BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229B17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 77,114,519 - 77,293,370
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFstl5, LOC100041625, LOC100041635
Downstream geneDnmt3a-ps1, EG626461, LOC667526, LOC626479, LOC100041691
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229B17.bB6Ng01-229B17.g
ACCGA042344GA042345
length1,1411,037
definitionB6Ng01-229B17.b B6Ng01-229B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,114,519 - 77,115,661)(77,292,305 - 77,293,370)
sequence
gaattcaactgcatggtatgaactgcaatcttgtagtcctctctctcaag
ttgcctctccttcctgtgctggtcttatgagtgttgggcatgttgtatct
ctaactcattctgtcagatctttttctctgattcatcatgtcatctgcca
ctcaattagatgtcaccttcaaacatggctgcttccttgtaccaaacaac
tttaccttgattgtgtggaattaaacatgtgtctatattctaccccaagg
aattaaatgtggatgagaggatctatctatattcaagaaagatgcctcag
acctagcaggtctttggatgacatcccctgactgatcagccctgttgccc
gactaaaatccctctacaacaacaatgcaaatgatattcaaaatcagatt
gcctaaaggggtgctttttttgaccatataacttgatgacattccatttt
gcaaatatattttcaaatgacaataggttacaaaagtgatagcaaagaag
aaaataacaatgacagaagcaattaaatatcttaaactgaaataaaaaaa
atcttttcaaaatgtcatctatgctaaatttaagaataaacaaaggaaaa
tgttcttcataaggtttgagcattagcacaatgttgatatgagtccagat
ttgctaaatgaatgtttcatactcacgagctcaatactctttactgtctt
tattgctgactattttaaaaacactctcatacaaacaggcaacttttaag
gtggtgatgaggcatttagactgtcagtgttttataagtctccatataat
tgatagcaattatgagtatagaaaactttagtaaagataataataaaatg
atgagaacatgataagtttagcacttaataggtataaactttcccttggg
taagtatcaaaaacaaagtaagaatcggtgagataacacacccatattgc
tacttcatacgttgaatttgtaatgaaaatatgcctgatgctcttctcag
cacaattagattcaacaactgttgaacataatttgcattctaaataattt
taaattatattaccatgtagccactactcttatattttctcagtaatttg
gcatccctcatgttttgctttgttatgtttgatttacatac

gaattcagattagcactgttaggagcacataccttatatgcagttgagtt
ccagtacttctgtacagatctagtcagcttgtaccctcagtgcactcagt
gcagtttcattcatggaattcagtggcagtatatccaagcagaggaattc
agtcagaagcagcctatttaaatcagtcagcttagaagattagattttat
agagactagaaacttacaggcctaggcctagggttagttagaccaaagaa
ggaaacacattgggcttatgccaagccatgtattctcatagcttgggtat
aaagatcatctcatcccatcatctgaagaaatacaagcaacatttacatt
ggtttcttttttaaaaaaataaactttgtaatgacaaaatacataagtct
tacaaattaactttatggccaatattaatgacctgaattcttgcctaaaa
taattcattcactaagatgtatcaagaaaatcatactctattagagtaca
tgtgttatttacatagtgaaaaaaggataaccatgcatttttcaatttat
acttataaagcaaataattattaatataataataaaatctaagaataatg
tcaaaatggcaattcatcattattgattatatataataatagcacttata
attgatggtatgtaatttttattttattgtaatttaaaaatgtataacac
tttgattagagcctaagtgtgcagtgactagtacttataaacttctttgt
tgcatctattcaaacaccatcatgtatttacatctgttgatgactgttgg
aatttattcaattattatcttctatagatagcactgcaaggaaactttta
tgtgtttcttatctaatgtgcaaataaattgtgagttcatgccttgattt
tcttgagtgatatattattctactatctgaaacaacagcaaattacaaaa
caacaaccatcaacatgagtgtattccctattagctgtactgaaatgtgt
actaagcttgtctggcgtcatctcaacctttgttctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_77114519_77115661
seq2: B6Ng01-229B17.b_42_1182

seq1  GAATTCAACTGCATGGTATGAACTGCAATCTTGTAGTCCTCTCTCTCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTGCATGGTATGAACTGCAATCTTGTAGTCCTCTCTCTCAAG  50

seq1  TTGCCTCTCCTTCCTGTGCTGGTCTTATGAGTGTTGGGCATGTTGTATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCTCCTTCCTGTGCTGGTCTTATGAGTGTTGGGCATGTTGTATCT  100

seq1  CTAACTCATTCTGTCAGATCTTTTTCTCTGATTCATCATGTCATCTGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCATTCTGTCAGATCTTTTTCTCTGATTCATCATGTCATCTGCCA  150

seq1  CTCAATTAGATGTCACCTTCAAACATGGCTGCTTCCTTGTACCAAACAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTAGATGTCACCTTCAAACATGGCTGCTTCCTTGTACCAAACAAC  200

seq1  TTTACCTTGATTGTGTGGAATTAAACATGTGTCTATATTCTACCCCAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTTGATTGTGTGGAATTAAACATGTGTCTATATTCTACCCCAAGG  250

seq1  AATTAAATGTGGATGAGAGGATCTATCTATATTCAAGAAAGATGCCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAATGTGGATGAGAGGATCTATCTATATTCAAGAAAGATGCCTCAG  300

seq1  ACCTAGCAGGTCTTTGGATGACATCCCCTGACTGATCAGCCCTGTTGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGCAGGTCTTTGGATGACATCCCCTGACTGATCAGCCCTGTTGCCC  350

seq1  GACTAAAATCCCTCTACAACAACAATGCAAATGATATTCAAAATCAGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAAATCCCTCTACAACAACAATGCAAATGATATTCAAAATCAGATT  400

seq1  GCCTAAAGGGGTGCTTTTTTTGACCATATAACTTGATGACATTCCATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAAGGGGTGCTTTTTTTGACCATATAACTTGATGACATTCCATTTT  450

seq1  GCAAATATATTTTCAAATGACAATAGGTTACAAAAGTGATAGCAAAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATATATTTTCAAATGACAATAGGTTACAAAAGTGATAGCAAAGAAG  500

seq1  AAAATAACAATGACAGAAGCAATTAAATATCTTAAACTGAAATAAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACAATGACAGAAGCAATTAAATATCTTAAACTGAAATAAAAAAA  550

seq1  ATCTTTTCAAAATGTCATCTATGCTAAATTTAAGAATAAACAAAGGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTCAAAATGTCATCTATGCTAAATTTAAGAATAAACAAAGGAAAA  600

seq1  TGTTCTTCATAAGGTTTGAGCATTAGCACAATGTTGATATGAGTCCAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTCATAAGGTTTGAGCATTAGCACAATGTTGATATGAGTCCAGAT  650

seq1  TTGCTAAATGAATGTTTCATACTCACGAGCTCAATACTCTTTACTGTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAAATGAATGTTTCATACTCACGAGCTCAATACTCTTTACTGTCTT  700

seq1  TATTGCTGACTATTTTAAAAACACTCTCATACAAACAGGCAACTTTTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTGACTATTTTAAAAACACTCTCATACAAACAGGCAACTTTTAAG  750

seq1  GTGGTGATGAGGCATTTAGACTGTCAGTGTTTTATAAGTCTCCATATAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGATGAGGCATTTAGACTGTCAGTGTTTTATAAGTCTCCATATAAT  800

seq1  TGATAGCAATTATGAGTATAGAAAACTTTAGTAAAGATAATAATAAAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCAATTATGAGTATAGAAAACTTTAGTAAAGATAATAATAAAATG  850

seq1  ATGAGAACATGATAAGTTTAGCACTTAATAGGTATAAACTTT-CCTTGGG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGAGAACATGATAAGTTTAGCACTTAATAGGTATAAACTTTCCCTTGGG  900

seq1  TAAGTATCAAAAACAAAGTAAGAATCGGTGAGATAACACACCCATATTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATCAAAAACAAAGTAAGAATCGGTGAGATAACACACCCATATTGC  950

seq1  TACTTCATACGTTGAATTTGTAATG-AAATATGCCTGATGCTCTTCTCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATACGTTGAATTTGTAATGAAAATATGCCTGATGCTCTTCTCAG  1000

seq1  CACAATTAGATTCAAC-ACTGTTGAACATAATTTGCATTCTAAATAATTT  1047
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CACAATTAGATTCAACAACTGTTGAACATAATTTGCATTCTAAATAA-TT  1049

seq1  TTAAATTATAATTAACCATGTAGCCACTACTCCTTATA-TTTCTCAGTAA  1096
      ||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |
seq2  TTAAATTATA--TTACCATGTAGCCACTACT-CTTATATTTTCTCAGT-A  1095

seq1  AATTGGCAT-CCTCATGTTTTGTTTTGTTATGTTTTGTTTTTACATAC  1143
      | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||    |||||||||
seq2  ATTTGGCATCCCTCATGTTTTGCTTTGTTATGTTT--GATTTACATAC  1141


seq1: chr3_77292305_77293370
seq2: B6Ng01-229B17.g_63_1099 (reverse)

seq1  CAGAACAAAAGTTTTGAGATGACGCCAGGACCAAAGGCTTAGTTAACACA  50
      ||||||||| |  |||||||||||||||    | | |||||||  |||||
seq2  CAGAACAAAGG--TTGAGATGACGCCAG----ACAAGCTTAGT--ACACA  42

seq1  TTTCAGTAACAAGCTAAATAGGGAAATACAACCTCATGTTTTGATTGTTT  100
      ||||||||   |||| ||||||| ||||||  ||||||  ||||| ||| 
seq2  TTTCAGTA--CAGCT-AATAGGG-AATACA--CTCATG--TTGATGGTT-  83

seq1  GTTTGTTTTTGTTAATTTGCTTGTTTGTTTCAAGGATAGGTAGAAATAAT  150
        |||||||   |||||||||   ||||||||  |||| |||| ||||||
seq2  -GTTGTTTT--GTAATTTGCT--GTTGTTTCA--GATA-GTAG-AATAAT  124

seq1  ATATTCACTCAAGAAAATTCAAGGCATGAACTCACAATTTTATTTGCACA  200
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATA-TCACTCAAGAAAA-TCAAGGCATGAACTCACAA-TTTATTTGCACA  171

seq1  TTAGATAAGAAACACATAAAAGTTTCCTTGCAGTGCTATCTATAGAAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATAAGAAACACATAAAAGTTTCCTTGCAGTGCTATCTATAGAAGAT  221

seq1  AATAATTGAATAAATTCCAACAGTCATCAACAGATGTAAATACATGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGAATAAATTCCAACAGTCATCAACAGATGTAAATACATGATGG  271

seq1  TGTTTGAATAGATGCAACAAAGAAGTTTATAAGTACTAGTCACTGCACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAATAGATGCAACAAAGAAGTTTATAAGTACTAGTCACTGCACAC  321

seq1  TTAGGCTCTAATCAAAGTGTTATACATTTTTAAATTACAATAAAATAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTCTAATCAAAGTGTTATACATTTTTAAATTACAATAAAATAAAA  371

seq1  ATTACATACCATCAATTATAAGTGCTATTATTATATATAATCAATAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATACCATCAATTATAAGTGCTATTATTATATATAATCAATAATGA  421

seq1  TGAATTGCCATTTTGACATTATTCTTAGATTTTATTATTATATTAATAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGCCATTTTGACATTATTCTTAGATTTTATTATTATATTAATAAT  471

seq1  TATTTGCTTTATAAGTATAAATTGAAAAATGCATGGTTATCCTTTTTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCTTTATAAGTATAAATTGAAAAATGCATGGTTATCCTTTTTTCA  521

seq1  CTATGTAAATAACACATGTACTCTAATAGAGTATGATTTTCTTGATACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAAATAACACATGTACTCTAATAGAGTATGATTTTCTTGATACAT  571

seq1  CTTAGTGAATGAATTATTTTAGGCAAGAATTCAGGTCATTAATATTGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGAATGAATTATTTTAGGCAAGAATTCAGGTCATTAATATTGGCC  621

seq1  ATAAAGTTAATTTGTAAGACTTATGTATTTTGTCATTACAAAGTTTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTTAATTTGTAAGACTTATGTATTTTGTCATTACAAAGTTTATTT  671

seq1  TTTTAAAAAAGAAACCAATGTAAATGTTGCTTGTATTTCTTCAGATGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAAGAAACCAATGTAAATGTTGCTTGTATTTCTTCAGATGATG  721

seq1  GGATGAGATGATCTTTATACCCAAGCTATGAGAATACATGGCTTGGCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGATGATCTTTATACCCAAGCTATGAGAATACATGGCTTGGCATA  771

seq1  AGCCCAATGTGTTTCCTTCTTTGGTCTAACTAACCCTAGGCCTAGGCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAATGTGTTTCCTTCTTTGGTCTAACTAACCCTAGGCCTAGGCCTG  821

seq1  TAAGTTTCTAGTCTCTATAAAATCTAATCTTCTAAGCTGACTGATTTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTCTAGTCTCTATAAAATCTAATCTTCTAAGCTGACTGATTTAAA  871

seq1  TAGGCTGCTTCTGACTGAATTCCTCTGCTTGGATATACTGCCACTGAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGCTTCTGACTGAATTCCTCTGCTTGGATATACTGCCACTGAATT  921

seq1  CCATGAATGAAACTGCACTGAGTGCACTGAGGGTACAAGCTGACTAGATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAATGAAACTGCACTGAGTGCACTGAGGGTACAAGCTGACTAGATC  971

seq1  TGTACAGAAGTACTGGAACTCAACTGCATATAAGGTATGTGCTCCTAACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGAAGTACTGGAACTCAACTGCATATAAGGTATGTGCTCCTAACA  1021

seq1  GTGCTAATCTGAATTC  1066
      ||||||||||||||||
seq2  GTGCTAATCTGAATTC  1037


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |