BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224L06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 74,115,866 - 74,270,226
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667434
Upstream geneBche, LOC667425, LOC619764
Downstream geneLOC100041551, EG667459, BC050789, Serpini2, Wdr49
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224L06.bB6Ng01-224L06.g
ACCGA039088GA039089
length1,0391,146
definitionB6Ng01-224L06.b B6Ng01-224L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,269,202 - 74,270,226)(74,115,866 - 74,117,012)
sequence
gaattcaatgttcaacatcccttgtcagtcatcagggaaaggcaaatcaa
aacaaccctgagattccacctcacaccagtcagaatggctaagatcaaaa
actaggttgacagcagatgctggtgaggatgtgcagaaagaagaattctc
ctccactgctggtggaattgcaagctggtacatccactctggagatcagt
ttgttggttcctcagaaaactggacatagtactattagaagaccctgttg
taccactcctgggcatatacccagaagagattccaacatgtaataaggac
acatactgcaccatgttcataacagccttatgtatactagccagaagttg
gaaagaacagagatgtccctcaactgagtaatagttacagaaaatgtggt
acatttacacaatggagtgctactcacctattaaaaacaatgacttcata
atttataaactttatactttttattgaggtatatgtgtgtatgtgagagt
gtatatgtagatttggtatgcacaacaatggcatgccacgacatacatga
agaagtcatagttctattatctagaattatttttctccttctacttttac
attaattccatggctcaagctaaggttgtcagcttctatagtgaacatct
ttatgtgctgagctctctcaccagccaaaagagttatattttataaaaac
atgtcagaggctaaaatgaacagaaaacactttgcatgtttctttaaata
ttttcattttaaaaatcaaatacatattgtttatattacacagtaataag
tttccaaatgaaatttcatatatacattctcctttgataatttccttaca
ttttgatcactatggtcatgatcccctttctaagttttgaattttatacc
tggtgtttagtcctccatgggtacaatttttaacaatcagaagctagtat
tttcatcctgaagaaaaaaaaacagattaatatctttgtttttagcttta
gtttgttgagttttttttacattttcttcaggttttaac

gaattccatgccatgcttttgcctctgtgggtaccaggcatacatgcagt
acatagatacacactcaaaattcattataaacatcttacaaactatacct
agactgatgttataagaacaacaaaaaagaacaacaaaaggaccttagta
gaacttttattttattttattttattttattttattttattttgaacttg
ttattttaaactttcactagtaaatttagaactttccatttcattcaaac
ctagaaaaacaaacataaatgctgaagtggtcttcaaaatttgtcaacaa
ttctagttaatgactgaactccctttgatcttatggataatactgaaagc
taattaaacatttgaaaactaaataaaacactctcctaagagagctgcat
gtacctgctttgcactgttcatattaacagctatgaaaggaacagctgtt
ttgttggggctcatgtatgtttaattctaaaacataaacctatgtactgt
ttgccaggcagcagaatatgccaagtaatcatgaaaacaaaatagtcccc
actcagaggcatttgctatgactgccttctttcaatcattctgttttttt
tttgcctagtaactatgttttatgcttataaatacataagtaaagataga
tattaagatgaataagattgctgatattttatcatatgtctagtatatta
atttgcatacatcatattataatacaaaattatattcagattaatttaat
ttattttattattcatattacatcttacaaaaatgatttttgtaactaca
aagtttaatactgttctgaaataagccattcttctgatataccaaagata
ccaatcatatttgcaatgaagacatacagatatgaaggactttttttgtt
taaaaatatgtcacaattcctatctcatttgaaaactactaaaatgcatg
atataaaattaaattcataacattatttgacattaagaaaataaacatat
tcttctatgaaatgagggaaacctgaaaagatgacagcagagagggaaat
gcctagataactgcacctcactttttgacacctcttagactggtgaatgt
aaaacgcacccttgggacagcttgcagtcttccacatttgtctttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_74269202_74270226
seq2: B6Ng01-224L06.b_46_1084 (reverse)

seq1  GTTAAAAACTGAAGAAAATGAAAAAAAAAATCAACAAACTAAAGCTAAAA  50
      ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAACCTGAAGAAAATGTAAAAAAAACTCAACAAACTAAAGCTAAAA  50

seq1  --CAAGATATT-ATCTGTTTTTTTTTTCTTCATGATG-ATATACTAGCTT  96
         |||||||| ||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||
seq2  ACAAAGATATTAATCTG-TTTTTTTTTCTTCAGGATGAAAATACTAGCTT  99

seq1  CTGATTGTTAAAAATTGTACCCATGGAGGACTAAACA-CAGGTATAAAAT  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGATTGTTAAAAATTGTACCCATGGAGGACTAAACACCAGGTATAAAAT  149

seq1  CAAAAACTTAGAAAGGGGATCATGACATTAGTGATCAAAATGTAA-GAAA  194
        ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||
seq2  TCAAAACTTAGAAAGGGGATCATGACCATAGTGATCAAAATGTAAGGAAA  199

seq1  TTATC-AAGGAGAATGTATATATGAAATTTCATTTGGAAACTTATTACTG  243
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAAGGAGAATGTATATATGAAATTTCATTTGGAAACTTATTACTG  249

seq1  TGTAATATAAACAATATGTA-TTGA-TTTTAAAATGAAAATATTT-AAGA  290
      |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTAATATAAACAATATGTATTTGATTTTTAAAATGAAAATATTTAAAGA  299

seq1  AACATGC-AAGTG-TTTCTGTTCA-TTTAGCCTCTGACATGTTTTTAT-A  336
      ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  AACATGCAAAGTGTTTTCTGTTCATTTTAGCCTCTGACATGTTTTTATAA  349

seq1  AATATAACTC-TTTGGCTGGTGAGAGAGCTCAGCACATAAAGATGTTCAC  385
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAACTCTTTTGGCTGGTGAGAGAGCTCAGCACATAAAGATGTTCAC  399

seq1  TATAGAAGCTGACAACCTTAGCTTGAGCCATGGAATTAATGTAAAAGTAG  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAGCTGACAACCTTAGCTTGAGCCATGGAATTAATGTAAAAGTAG  449

seq1  AAGGAGAAAAATAATTCTAGATAATAGAACTATGACTTCTTCATGTATGT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAAAAATAATTCTAGATAATAGAACTATGACTTCTTCATGTATGT  499

seq1  CGTGGCATGCCATTGTTGTGCATACCAAATCTACATATACACTCTCACAT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCATGCCATTGTTGTGCATACCAAATCTACATATACACTCTCACAT  549

seq1  ACACACATATACCTCAATAAAAAGTATAAAGTTTATAAATTATGAAGTCA  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATATACCTCAATAAAAAGTATAAAGTTTATAAATTATGAAGTCA  599

seq1  TTGTTTTTAATAGGTGAGTAGCACTCCATTGTGTAAATGTACCACATTTT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTAATAGGTGAGTAGCACTCCATTGTGTAAATGTACCACATTTT  649

seq1  CTGTAACTATTACTCAGTTGAGGGACATCTCTGTTCTTTCCAACTTCTGG  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACTATTACTCAGTTGAGGGACATCTCTGTTCTTTCCAACTTCTGG  699

seq1  CTAGTATACATAAGGCTGTTATGAACATGGTGCAGTATGTGTCCTTATTA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTATACATAAGGCTGTTATGAACATGGTGCAGTATGTGTCCTTATTA  749

seq1  CATGTTGGAATCTCTTCTGGGTATATGCCCAGGAGTGGTACAACAGGGTC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGGAATCTCTTCTGGGTATATGCCCAGGAGTGGTACAACAGGGTC  799

seq1  TTCTAATAGTACTATGTCCAGTTTTCTGAGGAACCAACAAACTGATCTCC  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATAGTACTATGTCCAGTTTTCTGAGGAACCAACAAACTGATCTCC  849

seq1  AGAGTGGATGTACCAGCTTGCAATTCCACCAGCAGTGGAGGAGAATTCTT  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGATGTACCAGCTTGCAATTCCACCAGCAGTGGAGGAGAATTCTT  899

seq1  CTTTCTGCACATCCTCACCAGCATCTGCTGTCAACCTAGTTTTTGATCTT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGCACATCCTCACCAGCATCTGCTGTCAACCTAGTTTTTGATCTT  949

seq1  AGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCC  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCC  999

seq1  TTTCCCTGATGACTGACAAGGGATGTTGAACATTGAATTC  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGATGACTGACAAGGGATGTTGAACATTGAATTC  1039


seq1: chr3_74115866_74117012
seq2: B6Ng01-224L06.g_67_1212

seq1  GAATTCCATGCCATGCTTTTGCCTCTGTGGGTACCAGGCATACATGCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCCATGCTTTTGCCTCTGTGGGTACCAGGCATACATGCAGT  50

seq1  ACATAGATACACACTCAAAATTCATTATAAACATCTTACAAACTATACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGATACACACTCAAAATTCATTATAAACATCTTACAAACTATACCT  100

seq1  AGACTGATGTTATAAGAACAACAAAAAAGAACAACAAAAGGACCTTAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGATGTTATAAGAACAACAAAAAAGAACAACAAAAGGACCTTAGTA  150

seq1  GAACTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTGAACTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTGAACTTG  200

seq1  TTATTTTAAACTTTCACTAGTAAATTTAGAACTTTCCATTTCATTCAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTAAACTTTCACTAGTAAATTTAGAACTTTCCATTTCATTCAAAC  250

seq1  CTAGAAAAACAAACATAAATGCTGAAGTGGTCTTCAAAATTTGTCAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAAACAAACATAAATGCTGAAGTGGTCTTCAAAATTTGTCAACAA  300

seq1  TTCTAGTTAATGACTGAACTCCCTTTGATCTTATGGATAATACTGAAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGTTAATGACTGAACTCCCTTTGATCTTATGGATAATACTGAAAGC  350

seq1  TAATTAAACATTTGAAAACTAAATAAAACACTCTCCTAAGAGAGCTGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAACATTTGAAAACTAAATAAAACACTCTCCTAAGAGAGCTGCAT  400

seq1  GTACCTGCTTTGCACTGTTCATATTAACAGCTATGAAAGGAACAGCTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGCTTTGCACTGTTCATATTAACAGCTATGAAAGGAACAGCTGTT  450

seq1  TTGTTGGGGCTCATGTATGTTTAATTCTAAAACATAAACCTATGTACTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGGGCTCATGTATGTTTAATTCTAAAACATAAACCTATGTACTGT  500

seq1  TTGCCAGGCAGCAGAATATGCCAAGTAATCATGAAAACAAAATAGTCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGGCAGCAGAATATGCCAAGTAATCATGAAAACAAAATAGTCCCC  550

seq1  ACTCAGAGGCATTTGCTATGACTGCCTTCTTTCAATCATTCTGTTTTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAGGCATTTGCTATGACTGCCTTCTTTCAATCATTCTGTTTTTTT  600

seq1  TTTGCCTAGTAACTATGTTTTATGCTTATAAATACATAAGTAAAGATAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTAGTAACTATGTTTTATGCTTATAAATACATAAGTAAAGATAGA  650

seq1  TATTAAGATGAATAAGATTGCTGATATTTTATCATATGTCTAGTATATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGATGAATAAGATTGCTGATATTTTATCATATGTCTAGTATATTA  700

seq1  ATTTGCATACATCATATTATAATACAAAATTATATTCAGATTAATTTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCATACATCATATTATAATACAAAATTATATTCAGATTAATTTAAT  750

seq1  TTATTTTATTATTCATATTACATCTTACAAAAATGATTTTTGTAACTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTATTATTCATATTACATCTTACAAAAATGATTTTTGTAACTACA  800

seq1  AAGTTTAATACTGTTCTGAAATAAGCCATTCTTCTGATATACCAAAGATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAATACTGTTCTGAAATAAGCCATTCTTCTGATATACCAAAGATA  850

seq1  CCAATCATATTTGCAATGAAGACATACAGATATGAAGGACTTTTTTTGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCATATTTGCAATGAAGACATACAGATATGAAGGACTTTTTTTGTT  900

seq1  TAAAAATATGTCACAATTCCTATCTCATTTGAAAACTACTAAAATGCATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATATGTCACAATTCCTATCTCATTTGAAAACTACTAAAATGCATG  950

seq1  ATATAAAATTAAA-TCATAACATTATTTGACATTTAAGAAATAAACATAT  999
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||
seq2  ATATAAAATTAAATTCATAACATTATTTGACATTAAGAAAATAAACATAT  1000

seq1  --CTCTATGAAATGAGGGAAACCTGAAAAGAATGAGAGCAAGAGAGGG-A  1046
         ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |
seq2  TCTTCTATGAAATGAGGGAAACCTGAAAAG-ATGACAGC-AGAGAGGGAA  1048

seq1  ATG-CTAGATAAACTGCACCTCACTTTTTGAACAACCCTCTAGAACATGT  1095
      ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||   ||  ||
seq2  ATGCCTAGAT-AACTGCACCTCACTTTTTG-ACA--CCTCTTAGACTGGT  1094

seq1  G-ATGTAAAAACGCA-CCTGGGGACAGCTGGCAGTCTTCCAACATTTGTC  1143
      | |||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  GAATGT-AAAACGCACCCTTGGGACAGCTTGCAGTCTTCC-ACATTTGTC  1142

seq1  TTTC  1147
      ||||
seq2  TTTC  1146


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |