BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225M20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 32,823,834 - 32,967,362
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp13, Pex2
Upstream geneKcnmb2, LOC665514, Zmat3, 4930429B21Rik, Pik3ca, Kcnmb3, Zfp639, Mfn1, Gnb4, LOC100040977, Actl6a, Mrpl47, Ndufb5
Downstream geneEG545512, LOC100041058, Ttc14, Ccdc39, LOC100040232, LOC100041072, Fxr1h, Dnajc19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225M20.bB6Ng01-225M20.g
ACCGA039903GA039904
length9851,035
definitionB6Ng01-225M20.b B6Ng01-225M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,966,376 - 32,967,362)(32,823,834 - 32,824,852)
sequence
gaattcaatacccagaactaatggaggaagggacagaaagatccctaggg
ctcactgagcagccagcagagcctgcttcctacttggtgaattctaggcc
agtgagacacacacagatgcatgcacatgcacgagcacgagataaagcat
tgccttggtcatgaggatgcattgatgtctcattcttgcatactcatgaa
tatttcgtattgttgcactcagcaaacattacattctttgtcttctcatt
ttctactgcgtgtgtatgggtgcattttaatggccaccttagaatcaagg
atcttaagcatttcaaccgagctttcccttcacttgtgcagtgatcatgc
aaataatctcccctttcatttagaggatgcaattcattaaactgaagaaa
gtagcaaaaaaattgcagcagagttattcgaggcctgtaggtagatacat
gctagtcttccatgaattccatatgctgtttgtttgtagggtctgcactg
ggtaatctctaccatcctgttggaaattgtcacacatgtcacattgctcc
ctaaggcttcaggtttaacccaaattatgtgtagcagttaccagcattct
acttcctaagggtgactgaagcaaaaatttgcattaatttgcatgcataa
ctgcatgaattccatagaaatttattaattttactaagtaagtaaaaagt
acatggattaagtcttgttagagccacaaatccctcaggatatagtttac
tctggtaaccatactcattgaggaaacatgtatagatttgctaaggtagt
ctcagtgaaaactaaacatatagagactttcaatcctgatattggagtct
aagcagcttacataaagtggataagattcaaggacttggagaattggacc
ctatggctgaacggcagaaacaaagaaataatgatagtgtgtgtatgtat
gtatatatatatatatatatatatatatatatata
gaattccagggacttgtctgtagtcctgccttgaggaattggcaaccaca
gagatttcttctattactgttaacaaccctacacggatacttgattgtgt
ggcagcctggcctgccttgggacaagcacaggccactggagctgtcagga
gaacaaacgggggagtgtggaaaacctagctctcttgtaacagactaaga
tgctgaggttagttttgccttcggacctttagggatcaatctcactttct
agtggcttgttcttggagacattatggcagaggcacttggcttttatgtt
tctgagttccatgactaagactgttgggagagtgagcaggtacagaagag
catgtgtggctctttaagtgggtaacaagctgtgagtcaaggctctggtg
acctgtccaggattgccagtgtcagtactctctgtctctaagggtctgca
tgttgtgaactaggttgaggtactcagttgtaattacaatgatgtaatgt
gaactgttagtattaggatacaaatgccaagggtggtgtagtataggtaa
tgggagtgaaccactgggctttacagcctcttaatggcctaccagctttt
ccttcttttctgtgcagacagaggtcatgccctcaggagacactggtgct
ggctgtatatagtaattgcttacgacagtgggttcatgtcaggtgctctg
atgctggagttgattggtgtaatgacatgtagtttaaagtgtgatattca
agaaggcaaagttatgacttttaagaatatgaaagtgaatgtatttcaca
gattaactgattgacggagaacaagtcagacgccaccactgatataaaca
tgtctgaataagtagggatattcacttttatttctttgtggactgactac
ctttgcagtgctcagtaataataaccccaggaccttgtacacaccaaggc
aggacattctattacctgagtcacagctctagttctaggatggccggttt
atttagggctcaggctaccaaaaaaaatattagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_32966376_32967362
seq2: B6Ng01-225M20.b_48_1032 (reverse)

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATATATACATACATACACACACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATATATATACATACATACACACACT  50

seq1  ATCATTATTTCTTTGTTTCTGCCGTTCAGCCATAGGGTCCAATTCTCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTATTTCTTTGTTTCTGCCGTTCAGCCATAGGGTCCAATTCTCCAA  100

seq1  GTCCTTGAATCTTATCCACTTTATGTAAGCTGCTTAGACTCCAATATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGAATCTTATCCACTTTATGTAAGCTGCTTAGACTCCAATATCAG  150

seq1  GATTTGAAAGTCTCTATATGTTTAGTTTTCACCTGAGACTACCTTAGCAA  200
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GA-TTGAAAGTCTCTATATGTTTAGTTTTCA-CTGAGACTACCTTAGCAA  198

seq1  ATCTATACATGTTTCCTCAATGAGTATGGTTACCAGAGTAAACTATATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATACATGTTTCCTCAATGAGTATGGTTACCAGAGTAAACTATATCC  248

seq1  TGAGGGATTTGTGGCTCTAACAAGACTTAATCCATGTACTTTTTACTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGATTTGTGGCTCTAACAAGACTTAATCCATGTACTTTTTACTTAC  298

seq1  TTAGTAAAATTAATAAATTTCTATGGAATTCATGCAGTTATGCATGCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAAAATTAATAAATTTCTATGGAATTCATGCAGTTATGCATGCAAA  348

seq1  TTAATGCAAATTTTTGCTTCAGTCACCCTTAGGAAGTAGAATGCTGGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCAAATTTTTGCTTCAGTCACCCTTAGGAAGTAGAATGCTGGTAA  398

seq1  CTGCTACACATAATTTGGGTTAAACCTGAAGCCTTAGGGAGCAATGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTACACATAATTTGGGTTAAACCTGAAGCCTTAGGGAGCAATGTGAC  448

seq1  ATGTGTGACAATTTCCAACAGGATGGTAGAGATTACCCAGTGCAGACCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGACAATTTCCAACAGGATGGTAGAGATTACCCAGTGCAGACCCT  498

seq1  ACAAACAAACAGCATATGGAATTCATGGAAGACTAGCATGTATCTACCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACAGCATATGGAATTCATGGAAGACTAGCATGTATCTACCTA  548

seq1  CAGGCCTCGAATAACTCTGCTGCAATTTTTTTGCTACTTTCTTCAGTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCTCGAATAACTCTGCTGCAATTTTTTTGCTACTTTCTTCAGTTTA  598

seq1  ATGAATTGCATCCTCTAAATGAAAGGGGAGATTATTTGCATGATCACTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTGCATCCTCTAAATGAAAGGGGAGATTATTTGCATGATCACTGC  648

seq1  ACAAGTGAAGGGAAAGCTCGGTTGAAATGCTTAAGATCCTTGATTCTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGAAGGGAAAGCTCGGTTGAAATGCTTAAGATCCTTGATTCTAAG  698

seq1  GTGGCCATTAAAATGCACCCATACACACGCAGTAGAAAATGAGAAGACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCATTAAAATGCACCCATACACACGCAGTAGAAAATGAGAAGACAA  748

seq1  AGAATGTAATGTTTGCTGAGTGCAACAATACGAAATATTCATGAGTATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTAATGTTTGCTGAGTGCAACAATACGAAATATTCATGAGTATGC  798

seq1  AAGAATGAGACATCAATGCATCCTCATGACCAAGGCAATGCTTTATCTCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGAGACATCAATGCATCCTCATGACCAAGGCAATGCTTTATCTCG  848

seq1  TGCTCGTGCATGTGCATGCATCTGTGTGTGTCTCACTGGCCTAGAATTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGTGCATGTGCATGCATCTGTGTGTGTCTCACTGGCCTAGAATTCA  898

seq1  CCAAGTAGGAAGCAGGCTCTGCTGGCTGCTCAGTGAGCCCTAGGGATCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTAGGAAGCAGGCTCTGCTGGCTGCTCAGTGAGCCCTAGGGATCTT  948

seq1  TCTGTCCCTTCCTCCATTAGTTCTGGGTATTGAATTC  987
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCCTTCCTCCATTAGTTCTGGGTATTGAATTC  985

seq1: chr3_32823834_32824852
seq2: B6Ng01-225M20.g_64_1098

seq1  GAATTCCAGGGACTTGTCTGTAGTCCTGCCTTGAGGAATTGGCAACCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGACTTGTCTGTAGTCCTGCCTTGAGGAATTGGCAACCACA  50

seq1  GAGATTTCTTCTATTACTGTTAACAACCCTACACGGATACTTGATTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTCTTCTATTACTGTTAACAACCCTACACGGATACTTGATTGTGT  100

seq1  GGCAGCCTGGCCTGCCTTGGGACAAGCACAGGCCACTGGAGCTGTCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCTGGCCTGCCTTGGGACAAGCACAGGCCACTGGAGCTGTCAGGA  150

seq1  GAACAAACGGGGGAGTGTGGAAAACCTAGCTCTCTTGTAACAGACTAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAACGGGGGAGTGTGGAAAACCTAGCTCTCTTGTAACAGACTAAGA  200

seq1  TGCTGAGGTTAGTTTTGCCTTCGGACCTTTAGGGATCAATCTCACTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGGTTAGTTTTGCCTTCGGACCTTTAGGGATCAATCTCACTTTCT  250

seq1  AGTGGCTTGTTCTTGGAGACATTATGGCAGAGGCACTTGGCTTTTATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTTGTTCTTGGAGACATTATGGCAGAGGCACTTGGCTTTTATGTT  300

seq1  TCTGAGTTCCATGACTAAGACTGTTGGGAGAGTGAGCAGGTACAGAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTCCATGACTAAGACTGTTGGGAGAGTGAGCAGGTACAGAAGAG  350

seq1  CATGTGTGGCTCTTTAAGTGGGTAACAAGCTGTGAGTCAAGGCTCTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGGCTCTTTAAGTGGGTAACAAGCTGTGAGTCAAGGCTCTGGTG  400

seq1  ACCTGTCCAGGATTGCCAGTGTCAGTACTCTCTGTCTCTAAGGGTCTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTCCAGGATTGCCAGTGTCAGTACTCTCTGTCTCTAAGGGTCTGCA  450

seq1  TGTTGTGAACTAGGTTGAGGTACTCAGTTGTAATTACAATGATGTAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGAACTAGGTTGAGGTACTCAGTTGTAATTACAATGATGTAATGT  500

seq1  GAACTGTTAGTATTAGGATACAAATGCCAAGGGTGGTGTAGTATAGGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTTAGTATTAGGATACAAATGCCAAGGGTGGTGTAGTATAGGTAA  550

seq1  TGGGAGTGAACCACTGGGCTTTACAGCCTCTTAATGGCCTACCAGCTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTGAACCACTGGGCTTTACAGCCTCTTAATGGCCTACCAGCTTTT  600

seq1  CCTTCTTTTCTGTGCAGACAGAGGTCATGCCCTCAGGAGACACTGGTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTTTCTGTGCAGACAGAGGTCATGCCCTCAGGAGACACTGGTGCT  650

seq1  GGCTGTATATAGTAATTGCTTACGACAGTGGGTTCATGTCAGGTGCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTATATAGTAATTGCTTACGACAGTGGGTTCATGTCAGGTGCTCTG  700

seq1  ATGCTGGAGTTGATTGGTGTAATGACATGTAG-TTAAAGTGTGATATTCA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGAGTTGATTGGTGTAATGACATGTAGTTTAAAGTGTGATATTCA  750

seq1  AGAAGGCAAAGTTATGACTTTTAAGAATATG-AAGTGAATGTATTTCACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCAAAGTTATGACTTTTAAGAATATGAAAGTGAATGTATTTCACA  800

seq1  GATTAACTGATTGACGGAGAACAAGTCAGACGCCACCACTGATATAAACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAACTGATTGACGGAGAACAAGTCAGACGCCACCACTGATATAAACA  850

seq1  TGTCTGAATAAGTA-GGATATTCACTTTTATTTC-TTGTTGACTGACTA-  895
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| 
seq2  TGTCTGAATAAGTAGGGATATTCACTTTTATTTCTTTGTGGACTGACTAC  900

seq1  CTTTGCAGTGCTCAGT-ATA--GAACCCAGGACCTTGTACACACC-AGGC  941
      |||||||||||||||| |||   | |||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTTGCAGTGCTCAGTAATAATAACCCCAGGACCTTGTACACACCAAGGC  950

seq1  A-GAGA-TCTATTA-CTGAGTCACAGCTCTAG-TCTAGGAT-GCTGGTTT  986
      | || | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||
seq2  AGGACATTCTATTACCTGAGTCACAGCTCTAGTTCTAGGATGGCCGGTTT  1000

seq1  ATTTAGGG-TCAAGTTAAC-AAAAAAATATTAGGA  1019
      |||||||| ||| | || | |||||||||||||||
seq2  ATTTAGGGCTCAGGCTACCAAAAAAAATATTAGGA  1035