCACACAGCCCACTCATGTAGGGGAATTC  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |